# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.022 0.802 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.104 0.005 0.048 0.005 2 E 0.001 0.025 0.915 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.013 0.002 0.001 0.033 3 I 0.001 0.001 0.039 0.001 0.017 0.922 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 16 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.931 0.001 0.001 0.001 0.005 0.046 0.001 0.001 17 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 0.645 0.001 0.001 0.001 0.012 0.314 0.001 0.001 18 K 0.001 0.003 0.028 0.001 0.011 0.069 0.001 0.001 0.001 0.020 0.868 0.001 0.001 19 G 0.001 0.009 0.656 0.001 0.026 0.034 0.001 0.001 0.012 0.089 0.166 0.002 0.003 20 K 0.001 0.007 0.334 0.015 0.024 0.005 0.001 0.001 0.032 0.446 0.126 0.005 0.003 21 D 0.001 0.006 0.419 0.032 0.016 0.001 0.003 0.005 0.126 0.290 0.071 0.012 0.018 22 I 0.007 0.003 0.306 0.006 0.005 0.001 0.030 0.082 0.451 0.018 0.003 0.014 0.073 23 I 0.027 0.001 0.025 0.011 0.002 0.001 0.088 0.265 0.523 0.015 0.002 0.032 0.011 24 E 0.051 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.130 0.531 0.239 0.001 0.001 0.010 0.026 25 L 0.086 0.003 0.033 0.003 0.001 0.001 0.123 0.526 0.171 0.002 0.001 0.028 0.024 26 D 0.034 0.008 0.329 0.003 0.001 0.002 0.025 0.114 0.322 0.017 0.003 0.038 0.104 27 T 0.014 0.005 0.301 0.027 0.067 0.100 0.008 0.027 0.114 0.096 0.163 0.020 0.057 28 S 0.003 0.003 0.140 0.008 0.178 0.081 0.001 0.005 0.019 0.181 0.357 0.013 0.011 29 K 0.002 0.007 0.102 0.007 0.279 0.101 0.001 0.001 0.007 0.150 0.322 0.008 0.014 30 L 0.001 0.029 0.323 0.003 0.129 0.217 0.001 0.001 0.011 0.115 0.122 0.008 0.040 31 T 0.002 0.017 0.248 0.010 0.171 0.308 0.001 0.001 0.006 0.120 0.084 0.014 0.018 32 S 0.010 0.016 0.162 0.013 0.126 0.243 0.003 0.002 0.012 0.141 0.204 0.020 0.048 33 L 0.047 0.017 0.134 0.030 0.162 0.190 0.017 0.006 0.020 0.058 0.230 0.026 0.064 34 F 0.076 0.013 0.360 0.026 0.051 0.091 0.032 0.013 0.075 0.045 0.028 0.064 0.124 35 Q 0.130 0.002 0.131 0.148 0.046 0.064 0.034 0.014 0.050 0.210 0.013 0.086 0.071 36 R 0.250 0.001 0.036 0.075 0.013 0.031 0.120 0.123 0.145 0.058 0.007 0.055 0.086 37 M 0.299 0.001 0.009 0.001 0.001 0.012 0.234 0.290 0.086 0.001 0.001 0.023 0.042 38 I 0.241 0.001 0.008 0.004 0.001 0.008 0.249 0.367 0.087 0.001 0.001 0.016 0.016 39 V 0.407 0.001 0.027 0.006 0.001 0.002 0.152 0.253 0.081 0.002 0.001 0.035 0.034 40 A 0.136 0.007 0.245 0.007 0.001 0.005 0.063 0.120 0.247 0.033 0.012 0.038 0.085 41 T 0.022 0.006 0.465 0.008 0.002 0.006 0.007 0.005 0.107 0.206 0.032 0.037 0.095 42 G 0.006 0.013 0.182 0.005 0.014 0.041 0.002 0.002 0.017 0.410 0.262 0.024 0.024 43 D 0.003 0.024 0.278 0.001 0.016 0.093 0.001 0.001 0.007 0.276 0.267 0.010 0.023 44 S 0.001 0.011 0.230 0.001 0.015 0.422 0.001 0.001 0.001 0.171 0.138 0.003 0.007 45 N 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.933 0.001 0.001 0.001 0.016 0.033 0.001 0.001 46 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 55 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 60 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.923 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.315 0.001 0.001 0.001 0.009 0.664 0.001 0.001 63 G 0.001 0.001 0.053 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.025 0.900 0.001 0.001 64 V 0.001 0.015 0.798 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.015 0.075 0.011 0.021 0.052 65 D 0.005 0.034 0.551 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 0.073 0.054 0.006 0.181 0.080 66 I 0.012 0.038 0.375 0.015 0.019 0.014 0.009 0.004 0.099 0.032 0.023 0.034 0.325 67 V 0.022 0.033 0.265 0.179 0.037 0.012 0.018 0.009 0.083 0.066 0.050 0.126 0.100 68 G 0.042 0.009 0.204 0.042 0.067 0.013 0.011 0.009 0.065 0.102 0.080 0.203 0.153 69 S 0.088 0.012 0.200 0.016 0.027 0.012 0.012 0.004 0.043 0.084 0.079 0.076 0.346 70 E 0.098 0.040 0.122 0.031 0.016 0.010 0.016 0.005 0.027 0.088 0.124 0.294 0.129 71 G 0.061 0.032 0.171 0.015 0.007 0.003 0.008 0.002 0.020 0.115 0.167 0.133 0.267 72 H 0.016 0.015 0.433 0.013 0.008 0.002 0.002 0.001 0.006 0.126 0.164 0.037 0.178 73 E 0.014 0.036 0.171 0.009 0.023 0.003 0.002 0.001 0.002 0.176 0.343 0.143 0.077 74 S 0.001 0.003 0.050 0.010 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.760 0.009 0.014 75 G 0.009 0.002 0.121 0.033 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.310 0.468 0.022 0.021 76 E 0.146 0.006 0.337 0.011 0.003 0.001 0.019 0.001 0.003 0.052 0.012 0.157 0.253 77 W 0.457 0.003 0.035 0.005 0.001 0.001 0.068 0.002 0.006 0.009 0.001 0.065 0.351 78 V 0.662 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.102 0.003 0.004 0.001 0.001 0.192 0.026 79 L 0.630 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.162 0.005 0.004 0.001 0.001 0.018 0.174 80 V 0.278 0.001 0.020 0.044 0.001 0.001 0.076 0.008 0.019 0.003 0.001 0.504 0.047 81 D 0.084 0.002 0.193 0.031 0.001 0.001 0.023 0.002 0.050 0.037 0.002 0.081 0.493 82 A 0.023 0.009 0.173 0.054 0.030 0.004 0.006 0.001 0.012 0.198 0.371 0.058 0.062 83 G 0.005 0.002 0.104 0.038 0.029 0.003 0.001 0.001 0.006 0.257 0.535 0.009 0.010 84 D 0.006 0.003 0.316 0.113 0.022 0.002 0.005 0.004 0.017 0.406 0.078 0.008 0.020 85 V 0.124 0.013 0.202 0.006 0.007 0.003 0.195 0.173 0.120 0.020 0.005 0.036 0.096 86 V 0.240 0.005 0.010 0.001 0.001 0.002 0.304 0.294 0.078 0.002 0.001 0.031 0.031 87 V 0.267 0.001 0.014 0.010 0.002 0.005 0.225 0.358 0.073 0.001 0.001 0.020 0.023 88 H 0.188 0.001 0.051 0.035 0.005 0.007 0.156 0.268 0.175 0.012 0.009 0.046 0.049 89 V 0.171 0.009 0.277 0.009 0.015 0.009 0.085 0.036 0.122 0.035 0.030 0.045 0.157 90 M 0.069 0.028 0.440 0.012 0.009 0.016 0.020 0.015 0.080 0.106 0.024 0.077 0.104 91 L 0.002 0.010 0.692 0.004 0.009 0.036 0.001 0.001 0.022 0.157 0.007 0.015 0.045 92 P 0.001 0.001 0.030 0.001 0.200 0.627 0.001 0.001 0.001 0.024 0.116 0.001 0.001 93 A 0.001 0.002 0.015 0.001 0.229 0.625 0.001 0.001 0.001 0.013 0.111 0.001 0.002 94 V 0.001 0.003 0.021 0.001 0.097 0.808 0.001 0.001 0.003 0.011 0.053 0.001 0.002 95 R 0.001 0.005 0.039 0.001 0.062 0.807 0.001 0.001 0.004 0.019 0.058 0.002 0.003 96 D 0.001 0.005 0.074 0.001 0.037 0.712 0.001 0.001 0.007 0.043 0.110 0.003 0.007 97 Y 0.002 0.009 0.059 0.001 0.034 0.755 0.001 0.001 0.008 0.032 0.084 0.003 0.014 98 Y 0.001 0.004 0.037 0.001 0.008 0.878 0.001 0.001 0.002 0.042 0.021 0.004 0.003 99 D 0.001 0.002 0.052 0.001 0.006 0.901 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.001 0.003 100 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 101 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.050 0.869 0.001 0.001 0.001 0.006 0.068 0.001 0.001 103 L 0.001 0.002 0.012 0.001 0.061 0.743 0.001 0.001 0.001 0.009 0.170 0.001 0.001 104 W 0.001 0.007 0.058 0.001 0.057 0.437 0.001 0.001 0.001 0.036 0.401 0.001 0.001 105 G 0.001 0.005 0.080 0.001 0.047 0.104 0.001 0.001 0.001 0.088 0.672 0.001 0.001 106 G 0.001 0.007 0.372 0.001 0.028 0.025 0.001 0.001 0.002 0.229 0.332 0.001 0.003 107 Q 0.001 0.013 0.628 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.314 0.020 0.004 0.003 108 K 0.001 0.011 0.903 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.067 0.004 0.001 0.004 109 P 0.001 0.017 0.559 0.003 0.074 0.213 0.001 0.001 0.005 0.051 0.069 0.001 0.006 110 S 0.001 0.015 0.157 0.009 0.178 0.449 0.001 0.001 0.012 0.070 0.093 0.006 0.009 111 F 0.002 0.008 0.123 0.003 0.195 0.501 0.001 0.002 0.015 0.084 0.043 0.011 0.012 112 A 0.005 0.020 0.142 0.003 0.060 0.573 0.003 0.004 0.034 0.041 0.055 0.021 0.039 113 V 0.008 0.033 0.143 0.007 0.045 0.429 0.003 0.004 0.022 0.046 0.192 0.027 0.040 114 G 0.007 0.013 0.222 0.006 0.043 0.256 0.001 0.001 0.006 0.080 0.322 0.018 0.024 115 A 0.005 0.013 0.385 0.003 0.040 0.145 0.001 0.001 0.003 0.135 0.218 0.016 0.035 116 A 0.002 0.016 0.508 0.002 0.026 0.100 0.001 0.001 0.003 0.192 0.111 0.016 0.021 117 K 0.001 0.011 0.645 0.001 0.009 0.033 0.001 0.001 0.001 0.233 0.036 0.021 0.008 118 P 0.001 0.014 0.711 0.001 0.024 0.069 0.001 0.001 0.001 0.068 0.076 0.003 0.032 119 W 0.001 0.016 0.436 0.003 0.079 0.223 0.001 0.001 0.002 0.115 0.101 0.011 0.011 120 S 0.002 0.006 0.286 0.004 0.159 0.335 0.001 0.001 0.003 0.097 0.080 0.007 0.018 121 A 0.003 0.010 0.219 0.004 0.129 0.440 0.001 0.001 0.005 0.073 0.075 0.020 0.021 122 V 0.008 0.023 0.209 0.004 0.083 0.475 0.002 0.002 0.009 0.049 0.068 0.023 0.045 123 L 0.012 0.031 0.263 0.007 0.043 0.375 0.002 0.002 0.013 0.087 0.066 0.048 0.051 124 E 0.008 0.016 0.324 0.005 0.033 0.318 0.001 0.001 0.008 0.097 0.106 0.032 0.051 125 H 0.005 0.021 0.273 0.005 0.050 0.242 0.001 0.001 0.006 0.122 0.215 0.018 0.041 126 H 0.003 0.016 0.334 0.003 0.073 0.146 0.001 0.001 0.002 0.133 0.252 0.018 0.020 127 H 0.002 0.012 0.322 0.004 0.097 0.096 0.001 0.001 0.001 0.173 0.260 0.013 0.018 128 H 0.002 0.016 0.315 0.002 0.068 0.084 0.001 0.001 0.002 0.191 0.289 0.014 0.017 129 H 0.001 0.017 0.558 0.002 0.025 0.041 0.001 0.001 0.002 0.189 0.141 0.007 0.017 130 H 0.001 0.011 0.862 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.073 0.016 0.007 0.008