# TARGET T0355 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 972 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.002 0.018 0.474 0.070 0.415 2 Q 0.044 0.005 0.039 0.586 0.069 0.257 3 T 0.058 0.011 0.053 0.574 0.098 0.205 4 I 0.051 0.015 0.070 0.510 0.143 0.211 5 S 0.038 0.006 0.044 0.487 0.184 0.242 6 D 0.013 0.002 0.059 0.599 0.173 0.154 7 N 0.009 0.003 0.051 0.521 0.235 0.181 8 A 0.005 0.002 0.068 0.664 0.151 0.110 9 A 0.007 0.004 0.059 0.759 0.088 0.084 10 N 0.005 0.002 0.040 0.802 0.076 0.075 11 A 0.003 0.002 0.033 0.885 0.043 0.035 12 I 0.002 0.001 0.029 0.925 0.028 0.015 13 Q 0.003 0.001 0.050 0.896 0.037 0.013 14 E 0.002 0.001 0.042 0.894 0.042 0.020 15 I 0.002 0.002 0.020 0.901 0.038 0.037 16 F 0.002 0.002 0.010 0.850 0.049 0.087 17 G 0.003 0.003 0.010 0.212 0.232 0.540 18 R 0.006 0.003 0.028 0.173 0.374 0.416 19 S 0.019 0.010 0.054 0.153 0.402 0.362 20 K 0.039 0.007 0.113 0.157 0.441 0.241 21 A 0.091 0.006 0.126 0.141 0.260 0.376 22 L 0.282 0.028 0.090 0.149 0.170 0.281 23 I 0.369 0.016 0.040 0.147 0.163 0.265 24 G 0.361 0.011 0.043 0.123 0.130 0.331 25 M 0.483 0.014 0.081 0.084 0.138 0.200 26 I 0.402 0.021 0.057 0.081 0.160 0.280 27 H 0.310 0.035 0.050 0.061 0.212 0.332 28 C 0.107 0.026 0.011 0.013 0.279 0.565 29 P 0.058 0.014 0.013 0.010 0.409 0.496 30 A 0.025 0.019 0.073 0.020 0.540 0.324 31 F 0.023 0.013 0.071 0.009 0.648 0.236 32 P 0.032 0.014 0.104 0.015 0.566 0.268 33 G 0.049 0.046 0.071 0.021 0.439 0.375 34 A 0.074 0.044 0.030 0.017 0.486 0.350 35 P 0.119 0.013 0.038 0.030 0.427 0.374 36 R 0.284 0.031 0.045 0.044 0.329 0.267 37 Y 0.456 0.055 0.040 0.048 0.208 0.193 38 R 0.470 0.032 0.026 0.033 0.204 0.235 39 N 0.272 0.030 0.028 0.043 0.269 0.358 40 A 0.123 0.033 0.018 0.034 0.265 0.527 41 S 0.060 0.025 0.016 0.038 0.391 0.469 42 M 0.003 0.002 0.303 0.415 0.202 0.075 43 D 0.002 0.001 0.329 0.525 0.113 0.031 44 A 0.003 0.001 0.309 0.586 0.091 0.011 45 I 0.006 0.006 0.127 0.738 0.086 0.037 46 Y 0.010 0.006 0.049 0.791 0.079 0.064 47 D 0.005 0.002 0.051 0.837 0.062 0.043 48 A 0.005 0.002 0.038 0.812 0.079 0.064 49 C 0.002 0.001 0.019 0.895 0.037 0.046 50 M 0.001 0.001 0.008 0.965 0.014 0.012 51 R 0.001 0.001 0.008 0.978 0.009 0.004 52 D 0.001 0.001 0.006 0.982 0.007 0.004 53 A 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.004 54 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 55 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 56 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.006 0.003 57 I 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 58 E 0.001 0.001 0.015 0.951 0.024 0.009 59 G 0.001 0.001 0.035 0.733 0.082 0.148 60 G 0.002 0.001 0.005 0.003 0.113 0.876 61 M 0.052 0.006 0.006 0.001 0.311 0.624 62 H 0.207 0.002 0.006 0.001 0.279 0.505 63 G 0.957 0.003 0.001 0.001 0.010 0.029 64 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 65 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 66 V 0.981 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 67 E 0.871 0.002 0.002 0.002 0.035 0.089 68 N 0.639 0.010 0.008 0.005 0.103 0.235 69 H 0.248 0.038 0.025 0.006 0.541 0.142 70 G 0.118 0.013 0.032 0.013 0.691 0.132 71 D 0.044 0.012 0.030 0.013 0.749 0.152 72 V 0.143 0.092 0.011 0.006 0.552 0.195 73 P 0.210 0.051 0.009 0.007 0.267 0.455 74 F 0.177 0.048 0.020 0.013 0.349 0.393 75 S 0.105 0.057 0.019 0.015 0.346 0.458 76 K 0.046 0.030 0.015 0.013 0.519 0.377 77 P 0.012 0.010 0.142 0.040 0.532 0.264 78 D 0.011 0.014 0.290 0.073 0.476 0.136 79 D 0.008 0.011 0.341 0.122 0.420 0.097 80 I 0.011 0.015 0.082 0.306 0.336 0.250 81 G 0.014 0.007 0.022 0.469 0.185 0.303 82 P 0.002 0.001 0.012 0.954 0.018 0.014 83 E 0.005 0.002 0.010 0.964 0.011 0.008 84 T 0.005 0.001 0.009 0.975 0.006 0.005 85 S 0.003 0.001 0.008 0.980 0.005 0.004 86 A 0.003 0.001 0.010 0.975 0.007 0.005 87 F 0.004 0.001 0.009 0.974 0.008 0.005 88 M 0.003 0.001 0.006 0.968 0.011 0.011 89 S 0.003 0.001 0.010 0.967 0.013 0.005 90 V 0.003 0.001 0.011 0.959 0.020 0.007 91 V 0.004 0.001 0.014 0.944 0.027 0.011 92 T 0.004 0.002 0.021 0.928 0.034 0.011 93 D 0.003 0.001 0.040 0.898 0.050 0.010 94 R 0.006 0.001 0.042 0.807 0.086 0.059 95 I 0.035 0.005 0.029 0.252 0.175 0.504 96 V 0.113 0.059 0.026 0.143 0.137 0.522 97 R 0.142 0.032 0.025 0.091 0.287 0.424 98 T 0.032 0.005 0.290 0.230 0.334 0.109 99 A 0.023 0.003 0.174 0.311 0.355 0.134 100 G 0.025 0.008 0.165 0.276 0.382 0.144 101 V 0.030 0.011 0.024 0.314 0.242 0.379 102 P 0.048 0.016 0.025 0.464 0.141 0.306 103 V 0.058 0.017 0.029 0.703 0.082 0.109 104 G 0.122 0.011 0.053 0.670 0.074 0.070 105 I 0.072 0.004 0.046 0.803 0.047 0.029 106 N 0.040 0.002 0.050 0.854 0.034 0.019 107 V 0.024 0.003 0.032 0.889 0.033 0.019 108 L 0.013 0.004 0.021 0.877 0.053 0.032 109 A 0.007 0.005 0.016 0.797 0.109 0.066 110 N 0.006 0.004 0.022 0.510 0.256 0.201 111 A 0.005 0.003 0.011 0.057 0.409 0.515 112 P 0.008 0.009 0.013 0.052 0.328 0.590 113 I 0.021 0.022 0.010 0.037 0.300 0.610 114 P 0.041 0.011 0.017 0.167 0.254 0.510 115 A 0.100 0.010 0.026 0.467 0.147 0.251 116 F 0.312 0.012 0.029 0.412 0.102 0.133 117 A 0.508 0.012 0.032 0.317 0.070 0.062 118 I 0.464 0.010 0.035 0.353 0.082 0.056 119 A 0.351 0.005 0.050 0.420 0.118 0.057 120 K 0.290 0.004 0.063 0.412 0.137 0.094 121 A 0.190 0.011 0.057 0.356 0.182 0.204 122 G 0.148 0.023 0.032 0.200 0.237 0.360 123 G 0.083 0.008 0.012 0.054 0.284 0.559 124 A 0.095 0.006 0.083 0.099 0.336 0.381 125 K 0.169 0.010 0.100 0.095 0.293 0.332 126 F 0.335 0.026 0.094 0.089 0.193 0.263 127 I 0.188 0.028 0.019 0.083 0.156 0.527 128 R 0.112 0.018 0.005 0.055 0.087 0.723 129 V 0.002 0.001 0.018 0.960 0.010 0.010 130 N 0.002 0.001 0.015 0.964 0.012 0.007 131 Q 0.002 0.001 0.020 0.960 0.015 0.003 132 W 0.003 0.001 0.012 0.963 0.013 0.007 133 A 0.003 0.002 0.005 0.976 0.009 0.006 134 N 0.002 0.001 0.005 0.972 0.009 0.012 135 A 0.001 0.001 0.003 0.975 0.011 0.010 136 Y 0.001 0.001 0.005 0.976 0.011 0.008 137 V 0.001 0.001 0.008 0.970 0.015 0.006 138 A 0.001 0.001 0.018 0.957 0.016 0.008 139 N 0.001 0.001 0.015 0.947 0.022 0.015 140 E 0.001 0.001 0.014 0.915 0.019 0.050 141 G 0.001 0.001 0.002 0.017 0.070 0.908 142 F 0.017 0.010 0.012 0.058 0.227 0.675 143 M 0.058 0.010 0.026 0.075 0.373 0.458 144 E 0.208 0.018 0.050 0.211 0.254 0.258 145 G 0.307 0.007 0.088 0.249 0.178 0.171 146 R 0.505 0.019 0.070 0.216 0.076 0.114 147 A 0.420 0.016 0.071 0.285 0.072 0.137 148 A 0.239 0.006 0.145 0.276 0.135 0.200 149 E 0.149 0.009 0.145 0.374 0.145 0.178 150 A 0.071 0.012 0.135 0.558 0.106 0.118 151 M 0.033 0.004 0.069 0.639 0.118 0.137 152 R 0.032 0.007 0.072 0.446 0.170 0.274 153 Y 0.019 0.003 0.083 0.571 0.147 0.176 154 R 0.020 0.003 0.051 0.601 0.138 0.187 155 S 0.013 0.002 0.044 0.691 0.116 0.135 156 L 0.009 0.002 0.034 0.821 0.067 0.066 157 L 0.009 0.002 0.015 0.883 0.045 0.046 158 R 0.010 0.001 0.008 0.875 0.037 0.068 159 A 0.002 0.001 0.005 0.970 0.011 0.012 160 E 0.002 0.001 0.006 0.972 0.012 0.008 161 H 0.003 0.001 0.005 0.966 0.015 0.010 162 I 0.006 0.001 0.007 0.962 0.014 0.011 163 K 0.006 0.001 0.008 0.952 0.017 0.017 164 V 0.008 0.001 0.008 0.896 0.030 0.057 165 F 0.027 0.004 0.018 0.584 0.110 0.258 166 A 0.071 0.008 0.034 0.430 0.207 0.250 167 D 0.102 0.005 0.041 0.250 0.302 0.300 168 S 0.259 0.007 0.034 0.238 0.224 0.237 169 H 0.424 0.014 0.020 0.192 0.117 0.233 170 V 0.584 0.006 0.022 0.172 0.084 0.132 171 K 0.616 0.008 0.013 0.135 0.090 0.137 172 H 0.484 0.026 0.011 0.134 0.097 0.247 173 G 0.201 0.011 0.010 0.070 0.249 0.459 174 A 0.101 0.009 0.039 0.066 0.337 0.448 175 H 0.124 0.033 0.075 0.052 0.414 0.301 176 A 0.093 0.027 0.069 0.064 0.465 0.281 177 I 0.046 0.018 0.035 0.065 0.406 0.430 178 T 0.039 0.026 0.013 0.056 0.297 0.569 179 A 0.011 0.008 0.021 0.377 0.209 0.373 180 D 0.001 0.001 0.027 0.870 0.055 0.046 181 R 0.001 0.001 0.036 0.908 0.040 0.014 182 S 0.001 0.001 0.031 0.939 0.020 0.009 183 I 0.001 0.001 0.012 0.969 0.011 0.007 184 D 0.001 0.001 0.012 0.973 0.009 0.005 185 E 0.001 0.001 0.009 0.973 0.012 0.005 186 L 0.001 0.001 0.009 0.976 0.009 0.005 187 T 0.001 0.001 0.016 0.961 0.017 0.005 188 R 0.002 0.001 0.032 0.922 0.033 0.011 189 D 0.005 0.002 0.052 0.790 0.081 0.070 190 L 0.017 0.006 0.081 0.523 0.238 0.136 191 A 0.046 0.003 0.118 0.259 0.369 0.205 192 F 0.193 0.012 0.110 0.176 0.263 0.246 193 F 0.336 0.024 0.050 0.090 0.213 0.287 194 D 0.438 0.024 0.020 0.043 0.216 0.258 195 A 0.393 0.014 0.018 0.041 0.254 0.281 196 D 0.336 0.007 0.012 0.016 0.323 0.306 197 G 0.599 0.009 0.011 0.012 0.185 0.184 198 V 0.716 0.021 0.010 0.013 0.098 0.142 199 I 0.770 0.027 0.009 0.019 0.077 0.099 200 A 0.585 0.027 0.013 0.031 0.166 0.178 201 T 0.298 0.017 0.019 0.033 0.298 0.335 202 G 0.122 0.018 0.026 0.021 0.440 0.373 203 Q 0.096 0.034 0.075 0.038 0.443 0.314 204 R 0.074 0.035 0.092 0.043 0.523 0.233 205 T 0.042 0.027 0.067 0.081 0.501 0.282 206 G 0.026 0.014 0.024 0.028 0.464 0.443 207 N 0.037 0.012 0.011 0.022 0.315 0.602 208 S 0.048 0.038 0.026 0.071 0.307 0.511 209 A 0.042 0.034 0.014 0.089 0.243 0.578 210 S 0.019 0.016 0.008 0.131 0.126 0.700 211 L 0.001 0.001 0.017 0.964 0.009 0.009 212 E 0.001 0.001 0.016 0.974 0.006 0.003 213 E 0.001 0.001 0.018 0.972 0.007 0.002 214 I 0.001 0.001 0.006 0.982 0.005 0.005 215 E 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 216 E 0.002 0.001 0.007 0.971 0.013 0.007 217 I 0.002 0.001 0.009 0.946 0.025 0.018 218 G 0.004 0.002 0.024 0.913 0.042 0.015 219 A 0.002 0.001 0.034 0.886 0.052 0.025 220 A 0.005 0.002 0.033 0.799 0.081 0.079 221 T 0.007 0.003 0.020 0.565 0.144 0.261 222 H 0.014 0.005 0.008 0.045 0.213 0.714 223 L 0.078 0.005 0.004 0.009 0.225 0.679 224 P 0.273 0.004 0.005 0.007 0.183 0.527 225 L 0.875 0.008 0.003 0.006 0.031 0.077 226 L 0.956 0.006 0.001 0.006 0.011 0.021 227 V 0.933 0.005 0.002 0.008 0.016 0.037 228 G 0.774 0.007 0.005 0.012 0.070 0.133 229 S 0.329 0.010 0.010 0.010 0.204 0.438 230 G 0.054 0.008 0.004 0.002 0.251 0.680 231 V 0.048 0.034 0.002 0.002 0.223 0.689 232 N 0.013 0.007 0.001 0.003 0.098 0.879 233 E 0.001 0.001 0.027 0.960 0.009 0.003 234 G 0.001 0.001 0.023 0.970 0.005 0.001 235 N 0.001 0.001 0.019 0.977 0.003 0.001 236 I 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 237 V 0.001 0.001 0.004 0.993 0.002 0.001 238 E 0.001 0.001 0.010 0.980 0.008 0.002 239 I 0.001 0.001 0.011 0.962 0.016 0.010 240 L 0.001 0.001 0.017 0.959 0.018 0.004 241 K 0.001 0.001 0.033 0.902 0.043 0.021 242 R 0.002 0.001 0.033 0.750 0.053 0.160 243 T 0.011 0.003 0.030 0.190 0.353 0.413 244 S 0.030 0.001 0.014 0.030 0.462 0.463 245 G 0.751 0.004 0.006 0.038 0.114 0.088 246 V 0.914 0.003 0.001 0.044 0.021 0.017 247 I 0.927 0.002 0.001 0.057 0.008 0.005 248 V 0.836 0.001 0.001 0.130 0.009 0.022 249 A 0.439 0.001 0.008 0.236 0.057 0.258 250 S 0.270 0.005 0.072 0.419 0.083 0.152 251 S 0.290 0.005 0.165 0.342 0.108 0.090 252 L 0.297 0.010 0.089 0.431 0.091 0.082 253 K 0.350 0.015 0.046 0.380 0.132 0.077 254 E 0.200 0.016 0.021 0.331 0.241 0.191 255 G 0.055 0.008 0.024 0.136 0.387 0.390 256 G 0.029 0.006 0.132 0.073 0.527 0.232 257 V 0.043 0.013 0.255 0.088 0.433 0.168 258 W 0.036 0.022 0.202 0.112 0.411 0.217 259 W 0.028 0.021 0.031 0.099 0.373 0.448 260 N 0.014 0.005 0.004 0.043 0.189 0.744 261 P 0.001 0.001 0.028 0.890 0.051 0.029 262 V 0.003 0.001 0.032 0.911 0.039 0.014 263 E 0.002 0.001 0.028 0.943 0.017 0.009 264 L 0.001 0.001 0.009 0.980 0.005 0.005 265 A 0.001 0.001 0.010 0.981 0.004 0.004 266 R 0.001 0.001 0.011 0.979 0.006 0.003 267 V 0.001 0.001 0.004 0.984 0.006 0.005 268 R 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 269 S 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 270 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 271 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 272 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 273 A 0.001 0.001 0.007 0.968 0.012 0.013 274 A 0.001 0.001 0.009 0.922 0.020 0.047 275 R 0.004 0.002 0.048 0.725 0.109 0.111 276 P 0.003 0.001 0.081 0.756 0.099 0.061 277 G 0.007 0.003 0.095 0.762 0.075 0.058 278 L 0.005 0.002 0.058 0.864 0.044 0.027 279 E 0.005 0.001 0.046 0.899 0.031 0.017 280 A 0.006 0.001 0.036 0.890 0.042 0.024 281 L 0.013 0.004 0.038 0.805 0.080 0.060 282 E 0.014 0.004 0.048 0.740 0.112 0.081 283 H 0.011 0.004 0.045 0.709 0.122 0.109 284 H 0.016 0.003 0.061 0.451 0.201 0.269 285 H 0.045 0.008 0.055 0.159 0.223 0.510 286 H 0.064 0.015 0.045 0.122 0.169 0.585 287 H 0.049 0.021 0.014 0.088 0.095 0.733 288 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.014 0.981