# TARGET T0354 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0354/T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.152 0.032 0.179 0.267 0.004 0.054 0.007 0.004 0.013 0.020 0.040 0.069 0.123 0.001 0.003 0.032 2 E 0.036 0.039 0.092 0.079 0.004 0.345 0.003 0.004 0.001 0.004 0.039 0.146 0.200 0.001 0.001 0.004 3 I 0.001 0.005 0.005 0.016 0.001 0.180 0.001 0.003 0.001 0.001 0.511 0.045 0.231 0.001 0.001 0.001 4 Q 0.001 0.008 0.002 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.501 0.376 0.001 0.001 0.001 5 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.106 0.877 0.001 0.001 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.980 0.001 0.001 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.984 0.001 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.015 0.001 0.006 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.005 0.005 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.007 0.009 16 D 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.551 0.259 0.012 0.151 17 I 0.013 0.002 0.186 0.002 0.001 0.001 0.104 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.297 0.079 0.265 0.042 18 K 0.008 0.030 0.176 0.007 0.001 0.023 0.021 0.017 0.002 0.003 0.009 0.007 0.335 0.007 0.138 0.215 19 G 0.137 0.013 0.029 0.013 0.007 0.158 0.044 0.003 0.018 0.008 0.092 0.022 0.243 0.057 0.004 0.152 20 K 0.044 0.673 0.107 0.027 0.001 0.004 0.004 0.008 0.002 0.001 0.015 0.043 0.040 0.001 0.025 0.006 21 D 0.017 0.116 0.383 0.228 0.001 0.022 0.005 0.001 0.022 0.002 0.002 0.018 0.059 0.001 0.007 0.117 22 I 0.026 0.005 0.802 0.144 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 23 I 0.002 0.015 0.334 0.634 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.003 0.017 0.959 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 25 L 0.001 0.023 0.022 0.945 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.005 0.002 0.097 0.008 0.881 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 T 0.002 0.052 0.004 0.044 0.019 0.050 0.001 0.007 0.001 0.001 0.814 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 S 0.001 0.137 0.007 0.051 0.003 0.053 0.001 0.022 0.006 0.002 0.032 0.670 0.005 0.001 0.006 0.001 29 K 0.010 0.077 0.089 0.095 0.005 0.063 0.010 0.014 0.038 0.013 0.175 0.066 0.208 0.003 0.016 0.118 30 L 0.078 0.109 0.161 0.111 0.005 0.041 0.017 0.006 0.011 0.003 0.075 0.140 0.193 0.004 0.007 0.036 31 T 0.046 0.062 0.263 0.094 0.004 0.126 0.014 0.008 0.004 0.004 0.027 0.083 0.243 0.002 0.009 0.011 32 S 0.011 0.033 0.056 0.104 0.008 0.244 0.009 0.007 0.004 0.003 0.168 0.035 0.299 0.002 0.002 0.015 33 L 0.012 0.239 0.065 0.187 0.015 0.034 0.014 0.006 0.007 0.001 0.077 0.126 0.183 0.008 0.004 0.021 34 F 0.014 0.036 0.132 0.250 0.008 0.126 0.033 0.012 0.009 0.002 0.012 0.056 0.272 0.006 0.017 0.015 35 Q 0.008 0.483 0.185 0.151 0.001 0.020 0.006 0.004 0.005 0.001 0.003 0.009 0.092 0.001 0.008 0.025 36 R 0.014 0.012 0.083 0.861 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 37 M 0.018 0.002 0.634 0.341 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 I 0.001 0.002 0.056 0.929 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 V 0.001 0.007 0.003 0.962 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 A 0.001 0.015 0.003 0.918 0.037 0.019 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 T 0.005 0.065 0.016 0.671 0.047 0.148 0.002 0.021 0.006 0.007 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 42 G 0.010 0.087 0.024 0.288 0.055 0.325 0.004 0.026 0.012 0.035 0.109 0.011 0.007 0.001 0.001 0.005 43 D 0.016 0.188 0.021 0.095 0.027 0.172 0.004 0.037 0.007 0.018 0.205 0.187 0.017 0.002 0.002 0.003 44 S 0.004 0.012 0.005 0.006 0.003 0.379 0.001 0.015 0.003 0.010 0.270 0.209 0.078 0.001 0.004 0.002 45 N 0.002 0.011 0.004 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.004 0.002 0.610 0.210 0.139 0.001 0.002 0.003 46 R 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.665 0.294 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.964 0.001 0.001 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.976 0.001 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.984 0.001 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.004 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.011 0.001 0.015 59 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.009 0.001 60 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.972 0.003 0.002 0.011 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.989 0.001 63 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.950 64 V 0.990 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 D 0.006 0.031 0.782 0.074 0.002 0.086 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 66 I 0.004 0.030 0.027 0.350 0.249 0.202 0.025 0.003 0.001 0.001 0.083 0.003 0.007 0.012 0.001 0.002 67 V 0.003 0.349 0.036 0.357 0.007 0.025 0.001 0.142 0.005 0.001 0.014 0.038 0.004 0.001 0.017 0.001 68 G 0.005 0.034 0.077 0.418 0.009 0.087 0.003 0.008 0.162 0.074 0.021 0.015 0.023 0.001 0.002 0.059 69 S 0.249 0.029 0.163 0.164 0.162 0.029 0.086 0.006 0.003 0.003 0.049 0.015 0.016 0.018 0.001 0.007 70 E 0.010 0.108 0.212 0.387 0.007 0.026 0.003 0.155 0.004 0.002 0.009 0.017 0.008 0.001 0.047 0.004 71 G 0.009 0.024 0.052 0.440 0.042 0.089 0.009 0.009 0.093 0.128 0.015 0.007 0.012 0.002 0.001 0.066 72 H 0.225 0.072 0.032 0.148 0.046 0.323 0.005 0.034 0.005 0.005 0.056 0.023 0.020 0.001 0.002 0.003 73 E 0.007 0.055 0.054 0.053 0.281 0.063 0.050 0.035 0.010 0.014 0.269 0.041 0.013 0.048 0.002 0.006 74 S 0.013 0.118 0.033 0.095 0.005 0.040 0.005 0.253 0.015 0.004 0.023 0.067 0.014 0.003 0.307 0.006 75 G 0.019 0.055 0.080 0.098 0.001 0.030 0.004 0.005 0.274 0.060 0.016 0.009 0.024 0.001 0.008 0.315 76 E 0.556 0.116 0.155 0.139 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 77 W 0.018 0.003 0.693 0.280 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 V 0.002 0.002 0.266 0.724 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 L 0.001 0.001 0.004 0.960 0.027 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 V 0.001 0.010 0.004 0.919 0.028 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 D 0.001 0.004 0.001 0.035 0.759 0.167 0.005 0.003 0.002 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.002 0.100 0.002 0.025 0.007 0.035 0.001 0.691 0.003 0.001 0.113 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 83 G 0.003 0.055 0.010 0.046 0.001 0.034 0.002 0.020 0.493 0.181 0.029 0.093 0.005 0.001 0.008 0.019 84 D 0.530 0.165 0.100 0.091 0.001 0.003 0.002 0.001 0.031 0.001 0.004 0.021 0.010 0.001 0.003 0.039 85 V 0.060 0.006 0.733 0.182 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 86 V 0.005 0.008 0.578 0.393 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.007 0.010 0.956 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 88 H 0.001 0.008 0.007 0.943 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 89 V 0.001 0.018 0.014 0.848 0.009 0.068 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 90 M 0.001 0.116 0.030 0.798 0.002 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.001 0.001 0.003 91 L 0.004 0.009 0.013 0.170 0.012 0.732 0.003 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 0.032 0.001 0.001 0.001 92 P 0.001 0.024 0.005 0.018 0.002 0.221 0.001 0.008 0.001 0.001 0.659 0.010 0.053 0.001 0.001 0.001 93 A 0.001 0.101 0.001 0.015 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.731 0.061 0.001 0.001 0.001 94 V 0.002 0.009 0.009 0.013 0.001 0.012 0.011 0.001 0.001 0.001 0.018 0.162 0.746 0.005 0.007 0.004 95 R 0.001 0.003 0.037 0.004 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.886 0.004 0.009 0.009 96 D 0.004 0.008 0.009 0.011 0.001 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.028 0.034 0.834 0.007 0.010 0.034 97 Y 0.019 0.014 0.040 0.017 0.003 0.007 0.034 0.001 0.003 0.001 0.017 0.016 0.641 0.058 0.017 0.112 98 Y 0.014 0.028 0.303 0.060 0.001 0.004 0.005 0.009 0.001 0.001 0.007 0.022 0.461 0.001 0.060 0.023 99 D 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.598 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.367 0.001 0.001 0.006 100 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.743 0.010 0.224 0.001 0.001 0.001 101 E 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.813 0.164 0.001 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.004 0.003 0.012 103 L 0.002 0.002 0.057 0.003 0.004 0.004 0.094 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.663 0.113 0.007 0.043 104 W 0.003 0.008 0.034 0.006 0.011 0.004 0.231 0.017 0.001 0.001 0.004 0.004 0.285 0.276 0.093 0.025 105 G 0.007 0.010 0.047 0.020 0.003 0.015 0.043 0.063 0.021 0.015 0.010 0.007 0.307 0.023 0.237 0.173 106 G 0.068 0.069 0.046 0.030 0.002 0.010 0.019 0.004 0.051 0.021 0.026 0.013 0.150 0.010 0.013 0.467 107 Q 0.313 0.063 0.355 0.096 0.001 0.011 0.011 0.003 0.003 0.002 0.013 0.032 0.055 0.002 0.012 0.026 108 K 0.023 0.032 0.420 0.104 0.008 0.285 0.013 0.003 0.002 0.005 0.012 0.026 0.055 0.002 0.002 0.008 109 P 0.013 0.143 0.053 0.193 0.008 0.208 0.004 0.015 0.003 0.002 0.257 0.030 0.064 0.002 0.002 0.004 110 S 0.006 0.122 0.034 0.234 0.006 0.096 0.006 0.007 0.011 0.002 0.088 0.296 0.082 0.002 0.004 0.004 111 F 0.014 0.055 0.115 0.221 0.005 0.050 0.006 0.011 0.006 0.003 0.066 0.119 0.306 0.001 0.007 0.015 112 A 0.018 0.020 0.090 0.113 0.096 0.092 0.079 0.007 0.006 0.003 0.048 0.047 0.204 0.149 0.003 0.025 113 V 0.010 0.068 0.132 0.162 0.005 0.027 0.014 0.115 0.002 0.001 0.033 0.031 0.177 0.006 0.209 0.008 114 G 0.007 0.032 0.062 0.165 0.006 0.077 0.013 0.013 0.062 0.062 0.034 0.037 0.223 0.010 0.011 0.186 115 A 0.295 0.040 0.075 0.123 0.008 0.052 0.020 0.009 0.006 0.003 0.086 0.033 0.196 0.011 0.011 0.031 116 A 0.017 0.173 0.388 0.210 0.003 0.019 0.008 0.007 0.004 0.002 0.017 0.040 0.068 0.003 0.013 0.029 117 K 0.027 0.030 0.184 0.239 0.022 0.264 0.031 0.004 0.004 0.008 0.012 0.026 0.115 0.006 0.006 0.023 118 P 0.015 0.082 0.082 0.088 0.010 0.332 0.009 0.025 0.002 0.002 0.222 0.017 0.098 0.003 0.005 0.007 119 W 0.008 0.267 0.042 0.146 0.002 0.065 0.004 0.018 0.016 0.004 0.129 0.211 0.066 0.003 0.007 0.011 120 S 0.035 0.063 0.115 0.182 0.003 0.082 0.012 0.004 0.011 0.003 0.041 0.163 0.249 0.003 0.011 0.021 121 A 0.023 0.039 0.289 0.135 0.003 0.059 0.012 0.006 0.003 0.001 0.079 0.037 0.268 0.006 0.006 0.033 122 V 0.017 0.077 0.200 0.294 0.009 0.059 0.020 0.008 0.004 0.002 0.029 0.058 0.181 0.013 0.008 0.021 123 L 0.012 0.050 0.177 0.352 0.012 0.065 0.024 0.010 0.004 0.002 0.024 0.022 0.205 0.006 0.013 0.022 124 E 0.017 0.058 0.150 0.268 0.031 0.119 0.036 0.016 0.008 0.007 0.039 0.022 0.153 0.020 0.009 0.047 125 H 0.026 0.086 0.115 0.216 0.026 0.146 0.025 0.036 0.007 0.007 0.083 0.041 0.134 0.012 0.020 0.021 126 H 0.016 0.111 0.084 0.120 0.032 0.151 0.033 0.028 0.015 0.013 0.118 0.079 0.131 0.020 0.017 0.030 127 H 0.036 0.099 0.080 0.088 0.019 0.101 0.032 0.040 0.016 0.008 0.136 0.100 0.154 0.020 0.040 0.033 128 H 0.031 0.114 0.139 0.082 0.012 0.065 0.024 0.027 0.027 0.012 0.092 0.115 0.153 0.013 0.037 0.058 129 H 0.058 0.056 0.141 0.065 0.038 0.086 0.082 0.014 0.017 0.010 0.072 0.092 0.160 0.036 0.020 0.052 130 H 0.041 0.090 0.190 0.076 0.020 0.063 0.050 0.053 0.009 0.005 0.085 0.071 0.141 0.019 0.053 0.032