# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.121 0.047 0.040 0.002 0.008 0.021 0.009 0.023 0.045 0.025 0.025 0.024 0.034 0.007 0.112 0.128 0.013 0.065 0.048 0.165 0.025 2 Q 0.015 0.048 0.025 0.037 0.004 0.007 0.013 0.008 0.049 0.031 0.030 0.032 0.066 0.053 0.029 0.131 0.079 0.003 0.077 0.031 0.069 0.163 3 I 0.001 0.051 0.007 0.012 0.001 0.003 0.002 0.002 0.047 0.111 0.058 0.031 0.035 0.055 0.024 0.111 0.133 0.016 0.026 0.057 0.166 0.049 4 H 0.002 0.020 0.008 0.013 0.002 0.003 0.002 0.003 0.100 0.044 0.042 0.060 0.100 0.049 0.018 0.151 0.118 0.008 0.011 0.065 0.103 0.078 5 V 0.002 0.030 0.008 0.011 0.001 0.005 0.003 0.004 0.058 0.083 0.079 0.030 0.059 0.052 0.063 0.124 0.101 0.023 0.004 0.069 0.105 0.086 6 Y 0.002 0.018 0.017 0.013 0.002 0.005 0.005 0.007 0.063 0.068 0.054 0.104 0.088 0.044 0.009 0.101 0.135 0.014 0.003 0.093 0.121 0.035 7 D 0.006 0.056 0.026 0.039 0.002 0.010 0.014 0.013 0.049 0.048 0.059 0.022 0.046 0.029 0.033 0.127 0.169 0.012 0.004 0.062 0.076 0.097 8 T 0.010 0.048 0.039 0.029 0.005 0.015 0.014 0.019 0.026 0.044 0.032 0.019 0.031 0.023 0.016 0.088 0.354 0.014 0.006 0.040 0.085 0.043 9 Y 0.012 0.096 0.049 0.042 0.004 0.013 0.032 0.043 0.017 0.021 0.026 0.017 0.019 0.015 0.024 0.082 0.124 0.050 0.015 0.071 0.085 0.144 10 V 0.004 0.056 0.023 0.024 0.001 0.008 0.009 0.023 0.006 0.008 0.009 0.006 0.007 0.006 0.006 0.038 0.044 0.520 0.009 0.031 0.035 0.130 11 K 0.006 0.066 0.029 0.033 0.003 0.012 0.012 0.029 0.005 0.003 0.005 0.008 0.004 0.006 0.003 0.032 0.021 0.425 0.012 0.038 0.047 0.200 12 A 0.005 0.103 0.035 0.049 0.003 0.012 0.007 0.026 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.019 0.011 0.566 0.006 0.018 0.029 0.089 13 K 0.021 0.029 0.567 0.042 0.010 0.024 0.029 0.049 0.003 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.002 0.011 0.008 0.132 0.003 0.016 0.011 0.028 14 D 0.179 0.021 0.071 0.027 0.012 0.006 0.619 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.003 0.009 0.010 0.005 15 G 0.607 0.011 0.009 0.007 0.113 0.012 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.060 0.003 0.011 0.004 16 H 0.012 0.033 0.018 0.024 0.005 0.007 0.007 0.004 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.012 0.011 0.002 0.807 0.008 0.017 0.017 17 V 0.009 0.061 0.039 0.024 0.001 0.008 0.010 0.010 0.016 0.003 0.004 0.014 0.028 0.009 0.007 0.068 0.044 0.002 0.194 0.016 0.033 0.401 18 M 0.003 0.035 0.024 0.011 0.001 0.003 0.008 0.007 0.015 0.007 0.010 0.014 0.017 0.022 0.005 0.112 0.105 0.003 0.440 0.026 0.065 0.069 19 H 0.004 0.016 0.011 0.011 0.003 0.003 0.008 0.005 0.023 0.015 0.018 0.038 0.036 0.028 0.005 0.107 0.100 0.003 0.282 0.106 0.124 0.052 20 F 0.002 0.013 0.008 0.009 0.001 0.004 0.004 0.005 0.028 0.028 0.022 0.025 0.034 0.029 0.022 0.099 0.154 0.004 0.014 0.301 0.104 0.089 21 D 0.001 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.018 0.020 0.017 0.026 0.023 0.017 0.005 0.084 0.162 0.005 0.002 0.423 0.148 0.022 22 V 0.003 0.016 0.012 0.006 0.001 0.003 0.009 0.007 0.023 0.022 0.024 0.019 0.022 0.023 0.019 0.145 0.122 0.016 0.006 0.273 0.141 0.087 23 F 0.004 0.049 0.030 0.015 0.002 0.007 0.013 0.009 0.020 0.046 0.049 0.037 0.041 0.032 0.017 0.118 0.095 0.092 0.006 0.124 0.129 0.065 24 T 0.008 0.116 0.063 0.097 0.004 0.009 0.014 0.011 0.017 0.037 0.040 0.031 0.024 0.024 0.023 0.067 0.050 0.110 0.007 0.068 0.101 0.080 25 D 0.032 0.190 0.098 0.117 0.026 0.021 0.032 0.021 0.009 0.017 0.019 0.023 0.015 0.012 0.019 0.036 0.017 0.165 0.006 0.029 0.049 0.048 26 V 0.021 0.158 0.371 0.110 0.009 0.087 0.051 0.026 0.004 0.004 0.008 0.009 0.006 0.006 0.008 0.020 0.005 0.037 0.008 0.009 0.017 0.025 27 R 0.059 0.143 0.269 0.130 0.020 0.051 0.178 0.063 0.002 0.002 0.005 0.008 0.003 0.004 0.002 0.011 0.004 0.012 0.007 0.006 0.010 0.009 28 D 0.103 0.151 0.186 0.151 0.023 0.131 0.133 0.063 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.017 0.004 0.009 0.007 29 D 0.043 0.110 0.147 0.083 0.016 0.358 0.076 0.121 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.005 0.004 30 K 0.008 0.031 0.089 0.039 0.002 0.385 0.036 0.372 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.002 0.003 31 K 0.002 0.015 0.008 0.019 0.001 0.046 0.019 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.008 0.008 0.013 0.001 0.067 0.005 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 33 I 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.026 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.022 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.002 0.002 0.086 0.002 0.001 0.012 0.018 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.002 0.004 0.114 0.003 0.001 0.008 0.032 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.006 0.006 0.119 0.004 0.001 0.009 0.166 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 42 S 0.011 0.023 0.299 0.012 0.001 0.021 0.329 0.281 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 43 I 0.045 0.090 0.414 0.125 0.003 0.027 0.190 0.068 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.002 0.003 0.006 44 G 0.297 0.110 0.121 0.073 0.076 0.037 0.130 0.059 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.007 0.014 0.035 0.003 0.007 0.008 45 E 0.010 0.136 0.408 0.162 0.005 0.080 0.053 0.040 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.005 0.007 0.010 0.043 0.002 0.004 0.015 46 E 0.024 0.162 0.262 0.208 0.012 0.020 0.170 0.047 0.003 0.002 0.003 0.018 0.007 0.004 0.002 0.008 0.012 0.011 0.007 0.003 0.006 0.008 47 G 0.153 0.104 0.166 0.101 0.027 0.091 0.215 0.033 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.005 0.009 0.007 0.015 0.005 0.024 0.002 0.005 0.016 48 A 0.024 0.179 0.184 0.184 0.008 0.034 0.121 0.046 0.005 0.004 0.008 0.017 0.009 0.009 0.006 0.016 0.026 0.011 0.075 0.007 0.012 0.014 49 T 0.061 0.170 0.075 0.131 0.018 0.035 0.134 0.057 0.005 0.003 0.008 0.020 0.011 0.008 0.020 0.016 0.015 0.023 0.061 0.017 0.017 0.095 50 V 0.015 0.284 0.151 0.143 0.003 0.030 0.038 0.034 0.007 0.004 0.010 0.015 0.008 0.012 0.009 0.027 0.020 0.021 0.054 0.013 0.026 0.076 51 T 0.019 0.258 0.094 0.319 0.012 0.016 0.032 0.026 0.004 0.003 0.003 0.015 0.007 0.006 0.004 0.018 0.012 0.027 0.045 0.015 0.024 0.040 52 S 0.028 0.138 0.187 0.133 0.031 0.223 0.041 0.041 0.004 0.002 0.004 0.009 0.005 0.005 0.005 0.015 0.009 0.015 0.021 0.024 0.027 0.032 53 E 0.014 0.046 0.321 0.086 0.009 0.129 0.097 0.192 0.004 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 0.001 0.012 0.012 0.004 0.011 0.018 0.011 0.013 54 E 0.024 0.073 0.092 0.074 0.003 0.036 0.219 0.325 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.014 0.017 0.003 0.011 0.042 0.020 0.028 55 C 0.029 0.152 0.087 0.105 0.002 0.098 0.067 0.235 0.004 0.003 0.005 0.005 0.005 0.009 0.003 0.024 0.029 0.004 0.025 0.029 0.044 0.034 56 R 0.021 0.075 0.119 0.063 0.008 0.056 0.059 0.259 0.005 0.003 0.006 0.012 0.006 0.011 0.003 0.028 0.023 0.006 0.084 0.045 0.071 0.037 57 F 0.011 0.067 0.096 0.044 0.003 0.034 0.083 0.346 0.012 0.004 0.006 0.011 0.008 0.009 0.006 0.034 0.030 0.007 0.060 0.030 0.037 0.063 58 C 0.012 0.095 0.163 0.068 0.002 0.029 0.087 0.298 0.016 0.003 0.006 0.010 0.012 0.016 0.005 0.030 0.022 0.009 0.019 0.023 0.024 0.050 59 H 0.021 0.130 0.198 0.103 0.005 0.032 0.065 0.179 0.008 0.003 0.009 0.013 0.010 0.016 0.005 0.028 0.028 0.008 0.024 0.042 0.043 0.027 60 S 0.021 0.061 0.361 0.063 0.009 0.035 0.099 0.185 0.005 0.003 0.006 0.009 0.007 0.009 0.004 0.013 0.009 0.008 0.013 0.025 0.029 0.027 61 Q 0.019 0.065 0.303 0.054 0.006 0.028 0.242 0.195 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.008 0.002 0.013 0.003 0.004 0.007 0.012 0.014 0.007 62 K 0.044 0.108 0.295 0.057 0.004 0.038 0.372 0.035 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.007 63 A 0.031 0.352 0.154 0.230 0.012 0.095 0.026 0.037 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.021 0.005 0.010 0.001 64 P 0.008 0.046 0.117 0.377 0.029 0.316 0.007 0.084 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 65 D 0.001 0.006 0.044 0.006 0.001 0.628 0.015 0.297 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.010 0.028 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.004 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.002 0.018 0.007 0.001 0.004 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.003 0.007 0.114 0.003 0.001 0.007 0.042 0.796 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.006 73 Q 0.003 0.008 0.440 0.006 0.001 0.005 0.300 0.220 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 74 N 0.131 0.021 0.223 0.025 0.003 0.009 0.539 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 75 G 0.660 0.023 0.033 0.009 0.028 0.008 0.083 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.016 0.007 0.001 0.089 0.001 0.008 0.003 76 Y 0.006 0.123 0.031 0.061 0.001 0.007 0.008 0.009 0.014 0.022 0.022 0.006 0.029 0.028 0.035 0.041 0.047 0.002 0.432 0.003 0.019 0.054 77 F 0.002 0.025 0.015 0.007 0.001 0.003 0.003 0.004 0.036 0.060 0.061 0.175 0.104 0.065 0.005 0.085 0.138 0.003 0.039 0.031 0.105 0.033 78 I 0.003 0.022 0.008 0.006 0.001 0.003 0.004 0.004 0.075 0.037 0.064 0.034 0.079 0.064 0.104 0.113 0.072 0.011 0.077 0.006 0.027 0.185 79 Y 0.001 0.011 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.052 0.079 0.080 0.114 0.121 0.065 0.016 0.093 0.103 0.059 0.013 0.059 0.091 0.030 80 K 0.003 0.023 0.009 0.010 0.002 0.003 0.004 0.005 0.060 0.042 0.063 0.061 0.074 0.057 0.064 0.085 0.065 0.049 0.005 0.129 0.062 0.124 81 M 0.006 0.053 0.047 0.026 0.005 0.011 0.006 0.010 0.033 0.083 0.076 0.049 0.085 0.040 0.036 0.072 0.055 0.116 0.002 0.062 0.070 0.056 82 E 0.017 0.083 0.149 0.137 0.010 0.010 0.068 0.013 0.018 0.030 0.034 0.030 0.030 0.026 0.015 0.069 0.025 0.043 0.005 0.054 0.093 0.040 83 G 0.252 0.083 0.051 0.038 0.104 0.012 0.207 0.010 0.005 0.008 0.014 0.011 0.008 0.013 0.008 0.026 0.012 0.024 0.010 0.027 0.050 0.025 84 C 0.018 0.281 0.196 0.168 0.007 0.032 0.037 0.006 0.004 0.009 0.008 0.008 0.005 0.008 0.006 0.027 0.009 0.009 0.076 0.017 0.047 0.021 85 N 0.049 0.231 0.144 0.190 0.083 0.039 0.062 0.018 0.005 0.004 0.005 0.013 0.008 0.007 0.003 0.020 0.010 0.016 0.024 0.013 0.027 0.029