# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.580 0.077 0.111 0.151 0.017 0.022 0.019 0.005 0.015 0.003 0.001 2 D 0.652 0.047 0.139 0.104 0.011 0.016 0.021 0.002 0.006 0.003 0.001 3 A 0.471 0.026 0.057 0.336 0.011 0.022 0.045 0.016 0.013 0.002 0.001 4 M 0.137 0.139 0.505 0.066 0.037 0.033 0.041 0.005 0.033 0.003 0.001 5 K 0.215 0.091 0.466 0.052 0.014 0.094 0.023 0.008 0.020 0.015 0.004 6 Y 0.691 0.052 0.068 0.111 0.024 0.018 0.011 0.004 0.009 0.011 0.001 7 N 0.769 0.013 0.027 0.108 0.017 0.023 0.026 0.011 0.003 0.004 0.001 8 D 0.542 0.013 0.039 0.148 0.009 0.139 0.006 0.001 0.102 0.001 0.001 9 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.356 0.001 0.004 0.636 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.270 0.712 0.001 0.002 0.001 21 E 0.191 0.144 0.296 0.207 0.017 0.101 0.038 0.001 0.006 0.001 0.001 22 L 0.017 0.283 0.592 0.005 0.011 0.081 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 23 K 0.157 0.471 0.044 0.215 0.078 0.013 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 24 R 0.003 0.777 0.152 0.002 0.052 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 25 I 0.007 0.746 0.161 0.003 0.012 0.041 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 26 T 0.107 0.453 0.221 0.075 0.031 0.051 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 27 L 0.004 0.588 0.175 0.001 0.119 0.008 0.007 0.001 0.096 0.001 0.001 28 P 0.035 0.021 0.855 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.044 29 V 0.052 0.562 0.228 0.036 0.070 0.033 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 30 D 0.015 0.184 0.378 0.002 0.079 0.077 0.008 0.001 0.248 0.009 0.001 31 P 0.962 0.001 0.012 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 32 H 0.761 0.007 0.016 0.184 0.003 0.009 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 33 L 0.801 0.030 0.060 0.082 0.003 0.013 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 34 E 0.942 0.009 0.029 0.006 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 35 I 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 L 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 R 0.942 0.005 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 A 0.281 0.007 0.032 0.662 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 46 G 0.022 0.001 0.022 0.021 0.006 0.001 0.164 0.728 0.001 0.033 0.001 47 G 0.027 0.098 0.686 0.001 0.083 0.004 0.004 0.003 0.017 0.076 0.001 48 P 0.106 0.006 0.611 0.024 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.212 49 A 0.035 0.455 0.361 0.010 0.089 0.018 0.004 0.002 0.024 0.001 0.001 50 L 0.030 0.601 0.284 0.006 0.017 0.033 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 51 L 0.030 0.551 0.289 0.015 0.016 0.071 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 52 F 0.030 0.518 0.149 0.035 0.178 0.043 0.005 0.003 0.035 0.003 0.001 53 E 0.052 0.601 0.170 0.038 0.054 0.049 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 54 N 0.013 0.086 0.222 0.015 0.036 0.167 0.119 0.001 0.339 0.002 0.001 55 P 0.476 0.035 0.306 0.106 0.005 0.029 0.002 0.004 0.003 0.002 0.030 56 K 0.237 0.102 0.298 0.254 0.036 0.017 0.025 0.009 0.012 0.012 0.001 57 G 0.032 0.005 0.026 0.059 0.029 0.002 0.105 0.643 0.002 0.095 0.001 58 Y 0.225 0.136 0.494 0.075 0.031 0.018 0.006 0.003 0.006 0.006 0.001 59 S 0.249 0.053 0.126 0.455 0.016 0.031 0.035 0.017 0.012 0.005 0.001 60 M 0.013 0.498 0.327 0.002 0.058 0.015 0.008 0.001 0.077 0.001 0.001 61 P 0.043 0.029 0.789 0.002 0.001 0.089 0.001 0.001 0.006 0.001 0.041 62 V 0.121 0.674 0.125 0.007 0.021 0.030 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 63 L 0.201 0.391 0.220 0.027 0.009 0.103 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 64 C 0.340 0.311 0.133 0.051 0.082 0.028 0.014 0.004 0.029 0.007 0.001 65 N 0.318 0.021 0.054 0.055 0.028 0.122 0.360 0.011 0.026 0.003 0.003 66 L 0.468 0.071 0.083 0.346 0.006 0.016 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 67 F 0.278 0.133 0.257 0.205 0.053 0.016 0.036 0.010 0.007 0.005 0.001 68 G 0.088 0.033 0.109 0.227 0.085 0.015 0.106 0.250 0.005 0.083 0.001 69 T 0.027 0.147 0.637 0.002 0.047 0.041 0.001 0.001 0.092 0.005 0.001 70 P 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 R 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.989 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 M 0.906 0.005 0.004 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.824 0.008 0.018 0.096 0.005 0.003 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 77 M 0.270 0.020 0.075 0.603 0.008 0.004 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 78 G 0.039 0.002 0.019 0.044 0.018 0.004 0.163 0.596 0.001 0.114 0.001 79 Q 0.102 0.225 0.492 0.035 0.046 0.044 0.006 0.001 0.042 0.006 0.001 80 E 0.360 0.059 0.394 0.088 0.026 0.040 0.011 0.005 0.006 0.006 0.005 81 D 0.077 0.120 0.305 0.061 0.053 0.235 0.015 0.002 0.127 0.004 0.002 82 V 0.947 0.006 0.011 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 S 0.965 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.952 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 L 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 A 0.977 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 F 0.692 0.001 0.004 0.293 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 95 L 0.420 0.039 0.170 0.320 0.005 0.021 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 96 K 0.389 0.088 0.158 0.216 0.014 0.038 0.067 0.007 0.019 0.003 0.001 97 E 0.120 0.189 0.484 0.040 0.024 0.028 0.038 0.002 0.072 0.003 0.001 98 P 0.095 0.024 0.808 0.013 0.002 0.026 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 99 E 0.040 0.118 0.719 0.003 0.007 0.029 0.004 0.001 0.078 0.001 0.002 100 P 0.037 0.004 0.921 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 101 P 0.316 0.006 0.612 0.015 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 102 K 0.459 0.050 0.280 0.131 0.035 0.011 0.014 0.011 0.004 0.004 0.001 103 G 0.195 0.013 0.081 0.024 0.130 0.004 0.032 0.170 0.005 0.347 0.001 104 F 0.782 0.014 0.075 0.087 0.005 0.023 0.004 0.002 0.004 0.001 0.002 105 R 0.893 0.028 0.034 0.029 0.005 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 106 D 0.895 0.009 0.034 0.032 0.006 0.011 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 107 L 0.972 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 F 0.936 0.005 0.007 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 D 0.939 0.002 0.006 0.043 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 110 K 0.460 0.013 0.024 0.478 0.003 0.010 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 111 L 0.433 0.050 0.358 0.022 0.007 0.024 0.011 0.002 0.090 0.003 0.001 112 P 0.952 0.001 0.024 0.015 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 113 Q 0.922 0.009 0.014 0.041 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 114 F 0.853 0.007 0.017 0.114 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 K 0.951 0.006 0.014 0.018 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 116 Q 0.862 0.010 0.021 0.091 0.005 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 117 V 0.679 0.037 0.063 0.197 0.002 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 118 L 0.470 0.106 0.221 0.144 0.016 0.014 0.015 0.002 0.008 0.004 0.001 119 N 0.195 0.018 0.071 0.478 0.004 0.057 0.135 0.019 0.020 0.003 0.001 120 M 0.017 0.343 0.454 0.002 0.009 0.016 0.006 0.001 0.155 0.001 0.001 121 P 0.064 0.005 0.845 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 122 T 0.279 0.116 0.484 0.042 0.020 0.039 0.004 0.004 0.008 0.001 0.004 123 K 0.262 0.360 0.200 0.039 0.064 0.034 0.010 0.003 0.026 0.002 0.001 124 R 0.229 0.250 0.396 0.058 0.010 0.038 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 125 L 0.205 0.359 0.249 0.060 0.032 0.059 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 126 R 0.210 0.225 0.216 0.238 0.047 0.026 0.016 0.002 0.016 0.003 0.001 127 G 0.066 0.032 0.147 0.052 0.179 0.003 0.047 0.258 0.008 0.206 0.002 128 A 0.025 0.142 0.741 0.001 0.034 0.008 0.004 0.001 0.038 0.004 0.003 129 P 0.100 0.009 0.784 0.007 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 130 C 0.112 0.417 0.262 0.052 0.100 0.024 0.008 0.005 0.015 0.003 0.001 131 Q 0.108 0.572 0.185 0.030 0.048 0.029 0.005 0.001 0.022 0.001 0.001 132 Q 0.050 0.532 0.291 0.016 0.049 0.033 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 133 K 0.056 0.581 0.226 0.028 0.036 0.038 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 134 I 0.037 0.503 0.366 0.005 0.017 0.052 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 135 V 0.247 0.372 0.170 0.095 0.012 0.062 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 136 S 0.053 0.374 0.241 0.130 0.088 0.018 0.029 0.003 0.058 0.006 0.001 137 G 0.030 0.004 0.029 0.006 0.048 0.001 0.030 0.402 0.001 0.448 0.001 138 D 0.402 0.126 0.221 0.150 0.045 0.023 0.011 0.004 0.010 0.006 0.001 139 D 0.098 0.155 0.299 0.218 0.050 0.059 0.066 0.008 0.038 0.003 0.006 140 V 0.025 0.464 0.386 0.036 0.046 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 141 D 0.005 0.151 0.408 0.006 0.019 0.292 0.008 0.001 0.110 0.001 0.001 142 L 0.727 0.056 0.035 0.130 0.007 0.023 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 143 N 0.533 0.041 0.034 0.356 0.007 0.011 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 144 R 0.165 0.122 0.130 0.471 0.026 0.018 0.040 0.007 0.019 0.001 0.001 145 I 0.016 0.264 0.493 0.001 0.016 0.021 0.017 0.001 0.169 0.001 0.001 146 P 0.102 0.005 0.775 0.005 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 147 I 0.101 0.299 0.462 0.035 0.024 0.043 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 148 M 0.107 0.219 0.530 0.042 0.016 0.062 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 149 T 0.052 0.558 0.196 0.040 0.102 0.021 0.007 0.002 0.020 0.001 0.001 150 C 0.045 0.403 0.361 0.041 0.078 0.050 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 151 W 0.006 0.227 0.489 0.002 0.050 0.033 0.002 0.001 0.188 0.003 0.001 152 P 0.847 0.002 0.117 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 153 E 0.492 0.015 0.030 0.395 0.008 0.009 0.013 0.028 0.008 0.002 0.001 154 D 0.080 0.067 0.297 0.406 0.021 0.046 0.039 0.002 0.041 0.001 0.001 155 A 0.165 0.022 0.164 0.192 0.022 0.013 0.227 0.156 0.005 0.031 0.002 156 A 0.063 0.217 0.597 0.003 0.063 0.006 0.004 0.001 0.034 0.010 0.001 157 P 0.265 0.007 0.598 0.013 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 158 L 0.104 0.437 0.205 0.074 0.067 0.058 0.011 0.003 0.040 0.001 0.001 159 I 0.049 0.621 0.171 0.035 0.041 0.041 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 160 T 0.050 0.477 0.270 0.031 0.101 0.043 0.005 0.002 0.018 0.003 0.001 161 W 0.139 0.307 0.193 0.082 0.167 0.029 0.035 0.009 0.031 0.007 0.001 162 G 0.117 0.189 0.364 0.035 0.197 0.015 0.015 0.028 0.008 0.028 0.003 163 L 0.090 0.535 0.238 0.018 0.061 0.028 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 164 T 0.074 0.649 0.183 0.012 0.028 0.032 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 165 V 0.074 0.657 0.141 0.030 0.028 0.035 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 166 T 0.069 0.497 0.200 0.038 0.127 0.033 0.007 0.003 0.021 0.003 0.001 167 R 0.073 0.436 0.220 0.096 0.062 0.050 0.011 0.002 0.048 0.002 0.001 168 G 0.025 0.078 0.376 0.004 0.250 0.013 0.018 0.008 0.068 0.159 0.001 169 P 0.677 0.004 0.153 0.074 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 170 H 0.250 0.060 0.096 0.446 0.023 0.041 0.044 0.016 0.022 0.004 0.001 171 K 0.206 0.161 0.138 0.276 0.087 0.014 0.066 0.024 0.019 0.009 0.001 172 E 0.173 0.122 0.139 0.172 0.075 0.030 0.181 0.069 0.025 0.012 0.001 173 R 0.077 0.404 0.314 0.055 0.051 0.040 0.014 0.003 0.039 0.003 0.001 174 Q 0.166 0.371 0.317 0.059 0.026 0.033 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 175 N 0.044 0.116 0.238 0.057 0.049 0.275 0.104 0.004 0.107 0.003 0.002 176 L 0.222 0.315 0.163 0.225 0.024 0.023 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 177 G 0.164 0.187 0.182 0.052 0.277 0.014 0.012 0.030 0.008 0.073 0.001 178 I 0.125 0.525 0.170 0.078 0.040 0.026 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 179 Y 0.127 0.287 0.296 0.075 0.054 0.073 0.027 0.005 0.048 0.007 0.001 180 R 0.158 0.299 0.247 0.051 0.107 0.043 0.029 0.013 0.033 0.019 0.001