# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.756 0.175 0.045 0.017 0.006 0.001 0.001 2 E 0.584 0.242 0.103 0.051 0.016 0.003 0.001 3 I 0.189 0.231 0.262 0.216 0.084 0.017 0.001 4 Q 0.579 0.276 0.095 0.036 0.012 0.003 0.001 5 E 0.381 0.380 0.166 0.053 0.016 0.003 0.001 6 I 0.021 0.059 0.167 0.335 0.332 0.083 0.002 7 S 0.036 0.106 0.174 0.343 0.256 0.082 0.003 8 K 0.125 0.443 0.306 0.105 0.019 0.002 0.001 9 L 0.021 0.037 0.201 0.440 0.273 0.029 0.001 10 A 0.016 0.008 0.006 0.018 0.130 0.714 0.108 11 I 0.005 0.021 0.082 0.326 0.387 0.172 0.007 12 E 0.041 0.334 0.378 0.197 0.044 0.006 0.001 13 A 0.016 0.052 0.144 0.367 0.327 0.091 0.003 14 L 0.009 0.010 0.018 0.087 0.331 0.491 0.055 15 E 0.134 0.345 0.306 0.154 0.050 0.011 0.001 16 D 0.336 0.435 0.166 0.051 0.011 0.001 0.001 17 I 0.102 0.205 0.278 0.275 0.110 0.026 0.003 18 K 0.085 0.167 0.207 0.248 0.197 0.090 0.006 19 G 0.053 0.088 0.166 0.299 0.299 0.090 0.005 20 K 0.240 0.408 0.218 0.095 0.031 0.007 0.001 21 D 0.061 0.116 0.213 0.329 0.207 0.069 0.005 22 I 0.035 0.043 0.061 0.127 0.268 0.376 0.090 23 I 0.033 0.098 0.146 0.259 0.278 0.167 0.019 24 E 0.025 0.116 0.257 0.312 0.199 0.076 0.015 25 L 0.009 0.017 0.030 0.091 0.274 0.460 0.118 26 D 0.040 0.171 0.224 0.273 0.189 0.091 0.012 27 T 0.024 0.047 0.095 0.234 0.364 0.209 0.026 28 S 0.164 0.275 0.265 0.188 0.081 0.023 0.004 29 K 0.239 0.389 0.215 0.108 0.035 0.012 0.002 30 L 0.056 0.124 0.206 0.280 0.218 0.101 0.015 31 T 0.045 0.115 0.194 0.252 0.256 0.122 0.016 32 S 0.050 0.184 0.256 0.231 0.163 0.095 0.021 33 L 0.006 0.021 0.058 0.172 0.320 0.341 0.082 34 F 0.004 0.019 0.040 0.107 0.258 0.411 0.161 35 Q 0.005 0.028 0.085 0.219 0.302 0.275 0.086 36 R 0.002 0.004 0.014 0.058 0.176 0.438 0.308 37 M 0.001 0.002 0.003 0.007 0.037 0.258 0.693 38 I 0.001 0.002 0.004 0.014 0.047 0.233 0.699 39 V 0.001 0.002 0.003 0.010 0.034 0.181 0.770 40 A 0.001 0.002 0.003 0.010 0.040 0.245 0.698 41 T 0.003 0.015 0.040 0.114 0.210 0.368 0.250 42 G 0.008 0.029 0.052 0.137 0.282 0.362 0.129 43 D 0.045 0.132 0.200 0.256 0.211 0.120 0.036 44 S 0.027 0.080 0.148 0.230 0.261 0.212 0.041 45 N 0.123 0.307 0.298 0.181 0.067 0.020 0.004 46 R 0.075 0.149 0.195 0.217 0.215 0.123 0.026 47 Q 0.014 0.051 0.089 0.145 0.221 0.356 0.124 48 V 0.004 0.010 0.020 0.100 0.297 0.440 0.128 49 K 0.026 0.193 0.351 0.294 0.101 0.031 0.004 50 A 0.023 0.117 0.240 0.305 0.222 0.084 0.008 51 L 0.002 0.004 0.010 0.036 0.201 0.624 0.124 52 A 0.002 0.016 0.068 0.284 0.424 0.193 0.013 53 N 0.031 0.338 0.374 0.195 0.051 0.009 0.001 54 S 0.010 0.080 0.311 0.429 0.153 0.017 0.001 55 V 0.001 0.002 0.006 0.039 0.293 0.618 0.041 56 Q 0.004 0.042 0.211 0.461 0.253 0.030 0.001 57 V 0.093 0.611 0.233 0.052 0.009 0.001 0.001 58 K 0.014 0.118 0.361 0.414 0.086 0.006 0.001 59 L 0.005 0.017 0.058 0.311 0.478 0.128 0.002 60 K 0.083 0.431 0.357 0.111 0.016 0.001 0.001 61 E 0.680 0.264 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 62 A 0.366 0.337 0.210 0.074 0.012 0.001 0.001 63 G 0.646 0.251 0.076 0.023 0.004 0.001 0.001 64 V 0.246 0.219 0.259 0.200 0.068 0.008 0.001 65 D 0.404 0.382 0.152 0.048 0.012 0.002 0.001 66 I 0.172 0.187 0.225 0.250 0.137 0.028 0.002 67 V 0.116 0.144 0.206 0.262 0.197 0.070 0.005 68 G 0.263 0.289 0.223 0.140 0.062 0.021 0.003 69 S 0.213 0.239 0.199 0.188 0.113 0.044 0.005 70 E 0.114 0.188 0.204 0.238 0.170 0.077 0.009 71 G 0.207 0.255 0.220 0.180 0.099 0.036 0.004 72 H 0.387 0.312 0.181 0.089 0.026 0.005 0.001 73 E 0.725 0.200 0.054 0.017 0.004 0.001 0.001 74 S 0.662 0.227 0.081 0.025 0.005 0.001 0.001 75 G 0.286 0.303 0.246 0.125 0.034 0.005 0.001 76 E 0.166 0.340 0.288 0.150 0.046 0.009 0.001 77 W 0.011 0.026 0.078 0.216 0.392 0.255 0.022 78 V 0.008 0.021 0.053 0.142 0.303 0.401 0.072 79 L 0.006 0.020 0.039 0.085 0.184 0.435 0.231 80 V 0.006 0.014 0.034 0.097 0.224 0.391 0.234 81 D 0.007 0.019 0.045 0.119 0.248 0.399 0.163 82 A 0.017 0.040 0.071 0.156 0.274 0.299 0.143 83 G 0.062 0.177 0.216 0.234 0.138 0.116 0.057 84 D 0.033 0.076 0.151 0.256 0.254 0.169 0.062 85 V 0.007 0.010 0.025 0.080 0.200 0.483 0.195 86 V 0.016 0.023 0.033 0.068 0.158 0.421 0.281 87 V 0.011 0.018 0.020 0.038 0.098 0.398 0.416 88 H 0.015 0.030 0.047 0.115 0.222 0.347 0.224 89 V 0.007 0.023 0.047 0.123 0.251 0.416 0.133 90 M 0.019 0.052 0.103 0.245 0.308 0.237 0.035 91 L 0.071 0.217 0.283 0.236 0.139 0.049 0.006 92 P 0.405 0.332 0.175 0.066 0.018 0.004 0.001 93 A 0.562 0.282 0.101 0.040 0.012 0.003 0.001 94 V 0.266 0.175 0.173 0.212 0.137 0.036 0.002 95 R 0.246 0.215 0.215 0.186 0.108 0.029 0.001 96 D 0.473 0.343 0.130 0.043 0.009 0.002 0.001 97 Y 0.212 0.234 0.218 0.195 0.102 0.036 0.003 98 Y 0.124 0.112 0.161 0.238 0.238 0.115 0.012 99 D 0.284 0.311 0.228 0.122 0.040 0.014 0.002 100 I 0.122 0.108 0.150 0.241 0.247 0.123 0.009 101 E 0.103 0.147 0.194 0.242 0.209 0.094 0.010 102 A 0.321 0.339 0.170 0.096 0.048 0.023 0.004 103 L 0.125 0.172 0.233 0.272 0.149 0.044 0.004 104 W 0.064 0.099 0.154 0.285 0.282 0.109 0.007 105 G 0.214 0.266 0.236 0.177 0.082 0.022 0.002 106 G 0.583 0.280 0.093 0.033 0.009 0.002 0.001 107 Q 0.441 0.267 0.174 0.088 0.025 0.005 0.001 108 K 0.574 0.271 0.095 0.043 0.013 0.003 0.001 109 P 0.391 0.242 0.182 0.118 0.053 0.013 0.001 110 S 0.350 0.264 0.184 0.127 0.058 0.015 0.001 111 F 0.228 0.208 0.219 0.209 0.105 0.029 0.002 112 A 0.283 0.274 0.208 0.144 0.069 0.021 0.002 113 V 0.221 0.198 0.226 0.214 0.111 0.028 0.002 114 G 0.508 0.264 0.125 0.068 0.028 0.007 0.001 115 A 0.438 0.251 0.159 0.099 0.040 0.012 0.001 116 A 0.519 0.236 0.122 0.078 0.035 0.009 0.001 117 K 0.469 0.305 0.142 0.061 0.019 0.004 0.001 118 P 0.429 0.243 0.159 0.110 0.047 0.011 0.001 119 W 0.347 0.264 0.206 0.127 0.047 0.009 0.001 120 S 0.537 0.278 0.121 0.047 0.014 0.003 0.001 121 A 0.270 0.224 0.221 0.192 0.078 0.014 0.001 122 V 0.241 0.249 0.230 0.175 0.083 0.021 0.001 123 L 0.236 0.204 0.222 0.218 0.101 0.019 0.001 124 E 0.638 0.237 0.082 0.032 0.009 0.002 0.001 125 H 0.467 0.239 0.153 0.098 0.036 0.006 0.001 126 H 0.573 0.240 0.110 0.055 0.017 0.003 0.001 127 H 0.700 0.197 0.067 0.027 0.007 0.001 0.001 128 H 0.743 0.170 0.057 0.023 0.006 0.001 0.001 129 H 0.773 0.150 0.049 0.021 0.006 0.001 0.001 130 H 0.726 0.177 0.065 0.025 0.006 0.001 0.001