# TARGET T0354 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 305 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.834 0.139 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 2 E 0.592 0.291 0.082 0.030 0.005 0.001 0.001 3 I 0.293 0.288 0.246 0.136 0.033 0.003 0.001 4 Q 0.734 0.224 0.037 0.004 0.001 0.001 0.001 5 E 0.478 0.408 0.093 0.018 0.002 0.001 0.001 6 I 0.036 0.072 0.157 0.330 0.318 0.084 0.003 7 S 0.029 0.164 0.293 0.332 0.163 0.018 0.001 8 K 0.141 0.587 0.228 0.041 0.003 0.001 0.001 9 L 0.045 0.160 0.388 0.342 0.062 0.004 0.001 10 A 0.085 0.077 0.045 0.142 0.383 0.259 0.009 11 I 0.036 0.167 0.332 0.356 0.098 0.010 0.001 12 E 0.246 0.507 0.198 0.043 0.006 0.001 0.001 13 A 0.060 0.154 0.297 0.338 0.137 0.014 0.001 14 L 0.060 0.094 0.120 0.257 0.318 0.145 0.007 15 E 0.210 0.369 0.248 0.135 0.033 0.005 0.001 16 D 0.337 0.394 0.163 0.075 0.024 0.005 0.001 17 I 0.193 0.257 0.268 0.192 0.074 0.016 0.001 18 K 0.188 0.303 0.241 0.177 0.074 0.016 0.001 19 G 0.116 0.152 0.183 0.255 0.218 0.073 0.004 20 K 0.105 0.261 0.254 0.225 0.117 0.035 0.003 21 D 0.136 0.291 0.244 0.182 0.098 0.046 0.003 22 I 0.018 0.025 0.065 0.189 0.337 0.323 0.044 23 I 0.020 0.069 0.138 0.294 0.311 0.154 0.015 24 E 0.022 0.061 0.142 0.222 0.276 0.241 0.035 25 L 0.003 0.005 0.014 0.055 0.199 0.567 0.157 26 D 0.020 0.118 0.240 0.341 0.205 0.071 0.006 27 T 0.021 0.051 0.129 0.267 0.353 0.163 0.016 28 S 0.272 0.363 0.204 0.114 0.037 0.009 0.001 29 K 0.363 0.388 0.162 0.064 0.018 0.004 0.001 30 L 0.093 0.212 0.258 0.244 0.143 0.047 0.004 31 T 0.048 0.138 0.194 0.290 0.232 0.090 0.008 32 S 0.049 0.135 0.169 0.231 0.258 0.139 0.020 33 L 0.030 0.074 0.105 0.209 0.273 0.271 0.039 34 F 0.012 0.037 0.083 0.191 0.326 0.306 0.044 35 Q 0.005 0.039 0.119 0.239 0.295 0.253 0.050 36 R 0.001 0.008 0.032 0.110 0.258 0.429 0.161 37 M 0.001 0.001 0.001 0.010 0.057 0.318 0.612 38 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.175 0.808 39 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.183 0.792 40 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.216 0.757 41 T 0.002 0.009 0.029 0.097 0.187 0.414 0.263 42 G 0.003 0.011 0.029 0.092 0.306 0.413 0.146 43 D 0.034 0.194 0.262 0.252 0.166 0.076 0.016 44 S 0.037 0.106 0.173 0.264 0.239 0.159 0.022 45 N 0.143 0.278 0.263 0.183 0.094 0.036 0.004 46 R 0.109 0.254 0.296 0.221 0.093 0.023 0.003 47 Q 0.021 0.054 0.107 0.231 0.351 0.218 0.018 48 V 0.010 0.042 0.080 0.198 0.325 0.312 0.032 49 K 0.045 0.232 0.344 0.263 0.094 0.021 0.001 50 A 0.016 0.093 0.232 0.326 0.244 0.083 0.006 51 L 0.006 0.013 0.022 0.090 0.294 0.515 0.060 52 A 0.004 0.025 0.082 0.268 0.400 0.209 0.013 53 N 0.048 0.426 0.400 0.106 0.017 0.002 0.001 54 S 0.021 0.156 0.361 0.331 0.113 0.016 0.001 55 V 0.002 0.006 0.016 0.092 0.422 0.447 0.015 56 Q 0.010 0.111 0.315 0.425 0.129 0.010 0.001 57 V 0.218 0.659 0.104 0.015 0.003 0.001 0.001 58 K 0.016 0.135 0.487 0.322 0.038 0.002 0.001 59 L 0.033 0.075 0.149 0.430 0.288 0.025 0.001 60 K 0.469 0.416 0.095 0.018 0.002 0.001 0.001 61 E 0.824 0.157 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 62 A 0.457 0.322 0.171 0.045 0.005 0.001 0.001 63 G 0.644 0.253 0.073 0.024 0.007 0.001 0.001 64 V 0.256 0.214 0.232 0.225 0.067 0.006 0.001 65 D 0.492 0.330 0.123 0.044 0.010 0.001 0.001 66 I 0.273 0.257 0.206 0.172 0.077 0.015 0.001 67 V 0.233 0.228 0.214 0.203 0.097 0.022 0.001 68 G 0.279 0.283 0.201 0.144 0.074 0.018 0.001 69 S 0.159 0.208 0.228 0.235 0.130 0.037 0.003 70 E 0.112 0.178 0.204 0.233 0.186 0.081 0.006 71 G 0.267 0.315 0.208 0.146 0.053 0.010 0.001 72 H 0.313 0.296 0.200 0.140 0.044 0.007 0.001 73 E 0.653 0.228 0.078 0.032 0.008 0.001 0.001 74 S 0.690 0.241 0.052 0.014 0.003 0.001 0.001 75 G 0.206 0.309 0.240 0.178 0.059 0.007 0.001 76 E 0.071 0.360 0.351 0.179 0.035 0.004 0.001 77 W 0.003 0.017 0.049 0.201 0.425 0.276 0.028 78 V 0.002 0.013 0.052 0.172 0.328 0.356 0.078 79 L 0.004 0.008 0.020 0.066 0.174 0.485 0.243 80 V 0.002 0.004 0.010 0.034 0.107 0.415 0.428 81 D 0.001 0.005 0.015 0.040 0.123 0.410 0.406 82 A 0.002 0.011 0.027 0.089 0.198 0.395 0.278 83 G 0.003 0.033 0.126 0.236 0.295 0.241 0.065 84 D 0.001 0.014 0.080 0.200 0.349 0.279 0.077 85 V 0.001 0.005 0.019 0.060 0.187 0.506 0.223 86 V 0.001 0.003 0.012 0.051 0.155 0.436 0.342 87 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.302 0.667 88 H 0.004 0.012 0.026 0.101 0.200 0.411 0.247 89 V 0.002 0.007 0.017 0.039 0.146 0.496 0.292 90 M 0.011 0.043 0.083 0.255 0.324 0.253 0.032 91 L 0.078 0.224 0.318 0.250 0.116 0.014 0.001 92 P 0.378 0.384 0.166 0.055 0.013 0.003 0.001 93 A 0.505 0.290 0.124 0.060 0.017 0.004 0.001 94 V 0.190 0.155 0.191 0.241 0.173 0.048 0.002 95 R 0.144 0.250 0.264 0.210 0.102 0.027 0.003 96 D 0.380 0.361 0.166 0.068 0.019 0.004 0.001 97 Y 0.081 0.174 0.221 0.235 0.191 0.090 0.007 98 Y 0.086 0.146 0.226 0.264 0.200 0.072 0.007 99 D 0.138 0.357 0.275 0.157 0.058 0.015 0.002 100 I 0.056 0.055 0.105 0.237 0.324 0.204 0.019 101 E 0.168 0.226 0.194 0.215 0.137 0.055 0.006 102 A 0.221 0.290 0.233 0.148 0.079 0.026 0.002 103 L 0.090 0.091 0.163 0.291 0.248 0.111 0.006 104 W 0.094 0.123 0.138 0.219 0.261 0.153 0.012 105 G 0.238 0.224 0.213 0.179 0.101 0.039 0.005 106 G 0.464 0.316 0.146 0.054 0.016 0.004 0.001 107 Q 0.280 0.233 0.217 0.189 0.068 0.013 0.001 108 K 0.577 0.276 0.098 0.036 0.010 0.002 0.001 109 P 0.452 0.273 0.154 0.087 0.029 0.005 0.001 110 S 0.214 0.205 0.222 0.228 0.110 0.020 0.001 111 F 0.314 0.303 0.213 0.118 0.043 0.008 0.001 112 A 0.314 0.230 0.187 0.173 0.079 0.016 0.001 113 V 0.450 0.291 0.148 0.075 0.028 0.007 0.001 114 G 0.377 0.234 0.174 0.148 0.056 0.011 0.001 115 A 0.558 0.252 0.109 0.055 0.020 0.005 0.001 116 A 0.659 0.195 0.081 0.043 0.017 0.004 0.001 117 K 0.608 0.244 0.092 0.039 0.013 0.003 0.001 118 P 0.474 0.294 0.142 0.066 0.021 0.004 0.001 119 W 0.447 0.294 0.155 0.076 0.024 0.004 0.001 120 S 0.677 0.251 0.056 0.014 0.002 0.001 0.001 121 A 0.485 0.274 0.137 0.078 0.023 0.002 0.001 122 V 0.447 0.177 0.137 0.139 0.075 0.023 0.002 123 L 0.460 0.269 0.123 0.091 0.044 0.012 0.002 124 E 0.455 0.262 0.155 0.080 0.035 0.010 0.002 125 H 0.415 0.269 0.162 0.093 0.044 0.014 0.002 126 H 0.383 0.293 0.175 0.092 0.037 0.017 0.003 127 H 0.418 0.307 0.174 0.074 0.021 0.005 0.001 128 H 0.517 0.285 0.122 0.055 0.017 0.003 0.001 129 H 0.591 0.223 0.105 0.061 0.016 0.003 0.001 130 H 0.663 0.198 0.079 0.046 0.013 0.001 0.001