# TARGET T0356 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.239 0.009 0.012 0.017 0.019 0.066 0.009 0.003 0.036 0.405 2 D 0.062 0.246 0.002 0.012 0.017 0.028 0.081 0.011 0.001 0.028 0.511 3 A 0.135 0.184 0.003 0.013 0.013 0.021 0.067 0.006 0.001 0.083 0.474 4 M 0.059 0.167 0.006 0.029 0.027 0.029 0.115 0.009 0.002 0.127 0.432 5 K 0.035 0.352 0.002 0.008 0.009 0.013 0.072 0.005 0.001 0.053 0.449 6 Y 0.092 0.627 0.003 0.007 0.004 0.006 0.029 0.004 0.001 0.040 0.186 7 N 0.022 0.487 0.001 0.012 0.004 0.006 0.064 0.004 0.001 0.121 0.278 8 D 0.008 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.047 0.029 9 L 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.012 10 R 0.007 0.248 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.713 0.022 11 D 0.002 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 0.016 12 F 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 13 L 0.007 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.008 14 T 0.018 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.045 0.072 15 L 0.014 0.631 0.045 0.001 0.001 0.001 0.019 0.012 0.026 0.181 0.072 16 L 0.053 0.080 0.411 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.336 0.055 0.038 17 E 0.420 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.041 0.008 0.018 0.031 0.453 18 Q 0.123 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.002 0.001 0.016 0.804 19 Q 0.020 0.003 0.003 0.008 0.001 0.003 0.097 0.001 0.001 0.031 0.832 20 G 0.006 0.004 0.003 0.019 0.008 0.035 0.126 0.002 0.001 0.050 0.746 21 E 0.011 0.002 0.001 0.031 0.060 0.122 0.092 0.001 0.001 0.110 0.569 22 L 0.007 0.002 0.001 0.109 0.054 0.108 0.075 0.001 0.001 0.098 0.546 23 K 0.007 0.001 0.001 0.189 0.141 0.230 0.052 0.001 0.001 0.095 0.284 24 R 0.007 0.001 0.001 0.078 0.107 0.099 0.063 0.001 0.001 0.037 0.608 25 I 0.001 0.001 0.001 0.074 0.175 0.178 0.080 0.004 0.001 0.024 0.463 26 T 0.055 0.001 0.001 0.075 0.045 0.061 0.108 0.006 0.001 0.039 0.609 27 L 0.091 0.001 0.001 0.045 0.064 0.044 0.104 0.004 0.001 0.044 0.602 28 P 0.004 0.001 0.001 0.024 0.024 0.037 0.117 0.001 0.001 0.010 0.782 29 V 0.011 0.019 0.001 0.041 0.019 0.027 0.106 0.003 0.001 0.018 0.755 30 D 0.146 0.503 0.002 0.018 0.012 0.011 0.059 0.009 0.001 0.075 0.164 31 P 0.046 0.736 0.002 0.009 0.001 0.003 0.025 0.002 0.001 0.031 0.143 32 H 0.010 0.200 0.001 0.008 0.005 0.008 0.027 0.001 0.001 0.645 0.094 33 L 0.003 0.776 0.001 0.003 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.146 0.048 34 E 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.012 35 I 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.034 0.015 36 T 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 37 E 0.017 0.738 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.207 0.019 38 I 0.007 0.258 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.002 0.680 0.030 39 A 0.004 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.011 0.049 40 D 0.018 0.922 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.006 0.035 41 R 0.009 0.839 0.008 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.006 0.062 0.060 42 T 0.063 0.168 0.242 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.282 0.093 0.119 43 L 0.720 0.022 0.022 0.001 0.001 0.001 0.012 0.052 0.021 0.039 0.111 44 R 0.325 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.002 0.002 0.017 0.607 45 A 0.007 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.005 0.907 46 G 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.133 0.002 0.001 0.016 0.831 47 G 0.025 0.003 0.001 0.019 0.040 0.020 0.221 0.009 0.001 0.085 0.578 48 P 0.006 0.011 0.001 0.323 0.033 0.085 0.098 0.001 0.001 0.081 0.361 49 A 0.005 0.004 0.001 0.280 0.056 0.203 0.060 0.001 0.001 0.116 0.275 50 L 0.002 0.003 0.001 0.510 0.124 0.150 0.033 0.001 0.001 0.036 0.140 51 L 0.003 0.001 0.001 0.488 0.119 0.215 0.023 0.001 0.001 0.047 0.105 52 F 0.005 0.001 0.001 0.295 0.163 0.244 0.033 0.001 0.001 0.063 0.196 53 E 0.002 0.001 0.001 0.197 0.072 0.156 0.101 0.001 0.001 0.026 0.441 54 N 0.182 0.002 0.002 0.042 0.122 0.118 0.090 0.010 0.003 0.087 0.343 55 P 0.215 0.001 0.002 0.013 0.009 0.007 0.085 0.003 0.001 0.058 0.605 56 K 0.012 0.001 0.001 0.003 0.010 0.023 0.097 0.007 0.001 0.025 0.823 57 G 0.086 0.002 0.001 0.010 0.005 0.008 0.094 0.001 0.001 0.021 0.773 58 Y 0.014 0.001 0.001 0.020 0.055 0.068 0.178 0.005 0.001 0.039 0.619 59 S 0.021 0.011 0.001 0.022 0.017 0.026 0.121 0.002 0.001 0.029 0.750 60 M 0.012 0.005 0.001 0.067 0.161 0.129 0.155 0.008 0.001 0.061 0.401 61 P 0.007 0.032 0.001 0.270 0.069 0.113 0.103 0.001 0.001 0.056 0.347 62 V 0.008 0.021 0.002 0.282 0.153 0.257 0.040 0.003 0.001 0.087 0.147 63 L 0.013 0.025 0.002 0.417 0.138 0.119 0.045 0.002 0.001 0.077 0.161 64 C 0.020 0.018 0.004 0.367 0.128 0.167 0.061 0.004 0.002 0.090 0.138 65 N 0.063 0.016 0.002 0.285 0.059 0.131 0.094 0.006 0.001 0.121 0.223 66 L 0.070 0.013 0.002 0.161 0.032 0.068 0.145 0.002 0.002 0.088 0.418 67 F 0.020 0.020 0.002 0.091 0.038 0.068 0.178 0.001 0.001 0.088 0.492 68 G 0.024 0.124 0.002 0.046 0.015 0.033 0.136 0.005 0.001 0.104 0.509 69 T 0.033 0.620 0.003 0.008 0.008 0.005 0.036 0.007 0.001 0.151 0.129 70 P 0.015 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.004 0.032 71 K 0.015 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.010 0.044 72 R 0.019 0.854 0.010 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.003 0.043 0.046 73 V 0.118 0.736 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.001 0.058 0.052 74 A 0.033 0.135 0.297 0.006 0.002 0.003 0.028 0.016 0.194 0.155 0.131 75 M 0.440 0.072 0.007 0.006 0.003 0.004 0.093 0.011 0.004 0.049 0.311 76 G 0.091 0.029 0.004 0.016 0.002 0.005 0.086 0.005 0.003 0.068 0.691 77 M 0.025 0.009 0.001 0.009 0.003 0.006 0.188 0.002 0.001 0.023 0.733 78 G 0.031 0.029 0.001 0.020 0.002 0.009 0.102 0.002 0.001 0.030 0.773 79 Q 0.071 0.024 0.002 0.008 0.006 0.007 0.134 0.004 0.001 0.080 0.664 80 E 0.024 0.172 0.002 0.015 0.003 0.005 0.092 0.005 0.001 0.060 0.622 81 D 0.052 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.007 0.047 82 V 0.033 0.896 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.012 0.047 83 S 0.011 0.846 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.051 0.071 84 A 0.009 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.036 0.025 85 L 0.009 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.032 0.016 86 R 0.010 0.813 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.135 0.029 87 E 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.021 88 V 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 89 G 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.026 0.015 90 K 0.009 0.872 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.057 0.048 91 L 0.034 0.820 0.021 0.001 0.001 0.001 0.012 0.014 0.007 0.044 0.046 92 L 0.137 0.445 0.104 0.003 0.001 0.001 0.023 0.038 0.062 0.093 0.092 93 A 0.252 0.085 0.023 0.004 0.001 0.003 0.067 0.010 0.020 0.077 0.457 94 F 0.119 0.012 0.004 0.006 0.001 0.005 0.084 0.004 0.002 0.061 0.701 95 L 0.049 0.008 0.005 0.022 0.002 0.009 0.116 0.004 0.001 0.063 0.722 96 K 0.035 0.003 0.001 0.016 0.003 0.007 0.093 0.001 0.001 0.029 0.810 97 E 0.013 0.001 0.001 0.008 0.013 0.018 0.113 0.002 0.001 0.028 0.804 98 P 0.005 0.001 0.001 0.009 0.007 0.010 0.114 0.001 0.001 0.015 0.840 99 E 0.034 0.004 0.001 0.033 0.013 0.017 0.163 0.005 0.001 0.043 0.686 100 P 0.106 0.029 0.001 0.016 0.004 0.005 0.116 0.008 0.001 0.046 0.667 101 P 0.286 0.084 0.002 0.009 0.003 0.004 0.074 0.007 0.001 0.037 0.494 102 K 0.033 0.160 0.002 0.019 0.004 0.007 0.091 0.006 0.001 0.045 0.633 103 G 0.024 0.818 0.001 0.003 0.002 0.002 0.019 0.003 0.001 0.008 0.119 104 F 0.055 0.874 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.011 0.001 0.004 0.041 105 R 0.032 0.748 0.001 0.003 0.004 0.005 0.017 0.004 0.001 0.049 0.137 106 D 0.051 0.585 0.035 0.005 0.005 0.006 0.036 0.010 0.012 0.140 0.116 107 L 0.305 0.439 0.010 0.004 0.002 0.003 0.029 0.042 0.004 0.053 0.111 108 F 0.290 0.103 0.009 0.009 0.004 0.007 0.065 0.008 0.005 0.134 0.365 109 D 0.017 0.147 0.002 0.019 0.004 0.008 0.096 0.001 0.001 0.035 0.671 110 K 0.009 0.607 0.003 0.004 0.003 0.005 0.034 0.006 0.001 0.013 0.315 111 L 0.067 0.748 0.005 0.002 0.003 0.003 0.019 0.043 0.001 0.016 0.093 112 P 0.053 0.788 0.002 0.003 0.001 0.002 0.013 0.005 0.001 0.021 0.110 113 Q 0.089 0.684 0.017 0.002 0.001 0.003 0.020 0.011 0.006 0.047 0.119 114 F 0.215 0.439 0.022 0.007 0.003 0.005 0.035 0.031 0.011 0.075 0.158 115 K 0.156 0.112 0.044 0.016 0.005 0.011 0.088 0.013 0.028 0.094 0.431 116 Q 0.112 0.038 0.006 0.021 0.007 0.016 0.089 0.007 0.002 0.052 0.649 117 V 0.067 0.007 0.002 0.019 0.004 0.011 0.094 0.004 0.001 0.056 0.735 118 L 0.030 0.002 0.001 0.017 0.012 0.022 0.127 0.002 0.001 0.046 0.740 119 N 0.010 0.005 0.001 0.016 0.006 0.015 0.095 0.001 0.001 0.019 0.832 120 M 0.037 0.007 0.001 0.010 0.024 0.022 0.129 0.010 0.001 0.030 0.731 121 P 0.115 0.057 0.001 0.018 0.014 0.017 0.112 0.017 0.001 0.036 0.612 122 T 0.178 0.080 0.002 0.019 0.015 0.026 0.087 0.011 0.001 0.044 0.538 123 K 0.109 0.046 0.012 0.057 0.019 0.041 0.109 0.007 0.004 0.050 0.546 124 R 0.105 0.048 0.003 0.045 0.028 0.057 0.088 0.011 0.001 0.040 0.573 125 L 0.268 0.021 0.001 0.028 0.029 0.027 0.074 0.003 0.001 0.044 0.505 126 R 0.010 0.017 0.001 0.029 0.029 0.037 0.128 0.002 0.001 0.012 0.735 127 G 0.028 0.069 0.002 0.010 0.016 0.021 0.081 0.003 0.001 0.011 0.758 128 A 0.073 0.116 0.002 0.018 0.097 0.062 0.117 0.040 0.001 0.063 0.409 129 P 0.153 0.290 0.006 0.018 0.015 0.027 0.071 0.007 0.003 0.050 0.362 130 C 0.128 0.301 0.012 0.049 0.037 0.067 0.052 0.012 0.002 0.043 0.297 131 Q 0.069 0.110 0.002 0.050 0.072 0.120 0.074 0.008 0.001 0.066 0.429 132 Q 0.028 0.047 0.003 0.103 0.105 0.159 0.076 0.003 0.001 0.086 0.388 133 K 0.013 0.012 0.007 0.161 0.091 0.120 0.106 0.003 0.002 0.073 0.413 134 I 0.094 0.010 0.008 0.075 0.113 0.144 0.080 0.005 0.005 0.074 0.392 135 V 0.143 0.009 0.004 0.058 0.038 0.060 0.095 0.005 0.003 0.067 0.519 136 S 0.112 0.008 0.001 0.017 0.018 0.041 0.096 0.012 0.001 0.036 0.660 137 G 0.058 0.006 0.001 0.015 0.007 0.016 0.112 0.005 0.001 0.024 0.757 138 D 0.013 0.006 0.001 0.037 0.072 0.086 0.106 0.003 0.001 0.026 0.650 139 D 0.018 0.011 0.002 0.073 0.058 0.099 0.093 0.001 0.001 0.045 0.597 140 V 0.009 0.006 0.003 0.105 0.196 0.143 0.085 0.004 0.001 0.048 0.399 141 D 0.140 0.030 0.004 0.122 0.086 0.122 0.072 0.010 0.002 0.091 0.323 142 L 0.133 0.008 0.002 0.084 0.042 0.051 0.082 0.004 0.001 0.061 0.532 143 N 0.012 0.005 0.001 0.079 0.057 0.124 0.092 0.002 0.001 0.021 0.606 144 R 0.014 0.010 0.002 0.046 0.047 0.082 0.108 0.002 0.001 0.027 0.662 145 I 0.029 0.002 0.003 0.042 0.197 0.124 0.112 0.012 0.001 0.062 0.415 146 P 0.101 0.008 0.002 0.087 0.048 0.063 0.101 0.007 0.001 0.073 0.509 147 I 0.081 0.008 0.001 0.073 0.033 0.069 0.092 0.005 0.001 0.054 0.583 148 M 0.024 0.002 0.001 0.059 0.024 0.030 0.121 0.001 0.001 0.026 0.713 149 T 0.003 0.001 0.001 0.035 0.054 0.072 0.139 0.001 0.001 0.021 0.673 150 C 0.005 0.002 0.001 0.047 0.015 0.022 0.143 0.001 0.001 0.023 0.741 151 W 0.331 0.036 0.004 0.039 0.016 0.013 0.124 0.013 0.003 0.092 0.328 152 P 0.209 0.036 0.004 0.012 0.002 0.004 0.110 0.006 0.002 0.085 0.530 153 E 0.086 0.017 0.001 0.010 0.004 0.010 0.114 0.003 0.001 0.040 0.714 154 D 0.086 0.025 0.003 0.027 0.016 0.036 0.133 0.003 0.001 0.091 0.577 155 A 0.073 0.088 0.002 0.026 0.020 0.041 0.145 0.008 0.001 0.076 0.521 156 A 0.092 0.025 0.003 0.019 0.052 0.061 0.138 0.007 0.001 0.111 0.490 157 P 0.019 0.029 0.002 0.073 0.127 0.197 0.125 0.004 0.001 0.070 0.355 158 L 0.025 0.006 0.003 0.058 0.059 0.190 0.117 0.002 0.001 0.096 0.442 159 I 0.011 0.005 0.002 0.166 0.214 0.215 0.073 0.002 0.001 0.058 0.252 160 T 0.027 0.005 0.002 0.092 0.096 0.242 0.098 0.002 0.001 0.110 0.326 161 W 0.009 0.003 0.001 0.114 0.179 0.220 0.082 0.004 0.001 0.061 0.326 162 G 0.004 0.002 0.001 0.166 0.098 0.220 0.085 0.001 0.001 0.065 0.357 163 L 0.002 0.002 0.001 0.176 0.238 0.307 0.046 0.001 0.001 0.071 0.156 164 T 0.006 0.002 0.001 0.237 0.197 0.329 0.035 0.001 0.001 0.071 0.120 165 V 0.016 0.002 0.001 0.228 0.210 0.220 0.043 0.001 0.001 0.071 0.209 166 T 0.007 0.002 0.001 0.162 0.147 0.243 0.086 0.001 0.001 0.061 0.290 167 R 0.007 0.002 0.002 0.075 0.039 0.097 0.127 0.003 0.002 0.032 0.616 168 G 0.539 0.014 0.004 0.025 0.018 0.018 0.069 0.010 0.005 0.075 0.223 169 P 0.166 0.022 0.003 0.012 0.004 0.007 0.091 0.006 0.002 0.066 0.620 170 H 0.046 0.007 0.001 0.007 0.008 0.015 0.101 0.004 0.001 0.024 0.787 171 K 0.035 0.006 0.002 0.031 0.062 0.087 0.128 0.005 0.001 0.060 0.583 172 E 0.047 0.007 0.001 0.037 0.071 0.124 0.118 0.004 0.001 0.088 0.501 173 R 0.024 0.004 0.002 0.057 0.112 0.153 0.121 0.002 0.001 0.052 0.472 174 Q 0.010 0.005 0.001 0.089 0.107 0.190 0.138 0.002 0.001 0.051 0.406 175 N 0.017 0.007 0.001 0.107 0.134 0.257 0.103 0.004 0.001 0.110 0.259 176 L 0.006 0.004 0.001 0.145 0.109 0.254 0.086 0.001 0.001 0.049 0.346 177 G 0.006 0.002 0.001 0.082 0.228 0.383 0.043 0.001 0.001 0.067 0.187 178 I 0.004 0.002 0.001 0.093 0.208 0.257 0.063 0.001 0.001 0.049 0.322 179 Y 0.022 0.006 0.002 0.101 0.175 0.209 0.088 0.002 0.002 0.064 0.329 180 R 0.147 0.012 0.003 0.043 0.080 0.085 0.105 0.010 0.003 0.092 0.420