# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.307 0.088 0.056 0.070 0.061 0.070 0.101 0.092 0.072 0.053 0.029 2 E 0.125 0.452 0.083 0.154 0.088 0.045 0.027 0.011 0.008 0.005 0.003 3 I 0.051 0.076 0.045 0.112 0.128 0.158 0.176 0.122 0.080 0.039 0.014 4 Q 0.623 0.157 0.062 0.084 0.050 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.196 0.140 0.378 0.214 0.050 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.002 0.005 0.017 0.023 0.029 0.091 0.247 0.205 0.182 0.138 0.061 7 S 0.001 0.003 0.046 0.022 0.043 0.130 0.366 0.206 0.110 0.050 0.021 8 K 0.003 0.022 0.734 0.182 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.011 0.093 0.114 0.195 0.270 0.219 0.058 0.024 0.011 0.004 10 A 0.001 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.020 0.057 0.205 0.303 0.400 11 I 0.001 0.001 0.033 0.035 0.103 0.258 0.423 0.093 0.036 0.013 0.004 12 E 0.003 0.014 0.770 0.155 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.002 0.015 0.009 0.024 0.097 0.430 0.194 0.127 0.066 0.036 14 L 0.002 0.001 0.014 0.008 0.006 0.009 0.055 0.113 0.235 0.301 0.256 15 E 0.018 0.044 0.384 0.178 0.161 0.108 0.073 0.020 0.008 0.004 0.002 16 D 0.041 0.064 0.445 0.235 0.109 0.066 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 17 I 0.044 0.034 0.038 0.053 0.075 0.125 0.252 0.159 0.108 0.076 0.036 18 K 0.054 0.117 0.124 0.180 0.116 0.118 0.132 0.061 0.047 0.030 0.021 19 G 0.030 0.022 0.076 0.048 0.060 0.077 0.164 0.138 0.144 0.127 0.116 20 K 0.136 0.144 0.189 0.260 0.134 0.069 0.045 0.014 0.006 0.003 0.001 21 D 0.060 0.150 0.112 0.238 0.182 0.115 0.091 0.029 0.015 0.006 0.003 22 I 0.004 0.004 0.007 0.014 0.014 0.019 0.043 0.081 0.184 0.269 0.360 23 I 0.017 0.046 0.069 0.168 0.194 0.189 0.203 0.068 0.032 0.011 0.004 24 E 0.012 0.059 0.081 0.251 0.181 0.138 0.137 0.075 0.039 0.019 0.008 25 L 0.003 0.003 0.004 0.010 0.016 0.028 0.085 0.134 0.239 0.250 0.226 26 D 0.025 0.114 0.082 0.292 0.239 0.125 0.077 0.025 0.013 0.005 0.002 27 T 0.006 0.010 0.006 0.017 0.018 0.023 0.078 0.130 0.229 0.253 0.231 28 S 0.152 0.177 0.080 0.251 0.179 0.090 0.049 0.014 0.006 0.002 0.001 29 K 0.395 0.252 0.056 0.146 0.075 0.039 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 30 L 0.031 0.041 0.018 0.096 0.104 0.125 0.178 0.130 0.126 0.096 0.056 31 T 0.058 0.056 0.028 0.094 0.101 0.147 0.185 0.109 0.107 0.067 0.048 32 S 0.109 0.108 0.089 0.187 0.141 0.119 0.138 0.054 0.030 0.015 0.009 33 L 0.018 0.019 0.026 0.058 0.060 0.100 0.227 0.161 0.157 0.117 0.057 34 F 0.006 0.008 0.016 0.044 0.051 0.057 0.137 0.147 0.204 0.191 0.140 35 Q 0.006 0.012 0.043 0.094 0.120 0.130 0.208 0.165 0.126 0.068 0.027 36 R 0.001 0.005 0.032 0.044 0.076 0.135 0.271 0.204 0.134 0.071 0.027 37 M 0.001 0.001 0.006 0.005 0.004 0.008 0.047 0.152 0.263 0.316 0.199 38 I 0.001 0.001 0.005 0.007 0.010 0.022 0.114 0.203 0.244 0.225 0.167 39 V 0.001 0.001 0.010 0.004 0.004 0.008 0.045 0.115 0.244 0.285 0.284 40 A 0.001 0.001 0.005 0.007 0.008 0.017 0.085 0.156 0.264 0.271 0.186 41 T 0.006 0.020 0.029 0.064 0.057 0.076 0.201 0.179 0.189 0.113 0.067 42 G 0.010 0.011 0.010 0.035 0.059 0.090 0.195 0.190 0.184 0.130 0.087 43 D 0.069 0.308 0.094 0.223 0.169 0.081 0.041 0.010 0.004 0.001 0.001 44 S 0.019 0.035 0.018 0.080 0.097 0.110 0.182 0.159 0.149 0.097 0.055 45 N 0.381 0.223 0.062 0.150 0.104 0.052 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 46 R 0.151 0.117 0.077 0.224 0.143 0.124 0.111 0.033 0.013 0.004 0.002 47 Q 0.002 0.007 0.018 0.039 0.054 0.100 0.193 0.172 0.173 0.146 0.097 48 V 0.002 0.002 0.023 0.011 0.013 0.031 0.180 0.204 0.211 0.189 0.134 49 K 0.003 0.015 0.320 0.350 0.201 0.071 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 50 A 0.016 0.034 0.284 0.147 0.143 0.160 0.159 0.038 0.013 0.005 0.002 51 L 0.001 0.001 0.041 0.011 0.008 0.014 0.084 0.128 0.236 0.277 0.200 52 A 0.001 0.001 0.026 0.007 0.018 0.067 0.466 0.207 0.114 0.064 0.028 53 N 0.004 0.014 0.774 0.157 0.039 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.003 0.014 0.112 0.091 0.197 0.274 0.244 0.046 0.013 0.004 0.001 55 V 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.002 0.025 0.070 0.238 0.324 0.327 56 Q 0.001 0.001 0.011 0.027 0.125 0.280 0.408 0.097 0.035 0.013 0.004 57 V 0.006 0.019 0.848 0.095 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.005 0.024 0.049 0.119 0.250 0.397 0.103 0.036 0.013 0.004 59 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.023 0.070 0.203 0.309 0.382 60 K 0.002 0.013 0.147 0.210 0.289 0.182 0.109 0.031 0.010 0.005 0.003 61 E 0.021 0.049 0.790 0.094 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.006 0.011 0.010 0.032 0.075 0.185 0.420 0.152 0.064 0.032 0.013 63 G 0.692 0.169 0.035 0.046 0.019 0.012 0.012 0.005 0.004 0.002 0.002 64 V 0.013 0.024 0.023 0.054 0.071 0.105 0.159 0.135 0.147 0.140 0.127 65 D 0.273 0.340 0.142 0.144 0.056 0.023 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 66 I 0.055 0.025 0.013 0.042 0.060 0.092 0.195 0.161 0.162 0.111 0.085 67 V 0.071 0.086 0.034 0.111 0.115 0.124 0.167 0.101 0.080 0.061 0.050 68 G 0.077 0.099 0.051 0.170 0.161 0.145 0.117 0.068 0.056 0.035 0.023 69 S 0.069 0.059 0.036 0.091 0.096 0.117 0.149 0.114 0.113 0.089 0.067 70 E 0.039 0.048 0.025 0.069 0.084 0.094 0.187 0.156 0.133 0.103 0.062 71 G 0.112 0.055 0.021 0.070 0.066 0.071 0.129 0.111 0.116 0.121 0.127 72 H 0.050 0.078 0.051 0.172 0.164 0.142 0.140 0.078 0.061 0.037 0.027 73 E 0.229 0.186 0.135 0.184 0.096 0.075 0.048 0.019 0.013 0.008 0.007 74 S 0.183 0.215 0.089 0.192 0.118 0.073 0.069 0.029 0.016 0.010 0.006 75 G 0.219 0.089 0.033 0.111 0.127 0.116 0.142 0.076 0.049 0.026 0.012 76 E 0.054 0.156 0.093 0.293 0.214 0.104 0.055 0.016 0.008 0.004 0.003 77 W 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.039 0.138 0.209 0.237 0.214 0.143 78 V 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.057 0.183 0.225 0.220 0.158 0.124 79 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.011 0.062 0.138 0.217 0.286 0.275 80 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.051 0.122 0.246 0.286 0.277 81 D 0.002 0.006 0.005 0.032 0.036 0.062 0.169 0.182 0.219 0.170 0.117 82 A 0.004 0.007 0.006 0.036 0.043 0.051 0.128 0.170 0.220 0.204 0.131 83 G 0.022 0.039 0.026 0.174 0.210 0.158 0.184 0.107 0.054 0.018 0.007 84 D 0.009 0.057 0.034 0.208 0.249 0.223 0.140 0.051 0.019 0.007 0.003 85 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.060 0.163 0.287 0.278 0.186 86 V 0.002 0.004 0.004 0.024 0.042 0.081 0.190 0.196 0.192 0.140 0.125 87 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.013 0.064 0.152 0.276 0.302 0.175 88 H 0.001 0.002 0.002 0.017 0.028 0.064 0.192 0.227 0.240 0.151 0.075 89 V 0.001 0.002 0.004 0.006 0.008 0.015 0.079 0.147 0.248 0.280 0.209 90 M 0.002 0.008 0.007 0.045 0.065 0.083 0.170 0.188 0.191 0.151 0.090 91 L 0.010 0.144 0.045 0.192 0.202 0.156 0.145 0.061 0.029 0.011 0.004 92 P 0.546 0.159 0.074 0.128 0.063 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 A 0.619 0.108 0.062 0.108 0.052 0.028 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 94 V 0.029 0.037 0.052 0.094 0.081 0.126 0.258 0.143 0.107 0.051 0.022 95 R 0.009 0.012 0.028 0.110 0.157 0.219 0.208 0.130 0.073 0.041 0.015 96 D 0.051 0.129 0.480 0.152 0.085 0.052 0.030 0.012 0.005 0.003 0.001 97 Y 0.004 0.016 0.056 0.094 0.136 0.191 0.239 0.123 0.082 0.045 0.015 98 Y 0.012 0.014 0.029 0.032 0.045 0.064 0.189 0.170 0.191 0.163 0.093 99 D 0.023 0.070 0.167 0.301 0.209 0.112 0.071 0.024 0.013 0.006 0.004 100 I 0.005 0.013 0.104 0.037 0.030 0.029 0.090 0.129 0.223 0.207 0.134 101 E 0.008 0.007 0.037 0.052 0.065 0.112 0.221 0.171 0.158 0.103 0.067 102 A 0.016 0.035 0.201 0.168 0.132 0.126 0.155 0.080 0.048 0.025 0.013 103 L 0.003 0.010 0.051 0.050 0.074 0.125 0.232 0.163 0.146 0.093 0.052 104 W 0.004 0.007 0.011 0.020 0.026 0.042 0.109 0.140 0.220 0.238 0.184 105 G 0.046 0.076 0.043 0.089 0.099 0.109 0.193 0.128 0.110 0.070 0.038 106 G 0.284 0.153 0.106 0.166 0.106 0.075 0.055 0.027 0.016 0.009 0.004 107 Q 0.261 0.155 0.052 0.119 0.116 0.095 0.095 0.048 0.030 0.020 0.010 108 K 0.335 0.274 0.084 0.124 0.063 0.040 0.031 0.018 0.015 0.010 0.006 109 P 0.376 0.104 0.049 0.090 0.082 0.079 0.079 0.048 0.045 0.032 0.017 110 S 0.254 0.163 0.060 0.110 0.084 0.074 0.094 0.059 0.049 0.032 0.021 111 F 0.112 0.074 0.065 0.116 0.107 0.115 0.145 0.101 0.082 0.054 0.030 112 A 0.139 0.095 0.088 0.157 0.120 0.104 0.112 0.065 0.053 0.039 0.028 113 V 0.048 0.062 0.088 0.096 0.103 0.106 0.155 0.122 0.106 0.074 0.039 114 G 0.227 0.161 0.106 0.140 0.103 0.077 0.076 0.043 0.034 0.022 0.012 115 A 0.162 0.112 0.110 0.147 0.113 0.090 0.110 0.060 0.049 0.032 0.018 116 A 0.198 0.122 0.099 0.127 0.107 0.095 0.103 0.059 0.046 0.030 0.015 117 K 0.186 0.229 0.112 0.192 0.118 0.062 0.047 0.023 0.017 0.009 0.005 118 P 0.288 0.105 0.054 0.079 0.073 0.081 0.105 0.074 0.066 0.047 0.029 119 W 0.186 0.115 0.071 0.123 0.117 0.107 0.123 0.066 0.048 0.029 0.015 120 S 0.339 0.215 0.105 0.147 0.077 0.041 0.035 0.018 0.013 0.007 0.004 121 A 0.220 0.099 0.083 0.118 0.100 0.094 0.108 0.066 0.054 0.036 0.022 122 V 0.163 0.131 0.103 0.143 0.106 0.092 0.110 0.060 0.045 0.029 0.016 123 L 0.056 0.056 0.065 0.092 0.106 0.125 0.180 0.125 0.108 0.062 0.026 124 E 0.273 0.211 0.192 0.165 0.079 0.037 0.024 0.010 0.006 0.003 0.001 125 H 0.188 0.129 0.116 0.124 0.103 0.089 0.107 0.061 0.043 0.027 0.013 126 H 0.255 0.163 0.079 0.137 0.106 0.080 0.077 0.044 0.031 0.019 0.008 127 H 0.269 0.175 0.104 0.152 0.102 0.070 0.061 0.030 0.020 0.011 0.005 128 H 0.233 0.136 0.103 0.130 0.094 0.081 0.093 0.054 0.038 0.024 0.012 129 H 0.386 0.185 0.086 0.120 0.076 0.047 0.043 0.023 0.017 0.010 0.005 130 H 0.410 0.158 0.054 0.105 0.075 0.055 0.056 0.035 0.027 0.017 0.009