# TARGET T0354 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 85.0152 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 E 0.009 0.017 0.003 0.250 0.004 0.010 0.707 3 I 0.002 0.001 0.004 0.902 0.009 0.018 0.064 4 Q 0.001 0.001 0.005 0.955 0.007 0.011 0.021 5 E 0.001 0.001 0.004 0.976 0.003 0.004 0.011 6 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.002 0.004 7 S 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 13 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.001 0.021 0.001 14 L 0.001 0.001 0.008 0.950 0.003 0.033 0.006 15 E 0.001 0.001 0.026 0.864 0.010 0.089 0.009 16 D 0.001 0.001 0.040 0.696 0.040 0.192 0.030 17 I 0.004 0.005 0.035 0.525 0.083 0.281 0.067 18 K 0.013 0.017 0.022 0.133 0.128 0.428 0.259 19 G 0.027 0.008 0.073 0.077 0.079 0.128 0.607 20 K 0.112 0.005 0.145 0.071 0.222 0.096 0.350 21 D 0.311 0.011 0.072 0.040 0.158 0.061 0.347 22 I 0.655 0.009 0.027 0.038 0.039 0.020 0.212 23 I 0.854 0.009 0.006 0.034 0.023 0.006 0.068 24 E 0.911 0.005 0.002 0.020 0.005 0.004 0.052 25 L 0.742 0.007 0.001 0.013 0.017 0.005 0.215 26 D 0.554 0.025 0.001 0.009 0.016 0.011 0.383 27 T 0.178 0.011 0.040 0.052 0.101 0.169 0.449 28 S 0.042 0.005 0.084 0.027 0.238 0.481 0.124 29 K 0.034 0.003 0.117 0.029 0.200 0.516 0.100 30 L 0.123 0.028 0.095 0.050 0.110 0.127 0.468 31 T 0.170 0.038 0.062 0.041 0.134 0.058 0.497 32 S 0.247 0.010 0.092 0.092 0.188 0.164 0.206 33 L 0.372 0.024 0.137 0.077 0.068 0.161 0.160 34 F 0.522 0.009 0.026 0.008 0.039 0.020 0.375 35 Q 0.439 0.001 0.010 0.006 0.378 0.021 0.145 36 R 0.968 0.001 0.002 0.002 0.010 0.005 0.012 37 M 0.990 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 38 I 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 39 V 0.983 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 40 A 0.888 0.002 0.001 0.006 0.009 0.008 0.087 41 T 0.454 0.007 0.003 0.008 0.144 0.026 0.357 42 G 0.103 0.013 0.006 0.010 0.466 0.096 0.306 43 D 0.037 0.011 0.008 0.023 0.362 0.128 0.431 44 S 0.007 0.006 0.015 0.522 0.170 0.085 0.195 45 N 0.001 0.001 0.007 0.921 0.022 0.030 0.017 46 R 0.002 0.001 0.003 0.970 0.009 0.009 0.007 47 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.003 0.005 48 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.002 49 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 61 E 0.001 0.001 0.003 0.968 0.003 0.023 0.001 62 A 0.001 0.001 0.003 0.449 0.005 0.540 0.002 63 G 0.001 0.001 0.001 0.014 0.009 0.964 0.012 64 V 0.029 0.006 0.002 0.004 0.041 0.008 0.909 65 D 0.403 0.048 0.012 0.006 0.027 0.006 0.499 66 I 0.625 0.026 0.027 0.013 0.050 0.010 0.248 67 V 0.543 0.015 0.057 0.015 0.073 0.056 0.242 68 G 0.396 0.007 0.071 0.013 0.128 0.132 0.254 69 S 0.528 0.026 0.048 0.020 0.088 0.072 0.218 70 E 0.631 0.041 0.028 0.015 0.066 0.084 0.135 71 G 0.462 0.024 0.026 0.006 0.127 0.107 0.248 72 H 0.315 0.027 0.035 0.006 0.141 0.134 0.342 73 E 0.186 0.017 0.054 0.007 0.195 0.358 0.183 74 S 0.060 0.007 0.039 0.002 0.183 0.617 0.092 75 G 0.085 0.003 0.013 0.001 0.315 0.356 0.228 76 E 0.280 0.005 0.002 0.001 0.270 0.028 0.416 77 W 0.949 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.044 78 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 79 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 81 D 0.812 0.002 0.001 0.001 0.009 0.003 0.173 82 A 0.160 0.005 0.032 0.004 0.102 0.551 0.144 83 G 0.036 0.001 0.028 0.001 0.144 0.659 0.131 84 D 0.116 0.002 0.012 0.001 0.485 0.040 0.343 85 V 0.882 0.004 0.002 0.001 0.008 0.004 0.100 86 V 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 87 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 88 H 0.966 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.021 89 V 0.927 0.001 0.003 0.002 0.012 0.020 0.035 90 M 0.784 0.009 0.003 0.005 0.040 0.004 0.155 91 L 0.394 0.007 0.003 0.004 0.134 0.002 0.457 92 P 0.027 0.001 0.395 0.314 0.073 0.097 0.092 93 A 0.020 0.005 0.252 0.411 0.058 0.162 0.092 94 V 0.015 0.004 0.344 0.409 0.026 0.100 0.102 95 R 0.041 0.024 0.194 0.449 0.076 0.117 0.098 96 D 0.055 0.005 0.107 0.506 0.092 0.182 0.054 97 Y 0.073 0.008 0.083 0.514 0.056 0.210 0.057 98 Y 0.146 0.030 0.019 0.420 0.132 0.079 0.174 99 D 0.098 0.028 0.008 0.188 0.074 0.047 0.557 100 I 0.004 0.002 0.031 0.900 0.006 0.027 0.030 101 E 0.003 0.001 0.084 0.862 0.009 0.026 0.016 102 A 0.006 0.001 0.153 0.775 0.009 0.035 0.021 103 L 0.008 0.004 0.116 0.779 0.010 0.060 0.023 104 W 0.009 0.011 0.067 0.645 0.028 0.201 0.040 105 G 0.003 0.002 0.039 0.292 0.032 0.586 0.047 106 G 0.008 0.003 0.021 0.078 0.231 0.348 0.312 107 Q 0.016 0.007 0.023 0.030 0.401 0.142 0.379 108 K 0.024 0.006 0.008 0.010 0.222 0.013 0.716 109 P 0.072 0.018 0.029 0.025 0.091 0.051 0.714 110 S 0.284 0.042 0.045 0.042 0.106 0.065 0.416 111 F 0.430 0.042 0.034 0.048 0.077 0.027 0.342 112 A 0.406 0.027 0.031 0.043 0.057 0.035 0.402 113 V 0.223 0.020 0.072 0.079 0.096 0.142 0.368 114 G 0.113 0.013 0.066 0.034 0.159 0.194 0.421 115 A 0.076 0.015 0.051 0.033 0.172 0.151 0.502 116 A 0.060 0.025 0.030 0.040 0.236 0.093 0.516 117 K 0.041 0.019 0.009 0.035 0.347 0.024 0.525 118 P 0.036 0.020 0.015 0.057 0.065 0.050 0.757 119 W 0.030 0.012 0.081 0.387 0.051 0.113 0.326 120 S 0.032 0.004 0.112 0.546 0.066 0.073 0.166 121 A 0.034 0.005 0.119 0.650 0.045 0.055 0.091 122 V 0.046 0.009 0.081 0.694 0.024 0.065 0.080 123 L 0.065 0.016 0.084 0.586 0.041 0.083 0.126 124 E 0.050 0.010 0.091 0.528 0.050 0.131 0.141 125 H 0.030 0.007 0.084 0.429 0.073 0.174 0.203 126 H 0.017 0.009 0.059 0.282 0.109 0.213 0.312 127 H 0.013 0.009 0.054 0.146 0.164 0.270 0.343 128 H 0.013 0.007 0.043 0.078 0.213 0.284 0.363 129 H 0.014 0.009 0.029 0.042 0.107 0.181 0.618 130 H 0.006 0.003 0.006 0.009 0.035 0.013 0.928