# TARGET T0353 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.217 0.004 0.007 0.009 0.175 0.588 2 Q 0.651 0.019 0.003 0.005 0.039 0.283 3 I 0.878 0.009 0.002 0.003 0.012 0.096 4 H 0.958 0.001 0.003 0.002 0.007 0.029 5 V 0.955 0.006 0.002 0.001 0.007 0.029 6 Y 0.857 0.003 0.006 0.002 0.033 0.099 7 D 0.754 0.004 0.021 0.002 0.093 0.125 8 T 0.530 0.004 0.018 0.003 0.256 0.189 9 Y 0.651 0.017 0.013 0.003 0.214 0.103 10 V 0.777 0.027 0.004 0.005 0.104 0.082 11 K 0.783 0.036 0.005 0.007 0.101 0.067 12 A 0.526 0.029 0.008 0.010 0.365 0.062 13 K 0.119 0.005 0.010 0.008 0.811 0.047 14 D 0.034 0.002 0.006 0.003 0.900 0.056 15 G 0.088 0.010 0.005 0.003 0.811 0.083 16 H 0.527 0.023 0.003 0.003 0.170 0.274 17 V 0.847 0.016 0.001 0.002 0.039 0.095 18 M 0.904 0.005 0.001 0.001 0.028 0.061 19 H 0.899 0.008 0.002 0.001 0.035 0.055 20 F 0.850 0.002 0.003 0.002 0.056 0.087 21 D 0.905 0.002 0.003 0.002 0.037 0.052 22 V 0.944 0.002 0.002 0.002 0.023 0.026 23 F 0.940 0.004 0.002 0.002 0.030 0.022 24 T 0.847 0.015 0.003 0.003 0.075 0.056 25 D 0.421 0.013 0.015 0.007 0.398 0.146 26 V 0.039 0.004 0.073 0.026 0.759 0.099 27 R 0.007 0.002 0.097 0.067 0.731 0.096 28 D 0.011 0.007 0.071 0.145 0.622 0.143 29 D 0.008 0.003 0.059 0.645 0.217 0.069 30 K 0.015 0.001 0.036 0.770 0.103 0.075 31 K 0.061 0.009 0.065 0.766 0.060 0.039 32 A 0.060 0.004 0.029 0.874 0.017 0.017 33 I 0.037 0.001 0.013 0.937 0.006 0.006 34 E 0.032 0.001 0.010 0.949 0.005 0.005 35 F 0.017 0.001 0.005 0.968 0.004 0.006 36 A 0.007 0.001 0.002 0.976 0.003 0.011 37 K 0.004 0.001 0.003 0.982 0.004 0.006 38 Q 0.003 0.001 0.006 0.973 0.011 0.007 39 W 0.002 0.001 0.007 0.975 0.009 0.007 40 L 0.004 0.001 0.034 0.907 0.033 0.020 41 S 0.003 0.001 0.044 0.884 0.048 0.021 42 S 0.005 0.001 0.032 0.810 0.091 0.061 43 I 0.012 0.002 0.018 0.601 0.156 0.210 44 G 0.032 0.007 0.023 0.186 0.246 0.506 45 E 0.102 0.013 0.065 0.172 0.365 0.283 46 E 0.119 0.011 0.092 0.197 0.327 0.254 47 G 0.103 0.015 0.129 0.158 0.386 0.209 48 A 0.091 0.006 0.071 0.087 0.401 0.344 49 T 0.095 0.014 0.035 0.036 0.320 0.500 50 V 0.193 0.050 0.027 0.035 0.295 0.400 51 T 0.266 0.029 0.022 0.063 0.233 0.387 52 S 0.182 0.024 0.056 0.172 0.299 0.267 53 E 0.069 0.009 0.117 0.345 0.310 0.150 54 E 0.077 0.016 0.170 0.337 0.269 0.129 55 C 0.091 0.018 0.156 0.330 0.266 0.139 56 R 0.097 0.038 0.116 0.262 0.349 0.138 57 F 0.082 0.018 0.089 0.271 0.383 0.158 58 C 0.057 0.013 0.065 0.352 0.372 0.140 59 H 0.060 0.017 0.064 0.287 0.425 0.145 60 S 0.036 0.016 0.091 0.399 0.322 0.136 61 Q 0.030 0.010 0.150 0.393 0.317 0.101 62 K 0.014 0.006 0.074 0.280 0.429 0.196 63 A 0.008 0.013 0.035 0.315 0.313 0.315 64 P 0.005 0.006 0.006 0.217 0.157 0.610 65 D 0.001 0.001 0.004 0.967 0.014 0.015 66 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.009 0.005 67 V 0.001 0.001 0.003 0.985 0.007 0.004 68 I 0.001 0.001 0.003 0.988 0.006 0.002 69 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.007 0.002 70 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.012 0.003 71 I 0.001 0.001 0.007 0.968 0.016 0.008 72 K 0.001 0.001 0.012 0.960 0.017 0.010 73 Q 0.002 0.001 0.013 0.908 0.039 0.037 74 N 0.009 0.001 0.009 0.388 0.182 0.411 75 G 0.024 0.001 0.002 0.014 0.186 0.772 76 Y 0.383 0.005 0.002 0.007 0.170 0.433 77 F 0.926 0.003 0.001 0.002 0.016 0.053 78 I 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.013 79 Y 0.974 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 80 K 0.914 0.003 0.004 0.002 0.022 0.054 81 M 0.627 0.003 0.014 0.004 0.089 0.264 82 E 0.311 0.006 0.013 0.004 0.193 0.473 83 G 0.171 0.020 0.014 0.002 0.214 0.578 84 C 0.068 0.029 0.004 0.002 0.134 0.762 85 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.977