# TARGET T0355 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0355.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 685 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.004 0.015 0.024 0.014 0.019 0.907 2 Q 0.042 0.016 0.057 0.080 0.026 0.091 0.688 3 T 0.054 0.027 0.093 0.095 0.159 0.136 0.436 4 I 0.024 0.014 0.027 0.056 0.170 0.031 0.679 5 S 0.016 0.010 0.027 0.097 0.080 0.066 0.705 6 D 0.005 0.003 0.074 0.609 0.095 0.110 0.103 7 N 0.006 0.004 0.052 0.706 0.082 0.062 0.087 8 A 0.008 0.004 0.056 0.719 0.018 0.053 0.142 9 A 0.006 0.001 0.033 0.894 0.007 0.018 0.041 10 N 0.005 0.001 0.019 0.929 0.010 0.016 0.019 11 A 0.002 0.001 0.004 0.965 0.004 0.013 0.011 12 I 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.006 0.005 13 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.003 0.002 14 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.005 0.002 15 I 0.001 0.001 0.005 0.968 0.002 0.022 0.003 16 F 0.001 0.002 0.006 0.681 0.008 0.296 0.007 17 G 0.001 0.001 0.005 0.049 0.032 0.863 0.050 18 R 0.012 0.006 0.007 0.018 0.210 0.051 0.695 19 S 0.065 0.017 0.024 0.027 0.166 0.056 0.646 20 K 0.103 0.011 0.054 0.054 0.278 0.066 0.433 21 A 0.235 0.015 0.062 0.051 0.099 0.060 0.477 22 L 0.580 0.044 0.041 0.068 0.048 0.037 0.180 23 I 0.648 0.013 0.031 0.066 0.043 0.066 0.134 24 G 0.668 0.005 0.033 0.042 0.056 0.095 0.101 25 M 0.774 0.010 0.027 0.034 0.023 0.035 0.097 26 I 0.766 0.023 0.022 0.033 0.040 0.030 0.087 27 H 0.564 0.025 0.030 0.031 0.065 0.067 0.219 28 C 0.133 0.014 0.018 0.007 0.288 0.017 0.523 29 P 0.033 0.009 0.079 0.013 0.230 0.319 0.318 30 A 0.017 0.024 0.079 0.011 0.228 0.447 0.194 31 F 0.014 0.029 0.020 0.002 0.358 0.024 0.552 32 P 0.008 0.006 0.050 0.005 0.108 0.629 0.195 33 G 0.012 0.011 0.047 0.007 0.172 0.670 0.081 34 A 0.076 0.019 0.018 0.010 0.437 0.018 0.423 35 P 0.132 0.014 0.033 0.039 0.077 0.069 0.635 36 R 0.556 0.064 0.043 0.053 0.069 0.082 0.132 37 Y 0.549 0.034 0.045 0.065 0.038 0.020 0.250 38 R 0.464 0.019 0.054 0.089 0.046 0.050 0.278 39 N 0.295 0.016 0.052 0.080 0.137 0.138 0.281 40 A 0.130 0.027 0.038 0.067 0.252 0.135 0.351 41 S 0.059 0.022 0.017 0.039 0.121 0.046 0.695 42 M 0.008 0.005 0.137 0.400 0.046 0.236 0.169 43 D 0.003 0.002 0.100 0.623 0.049 0.171 0.053 44 A 0.002 0.003 0.054 0.800 0.037 0.066 0.038 45 I 0.001 0.001 0.016 0.925 0.006 0.020 0.030 46 Y 0.001 0.001 0.006 0.965 0.002 0.010 0.015 47 D 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.009 0.002 48 A 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.014 0.002 49 C 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.003 50 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 51 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 53 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 54 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 57 I 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.009 0.001 58 E 0.001 0.001 0.006 0.888 0.004 0.100 0.001 59 G 0.001 0.001 0.004 0.405 0.009 0.575 0.005 60 G 0.003 0.005 0.005 0.022 0.073 0.790 0.101 61 M 0.019 0.004 0.004 0.001 0.040 0.019 0.913 62 H 0.068 0.001 0.003 0.001 0.744 0.015 0.167 63 G 0.948 0.001 0.002 0.002 0.014 0.008 0.024 64 L 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 65 I 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 66 V 0.977 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 67 E 0.801 0.001 0.003 0.004 0.027 0.007 0.156 68 N 0.551 0.009 0.009 0.013 0.116 0.039 0.263 69 H 0.224 0.056 0.025 0.008 0.185 0.051 0.452 70 G 0.055 0.005 0.031 0.005 0.149 0.613 0.141 71 D 0.026 0.006 0.029 0.004 0.304 0.472 0.159 72 V 0.089 0.038 0.013 0.002 0.308 0.028 0.522 73 P 0.159 0.081 0.011 0.002 0.097 0.075 0.576 74 F 0.182 0.107 0.011 0.001 0.145 0.097 0.458 75 S 0.100 0.056 0.007 0.002 0.271 0.068 0.496 76 K 0.032 0.030 0.004 0.001 0.395 0.038 0.500 77 P 0.031 0.031 0.053 0.016 0.211 0.133 0.525 78 D 0.016 0.008 0.253 0.071 0.151 0.363 0.138 79 D 0.016 0.014 0.226 0.122 0.088 0.363 0.172 80 I 0.024 0.026 0.066 0.262 0.202 0.171 0.249 81 G 0.015 0.006 0.005 0.352 0.235 0.049 0.338 82 P 0.006 0.001 0.003 0.890 0.032 0.025 0.042 83 E 0.010 0.002 0.001 0.965 0.007 0.006 0.009 84 T 0.009 0.001 0.001 0.980 0.002 0.002 0.006 85 S 0.007 0.001 0.001 0.984 0.002 0.002 0.003 86 A 0.004 0.001 0.001 0.984 0.002 0.005 0.003 87 F 0.004 0.001 0.003 0.977 0.002 0.008 0.006 88 M 0.003 0.001 0.002 0.986 0.001 0.003 0.004 89 S 0.003 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.002 90 V 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.010 0.001 91 V 0.004 0.001 0.004 0.957 0.002 0.027 0.005 92 T 0.005 0.002 0.012 0.913 0.007 0.051 0.011 93 D 0.005 0.001 0.032 0.727 0.021 0.199 0.015 94 R 0.006 0.001 0.039 0.394 0.031 0.504 0.025 95 I 0.043 0.011 0.041 0.155 0.162 0.389 0.199 96 V 0.136 0.044 0.018 0.043 0.181 0.049 0.530 97 R 0.206 0.053 0.019 0.023 0.077 0.042 0.581 98 T 0.103 0.029 0.162 0.086 0.111 0.142 0.367 99 A 0.038 0.006 0.129 0.048 0.165 0.449 0.166 100 G 0.032 0.007 0.109 0.041 0.259 0.376 0.175 101 V 0.081 0.018 0.012 0.054 0.248 0.015 0.572 102 P 0.130 0.025 0.018 0.073 0.035 0.019 0.700 103 V 0.315 0.029 0.053 0.227 0.106 0.084 0.187 104 G 0.329 0.016 0.051 0.320 0.057 0.086 0.141 105 I 0.205 0.007 0.028 0.619 0.015 0.016 0.110 106 N 0.118 0.002 0.040 0.759 0.015 0.019 0.047 107 V 0.128 0.002 0.052 0.765 0.011 0.020 0.021 108 L 0.088 0.006 0.096 0.734 0.011 0.040 0.025 109 A 0.043 0.008 0.091 0.668 0.032 0.123 0.037 110 N 0.009 0.002 0.077 0.385 0.067 0.412 0.046 111 A 0.014 0.004 0.010 0.070 0.493 0.082 0.327 112 P 0.029 0.009 0.016 0.094 0.235 0.108 0.509 113 I 0.042 0.009 0.016 0.256 0.229 0.026 0.422 114 P 0.131 0.011 0.022 0.337 0.063 0.021 0.415 115 A 0.220 0.004 0.020 0.554 0.034 0.017 0.151 116 F 0.498 0.004 0.015 0.409 0.014 0.013 0.047 117 A 0.319 0.005 0.008 0.622 0.009 0.007 0.030 118 I 0.203 0.001 0.005 0.757 0.005 0.008 0.020 119 A 0.261 0.002 0.006 0.691 0.013 0.010 0.016 120 K 0.149 0.001 0.011 0.770 0.010 0.033 0.026 121 A 0.129 0.004 0.016 0.690 0.053 0.069 0.040 122 G 0.040 0.006 0.012 0.183 0.072 0.661 0.026 123 G 0.019 0.001 0.005 0.006 0.054 0.837 0.077 124 A 0.117 0.007 0.003 0.001 0.040 0.005 0.827 125 K 0.614 0.013 0.014 0.004 0.039 0.012 0.304 126 F 0.867 0.012 0.009 0.005 0.028 0.009 0.071 127 I 0.774 0.013 0.005 0.009 0.035 0.006 0.159 128 R 0.601 0.018 0.005 0.011 0.061 0.010 0.295 129 V 0.098 0.005 0.128 0.531 0.023 0.070 0.145 130 N 0.032 0.001 0.158 0.649 0.037 0.065 0.057 131 Q 0.020 0.002 0.135 0.740 0.020 0.051 0.032 132 W 0.024 0.004 0.055 0.834 0.007 0.049 0.027 133 A 0.023 0.002 0.023 0.888 0.007 0.032 0.026 134 N 0.016 0.001 0.014 0.907 0.015 0.027 0.020 135 A 0.010 0.001 0.005 0.950 0.008 0.016 0.010 136 Y 0.012 0.001 0.003 0.957 0.003 0.017 0.006 137 V 0.021 0.003 0.006 0.925 0.009 0.026 0.010 138 A 0.020 0.001 0.021 0.868 0.009 0.060 0.021 139 N 0.016 0.002 0.045 0.754 0.027 0.130 0.027 140 E 0.014 0.003 0.043 0.345 0.034 0.531 0.030 141 G 0.020 0.003 0.026 0.039 0.125 0.698 0.088 142 F 0.135 0.015 0.018 0.013 0.182 0.045 0.592 143 M 0.261 0.015 0.016 0.015 0.215 0.069 0.411 144 E 0.578 0.011 0.020 0.019 0.086 0.112 0.175 145 G 0.719 0.011 0.009 0.024 0.040 0.021 0.177 146 R 0.800 0.016 0.008 0.032 0.032 0.014 0.098 147 A 0.621 0.009 0.016 0.075 0.038 0.024 0.218 148 A 0.362 0.011 0.043 0.080 0.113 0.076 0.314 149 E 0.196 0.013 0.058 0.108 0.145 0.098 0.381 150 A 0.111 0.014 0.096 0.202 0.089 0.107 0.381 151 M 0.068 0.006 0.064 0.359 0.078 0.048 0.376 152 R 0.042 0.010 0.047 0.658 0.021 0.063 0.160 153 Y 0.028 0.005 0.038 0.770 0.011 0.044 0.104 154 R 0.012 0.001 0.027 0.864 0.008 0.027 0.060 155 S 0.004 0.001 0.015 0.923 0.008 0.027 0.021 156 L 0.002 0.001 0.010 0.947 0.005 0.020 0.015 157 L 0.003 0.002 0.008 0.955 0.006 0.015 0.012 158 R 0.002 0.001 0.009 0.936 0.005 0.035 0.011 159 A 0.001 0.001 0.017 0.892 0.010 0.073 0.007 160 E 0.001 0.001 0.013 0.607 0.013 0.357 0.010 161 H 0.003 0.002 0.017 0.148 0.034 0.732 0.066 162 I 0.065 0.007 0.016 0.060 0.069 0.025 0.758 163 K 0.341 0.011 0.040 0.073 0.119 0.024 0.391 164 V 0.721 0.010 0.034 0.089 0.041 0.027 0.078 165 F 0.762 0.010 0.018 0.091 0.017 0.010 0.092 166 A 0.805 0.005 0.018 0.071 0.020 0.014 0.066 167 D 0.640 0.004 0.021 0.084 0.050 0.045 0.157 168 S 0.463 0.016 0.014 0.069 0.099 0.047 0.291 169 H 0.249 0.012 0.007 0.022 0.127 0.033 0.550 170 V 0.145 0.018 0.021 0.036 0.124 0.126 0.530 171 K 0.111 0.026 0.023 0.056 0.192 0.220 0.371 172 H 0.060 0.024 0.018 0.050 0.339 0.074 0.435 173 G 0.050 0.010 0.048 0.196 0.142 0.168 0.385 174 A 0.033 0.007 0.174 0.428 0.078 0.155 0.126 175 H 0.048 0.011 0.219 0.377 0.075 0.127 0.143 176 A 0.063 0.016 0.199 0.422 0.056 0.124 0.120 177 I 0.089 0.033 0.092 0.393 0.083 0.100 0.210 178 T 0.046 0.006 0.116 0.380 0.056 0.124 0.273 179 A 0.022 0.004 0.105 0.448 0.059 0.262 0.100 180 D 0.022 0.006 0.069 0.359 0.061 0.303 0.179 181 R 0.024 0.008 0.024 0.363 0.099 0.079 0.403 182 S 0.029 0.013 0.018 0.496 0.036 0.043 0.365 183 I 0.028 0.008 0.023 0.813 0.019 0.030 0.079 184 D 0.028 0.004 0.064 0.746 0.032 0.046 0.079 185 E 0.039 0.004 0.125 0.686 0.022 0.083 0.041 186 L 0.041 0.007 0.176 0.545 0.039 0.130 0.062 187 T 0.072 0.010 0.176 0.283 0.088 0.101 0.271 188 R 0.037 0.001 0.099 0.106 0.213 0.486 0.058 189 D 0.147 0.003 0.059 0.063 0.110 0.565 0.053 190 L 0.778 0.007 0.004 0.005 0.027 0.012 0.167 191 A 0.852 0.003 0.002 0.004 0.021 0.005 0.113 192 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 193 F 0.958 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.034 194 D 0.953 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.034 195 A 0.806 0.004 0.001 0.001 0.031 0.004 0.152 196 D 0.585 0.005 0.001 0.001 0.099 0.011 0.298 197 G 0.546 0.005 0.007 0.004 0.148 0.060 0.231 198 V 0.614 0.024 0.010 0.010 0.100 0.050 0.192 199 I 0.696 0.011 0.016 0.018 0.078 0.033 0.147 200 A 0.590 0.022 0.014 0.022 0.064 0.048 0.240 201 T 0.461 0.029 0.017 0.027 0.117 0.101 0.247 202 G 0.237 0.025 0.033 0.038 0.208 0.143 0.317 203 Q 0.109 0.019 0.067 0.056 0.134 0.270 0.344 204 R 0.068 0.027 0.082 0.052 0.159 0.349 0.263 205 T 0.031 0.023 0.069 0.045 0.177 0.405 0.251 206 G 0.017 0.008 0.046 0.021 0.270 0.383 0.255 207 N 0.025 0.012 0.025 0.017 0.326 0.101 0.494 208 S 0.036 0.034 0.052 0.031 0.154 0.105 0.588 209 A 0.033 0.042 0.039 0.042 0.196 0.077 0.571 210 S 0.013 0.022 0.018 0.050 0.069 0.037 0.789 211 L 0.001 0.001 0.034 0.939 0.003 0.011 0.012 212 E 0.001 0.001 0.021 0.970 0.001 0.006 0.002 213 E 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.004 0.001 214 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 215 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 216 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 217 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 218 G 0.001 0.001 0.006 0.975 0.003 0.012 0.002 219 A 0.001 0.001 0.011 0.888 0.002 0.097 0.003 220 A 0.001 0.001 0.050 0.601 0.018 0.309 0.022 221 T 0.004 0.003 0.038 0.188 0.136 0.465 0.167 222 H 0.005 0.002 0.023 0.011 0.400 0.321 0.238 223 L 0.052 0.001 0.001 0.001 0.742 0.005 0.198 224 P 0.385 0.004 0.002 0.001 0.126 0.012 0.469 225 L 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 226 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 227 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 228 G 0.818 0.002 0.003 0.002 0.029 0.013 0.133 229 S 0.371 0.006 0.009 0.001 0.175 0.092 0.345 230 G 0.195 0.030 0.006 0.002 0.199 0.128 0.440 231 V 0.045 0.044 0.001 0.002 0.276 0.011 0.620 232 N 0.012 0.014 0.001 0.003 0.083 0.003 0.884 233 E 0.001 0.001 0.021 0.953 0.003 0.021 0.002 234 G 0.001 0.001 0.027 0.950 0.002 0.020 0.001 235 N 0.001 0.001 0.020 0.965 0.001 0.008 0.005 236 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 237 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 238 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 239 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 240 L 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.009 0.001 241 K 0.001 0.001 0.011 0.846 0.002 0.139 0.001 242 R 0.001 0.001 0.035 0.352 0.020 0.574 0.016 243 T 0.013 0.002 0.006 0.019 0.187 0.071 0.703 244 S 0.010 0.001 0.001 0.002 0.689 0.039 0.258 245 G 0.837 0.002 0.002 0.006 0.069 0.040 0.044 246 V 0.979 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.013 247 I 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 248 V 0.961 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.030 249 A 0.602 0.001 0.005 0.021 0.037 0.007 0.328 250 S 0.345 0.001 0.028 0.109 0.173 0.023 0.322 251 S 0.335 0.008 0.096 0.227 0.108 0.067 0.158 252 L 0.397 0.008 0.053 0.407 0.017 0.064 0.055 253 K 0.390 0.024 0.031 0.387 0.027 0.080 0.062 254 E 0.250 0.013 0.035 0.284 0.080 0.229 0.108 255 G 0.080 0.008 0.048 0.150 0.106 0.425 0.182 256 G 0.040 0.008 0.196 0.096 0.145 0.300 0.215 257 V 0.038 0.005 0.310 0.062 0.109 0.300 0.176 258 W 0.048 0.014 0.243 0.052 0.138 0.335 0.169 259 W 0.045 0.023 0.032 0.037 0.349 0.048 0.467 260 N 0.016 0.008 0.003 0.014 0.115 0.010 0.835 261 P 0.002 0.001 0.037 0.872 0.013 0.049 0.026 262 V 0.002 0.001 0.025 0.933 0.007 0.025 0.007 263 E 0.001 0.001 0.019 0.952 0.002 0.011 0.015 264 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.003 0.003 265 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 266 R 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.007 0.001 267 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 268 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 269 S 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 270 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 271 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.004 0.001 272 A 0.001 0.001 0.007 0.958 0.001 0.033 0.001 273 A 0.001 0.001 0.012 0.829 0.002 0.154 0.002 274 A 0.001 0.002 0.015 0.798 0.017 0.140 0.028 275 R 0.001 0.001 0.035 0.903 0.006 0.039 0.016 276 P 0.001 0.001 0.120 0.774 0.010 0.076 0.019 277 G 0.001 0.001 0.132 0.767 0.005 0.084 0.011 278 L 0.003 0.003 0.101 0.799 0.016 0.060 0.018 279 E 0.003 0.001 0.091 0.749 0.011 0.131 0.015 280 A 0.002 0.001 0.052 0.717 0.012 0.194 0.023 281 L 0.009 0.005 0.049 0.631 0.042 0.128 0.135 282 E 0.020 0.006 0.084 0.491 0.050 0.170 0.180 283 H 0.032 0.005 0.112 0.401 0.072 0.209 0.170 284 H 0.038 0.007 0.073 0.362 0.096 0.151 0.272 285 H 0.054 0.016 0.064 0.241 0.152 0.146 0.328 286 H 0.053 0.012 0.044 0.131 0.145 0.241 0.373 287 H 0.028 0.010 0.015 0.039 0.029 0.084 0.796 288 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.991