# TARGET T0356 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0356.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 51.5882 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.574 0.210 0.103 0.068 0.033 0.011 0.001 2 D 0.528 0.257 0.128 0.061 0.021 0.005 0.001 3 A 0.558 0.283 0.104 0.041 0.011 0.003 0.001 4 M 0.224 0.210 0.222 0.191 0.116 0.033 0.003 5 K 0.225 0.377 0.236 0.106 0.042 0.012 0.001 6 Y 0.037 0.088 0.175 0.358 0.279 0.061 0.003 7 N 0.214 0.407 0.245 0.092 0.031 0.010 0.001 8 D 0.048 0.156 0.278 0.311 0.159 0.045 0.003 9 L 0.011 0.011 0.023 0.109 0.350 0.440 0.056 10 R 0.028 0.113 0.264 0.353 0.188 0.051 0.002 11 D 0.061 0.308 0.335 0.208 0.070 0.017 0.001 12 F 0.012 0.019 0.063 0.223 0.414 0.259 0.010 13 L 0.030 0.034 0.065 0.178 0.394 0.280 0.020 14 T 0.204 0.443 0.231 0.094 0.023 0.005 0.001 15 L 0.072 0.288 0.381 0.212 0.043 0.004 0.001 16 L 0.051 0.072 0.147 0.332 0.329 0.069 0.001 17 E 0.415 0.360 0.156 0.056 0.011 0.001 0.001 18 Q 0.804 0.163 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.629 0.225 0.112 0.030 0.004 0.001 0.001 20 G 0.805 0.165 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 21 E 0.225 0.297 0.273 0.157 0.041 0.007 0.001 22 L 0.075 0.080 0.157 0.291 0.314 0.080 0.002 23 K 0.172 0.342 0.270 0.166 0.043 0.007 0.001 24 R 0.234 0.333 0.232 0.142 0.048 0.010 0.001 25 I 0.121 0.105 0.206 0.274 0.241 0.050 0.002 26 T 0.668 0.241 0.067 0.020 0.004 0.001 0.001 27 L 0.347 0.298 0.200 0.111 0.036 0.008 0.001 28 P 0.458 0.310 0.141 0.066 0.021 0.004 0.001 29 V 0.076 0.110 0.178 0.317 0.235 0.077 0.007 30 D 0.106 0.213 0.236 0.214 0.140 0.076 0.015 31 P 0.060 0.120 0.161 0.206 0.222 0.175 0.056 32 H 0.074 0.124 0.160 0.217 0.198 0.157 0.071 33 L 0.020 0.045 0.078 0.175 0.288 0.293 0.100 34 E 0.021 0.032 0.059 0.140 0.227 0.318 0.203 35 I 0.007 0.009 0.010 0.019 0.051 0.284 0.620 36 T 0.007 0.015 0.023 0.049 0.104 0.266 0.536 37 E 0.005 0.018 0.053 0.132 0.202 0.286 0.305 38 I 0.003 0.005 0.010 0.031 0.104 0.380 0.467 39 A 0.007 0.014 0.020 0.054 0.148 0.457 0.300 40 D 0.014 0.061 0.129 0.235 0.282 0.223 0.056 41 R 0.017 0.084 0.172 0.259 0.262 0.167 0.039 42 T 0.023 0.069 0.117 0.194 0.275 0.266 0.056 43 L 0.032 0.091 0.179 0.308 0.274 0.109 0.007 44 R 0.266 0.279 0.229 0.149 0.063 0.012 0.001 45 A 0.506 0.287 0.131 0.055 0.018 0.003 0.001 46 G 0.463 0.373 0.117 0.038 0.007 0.001 0.001 47 G 0.021 0.066 0.172 0.339 0.294 0.101 0.007 48 P 0.006 0.026 0.090 0.231 0.350 0.264 0.033 49 A 0.002 0.007 0.024 0.075 0.227 0.489 0.176 50 L 0.001 0.003 0.005 0.017 0.085 0.449 0.439 51 L 0.001 0.004 0.012 0.040 0.138 0.387 0.419 52 F 0.001 0.004 0.018 0.076 0.239 0.440 0.223 53 E 0.018 0.116 0.180 0.232 0.225 0.179 0.049 54 N 0.012 0.109 0.226 0.311 0.223 0.106 0.012 55 P 0.019 0.075 0.165 0.276 0.312 0.138 0.015 56 K 0.308 0.347 0.195 0.099 0.037 0.012 0.002 57 G 0.358 0.267 0.174 0.123 0.057 0.019 0.002 58 Y 0.124 0.204 0.247 0.239 0.142 0.041 0.004 59 S 0.239 0.440 0.219 0.079 0.018 0.004 0.001 60 M 0.007 0.028 0.089 0.267 0.394 0.195 0.019 61 P 0.009 0.040 0.117 0.261 0.368 0.179 0.026 62 V 0.001 0.003 0.008 0.033 0.144 0.494 0.316 63 L 0.001 0.002 0.003 0.009 0.038 0.277 0.669 64 C 0.001 0.002 0.006 0.020 0.057 0.206 0.710 65 N 0.001 0.001 0.002 0.007 0.032 0.184 0.774 66 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.215 0.750 67 F 0.001 0.003 0.009 0.032 0.091 0.331 0.535 68 G 0.001 0.008 0.023 0.064 0.169 0.388 0.346 69 T 0.003 0.012 0.025 0.066 0.172 0.420 0.302 70 P 0.008 0.040 0.110 0.272 0.296 0.197 0.077 71 K 0.066 0.276 0.254 0.195 0.105 0.074 0.030 72 R 0.019 0.051 0.127 0.256 0.299 0.195 0.053 73 V 0.007 0.012 0.025 0.084 0.230 0.451 0.192 74 A 0.014 0.052 0.122 0.248 0.272 0.211 0.080 75 M 0.029 0.099 0.136 0.177 0.194 0.263 0.103 76 G 0.013 0.038 0.076 0.145 0.243 0.347 0.138 77 M 0.013 0.025 0.067 0.185 0.322 0.312 0.077 78 G 0.095 0.245 0.252 0.208 0.132 0.060 0.008 79 Q 0.113 0.245 0.285 0.226 0.105 0.024 0.002 80 E 0.380 0.345 0.156 0.077 0.031 0.010 0.002 81 D 0.320 0.290 0.208 0.122 0.047 0.012 0.001 82 V 0.070 0.179 0.290 0.300 0.134 0.027 0.001 83 S 0.350 0.422 0.157 0.049 0.017 0.004 0.001 84 A 0.018 0.123 0.265 0.296 0.204 0.085 0.008 85 L 0.003 0.007 0.020 0.125 0.392 0.422 0.031 86 R 0.019 0.186 0.380 0.299 0.095 0.019 0.001 87 E 0.014 0.077 0.263 0.362 0.217 0.063 0.004 88 V 0.002 0.003 0.005 0.017 0.116 0.611 0.247 89 G 0.002 0.010 0.060 0.251 0.405 0.252 0.020 90 K 0.010 0.119 0.281 0.302 0.199 0.078 0.010 91 L 0.002 0.009 0.033 0.136 0.352 0.408 0.060 92 L 0.001 0.003 0.008 0.033 0.164 0.530 0.262 93 A 0.025 0.188 0.266 0.265 0.166 0.079 0.013 94 F 0.012 0.085 0.255 0.371 0.214 0.057 0.007 95 L 0.004 0.012 0.028 0.110 0.331 0.437 0.078 96 K 0.098 0.284 0.295 0.222 0.084 0.015 0.001 97 E 0.240 0.423 0.224 0.086 0.022 0.004 0.001 98 P 0.098 0.163 0.236 0.272 0.176 0.051 0.003 99 E 0.304 0.384 0.188 0.087 0.028 0.009 0.001 100 P 0.101 0.153 0.208 0.281 0.196 0.057 0.004 101 P 0.102 0.197 0.256 0.253 0.142 0.047 0.004 102 K 0.320 0.355 0.194 0.088 0.032 0.010 0.002 103 G 0.153 0.280 0.259 0.190 0.085 0.029 0.004 104 F 0.017 0.031 0.085 0.243 0.370 0.231 0.023 105 R 0.123 0.287 0.302 0.188 0.074 0.023 0.003 106 D 0.299 0.391 0.187 0.083 0.028 0.010 0.002 107 L 0.040 0.085 0.158 0.271 0.287 0.145 0.014 108 F 0.037 0.070 0.158 0.282 0.284 0.156 0.013 109 D 0.302 0.398 0.189 0.079 0.024 0.007 0.001 110 K 0.138 0.232 0.267 0.220 0.103 0.036 0.004 111 L 0.045 0.075 0.129 0.253 0.300 0.183 0.015 112 P 0.289 0.296 0.202 0.135 0.057 0.018 0.003 113 Q 0.283 0.306 0.219 0.127 0.048 0.015 0.002 114 F 0.099 0.107 0.134 0.217 0.257 0.169 0.017 115 K 0.163 0.233 0.251 0.216 0.103 0.031 0.003 116 Q 0.227 0.336 0.236 0.127 0.052 0.020 0.003 117 V 0.104 0.104 0.149 0.230 0.242 0.149 0.023 118 L 0.117 0.149 0.203 0.245 0.181 0.092 0.012 119 N 0.331 0.293 0.174 0.108 0.055 0.030 0.009 120 M 0.103 0.114 0.169 0.241 0.235 0.117 0.020 121 P 0.222 0.230 0.194 0.155 0.112 0.073 0.014 122 T 0.106 0.160 0.201 0.243 0.194 0.085 0.011 123 K 0.148 0.251 0.260 0.193 0.108 0.035 0.004 124 R 0.226 0.301 0.222 0.152 0.073 0.023 0.002 125 L 0.092 0.123 0.199 0.302 0.214 0.065 0.004 126 R 0.559 0.268 0.107 0.045 0.016 0.005 0.001 127 G 0.589 0.254 0.102 0.041 0.011 0.003 0.001 128 A 0.330 0.260 0.184 0.140 0.061 0.023 0.002 129 P 0.260 0.250 0.187 0.161 0.097 0.040 0.005 130 C 0.107 0.117 0.196 0.260 0.225 0.085 0.010 131 Q 0.177 0.285 0.263 0.167 0.076 0.027 0.004 132 Q 0.198 0.308 0.240 0.148 0.073 0.029 0.004 133 K 0.071 0.174 0.253 0.260 0.174 0.064 0.004 134 I 0.067 0.139 0.207 0.281 0.222 0.079 0.005 135 V 0.128 0.168 0.222 0.278 0.165 0.037 0.002 136 S 0.427 0.335 0.164 0.057 0.014 0.002 0.001 137 G 0.541 0.261 0.127 0.055 0.014 0.002 0.001 138 D 0.641 0.242 0.080 0.029 0.007 0.001 0.001 139 D 0.434 0.348 0.149 0.054 0.013 0.002 0.001 140 V 0.025 0.058 0.161 0.361 0.310 0.084 0.003 141 D 0.107 0.243 0.275 0.230 0.110 0.033 0.002 142 L 0.035 0.048 0.082 0.159 0.293 0.326 0.058 143 N 0.108 0.173 0.203 0.242 0.176 0.082 0.015 144 R 0.073 0.219 0.279 0.221 0.124 0.065 0.019 145 I 0.018 0.033 0.067 0.167 0.293 0.330 0.092 146 P 0.025 0.069 0.108 0.174 0.248 0.298 0.079 147 I 0.023 0.053 0.093 0.156 0.225 0.315 0.134 148 M 0.042 0.067 0.091 0.160 0.245 0.279 0.116 149 T 0.050 0.129 0.169 0.195 0.191 0.195 0.071 150 C 0.034 0.063 0.099 0.205 0.293 0.253 0.054 151 W 0.058 0.125 0.200 0.242 0.233 0.123 0.019 152 P 0.270 0.308 0.213 0.130 0.056 0.018 0.004 153 E 0.451 0.311 0.138 0.065 0.024 0.008 0.002 154 D 0.120 0.150 0.195 0.248 0.198 0.078 0.010 155 A 0.097 0.156 0.203 0.237 0.180 0.107 0.020 156 A 0.036 0.083 0.132 0.196 0.252 0.243 0.059 157 P 0.054 0.100 0.160 0.218 0.234 0.170 0.063 158 L 0.011 0.016 0.031 0.082 0.217 0.432 0.210 159 I 0.008 0.013 0.019 0.041 0.111 0.393 0.415 160 T 0.010 0.026 0.045 0.091 0.146 0.303 0.380 161 W 0.004 0.008 0.018 0.053 0.137 0.304 0.475 162 G 0.007 0.021 0.039 0.089 0.169 0.333 0.342 163 L 0.010 0.024 0.049 0.102 0.171 0.344 0.300 164 T 0.014 0.032 0.052 0.100 0.189 0.371 0.242 165 V 0.018 0.022 0.038 0.096 0.222 0.428 0.177 166 T 0.049 0.078 0.110 0.211 0.268 0.235 0.049 167 R 0.117 0.233 0.224 0.216 0.135 0.065 0.010 168 G 0.162 0.295 0.245 0.183 0.080 0.029 0.005 169 P 0.290 0.274 0.208 0.144 0.064 0.018 0.002 170 H 0.674 0.213 0.072 0.029 0.010 0.002 0.001 171 K 0.583 0.241 0.115 0.047 0.012 0.002 0.001 172 E 0.564 0.294 0.101 0.031 0.008 0.001 0.001 173 R 0.117 0.218 0.265 0.244 0.118 0.033 0.004 174 Q 0.027 0.078 0.152 0.251 0.294 0.176 0.021 175 N 0.018 0.035 0.089 0.211 0.314 0.269 0.063 176 L 0.014 0.020 0.029 0.067 0.155 0.455 0.260 177 G 0.029 0.044 0.064 0.126 0.213 0.331 0.192 178 I 0.015 0.034 0.057 0.110 0.192 0.368 0.223 179 Y 0.018 0.032 0.055 0.142 0.260 0.354 0.139 180 R 0.044 0.083 0.137 0.219 0.259 0.211 0.047