# TARGET T0355 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 2 Q 0.136 0.058 0.012 0.157 0.008 0.032 0.597 3 T 0.155 0.045 0.018 0.139 0.130 0.042 0.470 4 I 0.055 0.010 0.077 0.312 0.079 0.096 0.371 5 S 0.045 0.005 0.062 0.358 0.132 0.105 0.293 6 D 0.015 0.004 0.078 0.610 0.085 0.108 0.100 7 N 0.014 0.008 0.049 0.567 0.107 0.114 0.141 8 A 0.014 0.007 0.024 0.616 0.059 0.070 0.210 9 A 0.007 0.004 0.025 0.802 0.033 0.059 0.070 10 N 0.010 0.002 0.028 0.844 0.017 0.066 0.032 11 A 0.008 0.003 0.033 0.855 0.019 0.052 0.030 12 I 0.011 0.004 0.027 0.893 0.015 0.023 0.026 13 Q 0.012 0.001 0.051 0.882 0.008 0.031 0.015 14 E 0.012 0.001 0.055 0.845 0.008 0.068 0.011 15 I 0.012 0.005 0.055 0.779 0.028 0.091 0.030 16 F 0.031 0.016 0.042 0.504 0.123 0.188 0.097 17 G 0.021 0.008 0.044 0.152 0.128 0.367 0.280 18 R 0.018 0.022 0.021 0.064 0.295 0.220 0.361 19 S 0.019 0.013 0.011 0.010 0.395 0.157 0.395 20 K 0.027 0.004 0.002 0.002 0.592 0.022 0.351 21 A 0.139 0.012 0.002 0.001 0.291 0.019 0.536 22 L 0.811 0.014 0.001 0.001 0.015 0.004 0.154 23 I 0.958 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.032 24 G 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 25 M 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 26 I 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 27 H 0.840 0.003 0.001 0.001 0.022 0.003 0.129 28 C 0.528 0.012 0.004 0.002 0.063 0.008 0.383 29 P 0.355 0.022 0.014 0.004 0.138 0.031 0.438 30 A 0.259 0.073 0.022 0.008 0.161 0.050 0.427 31 F 0.097 0.082 0.018 0.005 0.162 0.052 0.585 32 P 0.027 0.012 0.025 0.005 0.255 0.354 0.321 33 G 0.011 0.028 0.035 0.004 0.372 0.347 0.202 34 A 0.010 0.044 0.031 0.006 0.429 0.060 0.420 35 P 0.009 0.044 0.120 0.024 0.194 0.370 0.240 36 R 0.008 0.041 0.111 0.019 0.153 0.348 0.319 37 Y 0.009 0.054 0.129 0.017 0.190 0.199 0.402 38 R 0.007 0.013 0.058 0.030 0.204 0.482 0.206 39 N 0.005 0.007 0.052 0.022 0.172 0.513 0.229 40 A 0.010 0.029 0.027 0.030 0.326 0.126 0.450 41 S 0.015 0.071 0.007 0.068 0.204 0.048 0.587 42 M 0.001 0.001 0.016 0.947 0.013 0.012 0.012 43 D 0.001 0.001 0.005 0.982 0.003 0.007 0.002 44 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.001 45 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 47 D 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 48 A 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.002 49 C 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 50 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 0.002 51 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.003 54 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 55 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 57 I 0.001 0.001 0.005 0.975 0.001 0.017 0.001 58 E 0.001 0.001 0.030 0.790 0.004 0.171 0.005 59 G 0.001 0.001 0.017 0.209 0.033 0.732 0.008 60 G 0.002 0.005 0.007 0.007 0.037 0.881 0.062 61 M 0.026 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.940 62 H 0.158 0.001 0.001 0.001 0.689 0.001 0.152 63 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 64 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 67 E 0.855 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.126 68 N 0.375 0.005 0.004 0.002 0.110 0.006 0.499 69 H 0.086 0.016 0.047 0.005 0.187 0.127 0.531 70 G 0.048 0.010 0.045 0.006 0.325 0.393 0.173 71 D 0.046 0.015 0.045 0.006 0.405 0.156 0.327 72 V 0.047 0.056 0.025 0.014 0.372 0.042 0.444 73 P 0.112 0.033 0.038 0.020 0.153 0.101 0.543 74 F 0.163 0.072 0.053 0.021 0.133 0.115 0.442 75 S 0.150 0.057 0.043 0.025 0.209 0.096 0.420 76 K 0.071 0.043 0.033 0.021 0.216 0.108 0.508 77 P 0.021 0.021 0.109 0.031 0.291 0.208 0.318 78 D 0.010 0.009 0.101 0.028 0.275 0.343 0.235 79 D 0.008 0.013 0.071 0.034 0.258 0.338 0.278 80 I 0.014 0.028 0.008 0.052 0.439 0.058 0.401 81 G 0.011 0.010 0.001 0.093 0.179 0.011 0.695 82 P 0.001 0.001 0.007 0.980 0.003 0.006 0.003 83 E 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.005 0.002 84 T 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 88 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 91 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 93 D 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.018 0.001 94 R 0.001 0.001 0.002 0.952 0.002 0.042 0.002 95 I 0.001 0.001 0.004 0.959 0.005 0.022 0.007 96 V 0.004 0.001 0.028 0.908 0.011 0.036 0.012 97 R 0.007 0.001 0.040 0.814 0.024 0.102 0.012 98 T 0.010 0.002 0.048 0.739 0.020 0.162 0.019 99 A 0.030 0.013 0.016 0.467 0.169 0.161 0.143 100 G 0.040 0.009 0.009 0.097 0.224 0.197 0.425 101 V 0.085 0.013 0.005 0.090 0.343 0.044 0.420 102 P 0.150 0.012 0.005 0.053 0.056 0.026 0.698 103 V 0.262 0.015 0.024 0.198 0.117 0.077 0.307 104 G 0.458 0.015 0.021 0.233 0.102 0.060 0.110 105 I 0.560 0.013 0.026 0.273 0.025 0.018 0.085 106 N 0.590 0.007 0.030 0.264 0.025 0.016 0.068 107 V 0.559 0.009 0.063 0.212 0.030 0.037 0.090 108 L 0.325 0.017 0.149 0.189 0.057 0.108 0.155 109 A 0.148 0.012 0.080 0.145 0.188 0.161 0.266 110 N 0.024 0.006 0.098 0.191 0.187 0.215 0.279 111 A 0.012 0.004 0.052 0.280 0.233 0.123 0.296 112 P 0.010 0.003 0.055 0.478 0.108 0.145 0.201 113 I 0.004 0.002 0.021 0.865 0.034 0.036 0.038 114 P 0.003 0.002 0.005 0.937 0.011 0.022 0.020 115 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.005 0.006 0.005 116 F 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.003 117 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 118 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 119 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 120 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 121 A 0.001 0.001 0.002 0.941 0.001 0.054 0.002 122 G 0.001 0.001 0.004 0.675 0.006 0.305 0.008 123 G 0.002 0.002 0.011 0.297 0.053 0.568 0.067 124 A 0.014 0.005 0.018 0.262 0.102 0.038 0.563 125 K 0.053 0.003 0.040 0.504 0.267 0.038 0.095 126 F 0.320 0.022 0.023 0.541 0.013 0.039 0.041 127 I 0.330 0.004 0.008 0.603 0.007 0.019 0.029 128 R 0.425 0.003 0.005 0.497 0.017 0.026 0.028 129 V 0.329 0.003 0.010 0.525 0.022 0.045 0.066 130 N 0.233 0.003 0.022 0.489 0.067 0.097 0.089 131 Q 0.300 0.005 0.029 0.437 0.081 0.065 0.083 132 W 0.458 0.017 0.025 0.355 0.024 0.059 0.062 133 A 0.439 0.008 0.022 0.346 0.046 0.078 0.060 134 N 0.497 0.008 0.019 0.224 0.077 0.066 0.108 135 A 0.426 0.007 0.021 0.200 0.095 0.058 0.194 136 Y 0.496 0.029 0.026 0.151 0.084 0.069 0.145 137 V 0.353 0.020 0.024 0.138 0.104 0.097 0.264 138 A 0.209 0.030 0.028 0.090 0.190 0.165 0.288 139 N 0.091 0.021 0.023 0.096 0.175 0.185 0.409 140 E 0.033 0.014 0.035 0.076 0.181 0.442 0.218 141 G 0.024 0.009 0.032 0.100 0.225 0.443 0.167 142 F 0.046 0.026 0.050 0.073 0.256 0.235 0.314 143 M 0.042 0.059 0.042 0.159 0.203 0.114 0.380 144 E 0.020 0.015 0.027 0.270 0.220 0.073 0.375 145 G 0.001 0.001 0.051 0.812 0.046 0.058 0.031 146 R 0.001 0.001 0.017 0.919 0.019 0.031 0.014 147 A 0.001 0.001 0.005 0.977 0.003 0.010 0.005 148 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.003 0.008 0.004 149 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.008 0.003 150 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 151 M 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 152 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.009 0.004 153 Y 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.011 0.004 154 R 0.001 0.001 0.004 0.971 0.003 0.017 0.004 155 S 0.001 0.001 0.009 0.929 0.002 0.056 0.003 156 L 0.001 0.001 0.018 0.832 0.011 0.127 0.012 157 L 0.002 0.003 0.014 0.439 0.090 0.401 0.051 158 R 0.003 0.002 0.009 0.033 0.069 0.715 0.168 159 A 0.015 0.019 0.050 0.018 0.153 0.128 0.615 160 E 0.024 0.004 0.108 0.018 0.191 0.465 0.191 161 H 0.111 0.003 0.099 0.016 0.319 0.316 0.136 162 I 0.631 0.020 0.012 0.017 0.036 0.013 0.271 163 K 0.903 0.008 0.003 0.010 0.007 0.003 0.067 164 V 0.926 0.006 0.006 0.017 0.006 0.004 0.035 165 F 0.834 0.006 0.014 0.033 0.013 0.013 0.086 166 A 0.679 0.004 0.017 0.038 0.064 0.026 0.172 167 D 0.530 0.007 0.011 0.011 0.099 0.044 0.298 168 S 0.501 0.027 0.017 0.025 0.070 0.040 0.319 169 H 0.460 0.027 0.020 0.024 0.093 0.028 0.348 170 V 0.183 0.009 0.196 0.128 0.118 0.178 0.188 171 K 0.108 0.018 0.210 0.118 0.133 0.302 0.111 172 H 0.104 0.040 0.185 0.117 0.160 0.154 0.241 173 G 0.086 0.016 0.195 0.089 0.118 0.179 0.316 174 A 0.122 0.010 0.211 0.102 0.122 0.246 0.188 175 H 0.151 0.030 0.207 0.085 0.097 0.245 0.185 176 A 0.151 0.059 0.078 0.097 0.165 0.129 0.322 177 I 0.132 0.027 0.053 0.072 0.168 0.168 0.379 178 T 0.089 0.011 0.045 0.070 0.297 0.195 0.293 179 A 0.119 0.010 0.029 0.083 0.322 0.172 0.265 180 D 0.136 0.014 0.016 0.056 0.179 0.147 0.451 181 R 0.343 0.057 0.011 0.095 0.104 0.028 0.360 182 S 0.381 0.033 0.008 0.164 0.044 0.014 0.356 183 I 0.038 0.001 0.016 0.886 0.015 0.010 0.033 184 D 0.030 0.001 0.009 0.923 0.008 0.008 0.021 185 E 0.010 0.002 0.008 0.937 0.009 0.012 0.022 186 L 0.010 0.001 0.004 0.944 0.010 0.013 0.019 187 T 0.007 0.001 0.003 0.959 0.008 0.010 0.013 188 R 0.006 0.001 0.003 0.963 0.010 0.008 0.010 189 D 0.005 0.001 0.004 0.966 0.005 0.008 0.012 190 L 0.003 0.001 0.005 0.968 0.004 0.010 0.008 191 A 0.002 0.002 0.010 0.919 0.003 0.055 0.008 192 F 0.001 0.001 0.019 0.527 0.013 0.421 0.018 193 F 0.004 0.002 0.021 0.245 0.064 0.616 0.048 194 D 0.025 0.023 0.023 0.044 0.213 0.190 0.482 195 A 0.051 0.003 0.002 0.002 0.115 0.010 0.818 196 D 0.143 0.001 0.001 0.001 0.675 0.008 0.172 197 G 0.978 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 198 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 199 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 200 A 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 201 T 0.595 0.002 0.001 0.002 0.058 0.008 0.333 202 G 0.174 0.009 0.016 0.013 0.299 0.042 0.447 203 Q 0.101 0.063 0.068 0.026 0.284 0.102 0.356 204 R 0.128 0.046 0.106 0.077 0.134 0.218 0.292 205 T 0.052 0.025 0.071 0.057 0.241 0.323 0.230 206 G 0.016 0.007 0.016 0.015 0.503 0.232 0.210 207 N 0.035 0.015 0.007 0.008 0.438 0.047 0.450 208 S 0.048 0.064 0.004 0.006 0.133 0.024 0.721 209 A 0.012 0.022 0.003 0.004 0.207 0.018 0.733 210 S 0.006 0.010 0.001 0.010 0.171 0.008 0.794 211 L 0.001 0.001 0.017 0.946 0.010 0.022 0.004 212 E 0.001 0.001 0.017 0.960 0.003 0.015 0.005 213 E 0.001 0.001 0.020 0.961 0.003 0.009 0.006 214 I 0.001 0.001 0.004 0.983 0.003 0.005 0.003 215 E 0.005 0.001 0.005 0.971 0.003 0.010 0.006 216 E 0.004 0.001 0.010 0.947 0.002 0.030 0.005 217 I 0.006 0.002 0.015 0.922 0.007 0.030 0.018 218 G 0.007 0.003 0.058 0.829 0.010 0.078 0.014 219 A 0.007 0.003 0.037 0.627 0.042 0.257 0.027 220 A 0.005 0.007 0.044 0.317 0.120 0.333 0.174 221 T 0.006 0.010 0.016 0.051 0.262 0.361 0.294 222 H 0.010 0.006 0.008 0.006 0.380 0.255 0.335 223 L 0.048 0.003 0.001 0.003 0.686 0.011 0.248 224 P 0.335 0.011 0.001 0.002 0.059 0.005 0.586 225 L 0.913 0.007 0.001 0.001 0.010 0.002 0.066 226 L 0.973 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 227 V 0.925 0.005 0.002 0.002 0.004 0.002 0.061 228 G 0.754 0.005 0.003 0.003 0.047 0.009 0.180 229 S 0.373 0.005 0.009 0.002 0.175 0.044 0.391 230 G 0.167 0.006 0.008 0.001 0.325 0.065 0.428 231 V 0.117 0.060 0.004 0.001 0.278 0.014 0.526 232 N 0.079 0.022 0.001 0.001 0.069 0.003 0.824 233 E 0.004 0.002 0.368 0.429 0.030 0.134 0.034 234 G 0.003 0.002 0.261 0.492 0.062 0.163 0.017 235 N 0.003 0.006 0.237 0.597 0.031 0.087 0.039 236 I 0.001 0.002 0.019 0.952 0.005 0.010 0.011 237 V 0.001 0.001 0.016 0.970 0.002 0.009 0.003 238 E 0.001 0.001 0.019 0.963 0.002 0.014 0.001 239 I 0.001 0.001 0.016 0.964 0.001 0.017 0.001 240 L 0.001 0.001 0.052 0.886 0.003 0.052 0.006 241 K 0.001 0.001 0.046 0.674 0.008 0.265 0.005 242 R 0.005 0.006 0.068 0.566 0.033 0.279 0.043 243 T 0.039 0.005 0.004 0.054 0.196 0.023 0.679 244 S 0.072 0.001 0.001 0.005 0.753 0.023 0.148 245 G 0.924 0.008 0.001 0.007 0.036 0.005 0.020 246 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 247 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 248 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 249 A 0.654 0.002 0.018 0.006 0.068 0.018 0.235 250 S 0.373 0.001 0.072 0.022 0.233 0.064 0.234 251 S 0.393 0.029 0.151 0.026 0.124 0.082 0.196 252 L 0.579 0.087 0.036 0.026 0.073 0.027 0.173 253 K 0.424 0.016 0.030 0.018 0.049 0.041 0.422 254 E 0.152 0.017 0.043 0.024 0.145 0.448 0.172 255 G 0.025 0.004 0.021 0.008 0.131 0.770 0.040 256 G 0.058 0.014 0.021 0.008 0.343 0.298 0.258 257 V 0.210 0.036 0.011 0.008 0.147 0.069 0.519 258 W 0.310 0.089 0.031 0.015 0.073 0.110 0.372 259 W 0.138 0.039 0.071 0.023 0.207 0.158 0.364 260 N 0.066 0.010 0.038 0.015 0.358 0.113 0.401 261 P 0.063 0.012 0.044 0.017 0.289 0.153 0.421 262 V 0.051 0.106 0.019 0.017 0.246 0.039 0.520 263 E 0.019 0.013 0.005 0.024 0.103 0.008 0.829 264 L 0.001 0.001 0.070 0.891 0.006 0.026 0.007 265 A 0.001 0.001 0.039 0.930 0.006 0.021 0.002 266 R 0.001 0.001 0.034 0.949 0.002 0.012 0.002 267 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 268 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 269 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 270 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 271 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 272 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 273 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 274 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 275 R 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.012 0.001 276 P 0.001 0.001 0.002 0.967 0.003 0.026 0.002 277 G 0.001 0.001 0.004 0.952 0.005 0.031 0.007 278 L 0.001 0.002 0.008 0.922 0.014 0.036 0.017 279 E 0.002 0.001 0.019 0.887 0.015 0.055 0.022 280 A 0.001 0.001 0.026 0.788 0.031 0.122 0.032 281 L 0.003 0.003 0.031 0.553 0.055 0.285 0.070 282 E 0.006 0.004 0.057 0.335 0.104 0.284 0.209 283 H 0.013 0.011 0.106 0.307 0.141 0.212 0.210 284 H 0.022 0.010 0.095 0.273 0.150 0.208 0.241 285 H 0.030 0.014 0.068 0.177 0.184 0.192 0.334 286 H 0.052 0.021 0.041 0.130 0.179 0.203 0.374 287 H 0.031 0.021 0.019 0.058 0.016 0.122 0.733 288 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995