# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.435 0.149 0.011 0.221 0.005 0.008 0.029 0.016 0.031 0.031 2 E 0.038 0.587 0.177 0.002 0.122 0.001 0.003 0.043 0.007 0.009 0.009 3 I 0.010 0.018 0.005 0.001 0.013 0.001 0.002 0.683 0.241 0.022 0.005 4 Q 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003 0.004 0.005 0.902 0.071 0.003 0.001 5 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.029 0.010 0.001 6 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.033 0.006 0.001 7 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 8 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.008 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.004 0.001 11 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.064 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.954 0.029 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.889 0.068 0.025 0.001 14 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.777 0.199 0.012 0.001 15 E 0.001 0.012 0.003 0.002 0.002 0.007 0.047 0.708 0.213 0.006 0.001 16 D 0.008 0.005 0.002 0.001 0.007 0.003 0.076 0.395 0.216 0.270 0.016 17 I 0.031 0.517 0.193 0.002 0.183 0.002 0.010 0.021 0.019 0.016 0.007 18 K 0.127 0.077 0.025 0.006 0.077 0.005 0.018 0.034 0.049 0.422 0.161 19 G 0.287 0.093 0.070 0.012 0.316 0.007 0.009 0.017 0.035 0.036 0.119 20 K 0.004 0.025 0.008 0.022 0.020 0.183 0.366 0.303 0.058 0.008 0.003 21 D 0.348 0.044 0.006 0.001 0.379 0.001 0.004 0.011 0.018 0.106 0.082 22 I 0.358 0.033 0.002 0.001 0.578 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.019 23 I 0.087 0.062 0.004 0.004 0.814 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.010 24 E 0.327 0.044 0.002 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 25 L 0.190 0.193 0.018 0.006 0.462 0.010 0.011 0.005 0.002 0.029 0.075 26 D 0.420 0.041 0.004 0.001 0.453 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.078 27 T 0.077 0.060 0.019 0.006 0.103 0.004 0.003 0.058 0.269 0.305 0.096 28 S 0.004 0.027 0.017 0.020 0.013 0.073 0.284 0.333 0.206 0.021 0.002 29 K 0.063 0.050 0.034 0.012 0.064 0.006 0.031 0.179 0.192 0.308 0.063 30 L 0.092 0.088 0.027 0.018 0.144 0.023 0.067 0.162 0.165 0.146 0.070 31 T 0.070 0.236 0.062 0.019 0.145 0.019 0.023 0.154 0.147 0.077 0.049 32 S 0.097 0.110 0.049 0.013 0.183 0.014 0.042 0.229 0.173 0.062 0.030 33 L 0.161 0.058 0.012 0.004 0.161 0.011 0.069 0.189 0.140 0.152 0.044 34 F 0.199 0.159 0.035 0.011 0.441 0.007 0.009 0.028 0.021 0.038 0.053 35 Q 0.113 0.015 0.002 0.026 0.112 0.110 0.288 0.225 0.043 0.033 0.033 36 R 0.205 0.077 0.008 0.006 0.662 0.005 0.006 0.005 0.003 0.008 0.015 37 M 0.149 0.033 0.001 0.001 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 38 I 0.258 0.025 0.001 0.001 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 39 V 0.353 0.036 0.005 0.002 0.360 0.002 0.006 0.005 0.002 0.030 0.200 40 A 0.191 0.097 0.038 0.033 0.186 0.037 0.080 0.034 0.025 0.173 0.106 41 T 0.061 0.227 0.116 0.050 0.184 0.029 0.018 0.060 0.061 0.149 0.044 42 G 0.039 0.102 0.094 0.036 0.095 0.082 0.088 0.118 0.121 0.186 0.039 43 D 0.221 0.053 0.036 0.012 0.224 0.013 0.035 0.032 0.030 0.145 0.198 44 S 0.039 0.203 0.086 0.008 0.137 0.003 0.005 0.293 0.150 0.060 0.017 45 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.810 0.162 0.018 0.001 46 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.038 0.004 0.001 47 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.004 0.001 48 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 50 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.018 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.935 0.049 0.013 0.001 52 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.042 0.001 0.001 53 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.961 0.028 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.025 0.008 0.001 55 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.043 0.011 0.001 56 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.009 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.033 0.005 0.001 60 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.853 0.131 0.003 0.001 61 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.067 0.840 0.074 0.011 0.001 62 A 0.001 0.571 0.372 0.006 0.028 0.003 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 63 G 0.050 0.004 0.004 0.006 0.006 0.002 0.003 0.009 0.010 0.527 0.379 64 V 0.093 0.475 0.094 0.006 0.251 0.005 0.007 0.015 0.010 0.017 0.027 65 D 0.064 0.386 0.123 0.013 0.330 0.007 0.005 0.025 0.012 0.012 0.022 66 I 0.301 0.124 0.048 0.007 0.288 0.007 0.018 0.063 0.061 0.030 0.053 67 V 0.049 0.120 0.062 0.064 0.107 0.114 0.190 0.145 0.072 0.049 0.029 68 G 0.118 0.144 0.111 0.046 0.165 0.015 0.020 0.062 0.057 0.182 0.082 69 S 0.102 0.150 0.098 0.030 0.199 0.035 0.052 0.157 0.081 0.067 0.028 70 E 0.060 0.262 0.108 0.073 0.145 0.060 0.075 0.078 0.037 0.066 0.035 71 G 0.093 0.101 0.109 0.127 0.132 0.052 0.013 0.029 0.028 0.216 0.099 72 H 0.119 0.199 0.156 0.042 0.155 0.018 0.023 0.132 0.068 0.051 0.038 73 E 0.066 0.060 0.148 0.099 0.044 0.076 0.088 0.174 0.114 0.087 0.044 74 S 0.007 0.209 0.114 0.221 0.036 0.109 0.216 0.052 0.016 0.013 0.006 75 G 0.019 0.017 0.009 0.013 0.012 0.006 0.003 0.010 0.030 0.727 0.152 76 E 0.088 0.298 0.095 0.020 0.377 0.011 0.015 0.013 0.020 0.049 0.014 77 W 0.294 0.043 0.002 0.001 0.651 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 78 V 0.100 0.078 0.004 0.002 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 79 L 0.449 0.020 0.001 0.001 0.483 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 80 V 0.344 0.094 0.017 0.009 0.369 0.011 0.008 0.005 0.002 0.026 0.116 81 D 0.351 0.113 0.100 0.017 0.323 0.006 0.004 0.004 0.002 0.009 0.072 82 A 0.019 0.017 0.025 0.261 0.018 0.177 0.109 0.135 0.126 0.085 0.029 83 G 0.003 0.031 0.076 0.520 0.009 0.162 0.041 0.038 0.048 0.067 0.005 84 D 0.108 0.086 0.028 0.041 0.174 0.030 0.042 0.071 0.081 0.272 0.065 85 V 0.135 0.141 0.009 0.001 0.697 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 86 V 0.187 0.041 0.001 0.001 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 87 V 0.292 0.035 0.003 0.002 0.639 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.022 88 H 0.248 0.068 0.008 0.004 0.510 0.006 0.014 0.016 0.004 0.020 0.102 89 V 0.254 0.163 0.025 0.003 0.269 0.005 0.011 0.020 0.013 0.084 0.152 90 M 0.077 0.315 0.161 0.028 0.211 0.007 0.012 0.017 0.020 0.091 0.062 91 L 0.022 0.496 0.279 0.018 0.107 0.004 0.004 0.028 0.019 0.014 0.008 92 P 0.006 0.037 0.017 0.004 0.017 0.010 0.024 0.445 0.422 0.013 0.004 93 A 0.008 0.016 0.007 0.005 0.011 0.007 0.043 0.646 0.187 0.063 0.009 94 V 0.007 0.014 0.004 0.004 0.009 0.008 0.033 0.414 0.289 0.212 0.007 95 R 0.011 0.056 0.019 0.006 0.037 0.010 0.017 0.554 0.244 0.035 0.010 96 D 0.008 0.021 0.010 0.003 0.014 0.007 0.059 0.658 0.170 0.042 0.008 97 Y 0.024 0.026 0.006 0.003 0.039 0.009 0.069 0.577 0.115 0.117 0.015 98 Y 0.038 0.333 0.056 0.012 0.187 0.012 0.020 0.233 0.040 0.044 0.024 99 D 0.226 0.144 0.039 0.002 0.248 0.001 0.005 0.238 0.024 0.023 0.051 100 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.720 0.253 0.019 0.002 101 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.828 0.138 0.005 0.001 102 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.023 0.855 0.094 0.013 0.001 103 L 0.003 0.006 0.010 0.005 0.005 0.012 0.110 0.699 0.119 0.028 0.003 104 W 0.022 0.030 0.019 0.014 0.020 0.034 0.111 0.445 0.128 0.146 0.031 105 G 0.006 0.450 0.187 0.075 0.051 0.040 0.048 0.046 0.028 0.060 0.008 106 G 0.034 0.019 0.028 0.045 0.021 0.021 0.018 0.044 0.056 0.566 0.148 107 Q 0.037 0.333 0.306 0.031 0.139 0.011 0.037 0.044 0.024 0.021 0.015 108 K 0.039 0.468 0.198 0.015 0.203 0.006 0.013 0.032 0.009 0.006 0.012 109 P 0.077 0.228 0.055 0.006 0.181 0.007 0.028 0.180 0.165 0.042 0.031 110 S 0.049 0.152 0.064 0.010 0.117 0.025 0.052 0.228 0.174 0.101 0.028 111 F 0.103 0.155 0.054 0.010 0.164 0.012 0.037 0.222 0.109 0.097 0.037 112 A 0.117 0.135 0.067 0.019 0.168 0.021 0.045 0.212 0.082 0.090 0.042 113 V 0.073 0.194 0.051 0.038 0.129 0.045 0.083 0.175 0.094 0.074 0.045 114 G 0.056 0.096 0.080 0.079 0.082 0.046 0.038 0.119 0.103 0.224 0.076 115 A 0.063 0.169 0.074 0.019 0.161 0.018 0.044 0.182 0.120 0.124 0.029 116 A 0.097 0.230 0.119 0.018 0.185 0.016 0.045 0.098 0.071 0.078 0.044 117 K 0.051 0.316 0.310 0.026 0.151 0.010 0.023 0.062 0.023 0.012 0.017 118 P 0.058 0.261 0.087 0.010 0.144 0.010 0.023 0.223 0.105 0.050 0.029 119 W 0.049 0.131 0.048 0.012 0.094 0.018 0.046 0.230 0.191 0.146 0.036 120 S 0.114 0.142 0.052 0.011 0.189 0.012 0.029 0.208 0.101 0.096 0.047 121 A 0.081 0.097 0.031 0.006 0.146 0.006 0.018 0.317 0.168 0.100 0.029 122 V 0.083 0.107 0.034 0.008 0.124 0.012 0.045 0.375 0.113 0.070 0.029 123 L 0.074 0.141 0.049 0.015 0.131 0.014 0.032 0.322 0.114 0.074 0.033 124 E 0.052 0.123 0.063 0.020 0.120 0.026 0.052 0.363 0.098 0.059 0.025 125 H 0.075 0.108 0.048 0.014 0.116 0.020 0.058 0.285 0.114 0.120 0.041 126 H 0.077 0.126 0.084 0.028 0.119 0.023 0.044 0.230 0.114 0.113 0.042 127 H 0.053 0.094 0.042 0.025 0.091 0.026 0.061 0.294 0.160 0.120 0.033 128 H 0.056 0.074 0.033 0.018 0.081 0.020 0.056 0.226 0.172 0.213 0.052 129 H 0.070 0.108 0.058 0.023 0.113 0.021 0.044 0.209 0.140 0.166 0.047 130 H 0.096 0.147 0.061 0.018 0.164 0.016 0.037 0.209 0.109 0.102 0.042