# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.010 0.015 0.010 0.017 0.070 0.003 0.847 2 E 0.022 0.017 0.007 0.007 0.012 0.150 0.003 0.783 3 I 0.032 0.029 0.006 0.003 0.010 0.040 0.002 0.879 4 Q 0.019 0.097 0.004 0.003 0.009 0.138 0.002 0.727 5 E 0.031 0.258 0.002 0.002 0.003 0.231 0.003 0.469 6 I 0.019 0.887 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.076 7 S 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 8 K 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 9 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 10 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 11 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 12 E 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 13 A 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 14 L 0.010 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 15 E 0.028 0.925 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.031 16 D 0.118 0.798 0.003 0.001 0.001 0.002 0.040 0.038 17 I 0.371 0.497 0.015 0.003 0.002 0.003 0.080 0.029 18 K 0.213 0.279 0.079 0.023 0.014 0.027 0.127 0.238 19 G 0.057 0.056 0.472 0.044 0.049 0.049 0.026 0.248 20 K 0.021 0.024 0.307 0.107 0.073 0.112 0.010 0.346 21 D 0.024 0.014 0.357 0.053 0.071 0.105 0.015 0.360 22 I 0.016 0.007 0.781 0.043 0.061 0.028 0.004 0.060 23 I 0.003 0.003 0.754 0.140 0.067 0.013 0.002 0.019 24 E 0.004 0.002 0.378 0.082 0.157 0.018 0.002 0.358 25 L 0.001 0.001 0.693 0.110 0.147 0.010 0.001 0.038 26 D 0.002 0.003 0.194 0.160 0.189 0.056 0.002 0.394 27 T 0.006 0.003 0.227 0.061 0.230 0.046 0.004 0.423 28 S 0.011 0.001 0.019 0.010 0.032 0.732 0.003 0.191 29 K 0.256 0.005 0.010 0.011 0.015 0.241 0.021 0.441 30 L 0.153 0.053 0.041 0.016 0.024 0.281 0.011 0.421 31 T 0.081 0.092 0.045 0.053 0.064 0.262 0.025 0.378 32 S 0.091 0.107 0.035 0.052 0.087 0.122 0.017 0.489 33 L 0.089 0.133 0.037 0.061 0.164 0.212 0.015 0.289 34 F 0.104 0.150 0.059 0.092 0.157 0.224 0.020 0.195 35 Q 0.077 0.252 0.051 0.145 0.130 0.102 0.032 0.211 36 R 0.137 0.103 0.130 0.090 0.171 0.129 0.026 0.213 37 M 0.035 0.051 0.225 0.339 0.255 0.033 0.009 0.053 38 I 0.008 0.019 0.239 0.293 0.296 0.019 0.008 0.118 39 V 0.004 0.007 0.459 0.178 0.278 0.011 0.003 0.060 40 A 0.003 0.007 0.438 0.246 0.257 0.012 0.002 0.035 41 T 0.006 0.009 0.178 0.144 0.281 0.052 0.005 0.326 42 G 0.015 0.006 0.327 0.091 0.170 0.058 0.007 0.327 43 D 0.017 0.004 0.034 0.021 0.034 0.392 0.005 0.494 44 S 0.074 0.008 0.014 0.010 0.023 0.267 0.012 0.593 45 N 0.045 0.031 0.011 0.005 0.010 0.209 0.006 0.683 46 R 0.035 0.040 0.005 0.004 0.005 0.465 0.007 0.439 47 Q 0.061 0.241 0.006 0.005 0.008 0.346 0.005 0.329 48 V 0.014 0.851 0.004 0.005 0.012 0.025 0.002 0.087 49 K 0.001 0.961 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.026 50 A 0.002 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 51 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 52 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 N 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 54 S 0.027 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 55 V 0.015 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 56 Q 0.003 0.966 0.003 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 57 V 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 58 K 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 59 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 60 K 0.006 0.970 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.014 61 E 0.010 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 62 A 0.040 0.901 0.002 0.002 0.001 0.001 0.035 0.017 63 G 0.776 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.167 0.028 64 V 0.074 0.019 0.768 0.014 0.008 0.016 0.017 0.084 65 D 0.008 0.011 0.098 0.049 0.059 0.045 0.005 0.726 66 I 0.005 0.003 0.056 0.012 0.028 0.022 0.002 0.874 67 V 0.018 0.008 0.300 0.104 0.113 0.100 0.005 0.352 68 G 0.025 0.006 0.242 0.076 0.095 0.083 0.007 0.467 69 S 0.049 0.007 0.092 0.092 0.156 0.099 0.007 0.498 70 E 0.042 0.006 0.094 0.173 0.182 0.166 0.007 0.331 71 G 0.039 0.005 0.017 0.074 0.104 0.090 0.006 0.665 72 H 0.056 0.007 0.088 0.166 0.278 0.096 0.010 0.299 73 E 0.013 0.004 0.019 0.074 0.088 0.096 0.008 0.698 74 S 0.029 0.003 0.013 0.042 0.071 0.114 0.022 0.706 75 G 0.124 0.007 0.047 0.179 0.083 0.106 0.083 0.371 76 E 0.347 0.001 0.046 0.051 0.135 0.319 0.008 0.094 77 W 0.002 0.001 0.019 0.088 0.066 0.022 0.001 0.804 78 V 0.001 0.001 0.065 0.394 0.531 0.004 0.001 0.004 79 L 0.001 0.001 0.081 0.246 0.358 0.006 0.001 0.307 80 V 0.001 0.001 0.282 0.288 0.410 0.003 0.001 0.016 81 D 0.001 0.001 0.064 0.324 0.454 0.044 0.001 0.113 82 A 0.003 0.002 0.121 0.112 0.569 0.037 0.002 0.154 83 G 0.012 0.002 0.040 0.066 0.136 0.492 0.007 0.245 84 D 0.271 0.001 0.029 0.036 0.039 0.347 0.039 0.238 85 V 0.084 0.013 0.332 0.192 0.098 0.106 0.013 0.161 86 V 0.012 0.006 0.357 0.184 0.295 0.055 0.006 0.086 87 V 0.004 0.002 0.528 0.192 0.212 0.013 0.002 0.047 88 H 0.003 0.003 0.492 0.168 0.253 0.012 0.002 0.067 89 V 0.002 0.002 0.612 0.117 0.167 0.011 0.002 0.089 90 M 0.005 0.008 0.406 0.125 0.219 0.058 0.006 0.174 91 L 0.016 0.005 0.141 0.104 0.244 0.089 0.004 0.397 92 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 93 A 0.003 0.003 0.003 0.007 0.023 0.228 0.001 0.731 94 V 0.241 0.039 0.004 0.003 0.007 0.058 0.010 0.637 95 R 0.057 0.674 0.005 0.008 0.010 0.025 0.003 0.218 96 D 0.033 0.822 0.005 0.004 0.005 0.013 0.004 0.115 97 Y 0.085 0.767 0.014 0.004 0.005 0.009 0.014 0.100 98 Y 0.038 0.890 0.011 0.008 0.005 0.005 0.007 0.035 99 D 0.034 0.691 0.033 0.013 0.018 0.034 0.020 0.157 100 I 0.058 0.717 0.033 0.012 0.030 0.020 0.010 0.120 101 E 0.036 0.722 0.024 0.013 0.023 0.059 0.011 0.112 102 A 0.083 0.597 0.014 0.009 0.014 0.076 0.023 0.184 103 L 0.101 0.777 0.016 0.007 0.009 0.008 0.013 0.068 104 W 0.081 0.705 0.022 0.014 0.022 0.021 0.022 0.112 105 G 0.217 0.369 0.030 0.021 0.026 0.027 0.070 0.239 106 G 0.318 0.131 0.035 0.013 0.019 0.027 0.095 0.362 107 Q 0.365 0.051 0.047 0.011 0.016 0.051 0.100 0.360 108 K 0.048 0.015 0.067 0.017 0.014 0.078 0.011 0.750 109 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 110 S 0.009 0.002 0.027 0.014 0.039 0.081 0.002 0.826 111 F 0.181 0.013 0.126 0.038 0.046 0.091 0.009 0.496 112 A 0.082 0.029 0.059 0.040 0.056 0.107 0.005 0.620 113 V 0.132 0.036 0.093 0.042 0.095 0.068 0.005 0.528 114 G 0.047 0.038 0.029 0.031 0.046 0.114 0.007 0.689 115 A 0.140 0.032 0.034 0.021 0.044 0.099 0.020 0.611 116 A 0.217 0.061 0.032 0.021 0.037 0.093 0.033 0.505 117 K 0.208 0.043 0.044 0.034 0.045 0.106 0.015 0.505 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 W 0.027 0.020 0.020 0.017 0.071 0.114 0.005 0.727 120 S 0.173 0.037 0.020 0.010 0.015 0.128 0.015 0.602 121 A 0.188 0.090 0.019 0.012 0.019 0.107 0.011 0.555 122 V 0.250 0.181 0.027 0.015 0.028 0.104 0.009 0.386 123 L 0.109 0.291 0.042 0.024 0.049 0.096 0.011 0.377 124 E 0.093 0.281 0.025 0.029 0.055 0.105 0.018 0.395 125 H 0.161 0.269 0.017 0.018 0.031 0.059 0.023 0.420 126 H 0.178 0.273 0.024 0.017 0.031 0.055 0.024 0.398 127 H 0.116 0.179 0.021 0.018 0.024 0.110 0.036 0.495 128 H 0.168 0.103 0.029 0.018 0.022 0.085 0.039 0.536 129 H 0.123 0.055 0.024 0.012 0.016 0.075 0.021 0.674 130 H 0.075 0.029 0.026 0.013 0.019 0.095 0.013 0.730