# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.053 0.167 0.120 0.092 0.003 0.040 0.010 0.001 0.001 0.015 0.012 0.030 0.018 0.106 0.032 0.030 0.019 0.085 0.100 0.015 2 Q 0.075 0.074 0.086 0.082 0.163 0.002 0.015 0.007 0.002 0.001 0.031 0.023 0.054 0.048 0.095 0.034 0.019 0.028 0.054 0.027 0.080 3 I 0.091 0.106 0.043 0.054 0.130 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 0.035 0.090 0.103 0.108 0.109 0.004 0.004 0.033 0.018 0.037 4 H 0.117 0.094 0.141 0.135 0.053 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 0.029 0.083 0.123 0.105 0.017 0.005 0.004 0.014 0.010 0.030 5 V 0.123 0.099 0.026 0.073 0.189 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 0.035 0.060 0.155 0.051 0.115 0.012 0.005 0.010 0.007 0.015 6 Y 0.091 0.091 0.053 0.097 0.042 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.012 0.021 0.075 0.228 0.213 0.022 0.011 0.003 0.006 0.007 0.008 7 D 0.115 0.119 0.038 0.132 0.112 0.002 0.020 0.007 0.002 0.001 0.015 0.029 0.049 0.174 0.057 0.055 0.014 0.015 0.017 0.018 0.009 8 T 0.110 0.122 0.068 0.096 0.202 0.003 0.024 0.024 0.002 0.001 0.011 0.018 0.038 0.052 0.078 0.043 0.040 0.019 0.019 0.023 0.006 9 Y 0.117 0.147 0.090 0.082 0.191 0.004 0.037 0.063 0.002 0.001 0.007 0.012 0.024 0.020 0.070 0.031 0.031 0.028 0.018 0.018 0.006 10 V 0.151 0.137 0.095 0.137 0.213 0.004 0.018 0.053 0.002 0.001 0.006 0.009 0.016 0.008 0.042 0.014 0.027 0.016 0.023 0.018 0.011 11 K 0.106 0.115 0.066 0.105 0.289 0.004 0.024 0.062 0.004 0.001 0.006 0.007 0.016 0.006 0.048 0.016 0.039 0.019 0.033 0.025 0.011 12 A 0.088 0.064 0.099 0.167 0.278 0.003 0.017 0.036 0.005 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.055 0.007 0.088 0.010 0.028 0.034 0.004 13 K 0.046 0.021 0.051 0.051 0.289 0.003 0.045 0.015 0.030 0.008 0.002 0.002 0.004 0.001 0.030 0.009 0.329 0.019 0.015 0.032 0.001 14 D 0.012 0.016 0.024 0.046 0.166 0.002 0.427 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.013 0.073 0.021 0.033 0.133 0.001 15 G 0.021 0.033 0.058 0.036 0.291 0.002 0.133 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.010 0.011 0.020 0.305 0.029 0.033 0.003 16 H 0.070 0.075 0.396 0.190 0.084 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.005 0.034 0.014 0.025 0.012 0.023 0.030 0.008 17 V 0.091 0.123 0.025 0.035 0.548 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.014 0.012 0.033 0.011 0.020 0.015 0.009 0.004 0.019 0.006 0.022 18 M 0.195 0.255 0.117 0.130 0.062 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.020 0.020 0.060 0.020 0.075 0.007 0.005 0.003 0.005 0.005 0.012 19 H 0.186 0.274 0.034 0.075 0.089 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.052 0.025 0.097 0.053 0.027 0.013 0.004 0.003 0.006 0.005 0.051 20 F 0.197 0.259 0.031 0.041 0.047 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.040 0.056 0.090 0.093 0.061 0.017 0.004 0.002 0.006 0.003 0.047 21 D 0.337 0.300 0.058 0.034 0.047 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.017 0.019 0.060 0.049 0.032 0.011 0.004 0.002 0.003 0.003 0.015 22 V 0.297 0.237 0.052 0.111 0.034 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 0.027 0.065 0.088 0.027 0.007 0.004 0.002 0.004 0.004 0.019 23 F 0.128 0.203 0.023 0.047 0.101 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.021 0.041 0.091 0.162 0.053 0.044 0.010 0.009 0.013 0.006 0.028 24 T 0.118 0.110 0.126 0.138 0.035 0.002 0.011 0.007 0.001 0.001 0.019 0.027 0.059 0.100 0.137 0.022 0.018 0.011 0.021 0.026 0.012 25 D 0.025 0.029 0.022 0.047 0.312 0.003 0.025 0.014 0.003 0.001 0.006 0.008 0.012 0.026 0.045 0.140 0.050 0.044 0.064 0.121 0.004 26 V 0.007 0.006 0.045 0.029 0.071 0.003 0.043 0.027 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.005 0.206 0.031 0.292 0.056 0.061 0.104 0.001 27 R 0.003 0.003 0.029 0.024 0.037 0.012 0.162 0.083 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.045 0.023 0.258 0.067 0.074 0.172 0.001 28 D 0.001 0.001 0.011 0.013 0.042 0.011 0.207 0.088 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.157 0.103 0.114 0.206 0.001 29 D 0.001 0.001 0.017 0.008 0.013 0.003 0.055 0.158 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.007 0.467 0.081 0.070 0.095 0.001 30 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.010 0.006 0.079 0.596 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.231 0.017 0.017 0.025 0.001 31 K 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.005 0.051 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.042 0.010 0.009 0.010 0.001 32 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.019 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.089 0.008 0.009 0.005 0.001 33 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 0.001 0.002 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.943 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.900 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.004 0.001 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.846 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.077 0.013 0.007 0.006 0.001 41 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.020 0.108 0.603 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.210 0.007 0.005 0.011 0.001 42 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.021 0.378 0.220 0.050 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.166 0.052 0.025 0.036 0.001 43 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.004 0.183 0.092 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.261 0.112 0.137 0.153 0.001 44 G 0.001 0.001 0.012 0.008 0.021 0.007 0.091 0.092 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.095 0.237 0.210 0.190 0.001 45 E 0.001 0.001 0.023 0.011 0.036 0.007 0.052 0.067 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.296 0.092 0.181 0.159 0.001 46 E 0.001 0.001 0.023 0.024 0.036 0.016 0.159 0.072 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.016 0.239 0.043 0.139 0.176 0.001 47 G 0.001 0.002 0.013 0.018 0.055 0.007 0.290 0.033 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.033 0.117 0.128 0.150 0.116 0.001 48 A 0.003 0.003 0.072 0.054 0.048 0.009 0.099 0.033 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.049 0.033 0.117 0.085 0.166 0.215 0.001 49 T 0.004 0.006 0.036 0.037 0.177 0.008 0.085 0.031 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.058 0.091 0.116 0.163 0.131 0.002 50 V 0.006 0.006 0.100 0.082 0.081 0.003 0.034 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.093 0.040 0.083 0.044 0.195 0.196 0.002 51 T 0.004 0.005 0.036 0.057 0.124 0.003 0.028 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.043 0.034 0.046 0.054 0.139 0.392 0.001 52 S 0.002 0.003 0.051 0.047 0.086 0.002 0.018 0.026 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.042 0.030 0.179 0.051 0.197 0.253 0.002 53 E 0.003 0.003 0.032 0.019 0.075 0.011 0.100 0.088 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.011 0.514 0.029 0.025 0.050 0.001 54 E 0.004 0.009 0.029 0.037 0.043 0.017 0.458 0.157 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.012 0.071 0.047 0.036 0.044 0.001 55 C 0.016 0.024 0.031 0.049 0.194 0.004 0.072 0.146 0.003 0.001 0.005 0.005 0.009 0.005 0.026 0.047 0.075 0.066 0.147 0.074 0.003 56 R 0.035 0.038 0.165 0.103 0.057 0.009 0.041 0.206 0.003 0.001 0.003 0.004 0.011 0.007 0.092 0.012 0.118 0.022 0.028 0.045 0.002 57 F 0.053 0.065 0.025 0.091 0.225 0.009 0.094 0.147 0.006 0.001 0.008 0.011 0.024 0.020 0.024 0.047 0.049 0.021 0.044 0.029 0.007 58 C 0.055 0.056 0.125 0.093 0.081 0.005 0.050 0.129 0.006 0.001 0.009 0.010 0.035 0.022 0.126 0.023 0.053 0.025 0.053 0.035 0.007 59 H 0.037 0.045 0.056 0.112 0.149 0.004 0.046 0.104 0.010 0.002 0.010 0.010 0.018 0.015 0.032 0.040 0.089 0.053 0.095 0.067 0.006 60 S 0.013 0.018 0.046 0.049 0.111 0.010 0.077 0.074 0.019 0.009 0.003 0.003 0.007 0.007 0.099 0.050 0.205 0.051 0.070 0.077 0.002 61 Q 0.004 0.008 0.030 0.041 0.030 0.073 0.192 0.095 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.053 0.015 0.239 0.045 0.038 0.124 0.001 62 K 0.003 0.002 0.008 0.010 0.050 0.008 0.341 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.175 0.144 0.099 0.084 0.001 63 A 0.001 0.001 0.021 0.023 0.005 0.001 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.007 0.069 0.040 0.152 0.615 0.001 64 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.042 0.020 0.190 0.692 0.001 65 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.010 0.008 0.007 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.899 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 0.008 0.003 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.017 0.109 0.575 0.048 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.206 0.007 0.004 0.005 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.008 0.380 0.030 0.194 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.161 0.024 0.011 0.015 0.001 74 N 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.001 0.519 0.007 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.086 0.079 0.094 0.161 0.001 75 G 0.004 0.005 0.019 0.009 0.036 0.001 0.103 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.010 0.024 0.036 0.595 0.077 0.058 0.003 76 Y 0.064 0.078 0.139 0.042 0.158 0.002 0.012 0.015 0.002 0.001 0.013 0.009 0.034 0.035 0.058 0.133 0.029 0.033 0.081 0.041 0.019 77 F 0.152 0.169 0.095 0.062 0.068 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.023 0.037 0.113 0.080 0.083 0.012 0.008 0.004 0.025 0.004 0.046 78 I 0.179 0.187 0.031 0.031 0.074 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.042 0.064 0.111 0.110 0.051 0.029 0.006 0.002 0.007 0.002 0.051 79 Y 0.151 0.162 0.061 0.075 0.022 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.035 0.044 0.131 0.148 0.102 0.009 0.005 0.002 0.003 0.002 0.024 80 K 0.134 0.210 0.023 0.056 0.155 0.002 0.012 0.018 0.003 0.001 0.024 0.027 0.068 0.121 0.050 0.050 0.014 0.006 0.006 0.005 0.015 81 M 0.156 0.161 0.081 0.165 0.044 0.002 0.023 0.013 0.012 0.007 0.013 0.023 0.044 0.050 0.117 0.012 0.026 0.009 0.017 0.017 0.010 82 E 0.046 0.044 0.045 0.057 0.202 0.017 0.075 0.028 0.009 0.003 0.004 0.005 0.008 0.013 0.048 0.037 0.215 0.025 0.024 0.093 0.003 83 G 0.008 0.009 0.029 0.023 0.071 0.018 0.376 0.025 0.006 0.005 0.002 0.002 0.003 0.006 0.049 0.022 0.096 0.135 0.035 0.078 0.002 84 C 0.005 0.005 0.054 0.036 0.054 0.003 0.052 0.014 0.003 0.001 0.004 0.002 0.004 0.005 0.037 0.028 0.113 0.078 0.217 0.283 0.002 85 N 0.004 0.004 0.056 0.035 0.081 0.005 0.036 0.023 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.036 0.023 0.134 0.066 0.146 0.332 0.002