# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.106 0.041 0.019 0.103 0.020 0.029 0.318 0.140 0.108 0.045 2 D 0.025 0.106 0.047 0.028 0.074 0.036 0.077 0.434 0.116 0.040 0.016 3 A 0.047 0.048 0.022 0.008 0.054 0.009 0.033 0.268 0.186 0.268 0.057 4 M 0.049 0.244 0.093 0.008 0.154 0.005 0.023 0.252 0.105 0.046 0.019 5 K 0.060 0.164 0.050 0.007 0.094 0.009 0.027 0.379 0.110 0.064 0.036 6 Y 0.040 0.062 0.015 0.007 0.063 0.011 0.025 0.529 0.168 0.052 0.028 7 N 0.007 0.040 0.027 0.018 0.020 0.087 0.079 0.513 0.122 0.072 0.014 8 D 0.080 0.112 0.052 0.003 0.070 0.001 0.005 0.336 0.060 0.248 0.034 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.165 0.017 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.039 0.001 0.001 11 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 12 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.003 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 14 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.018 0.003 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.040 0.002 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.873 0.112 0.004 0.001 18 Q 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.245 0.645 0.071 0.011 0.001 19 Q 0.001 0.838 0.129 0.006 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 G 0.013 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.698 0.266 21 E 0.043 0.449 0.071 0.011 0.207 0.019 0.034 0.059 0.045 0.051 0.011 22 L 0.421 0.045 0.002 0.001 0.442 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.075 23 K 0.100 0.249 0.054 0.024 0.510 0.016 0.019 0.009 0.006 0.004 0.010 24 R 0.348 0.138 0.023 0.001 0.442 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.037 25 I 0.222 0.154 0.047 0.010 0.484 0.007 0.006 0.007 0.003 0.006 0.052 26 T 0.116 0.061 0.052 0.042 0.117 0.064 0.097 0.073 0.071 0.200 0.107 27 L 0.014 0.494 0.311 0.007 0.147 0.002 0.003 0.011 0.005 0.003 0.003 28 P 0.232 0.166 0.024 0.001 0.452 0.001 0.005 0.020 0.013 0.033 0.054 29 V 0.030 0.372 0.251 0.030 0.132 0.029 0.045 0.032 0.025 0.034 0.018 30 D 0.097 0.304 0.072 0.002 0.492 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.015 31 P 0.003 0.009 0.003 0.001 0.004 0.002 0.008 0.376 0.540 0.051 0.003 32 H 0.004 0.018 0.006 0.001 0.014 0.004 0.062 0.646 0.162 0.079 0.004 33 L 0.015 0.035 0.008 0.001 0.025 0.002 0.008 0.706 0.132 0.059 0.010 34 E 0.009 0.007 0.003 0.001 0.010 0.002 0.011 0.815 0.090 0.042 0.008 35 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.854 0.128 0.010 0.001 36 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.043 0.001 0.001 37 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.973 0.022 0.001 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.025 0.003 0.001 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.044 0.003 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.035 0.003 0.001 41 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.027 0.005 0.001 42 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.942 0.046 0.005 0.001 43 L 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.017 0.855 0.109 0.005 0.001 44 R 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.099 0.760 0.107 0.016 0.002 45 A 0.003 0.519 0.229 0.015 0.050 0.020 0.084 0.060 0.010 0.009 0.001 46 G 0.049 0.087 0.085 0.033 0.028 0.004 0.005 0.006 0.010 0.466 0.227 47 G 0.040 0.092 0.205 0.330 0.030 0.097 0.031 0.019 0.012 0.065 0.080 48 P 0.060 0.317 0.101 0.076 0.215 0.019 0.015 0.045 0.043 0.058 0.051 49 A 0.086 0.369 0.098 0.011 0.314 0.010 0.012 0.031 0.037 0.017 0.016 50 L 0.251 0.169 0.031 0.002 0.449 0.004 0.014 0.022 0.014 0.013 0.030 51 L 0.260 0.104 0.022 0.007 0.429 0.011 0.025 0.042 0.018 0.027 0.055 52 F 0.207 0.133 0.044 0.017 0.359 0.015 0.019 0.043 0.042 0.053 0.068 53 E 0.032 0.076 0.042 0.060 0.079 0.096 0.178 0.182 0.130 0.094 0.031 54 N 0.214 0.128 0.134 0.016 0.271 0.004 0.008 0.031 0.031 0.069 0.095 55 P 0.063 0.134 0.053 0.015 0.120 0.020 0.028 0.188 0.266 0.082 0.030 56 K 0.010 0.082 0.051 0.096 0.024 0.106 0.303 0.193 0.090 0.035 0.009 57 G 0.039 0.016 0.018 0.026 0.025 0.021 0.014 0.032 0.074 0.584 0.152 58 Y 0.060 0.195 0.081 0.014 0.197 0.015 0.042 0.158 0.131 0.080 0.028 59 S 0.102 0.065 0.054 0.013 0.099 0.012 0.038 0.098 0.176 0.264 0.076 60 M 0.030 0.405 0.293 0.019 0.151 0.006 0.012 0.058 0.017 0.004 0.005 61 P 0.151 0.258 0.020 0.002 0.432 0.002 0.010 0.069 0.016 0.009 0.032 62 V 0.277 0.093 0.014 0.006 0.381 0.012 0.028 0.102 0.031 0.013 0.044 63 L 0.160 0.080 0.010 0.025 0.311 0.051 0.065 0.193 0.054 0.021 0.029 64 C 0.091 0.221 0.038 0.028 0.271 0.030 0.043 0.149 0.062 0.033 0.033 65 N 0.126 0.100 0.030 0.019 0.171 0.020 0.065 0.155 0.070 0.178 0.065 66 L 0.076 0.100 0.040 0.020 0.108 0.061 0.153 0.148 0.095 0.120 0.081 67 F 0.070 0.125 0.055 0.059 0.072 0.076 0.095 0.065 0.050 0.219 0.113 68 G 0.084 0.179 0.112 0.098 0.170 0.058 0.042 0.022 0.017 0.127 0.092 69 T 0.035 0.495 0.309 0.008 0.105 0.001 0.001 0.018 0.006 0.014 0.007 70 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.806 0.180 0.004 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.036 0.001 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.043 0.016 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.925 0.060 0.008 0.001 74 A 0.003 0.005 0.002 0.001 0.007 0.002 0.011 0.836 0.109 0.023 0.001 75 M 0.004 0.026 0.013 0.002 0.011 0.007 0.102 0.718 0.094 0.020 0.002 76 G 0.024 0.019 0.011 0.008 0.022 0.012 0.116 0.520 0.114 0.129 0.026 77 M 0.036 0.371 0.095 0.038 0.134 0.033 0.078 0.073 0.045 0.076 0.022 78 G 0.069 0.064 0.072 0.061 0.050 0.023 0.012 0.043 0.047 0.409 0.150 79 Q 0.047 0.196 0.099 0.016 0.153 0.012 0.025 0.202 0.140 0.084 0.027 80 E 0.023 0.145 0.129 0.031 0.055 0.038 0.087 0.281 0.121 0.065 0.026 81 D 0.096 0.197 0.062 0.007 0.179 0.004 0.016 0.220 0.079 0.074 0.066 82 V 0.005 0.027 0.009 0.001 0.011 0.003 0.005 0.536 0.338 0.060 0.005 83 S 0.002 0.010 0.005 0.002 0.005 0.005 0.017 0.776 0.150 0.027 0.003 84 A 0.002 0.008 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.865 0.065 0.049 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.068 0.009 0.001 86 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.040 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.003 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.038 0.007 0.001 89 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.035 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.018 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.034 0.005 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.827 0.154 0.009 0.001 93 A 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.037 0.768 0.174 0.006 0.001 94 F 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 0.077 0.700 0.131 0.073 0.002 95 L 0.044 0.081 0.040 0.007 0.084 0.014 0.083 0.402 0.125 0.099 0.021 96 K 0.035 0.097 0.049 0.055 0.058 0.048 0.072 0.250 0.124 0.178 0.035 97 E 0.122 0.183 0.123 0.015 0.302 0.010 0.026 0.100 0.036 0.043 0.039 98 P 0.029 0.300 0.248 0.019 0.160 0.014 0.028 0.094 0.049 0.040 0.018 99 E 0.044 0.289 0.223 0.020 0.120 0.012 0.122 0.087 0.028 0.032 0.022 100 P 0.014 0.369 0.369 0.038 0.070 0.018 0.015 0.049 0.024 0.022 0.013 101 P 0.034 0.353 0.134 0.010 0.158 0.012 0.019 0.102 0.088 0.063 0.027 102 K 0.010 0.075 0.067 0.023 0.032 0.086 0.186 0.341 0.132 0.036 0.011 103 G 0.043 0.127 0.101 0.032 0.055 0.010 0.012 0.244 0.067 0.234 0.075 104 F 0.029 0.021 0.005 0.003 0.030 0.004 0.009 0.472 0.224 0.178 0.023 105 R 0.003 0.018 0.005 0.003 0.009 0.007 0.016 0.745 0.169 0.020 0.004 106 D 0.008 0.010 0.005 0.002 0.012 0.001 0.012 0.792 0.133 0.020 0.005 107 L 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.004 0.014 0.777 0.155 0.037 0.001 108 F 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.003 0.017 0.626 0.308 0.028 0.002 109 D 0.001 0.005 0.004 0.002 0.002 0.006 0.068 0.715 0.168 0.027 0.002 110 K 0.002 0.007 0.004 0.002 0.003 0.004 0.039 0.153 0.192 0.586 0.008 111 L 0.053 0.178 0.037 0.003 0.103 0.002 0.008 0.383 0.156 0.036 0.042 112 P 0.002 0.023 0.007 0.003 0.008 0.014 0.046 0.654 0.235 0.009 0.002 113 Q 0.005 0.013 0.008 0.002 0.007 0.002 0.019 0.601 0.197 0.141 0.006 114 F 0.010 0.007 0.002 0.001 0.008 0.002 0.010 0.573 0.301 0.077 0.009 115 K 0.003 0.026 0.006 0.004 0.011 0.015 0.039 0.581 0.298 0.015 0.003 116 Q 0.012 0.013 0.005 0.003 0.018 0.003 0.073 0.587 0.193 0.084 0.010 117 V 0.018 0.027 0.022 0.008 0.031 0.032 0.151 0.351 0.204 0.145 0.011 118 L 0.045 0.271 0.103 0.027 0.148 0.021 0.052 0.191 0.064 0.053 0.025 119 N 0.081 0.038 0.041 0.032 0.064 0.028 0.055 0.099 0.097 0.390 0.075 120 M 0.022 0.424 0.380 0.010 0.108 0.003 0.012 0.019 0.007 0.008 0.007 121 P 0.020 0.589 0.188 0.009 0.143 0.003 0.007 0.024 0.007 0.005 0.006 122 T 0.163 0.202 0.052 0.005 0.333 0.007 0.031 0.059 0.072 0.036 0.040 123 K 0.054 0.356 0.082 0.006 0.317 0.018 0.028 0.071 0.040 0.016 0.011 124 R 0.258 0.123 0.026 0.003 0.438 0.004 0.020 0.040 0.014 0.028 0.046 125 L 0.186 0.119 0.059 0.051 0.214 0.070 0.065 0.076 0.030 0.073 0.058 126 R 0.026 0.130 0.182 0.219 0.063 0.082 0.118 0.080 0.026 0.051 0.022 127 G 0.018 0.075 0.228 0.337 0.027 0.067 0.019 0.032 0.031 0.135 0.030 128 A 0.007 0.473 0.377 0.030 0.073 0.006 0.007 0.017 0.004 0.002 0.002 129 P 0.101 0.436 0.080 0.005 0.263 0.005 0.013 0.044 0.013 0.017 0.025 130 C 0.238 0.114 0.022 0.015 0.294 0.029 0.050 0.086 0.051 0.048 0.052 131 Q 0.177 0.114 0.026 0.026 0.375 0.037 0.030 0.078 0.042 0.052 0.043 132 Q 0.183 0.157 0.021 0.005 0.493 0.007 0.017 0.061 0.018 0.016 0.022 133 K 0.260 0.088 0.017 0.003 0.465 0.004 0.013 0.041 0.014 0.043 0.053 134 I 0.293 0.124 0.026 0.006 0.305 0.012 0.025 0.049 0.021 0.050 0.091 135 V 0.216 0.113 0.067 0.077 0.201 0.080 0.049 0.068 0.021 0.039 0.070 136 S 0.009 0.054 0.072 0.490 0.018 0.112 0.089 0.057 0.034 0.056 0.011 137 G 0.004 0.033 0.116 0.538 0.008 0.067 0.013 0.035 0.055 0.119 0.013 138 D 0.020 0.065 0.038 0.033 0.057 0.028 0.055 0.183 0.267 0.228 0.025 139 D 0.128 0.151 0.033 0.002 0.312 0.004 0.020 0.061 0.073 0.159 0.057 140 V 0.135 0.297 0.119 0.007 0.338 0.006 0.009 0.010 0.015 0.027 0.038 141 D 0.420 0.066 0.019 0.001 0.411 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.077 142 L 0.025 0.010 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 0.089 0.715 0.101 0.028 143 N 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.020 0.151 0.526 0.270 0.025 0.001 144 R 0.013 0.026 0.012 0.002 0.026 0.001 0.006 0.092 0.223 0.590 0.009 145 I 0.224 0.210 0.054 0.003 0.387 0.001 0.006 0.038 0.017 0.012 0.048 146 P 0.113 0.222 0.086 0.008 0.259 0.010 0.017 0.043 0.068 0.080 0.095 147 I 0.074 0.442 0.100 0.003 0.330 0.002 0.004 0.013 0.010 0.009 0.013 148 M 0.225 0.156 0.042 0.008 0.365 0.009 0.031 0.046 0.031 0.031 0.055 149 T 0.118 0.175 0.082 0.014 0.255 0.026 0.117 0.079 0.059 0.035 0.040 150 C 0.092 0.241 0.130 0.024 0.193 0.012 0.023 0.039 0.054 0.105 0.086 151 W 0.061 0.354 0.220 0.025 0.250 0.006 0.005 0.017 0.020 0.016 0.025 152 P 0.016 0.084 0.044 0.023 0.030 0.059 0.122 0.299 0.286 0.025 0.011 153 E 0.031 0.034 0.019 0.016 0.035 0.019 0.094 0.111 0.161 0.421 0.059 154 D 0.110 0.267 0.058 0.013 0.266 0.010 0.037 0.043 0.045 0.110 0.040 155 A 0.107 0.075 0.054 0.026 0.077 0.017 0.025 0.066 0.120 0.292 0.141 156 A 0.028 0.289 0.230 0.087 0.138 0.028 0.019 0.095 0.055 0.020 0.010 157 P 0.116 0.106 0.021 0.012 0.261 0.017 0.070 0.242 0.092 0.033 0.031 158 L 0.166 0.157 0.034 0.006 0.319 0.014 0.032 0.142 0.056 0.035 0.039 159 I 0.185 0.092 0.020 0.013 0.288 0.022 0.046 0.145 0.057 0.064 0.068 160 T 0.153 0.142 0.090 0.046 0.208 0.025 0.030 0.083 0.048 0.115 0.059 161 W 0.040 0.120 0.091 0.083 0.062 0.043 0.067 0.180 0.120 0.161 0.034 162 G 0.072 0.159 0.101 0.109 0.144 0.044 0.036 0.111 0.082 0.102 0.041 163 L 0.204 0.141 0.025 0.008 0.390 0.012 0.022 0.070 0.051 0.035 0.042 164 T 0.228 0.133 0.026 0.004 0.497 0.006 0.016 0.027 0.014 0.012 0.038 165 V 0.270 0.095 0.025 0.009 0.348 0.017 0.033 0.056 0.032 0.051 0.065 166 T 0.185 0.174 0.074 0.020 0.314 0.021 0.028 0.056 0.030 0.059 0.039 167 R 0.048 0.129 0.127 0.128 0.097 0.082 0.094 0.090 0.061 0.104 0.041 168 G 0.083 0.156 0.258 0.152 0.158 0.036 0.022 0.037 0.022 0.035 0.042 169 P 0.052 0.148 0.058 0.026 0.133 0.033 0.050 0.235 0.166 0.072 0.028 170 H 0.088 0.130 0.059 0.029 0.144 0.043 0.104 0.100 0.073 0.171 0.058 171 K 0.122 0.131 0.071 0.051 0.167 0.032 0.035 0.083 0.075 0.159 0.074 172 E 0.099 0.075 0.032 0.047 0.130 0.054 0.073 0.163 0.113 0.143 0.071 173 R 0.197 0.129 0.034 0.022 0.269 0.020 0.037 0.060 0.053 0.103 0.076 174 Q 0.093 0.240 0.087 0.035 0.280 0.043 0.047 0.068 0.036 0.042 0.029 175 N 0.317 0.111 0.039 0.012 0.332 0.007 0.010 0.027 0.013 0.049 0.084 176 L 0.184 0.128 0.037 0.040 0.224 0.049 0.062 0.072 0.050 0.083 0.069 177 G 0.127 0.203 0.098 0.080 0.304 0.036 0.017 0.038 0.020 0.039 0.038 178 I 0.260 0.107 0.018 0.009 0.388 0.010 0.024 0.058 0.026 0.033 0.066 179 Y 0.181 0.180 0.074 0.022 0.288 0.014 0.019 0.054 0.030 0.069 0.068 180 R 0.107 0.290 0.120 0.018 0.250 0.012 0.022 0.077 0.037 0.036 0.031