# TARGET T0354 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 305 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.005 0.005 0.265 0.129 0.584 2 E 0.018 0.022 0.005 0.432 0.060 0.463 3 I 0.008 0.004 0.003 0.750 0.020 0.215 4 Q 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.011 5 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.006 6 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.005 7 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 14 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 15 E 0.001 0.001 0.009 0.969 0.014 0.007 16 D 0.001 0.001 0.015 0.898 0.053 0.032 17 I 0.002 0.003 0.034 0.700 0.132 0.131 18 K 0.006 0.018 0.034 0.275 0.278 0.388 19 G 0.011 0.015 0.118 0.065 0.665 0.126 20 K 0.016 0.004 0.069 0.014 0.728 0.170 21 D 0.045 0.004 0.072 0.004 0.711 0.164 22 I 0.409 0.006 0.016 0.003 0.361 0.206 23 I 0.832 0.008 0.004 0.001 0.051 0.102 24 E 0.963 0.006 0.001 0.001 0.011 0.017 25 L 0.956 0.006 0.001 0.001 0.013 0.024 26 D 0.748 0.011 0.004 0.002 0.105 0.130 27 T 0.075 0.001 0.268 0.010 0.548 0.098 28 S 0.015 0.001 0.273 0.007 0.642 0.061 29 K 0.014 0.003 0.359 0.011 0.555 0.058 30 L 0.106 0.014 0.053 0.011 0.541 0.275 31 T 0.238 0.047 0.035 0.009 0.356 0.315 32 S 0.410 0.034 0.026 0.006 0.319 0.206 33 L 0.295 0.005 0.139 0.011 0.402 0.147 34 F 0.389 0.006 0.084 0.007 0.362 0.151 35 Q 0.724 0.002 0.028 0.003 0.149 0.095 36 R 0.951 0.002 0.001 0.001 0.017 0.028 37 M 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 38 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 39 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 40 A 0.873 0.004 0.002 0.003 0.034 0.083 41 T 0.424 0.008 0.013 0.007 0.205 0.344 42 G 0.031 0.006 0.032 0.010 0.540 0.381 43 D 0.004 0.004 0.070 0.039 0.549 0.335 44 S 0.003 0.007 0.060 0.400 0.361 0.170 45 N 0.001 0.001 0.006 0.924 0.050 0.019 46 R 0.001 0.001 0.001 0.986 0.008 0.005 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 48 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.003 54 S 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.009 55 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 57 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 58 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 59 L 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.002 60 K 0.001 0.001 0.006 0.978 0.013 0.004 61 E 0.001 0.001 0.007 0.947 0.028 0.018 62 A 0.001 0.001 0.010 0.833 0.051 0.105 63 G 0.001 0.001 0.001 0.015 0.075 0.906 64 V 0.017 0.005 0.003 0.006 0.103 0.866 65 D 0.113 0.021 0.008 0.006 0.147 0.704 66 I 0.265 0.030 0.022 0.008 0.192 0.482 67 V 0.371 0.020 0.017 0.005 0.121 0.467 68 G 0.394 0.024 0.016 0.006 0.138 0.423 69 S 0.465 0.073 0.013 0.007 0.242 0.200 70 E 0.348 0.022 0.013 0.009 0.321 0.287 71 G 0.124 0.010 0.039 0.010 0.642 0.174 72 H 0.072 0.019 0.045 0.013 0.719 0.132 73 E 0.109 0.045 0.047 0.012 0.574 0.213 74 S 0.093 0.015 0.018 0.004 0.691 0.180 75 G 0.167 0.007 0.005 0.001 0.516 0.304 76 E 0.756 0.009 0.001 0.001 0.109 0.124 77 W 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 78 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 80 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 81 D 0.742 0.005 0.001 0.001 0.078 0.173 82 A 0.317 0.012 0.005 0.002 0.461 0.203 83 G 0.083 0.006 0.010 0.002 0.748 0.152 84 D 0.130 0.005 0.016 0.002 0.642 0.206 85 V 0.725 0.013 0.007 0.002 0.142 0.110 86 V 0.954 0.003 0.001 0.001 0.012 0.030 87 V 0.967 0.003 0.001 0.001 0.007 0.023 88 H 0.961 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 89 V 0.876 0.005 0.001 0.001 0.027 0.090 90 M 0.644 0.016 0.001 0.001 0.028 0.312 91 L 0.102 0.006 0.001 0.004 0.064 0.824 92 P 0.003 0.001 0.028 0.883 0.047 0.038 93 A 0.003 0.001 0.038 0.869 0.080 0.009 94 V 0.001 0.001 0.060 0.854 0.077 0.006 95 R 0.003 0.001 0.070 0.813 0.079 0.034 96 D 0.004 0.002 0.078 0.850 0.051 0.015 97 Y 0.008 0.001 0.032 0.908 0.035 0.016 98 Y 0.017 0.002 0.015 0.864 0.048 0.054 99 D 0.020 0.010 0.010 0.850 0.036 0.072 100 I 0.003 0.001 0.027 0.936 0.015 0.019 101 E 0.003 0.001 0.045 0.908 0.026 0.017 102 A 0.005 0.001 0.066 0.869 0.039 0.019 103 L 0.007 0.004 0.046 0.831 0.061 0.050 104 W 0.005 0.003 0.076 0.756 0.119 0.040 105 G 0.009 0.002 0.086 0.500 0.271 0.133 106 G 0.010 0.003 0.057 0.371 0.304 0.256 107 Q 0.017 0.017 0.014 0.101 0.308 0.542 108 K 0.035 0.008 0.015 0.087 0.164 0.692 109 P 0.130 0.029 0.035 0.168 0.181 0.457 110 S 0.154 0.015 0.026 0.144 0.163 0.498 111 F 0.172 0.019 0.025 0.148 0.150 0.484 112 A 0.110 0.009 0.041 0.158 0.194 0.489 113 V 0.058 0.009 0.074 0.187 0.235 0.437 114 G 0.039 0.008 0.139 0.177 0.319 0.318 115 A 0.019 0.005 0.102 0.142 0.421 0.312 116 A 0.011 0.006 0.089 0.133 0.459 0.302 117 K 0.004 0.005 0.030 0.070 0.388 0.504 118 P 0.004 0.009 0.014 0.093 0.268 0.611 119 W 0.005 0.004 0.012 0.122 0.169 0.687 120 S 0.006 0.003 0.027 0.813 0.066 0.086 121 A 0.008 0.002 0.065 0.866 0.045 0.013 122 V 0.020 0.004 0.095 0.807 0.052 0.021 123 L 0.024 0.004 0.123 0.782 0.048 0.018 124 E 0.017 0.003 0.069 0.804 0.068 0.039 125 H 0.016 0.012 0.035 0.782 0.106 0.049 126 H 0.024 0.014 0.028 0.523 0.281 0.130 127 H 0.020 0.009 0.024 0.371 0.329 0.247 128 H 0.020 0.012 0.018 0.164 0.345 0.442 129 H 0.020 0.020 0.003 0.049 0.206 0.703 130 H 0.001 0.004 0.001 0.003 0.017 0.975