# TARGET T0355 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 685 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.049 0.010 0.033 0.094 0.228 0.586 2 Q 0.090 0.018 0.046 0.159 0.231 0.456 3 T 0.086 0.024 0.068 0.178 0.231 0.412 4 I 0.076 0.028 0.072 0.224 0.256 0.344 5 S 0.063 0.013 0.060 0.194 0.293 0.376 6 D 0.026 0.005 0.116 0.363 0.280 0.210 7 N 0.018 0.010 0.057 0.419 0.255 0.241 8 A 0.012 0.007 0.050 0.688 0.112 0.131 9 A 0.010 0.004 0.033 0.787 0.069 0.098 10 N 0.008 0.002 0.019 0.867 0.047 0.057 11 A 0.006 0.001 0.022 0.921 0.026 0.023 12 I 0.005 0.001 0.010 0.964 0.012 0.007 13 Q 0.006 0.001 0.020 0.943 0.020 0.010 14 E 0.006 0.001 0.013 0.945 0.020 0.015 15 I 0.006 0.002 0.011 0.938 0.025 0.018 16 F 0.004 0.002 0.009 0.818 0.064 0.103 17 G 0.004 0.002 0.010 0.183 0.184 0.617 18 R 0.018 0.008 0.011 0.062 0.253 0.649 19 S 0.040 0.015 0.015 0.067 0.211 0.652 20 K 0.083 0.014 0.040 0.104 0.319 0.440 21 A 0.152 0.007 0.063 0.131 0.265 0.380 22 L 0.398 0.015 0.046 0.127 0.164 0.250 23 I 0.483 0.012 0.027 0.165 0.106 0.208 24 G 0.500 0.009 0.022 0.166 0.083 0.220 25 M 0.604 0.010 0.022 0.086 0.085 0.193 26 I 0.652 0.014 0.018 0.081 0.079 0.156 27 H 0.468 0.021 0.022 0.064 0.173 0.252 28 C 0.131 0.019 0.012 0.023 0.322 0.493 29 P 0.032 0.008 0.026 0.013 0.381 0.541 30 A 0.020 0.016 0.055 0.013 0.411 0.484 31 F 0.021 0.019 0.046 0.009 0.548 0.357 32 P 0.019 0.011 0.072 0.009 0.516 0.373 33 G 0.047 0.033 0.035 0.008 0.411 0.466 34 A 0.102 0.038 0.018 0.005 0.380 0.457 35 P 0.201 0.020 0.020 0.009 0.288 0.463 36 R 0.386 0.056 0.025 0.013 0.224 0.296 37 Y 0.426 0.061 0.040 0.017 0.230 0.226 38 R 0.389 0.043 0.040 0.022 0.313 0.193 39 N 0.211 0.025 0.068 0.023 0.414 0.259 40 A 0.087 0.038 0.054 0.028 0.404 0.389 41 S 0.030 0.022 0.016 0.028 0.424 0.480 42 M 0.005 0.008 0.027 0.306 0.257 0.397 43 D 0.001 0.001 0.012 0.898 0.049 0.040 44 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.007 0.001 45 I 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.002 46 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.002 47 D 0.001 0.001 0.013 0.971 0.010 0.005 48 A 0.001 0.001 0.014 0.941 0.020 0.023 49 C 0.001 0.001 0.007 0.926 0.016 0.048 50 M 0.001 0.001 0.005 0.972 0.008 0.013 51 R 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 52 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 53 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.002 57 I 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.003 58 E 0.001 0.001 0.019 0.927 0.032 0.021 59 G 0.001 0.001 0.033 0.620 0.103 0.241 60 G 0.001 0.002 0.003 0.004 0.080 0.910 61 M 0.022 0.006 0.007 0.002 0.252 0.711 62 H 0.158 0.002 0.006 0.003 0.254 0.577 63 G 0.954 0.002 0.001 0.002 0.015 0.027 64 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 65 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 V 0.978 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 67 E 0.842 0.002 0.001 0.004 0.036 0.115 68 N 0.449 0.014 0.010 0.010 0.145 0.371 69 H 0.129 0.050 0.041 0.019 0.545 0.217 70 G 0.051 0.020 0.059 0.035 0.640 0.196 71 D 0.026 0.010 0.035 0.013 0.617 0.299 72 V 0.055 0.032 0.012 0.004 0.503 0.394 73 P 0.108 0.038 0.011 0.007 0.289 0.547 74 F 0.096 0.070 0.016 0.010 0.337 0.471 75 S 0.053 0.088 0.014 0.013 0.297 0.535 76 K 0.027 0.036 0.013 0.017 0.351 0.556 77 P 0.025 0.014 0.135 0.044 0.416 0.366 78 D 0.015 0.013 0.409 0.074 0.376 0.113 79 D 0.016 0.020 0.420 0.070 0.361 0.112 80 I 0.016 0.020 0.144 0.223 0.315 0.282 81 G 0.012 0.008 0.021 0.440 0.159 0.361 82 P 0.001 0.001 0.008 0.973 0.010 0.008 83 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.005 84 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 85 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 F 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 88 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 90 V 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 91 V 0.001 0.001 0.006 0.979 0.008 0.005 92 T 0.003 0.001 0.016 0.953 0.020 0.007 93 D 0.002 0.001 0.026 0.923 0.036 0.012 94 R 0.004 0.001 0.031 0.811 0.077 0.077 95 I 0.024 0.006 0.014 0.190 0.123 0.643 96 V 0.121 0.063 0.008 0.068 0.074 0.666 97 R 0.232 0.043 0.011 0.044 0.177 0.492 98 T 0.054 0.008 0.210 0.131 0.474 0.124 99 A 0.037 0.006 0.151 0.075 0.610 0.121 100 G 0.028 0.006 0.197 0.067 0.620 0.083 101 V 0.069 0.025 0.065 0.123 0.398 0.320 102 P 0.079 0.028 0.077 0.306 0.210 0.300 103 V 0.068 0.027 0.085 0.589 0.116 0.115 104 G 0.092 0.009 0.077 0.587 0.119 0.115 105 I 0.077 0.006 0.038 0.805 0.039 0.035 106 N 0.060 0.002 0.045 0.824 0.037 0.031 107 V 0.042 0.004 0.035 0.854 0.038 0.027 108 L 0.034 0.004 0.026 0.817 0.084 0.034 109 A 0.020 0.006 0.018 0.694 0.175 0.088 110 N 0.007 0.004 0.016 0.488 0.279 0.206 111 A 0.005 0.005 0.009 0.048 0.543 0.389 112 P 0.003 0.005 0.013 0.041 0.422 0.515 113 I 0.014 0.014 0.013 0.031 0.350 0.578 114 P 0.043 0.011 0.020 0.111 0.299 0.516 115 A 0.084 0.012 0.019 0.603 0.092 0.190 116 F 0.200 0.008 0.016 0.615 0.061 0.099 117 A 0.211 0.004 0.020 0.680 0.046 0.038 118 I 0.180 0.003 0.024 0.722 0.043 0.028 119 A 0.121 0.005 0.020 0.770 0.044 0.039 120 K 0.083 0.002 0.019 0.792 0.058 0.046 121 A 0.066 0.007 0.020 0.516 0.178 0.214 122 G 0.032 0.008 0.026 0.343 0.240 0.351 123 G 0.052 0.010 0.010 0.019 0.319 0.590 124 A 0.087 0.003 0.014 0.013 0.290 0.592 125 K 0.335 0.005 0.019 0.025 0.210 0.407 126 F 0.826 0.007 0.007 0.019 0.045 0.096 127 I 0.825 0.015 0.002 0.030 0.022 0.106 128 R 0.765 0.004 0.001 0.039 0.017 0.174 129 V 0.133 0.001 0.005 0.814 0.011 0.035 130 N 0.088 0.001 0.024 0.783 0.043 0.060 131 Q 0.047 0.003 0.080 0.725 0.101 0.045 132 W 0.039 0.007 0.086 0.681 0.105 0.082 133 A 0.021 0.005 0.026 0.865 0.033 0.051 134 N 0.007 0.001 0.007 0.952 0.012 0.022 135 A 0.002 0.001 0.003 0.978 0.008 0.008 136 Y 0.001 0.001 0.004 0.984 0.007 0.003 137 V 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.003 138 A 0.001 0.001 0.008 0.982 0.005 0.004 139 N 0.001 0.001 0.009 0.966 0.009 0.016 140 E 0.001 0.001 0.012 0.916 0.016 0.054 141 G 0.003 0.003 0.004 0.030 0.105 0.855 142 F 0.020 0.017 0.013 0.030 0.278 0.642 143 M 0.088 0.016 0.024 0.032 0.367 0.475 144 E 0.229 0.016 0.042 0.077 0.318 0.319 145 G 0.240 0.017 0.032 0.049 0.227 0.435 146 R 0.483 0.041 0.038 0.062 0.106 0.270 147 A 0.327 0.024 0.076 0.145 0.151 0.277 148 A 0.123 0.012 0.192 0.265 0.171 0.237 149 E 0.076 0.010 0.183 0.387 0.152 0.191 150 A 0.040 0.007 0.124 0.607 0.105 0.117 151 M 0.022 0.004 0.080 0.729 0.097 0.069 152 R 0.024 0.005 0.087 0.731 0.101 0.052 153 Y 0.025 0.006 0.035 0.844 0.047 0.044 154 R 0.011 0.003 0.016 0.924 0.020 0.027 155 S 0.003 0.001 0.012 0.956 0.015 0.013 156 L 0.001 0.001 0.015 0.964 0.012 0.007 157 L 0.001 0.001 0.009 0.968 0.013 0.009 158 R 0.001 0.001 0.010 0.965 0.011 0.013 159 A 0.001 0.001 0.015 0.945 0.016 0.023 160 E 0.001 0.001 0.028 0.803 0.065 0.102 161 H 0.008 0.002 0.026 0.046 0.178 0.740 162 I 0.148 0.015 0.037 0.059 0.176 0.564 163 K 0.433 0.005 0.051 0.054 0.145 0.313 164 V 0.739 0.006 0.039 0.077 0.045 0.095 165 F 0.829 0.008 0.015 0.072 0.024 0.052 166 A 0.797 0.003 0.017 0.078 0.035 0.070 167 D 0.630 0.006 0.015 0.096 0.065 0.188 168 S 0.485 0.025 0.018 0.057 0.110 0.305 169 H 0.216 0.022 0.020 0.032 0.308 0.402 170 V 0.122 0.014 0.039 0.029 0.430 0.366 171 K 0.088 0.027 0.035 0.031 0.489 0.330 172 H 0.072 0.058 0.020 0.033 0.447 0.370 173 G 0.027 0.014 0.019 0.031 0.363 0.545 174 A 0.010 0.004 0.417 0.190 0.272 0.107 175 H 0.023 0.008 0.475 0.179 0.236 0.079 176 A 0.027 0.013 0.491 0.191 0.204 0.074 177 I 0.037 0.029 0.057 0.235 0.236 0.407 178 T 0.029 0.020 0.029 0.228 0.408 0.286 179 A 0.007 0.003 0.069 0.501 0.326 0.094 180 D 0.011 0.004 0.099 0.375 0.390 0.121 181 R 0.036 0.019 0.136 0.306 0.365 0.137 182 S 0.067 0.027 0.054 0.273 0.136 0.442 183 I 0.037 0.009 0.079 0.678 0.070 0.128 184 D 0.050 0.005 0.095 0.658 0.098 0.093 185 E 0.027 0.003 0.120 0.697 0.107 0.046 186 L 0.025 0.005 0.113 0.708 0.097 0.053 187 T 0.030 0.008 0.116 0.585 0.212 0.050 188 R 0.026 0.002 0.131 0.307 0.400 0.133 189 D 0.053 0.004 0.087 0.121 0.426 0.309 190 L 0.434 0.026 0.037 0.034 0.296 0.173 191 A 0.711 0.007 0.012 0.014 0.094 0.161 192 F 0.896 0.012 0.006 0.006 0.028 0.051 193 F 0.852 0.009 0.005 0.006 0.041 0.088 194 D 0.733 0.006 0.005 0.004 0.084 0.168 195 A 0.458 0.011 0.008 0.006 0.187 0.330 196 D 0.362 0.010 0.011 0.005 0.249 0.364 197 G 0.592 0.011 0.021 0.015 0.195 0.165 198 V 0.679 0.019 0.027 0.018 0.130 0.128 199 I 0.774 0.023 0.016 0.023 0.089 0.076 200 A 0.580 0.034 0.013 0.028 0.192 0.154 201 T 0.261 0.022 0.013 0.019 0.370 0.316 202 G 0.148 0.012 0.016 0.011 0.372 0.440 203 Q 0.183 0.036 0.045 0.024 0.300 0.412 204 R 0.153 0.059 0.050 0.023 0.372 0.343 205 T 0.080 0.037 0.048 0.053 0.419 0.363 206 G 0.030 0.015 0.036 0.033 0.468 0.418 207 N 0.026 0.012 0.022 0.015 0.408 0.518 208 S 0.025 0.021 0.068 0.050 0.351 0.486 209 A 0.014 0.030 0.026 0.063 0.307 0.560 210 S 0.007 0.012 0.014 0.078 0.193 0.696 211 L 0.001 0.001 0.037 0.910 0.029 0.022 212 E 0.002 0.001 0.045 0.915 0.028 0.011 213 E 0.002 0.001 0.050 0.914 0.024 0.008 214 I 0.008 0.003 0.023 0.929 0.018 0.019 215 E 0.009 0.002 0.021 0.930 0.020 0.017 216 E 0.014 0.002 0.028 0.897 0.034 0.026 217 I 0.014 0.003 0.026 0.880 0.044 0.033 218 G 0.014 0.003 0.040 0.842 0.054 0.047 219 A 0.012 0.002 0.057 0.788 0.066 0.074 220 A 0.030 0.007 0.053 0.611 0.127 0.171 221 T 0.026 0.006 0.026 0.360 0.181 0.401 222 H 0.028 0.007 0.010 0.025 0.208 0.723 223 L 0.069 0.005 0.004 0.003 0.208 0.710 224 P 0.198 0.004 0.006 0.002 0.135 0.656 225 L 0.788 0.027 0.005 0.002 0.037 0.141 226 L 0.890 0.022 0.003 0.002 0.026 0.057 227 V 0.851 0.021 0.004 0.002 0.032 0.089 228 G 0.520 0.014 0.012 0.005 0.225 0.224 229 S 0.198 0.008 0.016 0.004 0.429 0.345 230 G 0.041 0.008 0.008 0.001 0.444 0.499 231 V 0.039 0.095 0.003 0.002 0.288 0.573 232 N 0.011 0.010 0.001 0.004 0.093 0.880 233 E 0.001 0.001 0.029 0.964 0.004 0.002 234 G 0.001 0.001 0.031 0.966 0.002 0.001 235 N 0.001 0.001 0.025 0.973 0.001 0.001 236 I 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 237 V 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 238 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.001 239 I 0.002 0.001 0.009 0.972 0.011 0.006 240 L 0.004 0.002 0.031 0.886 0.051 0.026 241 K 0.003 0.001 0.116 0.728 0.102 0.050 242 R 0.005 0.002 0.116 0.486 0.116 0.275 243 T 0.015 0.011 0.026 0.043 0.258 0.646 244 S 0.026 0.001 0.006 0.004 0.268 0.695 245 G 0.673 0.004 0.002 0.003 0.067 0.250 246 V 0.988 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 247 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 248 V 0.976 0.001 0.001 0.011 0.001 0.011 249 A 0.781 0.001 0.002 0.056 0.013 0.147 250 S 0.396 0.001 0.026 0.153 0.107 0.317 251 S 0.191 0.008 0.172 0.233 0.218 0.178 252 L 0.116 0.012 0.187 0.340 0.231 0.113 253 K 0.134 0.010 0.145 0.355 0.274 0.083 254 E 0.092 0.015 0.084 0.301 0.386 0.122 255 G 0.050 0.010 0.083 0.286 0.352 0.218 256 G 0.043 0.009 0.106 0.069 0.482 0.291 257 V 0.053 0.015 0.292 0.120 0.345 0.176 258 W 0.052 0.020 0.174 0.204 0.350 0.199 259 W 0.021 0.016 0.015 0.162 0.277 0.509 260 N 0.005 0.003 0.001 0.043 0.088 0.860 261 P 0.001 0.001 0.011 0.956 0.016 0.016 262 V 0.002 0.001 0.017 0.951 0.020 0.009 263 E 0.002 0.001 0.015 0.955 0.016 0.011 264 L 0.002 0.001 0.004 0.982 0.005 0.007 265 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.002 266 R 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.003 267 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 268 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 269 S 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 270 F 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 271 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 272 A 0.001 0.001 0.007 0.983 0.006 0.003 273 A 0.001 0.001 0.009 0.961 0.013 0.016 274 A 0.001 0.001 0.011 0.867 0.031 0.088 275 R 0.005 0.002 0.030 0.789 0.069 0.104 276 P 0.008 0.002 0.035 0.817 0.075 0.063 277 G 0.009 0.002 0.040 0.804 0.072 0.072 278 L 0.012 0.002 0.040 0.847 0.052 0.047 279 E 0.011 0.002 0.035 0.839 0.054 0.059 280 A 0.011 0.002 0.034 0.768 0.077 0.108 281 L 0.030 0.004 0.047 0.542 0.155 0.221 282 E 0.078 0.008 0.047 0.372 0.214 0.280 283 H 0.092 0.009 0.046 0.379 0.191 0.284 284 H 0.114 0.012 0.050 0.248 0.216 0.360 285 H 0.141 0.015 0.028 0.109 0.208 0.500 286 H 0.093 0.014 0.023 0.093 0.182 0.594 287 H 0.076 0.019 0.009 0.052 0.130 0.713 288 H 0.045 0.007 0.002 0.012 0.076 0.857