# TARGET T0355 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 972 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.718 0.162 0.067 0.034 0.014 0.005 0.001 2 Q 0.758 0.169 0.052 0.016 0.004 0.001 0.001 3 T 0.589 0.250 0.100 0.046 0.013 0.002 0.001 4 I 0.279 0.172 0.176 0.197 0.127 0.046 0.003 5 S 0.479 0.282 0.142 0.066 0.024 0.007 0.001 6 D 0.586 0.257 0.105 0.040 0.010 0.002 0.001 7 N 0.436 0.294 0.156 0.077 0.028 0.008 0.001 8 A 0.198 0.237 0.230 0.200 0.100 0.033 0.002 9 A 0.144 0.218 0.257 0.217 0.121 0.040 0.003 10 N 0.412 0.335 0.147 0.069 0.027 0.009 0.001 11 A 0.128 0.242 0.301 0.223 0.085 0.020 0.001 12 I 0.042 0.037 0.060 0.196 0.388 0.259 0.017 13 Q 0.134 0.308 0.320 0.183 0.047 0.007 0.001 14 E 0.272 0.458 0.185 0.065 0.016 0.004 0.001 15 I 0.044 0.103 0.217 0.336 0.217 0.078 0.005 16 F 0.032 0.067 0.146 0.299 0.305 0.140 0.010 17 G 0.250 0.371 0.213 0.108 0.041 0.014 0.002 18 R 0.250 0.297 0.222 0.156 0.057 0.015 0.002 19 S 0.233 0.253 0.184 0.159 0.105 0.056 0.009 20 K 0.095 0.174 0.226 0.249 0.170 0.074 0.011 21 A 0.143 0.248 0.245 0.196 0.107 0.049 0.012 22 L 0.039 0.061 0.103 0.194 0.270 0.256 0.078 23 I 0.021 0.045 0.077 0.142 0.228 0.336 0.150 24 G 0.035 0.053 0.084 0.140 0.199 0.293 0.196 25 M 0.032 0.035 0.042 0.073 0.142 0.341 0.334 26 I 0.019 0.031 0.049 0.099 0.183 0.342 0.278 27 H 0.039 0.079 0.123 0.181 0.215 0.244 0.121 28 C 0.030 0.053 0.087 0.185 0.286 0.274 0.087 29 P 0.142 0.222 0.214 0.197 0.128 0.072 0.025 30 A 0.193 0.262 0.197 0.157 0.104 0.067 0.020 31 F 0.115 0.148 0.173 0.225 0.199 0.118 0.021 32 P 0.181 0.221 0.192 0.179 0.128 0.078 0.021 33 G 0.057 0.087 0.128 0.190 0.231 0.241 0.067 34 A 0.037 0.063 0.096 0.161 0.236 0.297 0.110 35 P 0.059 0.119 0.163 0.208 0.201 0.177 0.072 36 R 0.047 0.098 0.168 0.236 0.234 0.177 0.039 37 Y 0.034 0.032 0.045 0.113 0.249 0.376 0.151 38 R 0.101 0.175 0.206 0.227 0.166 0.106 0.019 39 N 0.113 0.209 0.209 0.206 0.150 0.092 0.022 40 A 0.094 0.157 0.186 0.246 0.199 0.099 0.019 41 S 0.096 0.189 0.239 0.229 0.155 0.081 0.012 42 M 0.050 0.060 0.096 0.193 0.288 0.266 0.047 43 D 0.150 0.277 0.235 0.177 0.102 0.049 0.009 44 A 0.104 0.248 0.263 0.205 0.115 0.053 0.012 45 I 0.015 0.047 0.086 0.201 0.322 0.288 0.041 46 Y 0.009 0.044 0.102 0.215 0.283 0.278 0.070 47 D 0.068 0.217 0.262 0.203 0.140 0.091 0.019 48 A 0.012 0.061 0.170 0.328 0.296 0.117 0.016 49 C 0.001 0.004 0.007 0.029 0.155 0.537 0.266 50 M 0.002 0.018 0.095 0.312 0.372 0.187 0.014 51 R 0.013 0.237 0.395 0.238 0.087 0.027 0.002 52 D 0.001 0.008 0.048 0.202 0.403 0.299 0.039 53 A 0.001 0.001 0.001 0.006 0.086 0.586 0.321 54 E 0.003 0.062 0.266 0.396 0.209 0.060 0.003 55 R 0.004 0.059 0.249 0.396 0.224 0.063 0.004 56 L 0.001 0.002 0.005 0.035 0.223 0.582 0.153 57 I 0.003 0.031 0.145 0.338 0.312 0.147 0.024 58 E 0.069 0.344 0.274 0.162 0.092 0.048 0.011 59 G 0.006 0.070 0.194 0.349 0.270 0.096 0.016 60 G 0.002 0.020 0.085 0.241 0.307 0.253 0.092 61 M 0.001 0.002 0.006 0.025 0.139 0.534 0.294 62 H 0.001 0.001 0.011 0.084 0.244 0.366 0.294 63 G 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.242 0.722 64 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.079 0.918 65 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.087 0.903 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.095 0.896 67 E 0.001 0.001 0.003 0.010 0.048 0.239 0.698 68 N 0.001 0.007 0.023 0.063 0.139 0.334 0.433 69 H 0.002 0.007 0.015 0.049 0.157 0.378 0.393 70 G 0.013 0.046 0.084 0.163 0.221 0.308 0.165 71 D 0.016 0.044 0.095 0.169 0.227 0.285 0.164 72 V 0.018 0.031 0.054 0.099 0.177 0.347 0.275 73 P 0.033 0.042 0.059 0.097 0.162 0.318 0.289 74 F 0.039 0.047 0.065 0.125 0.214 0.332 0.178 75 S 0.059 0.093 0.123 0.195 0.237 0.211 0.082 76 K 0.142 0.218 0.204 0.203 0.135 0.076 0.022 77 P 0.190 0.239 0.192 0.175 0.115 0.069 0.021 78 D 0.273 0.230 0.178 0.155 0.092 0.054 0.018 79 D 0.203 0.211 0.184 0.167 0.123 0.087 0.025 80 I 0.067 0.088 0.126 0.192 0.231 0.230 0.065 81 G 0.089 0.134 0.145 0.171 0.182 0.198 0.082 82 P 0.092 0.130 0.141 0.179 0.185 0.186 0.087 83 E 0.056 0.114 0.141 0.190 0.198 0.208 0.093 84 T 0.025 0.042 0.062 0.121 0.204 0.334 0.211 85 S 0.054 0.125 0.185 0.220 0.193 0.163 0.060 86 A 0.052 0.134 0.188 0.216 0.185 0.153 0.071 87 F 0.022 0.036 0.052 0.110 0.219 0.354 0.208 88 M 0.017 0.043 0.077 0.154 0.257 0.325 0.127 89 S 0.071 0.196 0.215 0.215 0.158 0.110 0.035 90 V 0.031 0.106 0.198 0.268 0.218 0.141 0.038 91 V 0.016 0.029 0.052 0.134 0.276 0.372 0.121 92 T 0.051 0.150 0.223 0.253 0.196 0.106 0.022 93 D 0.257 0.325 0.203 0.122 0.059 0.025 0.009 94 R 0.115 0.233 0.275 0.222 0.106 0.042 0.007 95 I 0.121 0.174 0.196 0.223 0.173 0.098 0.014 96 V 0.132 0.130 0.144 0.210 0.220 0.139 0.025 97 R 0.297 0.289 0.194 0.131 0.062 0.023 0.004 98 T 0.151 0.198 0.206 0.219 0.147 0.070 0.010 99 A 0.241 0.280 0.200 0.151 0.082 0.037 0.008 100 G 0.078 0.199 0.265 0.248 0.142 0.059 0.009 101 V 0.015 0.039 0.085 0.196 0.319 0.299 0.046 102 P 0.020 0.080 0.165 0.256 0.274 0.181 0.024 103 V 0.024 0.139 0.247 0.267 0.191 0.111 0.022 104 G 0.005 0.020 0.051 0.135 0.288 0.400 0.102 105 I 0.002 0.007 0.018 0.074 0.271 0.507 0.120 106 N 0.027 0.184 0.308 0.275 0.137 0.060 0.009 107 V 0.015 0.096 0.228 0.310 0.226 0.111 0.014 108 L 0.004 0.012 0.029 0.127 0.349 0.418 0.060 109 A 0.015 0.080 0.189 0.322 0.275 0.111 0.008 110 N 0.220 0.382 0.225 0.118 0.041 0.011 0.002 111 A 0.131 0.295 0.270 0.189 0.084 0.028 0.003 112 P 0.058 0.100 0.158 0.236 0.247 0.177 0.024 113 I 0.094 0.220 0.229 0.212 0.149 0.079 0.018 114 P 0.022 0.048 0.094 0.187 0.285 0.281 0.083 115 A 0.020 0.042 0.060 0.111 0.211 0.357 0.199 116 F 0.009 0.018 0.043 0.093 0.170 0.326 0.341 117 A 0.015 0.022 0.035 0.059 0.106 0.300 0.463 118 I 0.013 0.015 0.023 0.046 0.096 0.266 0.542 119 A 0.013 0.015 0.022 0.044 0.095 0.295 0.516 120 K 0.020 0.046 0.070 0.101 0.156 0.301 0.306 121 A 0.022 0.028 0.046 0.117 0.205 0.326 0.256 122 G 0.027 0.048 0.067 0.112 0.206 0.353 0.187 123 G 0.062 0.124 0.174 0.247 0.207 0.146 0.040 124 A 0.071 0.143 0.156 0.206 0.224 0.155 0.044 125 K 0.075 0.149 0.208 0.253 0.184 0.108 0.023 126 F 0.046 0.096 0.128 0.193 0.240 0.241 0.056 127 I 0.034 0.054 0.099 0.198 0.290 0.262 0.063 128 R 0.073 0.248 0.284 0.212 0.114 0.056 0.013 129 V 0.018 0.031 0.065 0.169 0.306 0.320 0.092 130 N 0.065 0.212 0.231 0.233 0.151 0.087 0.021 131 Q 0.060 0.216 0.261 0.234 0.142 0.072 0.014 132 W 0.009 0.025 0.058 0.164 0.317 0.365 0.062 133 A 0.007 0.022 0.058 0.163 0.325 0.368 0.058 134 N 0.074 0.221 0.284 0.236 0.124 0.052 0.008 135 A 0.079 0.314 0.286 0.198 0.088 0.031 0.004 136 Y 0.022 0.071 0.153 0.265 0.283 0.182 0.023 137 V 0.030 0.040 0.069 0.188 0.348 0.294 0.031 138 A 0.231 0.324 0.242 0.143 0.047 0.011 0.002 139 N 0.356 0.367 0.164 0.073 0.027 0.010 0.002 140 E 0.089 0.182 0.240 0.244 0.161 0.074 0.010 141 G 0.112 0.188 0.239 0.230 0.149 0.071 0.011 142 F 0.078 0.081 0.101 0.174 0.255 0.246 0.065 143 M 0.079 0.160 0.188 0.191 0.169 0.163 0.051 144 E 0.099 0.132 0.168 0.206 0.195 0.151 0.050 145 G 0.037 0.055 0.072 0.133 0.223 0.324 0.157 146 R 0.027 0.056 0.118 0.211 0.258 0.251 0.078 147 A 0.048 0.060 0.069 0.121 0.209 0.347 0.146 148 A 0.068 0.134 0.189 0.257 0.211 0.117 0.024 149 E 0.116 0.244 0.257 0.202 0.108 0.057 0.017 150 A 0.054 0.104 0.134 0.201 0.233 0.215 0.060 151 M 0.112 0.140 0.158 0.216 0.203 0.144 0.026 152 R 0.234 0.332 0.207 0.126 0.061 0.031 0.009 153 Y 0.051 0.089 0.145 0.254 0.267 0.172 0.022 154 R 0.060 0.119 0.172 0.242 0.222 0.155 0.030 155 S 0.239 0.328 0.220 0.129 0.054 0.023 0.006 156 L 0.109 0.256 0.273 0.203 0.107 0.047 0.006 157 L 0.027 0.046 0.089 0.209 0.332 0.273 0.025 158 R 0.057 0.139 0.246 0.284 0.186 0.079 0.008 159 A 0.299 0.432 0.181 0.064 0.019 0.005 0.001 160 E 0.105 0.196 0.281 0.275 0.114 0.028 0.002 161 H 0.064 0.060 0.074 0.197 0.359 0.229 0.017 162 I 0.104 0.247 0.288 0.237 0.096 0.026 0.002 163 K 0.323 0.358 0.178 0.092 0.035 0.012 0.002 164 V 0.071 0.123 0.210 0.278 0.200 0.103 0.014 165 F 0.133 0.172 0.190 0.195 0.167 0.123 0.021 166 A 0.143 0.135 0.143 0.196 0.202 0.149 0.032 167 D 0.243 0.264 0.202 0.148 0.084 0.045 0.015 168 S 0.174 0.158 0.157 0.166 0.153 0.146 0.045 169 H 0.125 0.121 0.138 0.184 0.193 0.183 0.057 170 V 0.110 0.137 0.153 0.190 0.186 0.163 0.061 171 K 0.149 0.161 0.159 0.184 0.166 0.136 0.046 172 H 0.087 0.112 0.143 0.203 0.214 0.180 0.062 173 G 0.115 0.141 0.161 0.190 0.181 0.161 0.052 174 A 0.164 0.177 0.163 0.176 0.157 0.122 0.041 175 H 0.208 0.213 0.180 0.172 0.128 0.078 0.022 176 A 0.178 0.215 0.200 0.186 0.131 0.075 0.015 177 I 0.167 0.163 0.171 0.192 0.169 0.114 0.024 178 T 0.171 0.152 0.175 0.202 0.173 0.104 0.022 179 A 0.359 0.278 0.175 0.108 0.052 0.024 0.004 180 D 0.325 0.282 0.189 0.127 0.056 0.019 0.003 181 R 0.537 0.306 0.093 0.039 0.017 0.006 0.001 182 S 0.079 0.171 0.236 0.271 0.169 0.068 0.007 183 I 0.017 0.033 0.092 0.266 0.368 0.204 0.020 184 D 0.129 0.372 0.319 0.142 0.032 0.005 0.001 185 E 0.101 0.407 0.319 0.136 0.031 0.006 0.001 186 L 0.005 0.016 0.040 0.158 0.402 0.359 0.021 187 T 0.005 0.023 0.095 0.293 0.383 0.191 0.010 188 R 0.191 0.452 0.246 0.087 0.020 0.004 0.001 189 D 0.065 0.227 0.323 0.256 0.100 0.028 0.002 190 L 0.012 0.028 0.062 0.179 0.359 0.325 0.035 191 A 0.106 0.283 0.278 0.187 0.096 0.042 0.009 192 F 0.100 0.158 0.188 0.224 0.186 0.121 0.024 193 F 0.053 0.092 0.132 0.203 0.244 0.221 0.055 194 D 0.092 0.145 0.189 0.220 0.187 0.129 0.038 195 A 0.072 0.089 0.097 0.153 0.215 0.263 0.110 196 D 0.058 0.126 0.166 0.220 0.198 0.156 0.076 197 G 0.015 0.041 0.077 0.143 0.212 0.316 0.195 198 V 0.006 0.021 0.049 0.104 0.189 0.363 0.267 199 I 0.004 0.010 0.030 0.083 0.178 0.365 0.330 200 A 0.005 0.009 0.014 0.030 0.098 0.380 0.464 201 T 0.014 0.035 0.065 0.129 0.224 0.340 0.193 202 G 0.017 0.035 0.063 0.151 0.281 0.328 0.125 203 Q 0.064 0.148 0.190 0.248 0.206 0.121 0.022 204 R 0.112 0.199 0.235 0.249 0.145 0.054 0.006 205 T 0.279 0.300 0.207 0.134 0.059 0.019 0.002 206 G 0.307 0.258 0.186 0.136 0.076 0.032 0.005 207 N 0.223 0.240 0.210 0.182 0.103 0.038 0.004 208 S 0.189 0.274 0.232 0.177 0.092 0.033 0.003 209 A 0.079 0.119 0.199 0.277 0.219 0.096 0.011 210 S 0.126 0.336 0.248 0.154 0.085 0.045 0.005 211 L 0.027 0.095 0.236 0.345 0.222 0.071 0.003 212 E 0.210 0.512 0.191 0.061 0.020 0.005 0.001 213 E 0.009 0.107 0.292 0.369 0.179 0.042 0.002 214 I 0.001 0.005 0.022 0.154 0.505 0.301 0.011 215 E 0.045 0.430 0.383 0.124 0.017 0.001 0.001 216 E 0.040 0.371 0.422 0.145 0.020 0.002 0.001 217 I 0.001 0.007 0.029 0.192 0.503 0.261 0.006 218 G 0.008 0.094 0.299 0.410 0.164 0.025 0.001 219 A 0.290 0.518 0.139 0.042 0.009 0.002 0.001 220 A 0.046 0.192 0.323 0.306 0.114 0.020 0.001 221 T 0.023 0.098 0.236 0.338 0.225 0.076 0.004 222 H 0.104 0.405 0.292 0.141 0.046 0.010 0.002 223 L 0.002 0.018 0.069 0.224 0.390 0.269 0.027 224 P 0.001 0.010 0.049 0.184 0.358 0.325 0.072 225 L 0.001 0.001 0.004 0.019 0.091 0.459 0.424 226 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.032 0.271 0.683 227 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.042 0.244 0.701 228 G 0.001 0.002 0.004 0.012 0.049 0.282 0.651 229 S 0.001 0.004 0.012 0.046 0.156 0.414 0.367 230 G 0.002 0.013 0.040 0.117 0.241 0.416 0.172 231 V 0.003 0.014 0.045 0.149 0.346 0.366 0.077 232 N 0.049 0.247 0.307 0.238 0.114 0.041 0.003 233 E 0.055 0.251 0.327 0.242 0.099 0.023 0.002 234 G 0.257 0.511 0.163 0.047 0.017 0.005 0.001 235 N 0.007 0.082 0.248 0.389 0.219 0.052 0.003 236 I 0.001 0.003 0.013 0.090 0.418 0.438 0.037 237 V 0.009 0.173 0.453 0.294 0.063 0.007 0.001 238 E 0.010 0.227 0.459 0.241 0.053 0.009 0.001 239 I 0.001 0.002 0.007 0.074 0.427 0.472 0.019 240 L 0.001 0.004 0.044 0.286 0.490 0.173 0.003 241 K 0.045 0.531 0.312 0.090 0.018 0.003 0.001 242 R 0.012 0.131 0.387 0.384 0.079 0.006 0.001 243 T 0.001 0.005 0.018 0.089 0.366 0.471 0.050 244 S 0.002 0.041 0.149 0.340 0.348 0.107 0.012 245 G 0.001 0.003 0.022 0.080 0.206 0.459 0.231 246 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.028 0.282 0.682 247 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.197 0.776 248 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.123 0.868 249 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.191 0.791 250 S 0.001 0.004 0.020 0.070 0.161 0.434 0.311 251 S 0.001 0.003 0.016 0.073 0.288 0.457 0.162 252 L 0.002 0.006 0.019 0.076 0.249 0.524 0.123 253 K 0.011 0.059 0.165 0.310 0.319 0.127 0.008 254 E 0.124 0.333 0.278 0.170 0.071 0.020 0.004 255 G 0.205 0.290 0.231 0.160 0.081 0.029 0.003 256 G 0.238 0.184 0.185 0.191 0.136 0.060 0.005 257 V 0.415 0.259 0.158 0.102 0.050 0.015 0.002 258 W 0.339 0.291 0.204 0.107 0.043 0.014 0.002 259 W 0.186 0.166 0.201 0.218 0.157 0.066 0.006 260 N 0.351 0.272 0.186 0.112 0.053 0.022 0.003 261 P 0.655 0.223 0.069 0.032 0.014 0.006 0.001 262 V 0.361 0.310 0.180 0.103 0.036 0.009 0.001 263 E 0.116 0.283 0.271 0.218 0.091 0.020 0.001 264 L 0.033 0.138 0.299 0.347 0.156 0.026 0.001 265 A 0.330 0.518 0.124 0.023 0.004 0.001 0.001 266 R 0.009 0.111 0.341 0.386 0.135 0.018 0.001 267 V 0.001 0.001 0.007 0.079 0.448 0.447 0.017 268 R 0.013 0.207 0.450 0.275 0.050 0.005 0.001 269 S 0.055 0.449 0.363 0.116 0.016 0.002 0.001 270 F 0.002 0.009 0.028 0.156 0.465 0.334 0.007 271 V 0.001 0.014 0.099 0.369 0.402 0.113 0.002 272 A 0.148 0.578 0.216 0.048 0.008 0.001 0.001 273 A 0.029 0.143 0.366 0.360 0.092 0.009 0.001 274 A 0.006 0.019 0.051 0.190 0.416 0.304 0.013 275 R 0.087 0.316 0.338 0.186 0.059 0.011 0.001 276 P 0.369 0.394 0.154 0.063 0.016 0.004 0.001 277 G 0.074 0.154 0.236 0.308 0.174 0.052 0.002 278 L 0.103 0.183 0.282 0.286 0.121 0.024 0.001 279 E 0.614 0.294 0.070 0.018 0.003 0.001 0.001 280 A 0.386 0.331 0.182 0.080 0.018 0.002 0.001 281 L 0.215 0.164 0.195 0.238 0.149 0.039 0.001 282 E 0.540 0.269 0.122 0.051 0.014 0.003 0.001 283 H 0.645 0.218 0.084 0.039 0.012 0.003 0.001 284 H 0.532 0.243 0.128 0.067 0.023 0.006 0.001 285 H 0.547 0.231 0.123 0.069 0.023 0.006 0.001 286 H 0.563 0.226 0.122 0.065 0.020 0.004 0.001 287 H 0.678 0.190 0.080 0.038 0.011 0.002 0.001 288 H 0.797 0.140 0.042 0.015 0.004 0.001 0.001