# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.187 0.083 0.066 0.099 0.090 0.092 0.107 0.086 0.089 0.060 0.040 2 D 0.273 0.147 0.097 0.134 0.087 0.073 0.078 0.045 0.033 0.021 0.011 3 A 0.262 0.177 0.100 0.176 0.106 0.065 0.054 0.027 0.018 0.009 0.004 4 M 0.140 0.056 0.029 0.052 0.061 0.071 0.137 0.138 0.137 0.107 0.073 5 K 0.077 0.232 0.151 0.220 0.122 0.083 0.066 0.024 0.014 0.008 0.004 6 Y 0.043 0.038 0.052 0.088 0.095 0.127 0.193 0.126 0.118 0.075 0.044 7 N 0.362 0.159 0.126 0.167 0.089 0.045 0.033 0.012 0.005 0.002 0.001 8 D 0.008 0.055 0.077 0.190 0.184 0.186 0.170 0.074 0.036 0.014 0.006 9 L 0.001 0.002 0.010 0.009 0.012 0.028 0.118 0.162 0.242 0.234 0.183 10 R 0.009 0.011 0.099 0.159 0.201 0.227 0.196 0.061 0.025 0.009 0.003 11 D 0.006 0.038 0.388 0.330 0.154 0.052 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.008 0.007 0.009 0.025 0.146 0.184 0.247 0.228 0.146 13 L 0.001 0.001 0.007 0.004 0.010 0.031 0.213 0.200 0.229 0.184 0.120 14 T 0.002 0.010 0.697 0.174 0.075 0.026 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.004 0.049 0.106 0.211 0.316 0.238 0.054 0.016 0.006 0.001 16 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.034 0.085 0.254 0.318 0.301 17 E 0.003 0.007 0.054 0.124 0.209 0.221 0.265 0.078 0.027 0.009 0.003 18 Q 0.008 0.043 0.767 0.115 0.046 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.018 0.065 0.070 0.156 0.177 0.194 0.216 0.067 0.023 0.010 0.004 20 G 0.725 0.118 0.029 0.040 0.024 0.022 0.024 0.009 0.005 0.002 0.001 21 E 0.182 0.291 0.153 0.231 0.099 0.031 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 22 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.021 0.087 0.139 0.255 0.259 0.219 23 K 0.009 0.039 0.055 0.182 0.234 0.221 0.174 0.050 0.022 0.008 0.006 24 R 0.030 0.162 0.129 0.244 0.173 0.113 0.088 0.032 0.017 0.008 0.004 25 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.015 0.032 0.106 0.155 0.204 0.210 0.268 26 T 0.351 0.314 0.122 0.155 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.063 0.078 0.032 0.131 0.148 0.154 0.199 0.091 0.054 0.033 0.016 28 P 0.464 0.240 0.071 0.135 0.052 0.022 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 29 V 0.008 0.008 0.005 0.017 0.033 0.059 0.163 0.150 0.212 0.180 0.165 30 D 0.060 0.290 0.103 0.228 0.141 0.076 0.052 0.023 0.014 0.007 0.006 31 P 0.047 0.058 0.018 0.087 0.129 0.174 0.206 0.119 0.083 0.050 0.029 32 H 0.127 0.089 0.033 0.143 0.167 0.154 0.136 0.063 0.045 0.027 0.017 33 L 0.031 0.025 0.015 0.079 0.103 0.126 0.195 0.140 0.146 0.087 0.052 34 E 0.005 0.013 0.016 0.053 0.056 0.081 0.173 0.168 0.187 0.139 0.110 35 I 0.001 0.001 0.003 0.008 0.011 0.024 0.104 0.170 0.231 0.243 0.203 36 T 0.004 0.005 0.034 0.040 0.050 0.091 0.168 0.149 0.180 0.158 0.120 37 E 0.001 0.005 0.030 0.092 0.115 0.146 0.243 0.156 0.102 0.070 0.039 38 I 0.001 0.001 0.013 0.008 0.008 0.013 0.066 0.131 0.221 0.295 0.242 39 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.016 0.071 0.117 0.225 0.283 0.270 40 D 0.002 0.007 0.088 0.139 0.170 0.184 0.193 0.096 0.071 0.035 0.015 41 R 0.002 0.008 0.066 0.078 0.107 0.192 0.275 0.122 0.086 0.044 0.019 42 T 0.005 0.005 0.015 0.018 0.018 0.033 0.122 0.156 0.252 0.219 0.158 43 L 0.003 0.004 0.006 0.017 0.022 0.069 0.196 0.197 0.187 0.161 0.139 44 R 0.035 0.096 0.305 0.197 0.141 0.093 0.070 0.031 0.018 0.008 0.005 45 A 0.103 0.110 0.190 0.151 0.113 0.120 0.116 0.046 0.029 0.015 0.007 46 G 0.578 0.171 0.054 0.104 0.050 0.020 0.012 0.005 0.003 0.002 0.002 47 G 0.013 0.040 0.017 0.070 0.096 0.120 0.177 0.154 0.150 0.105 0.058 48 P 0.014 0.051 0.025 0.128 0.207 0.228 0.194 0.078 0.045 0.020 0.010 49 A 0.002 0.002 0.002 0.008 0.013 0.027 0.095 0.145 0.213 0.233 0.259 50 L 0.002 0.003 0.002 0.016 0.030 0.057 0.165 0.201 0.208 0.186 0.130 51 L 0.002 0.009 0.007 0.035 0.041 0.047 0.106 0.150 0.208 0.197 0.198 52 F 0.001 0.002 0.002 0.007 0.011 0.022 0.069 0.117 0.211 0.255 0.305 53 E 0.056 0.061 0.044 0.201 0.202 0.146 0.140 0.077 0.043 0.019 0.010 54 N 0.046 0.122 0.032 0.200 0.184 0.139 0.145 0.069 0.038 0.018 0.007 55 P 0.010 0.008 0.005 0.021 0.023 0.031 0.067 0.107 0.200 0.241 0.287 56 K 0.218 0.243 0.070 0.223 0.120 0.064 0.040 0.012 0.006 0.002 0.002 57 G 0.229 0.167 0.052 0.148 0.107 0.092 0.090 0.049 0.033 0.019 0.013 58 Y 0.091 0.069 0.021 0.110 0.101 0.111 0.144 0.115 0.101 0.079 0.059 59 S 0.330 0.309 0.067 0.170 0.078 0.029 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 60 M 0.002 0.004 0.003 0.016 0.026 0.040 0.125 0.187 0.244 0.211 0.141 61 P 0.015 0.043 0.028 0.168 0.220 0.227 0.171 0.064 0.034 0.017 0.013 62 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.020 0.094 0.177 0.262 0.233 0.193 63 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.033 0.110 0.188 0.231 0.222 0.191 64 C 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.017 0.080 0.157 0.264 0.245 0.222 65 N 0.002 0.003 0.004 0.020 0.025 0.044 0.135 0.201 0.238 0.207 0.123 66 L 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.021 0.093 0.167 0.245 0.262 0.189 67 F 0.004 0.006 0.007 0.024 0.034 0.055 0.147 0.181 0.232 0.185 0.126 68 G 0.007 0.019 0.011 0.050 0.084 0.113 0.192 0.185 0.159 0.111 0.069 69 T 0.006 0.073 0.018 0.085 0.091 0.091 0.139 0.160 0.159 0.118 0.061 70 P 0.046 0.038 0.024 0.106 0.208 0.207 0.172 0.093 0.064 0.028 0.014 71 K 0.510 0.164 0.058 0.138 0.066 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.002 72 R 0.004 0.009 0.010 0.070 0.087 0.138 0.226 0.180 0.153 0.084 0.040 73 V 0.003 0.001 0.005 0.005 0.005 0.007 0.033 0.083 0.201 0.287 0.369 74 A 0.003 0.005 0.046 0.058 0.086 0.184 0.252 0.146 0.106 0.064 0.050 75 M 0.002 0.013 0.157 0.133 0.123 0.154 0.167 0.100 0.077 0.052 0.022 76 G 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.046 0.192 0.180 0.201 0.193 0.160 77 M 0.004 0.003 0.003 0.006 0.008 0.015 0.065 0.120 0.241 0.297 0.238 78 G 0.051 0.086 0.056 0.156 0.178 0.152 0.135 0.069 0.055 0.037 0.023 79 Q 0.023 0.038 0.035 0.092 0.104 0.148 0.228 0.149 0.103 0.056 0.024 80 E 0.451 0.196 0.072 0.105 0.078 0.039 0.028 0.014 0.008 0.005 0.003 81 D 0.074 0.392 0.070 0.176 0.092 0.071 0.061 0.028 0.019 0.011 0.007 82 V 0.023 0.015 0.008 0.043 0.107 0.178 0.231 0.140 0.134 0.074 0.047 83 S 0.758 0.134 0.048 0.039 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.001 0.017 0.016 0.118 0.149 0.216 0.273 0.121 0.057 0.023 0.009 85 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.050 0.114 0.213 0.272 0.335 86 R 0.012 0.019 0.115 0.263 0.278 0.192 0.087 0.021 0.008 0.003 0.001 87 E 0.001 0.022 0.226 0.288 0.212 0.146 0.072 0.020 0.009 0.003 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.089 0.213 0.305 0.350 89 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.038 0.186 0.221 0.248 0.185 0.105 90 K 0.001 0.011 0.295 0.338 0.207 0.094 0.034 0.011 0.005 0.003 0.001 91 L 0.001 0.001 0.006 0.009 0.016 0.063 0.247 0.209 0.213 0.153 0.082 92 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.058 0.138 0.259 0.310 0.220 93 A 0.004 0.012 0.163 0.095 0.098 0.131 0.191 0.125 0.094 0.054 0.034 94 F 0.001 0.006 0.060 0.077 0.128 0.225 0.273 0.120 0.068 0.032 0.011 95 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.017 0.093 0.144 0.237 0.278 0.215 96 K 0.074 0.086 0.062 0.143 0.143 0.142 0.167 0.087 0.058 0.025 0.011 97 E 0.297 0.169 0.144 0.146 0.090 0.065 0.048 0.021 0.013 0.006 0.002 98 P 0.076 0.057 0.019 0.073 0.080 0.097 0.193 0.154 0.123 0.092 0.036 99 E 0.608 0.210 0.032 0.057 0.034 0.018 0.017 0.010 0.007 0.004 0.002 100 P 0.078 0.099 0.023 0.095 0.105 0.109 0.151 0.117 0.114 0.072 0.037 101 P 0.106 0.061 0.023 0.081 0.097 0.125 0.162 0.121 0.107 0.071 0.046 102 K 0.518 0.176 0.068 0.120 0.059 0.023 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 103 G 0.172 0.211 0.067 0.170 0.130 0.099 0.072 0.036 0.024 0.012 0.005 104 F 0.005 0.007 0.003 0.012 0.020 0.049 0.138 0.182 0.223 0.208 0.153 105 R 0.036 0.046 0.073 0.220 0.218 0.182 0.136 0.046 0.027 0.012 0.004 106 D 0.069 0.120 0.401 0.213 0.094 0.045 0.031 0.013 0.008 0.003 0.002 107 L 0.001 0.004 0.007 0.025 0.034 0.085 0.222 0.219 0.208 0.129 0.065 108 F 0.002 0.001 0.004 0.010 0.019 0.042 0.125 0.177 0.263 0.230 0.128 109 D 0.021 0.050 0.511 0.233 0.110 0.045 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 110 K 0.006 0.042 0.109 0.146 0.142 0.218 0.196 0.071 0.043 0.019 0.006 111 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.026 0.110 0.180 0.244 0.259 0.168 112 P 0.237 0.115 0.120 0.167 0.108 0.095 0.081 0.037 0.023 0.012 0.007 113 Q 0.040 0.082 0.292 0.203 0.165 0.095 0.067 0.027 0.019 0.008 0.004 114 F 0.006 0.004 0.007 0.013 0.014 0.037 0.123 0.159 0.236 0.233 0.166 115 K 0.019 0.015 0.036 0.106 0.130 0.173 0.208 0.135 0.107 0.053 0.020 116 Q 0.017 0.046 0.616 0.136 0.074 0.051 0.031 0.013 0.009 0.004 0.003 117 V 0.010 0.013 0.036 0.046 0.062 0.130 0.276 0.168 0.129 0.084 0.045 118 L 0.047 0.022 0.020 0.043 0.044 0.073 0.168 0.175 0.187 0.150 0.070 119 N 0.207 0.213 0.176 0.158 0.095 0.058 0.045 0.021 0.016 0.008 0.005 120 M 0.049 0.039 0.035 0.067 0.068 0.086 0.148 0.135 0.154 0.134 0.083 121 P 0.259 0.211 0.043 0.111 0.098 0.079 0.080 0.044 0.038 0.024 0.012 122 T 0.133 0.072 0.038 0.104 0.102 0.112 0.123 0.101 0.105 0.066 0.044 123 K 0.337 0.169 0.075 0.114 0.085 0.064 0.058 0.036 0.030 0.019 0.012 124 R 0.055 0.096 0.061 0.191 0.176 0.139 0.136 0.073 0.043 0.019 0.010 125 L 0.021 0.015 0.010 0.024 0.039 0.060 0.136 0.178 0.191 0.180 0.147 126 R 0.125 0.128 0.111 0.221 0.157 0.097 0.083 0.037 0.022 0.012 0.006 127 G 0.485 0.169 0.089 0.134 0.059 0.028 0.020 0.008 0.005 0.003 0.001 128 A 0.017 0.028 0.014 0.059 0.071 0.104 0.209 0.179 0.145 0.116 0.058 129 P 0.072 0.175 0.047 0.163 0.147 0.120 0.120 0.059 0.048 0.030 0.018 130 C 0.004 0.004 0.002 0.011 0.016 0.029 0.083 0.131 0.235 0.239 0.246 131 Q 0.034 0.053 0.037 0.169 0.182 0.159 0.172 0.084 0.058 0.031 0.020 132 Q 0.086 0.113 0.075 0.253 0.166 0.104 0.090 0.052 0.034 0.016 0.009 133 K 0.032 0.037 0.026 0.110 0.139 0.201 0.207 0.112 0.077 0.042 0.018 134 I 0.003 0.012 0.014 0.064 0.100 0.120 0.202 0.178 0.149 0.099 0.059 135 V 0.006 0.023 0.036 0.070 0.098 0.112 0.201 0.142 0.140 0.097 0.075 136 S 0.075 0.192 0.120 0.301 0.169 0.074 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 137 G 0.623 0.135 0.033 0.093 0.053 0.031 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 138 D 0.289 0.246 0.070 0.194 0.100 0.058 0.027 0.009 0.004 0.002 0.001 139 D 0.123 0.195 0.075 0.269 0.166 0.099 0.050 0.013 0.006 0.002 0.001 140 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.019 0.070 0.131 0.259 0.248 0.257 141 D 0.030 0.211 0.116 0.297 0.173 0.092 0.056 0.015 0.007 0.003 0.002 142 L 0.003 0.002 0.001 0.006 0.011 0.018 0.061 0.114 0.202 0.247 0.335 143 N 0.114 0.115 0.060 0.226 0.193 0.129 0.096 0.037 0.018 0.008 0.005 144 R 0.055 0.101 0.041 0.231 0.189 0.142 0.127 0.056 0.034 0.017 0.008 145 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.017 0.063 0.121 0.215 0.277 0.290 146 P 0.021 0.036 0.021 0.090 0.103 0.125 0.202 0.145 0.126 0.077 0.055 147 I 0.011 0.013 0.008 0.035 0.044 0.061 0.165 0.185 0.193 0.162 0.122 148 M 0.013 0.016 0.007 0.045 0.054 0.076 0.140 0.148 0.179 0.166 0.155 149 T 0.066 0.089 0.028 0.145 0.163 0.141 0.139 0.093 0.075 0.038 0.024 150 C 0.020 0.023 0.006 0.044 0.056 0.075 0.135 0.167 0.189 0.163 0.122 151 W 0.032 0.055 0.023 0.088 0.112 0.124 0.175 0.141 0.120 0.080 0.049 152 P 0.251 0.165 0.061 0.200 0.121 0.074 0.062 0.030 0.018 0.010 0.007 153 E 0.405 0.155 0.065 0.175 0.098 0.054 0.028 0.010 0.005 0.003 0.002 154 D 0.027 0.061 0.023 0.118 0.138 0.163 0.207 0.117 0.081 0.045 0.020 155 A 0.031 0.055 0.019 0.097 0.122 0.130 0.178 0.120 0.113 0.078 0.057 156 A 0.024 0.014 0.008 0.025 0.039 0.068 0.157 0.155 0.201 0.172 0.137 157 P 0.019 0.027 0.025 0.120 0.143 0.178 0.223 0.114 0.071 0.046 0.033 158 L 0.008 0.008 0.010 0.019 0.016 0.024 0.084 0.139 0.208 0.256 0.228 159 I 0.003 0.004 0.008 0.021 0.021 0.028 0.080 0.132 0.209 0.249 0.245 160 T 0.001 0.005 0.015 0.022 0.026 0.036 0.100 0.153 0.238 0.226 0.178 161 W 0.003 0.005 0.011 0.027 0.039 0.067 0.175 0.198 0.223 0.159 0.093 162 G 0.008 0.009 0.015 0.034 0.042 0.067 0.197 0.209 0.204 0.144 0.072 163 L 0.003 0.005 0.007 0.017 0.020 0.038 0.128 0.172 0.230 0.218 0.161 164 T 0.002 0.004 0.008 0.013 0.016 0.032 0.097 0.157 0.242 0.233 0.198 165 V 0.002 0.006 0.007 0.018 0.025 0.041 0.133 0.193 0.248 0.200 0.126 166 T 0.003 0.005 0.007 0.019 0.023 0.038 0.117 0.181 0.249 0.215 0.144 167 R 0.036 0.059 0.033 0.161 0.168 0.140 0.167 0.104 0.076 0.039 0.017 168 G 0.060 0.085 0.026 0.130 0.140 0.140 0.176 0.115 0.079 0.037 0.013 169 P 0.090 0.066 0.025 0.096 0.096 0.106 0.142 0.123 0.116 0.082 0.058 170 H 0.279 0.225 0.056 0.137 0.097 0.070 0.064 0.031 0.021 0.011 0.007 171 K 0.392 0.257 0.062 0.138 0.070 0.038 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 172 E 0.606 0.140 0.044 0.089 0.051 0.031 0.021 0.009 0.005 0.003 0.001 173 R 0.056 0.089 0.062 0.180 0.177 0.147 0.138 0.071 0.045 0.024 0.012 174 Q 0.038 0.091 0.083 0.180 0.186 0.153 0.143 0.071 0.034 0.014 0.006 175 N 0.020 0.030 0.026 0.099 0.129 0.161 0.220 0.138 0.094 0.057 0.026 176 L 0.011 0.014 0.012 0.030 0.038 0.053 0.142 0.170 0.200 0.199 0.131 177 G 0.031 0.065 0.049 0.166 0.148 0.117 0.141 0.104 0.090 0.057 0.032 178 I 0.042 0.041 0.036 0.073 0.072 0.091 0.154 0.140 0.150 0.124 0.076 179 Y 0.022 0.047 0.047 0.126 0.149 0.142 0.164 0.121 0.093 0.059 0.031 180 R 0.048 0.073 0.033 0.113 0.134 0.106 0.148 0.129 0.106 0.071 0.039