# TARGET T0353 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.014 0.655 0.014 0.007 0.007 0.004 0.002 0.038 0.135 0.020 0.050 0.053 2 Q 0.008 0.032 0.465 0.006 0.001 0.004 0.023 0.007 0.170 0.010 0.005 0.023 0.246 3 I 0.070 0.011 0.186 0.160 0.001 0.004 0.082 0.027 0.168 0.013 0.001 0.143 0.134 4 H 0.131 0.004 0.103 0.029 0.001 0.006 0.108 0.068 0.129 0.024 0.002 0.171 0.225 5 V 0.219 0.006 0.055 0.003 0.001 0.004 0.214 0.085 0.081 0.014 0.005 0.091 0.222 6 Y 0.125 0.005 0.123 0.018 0.002 0.004 0.092 0.054 0.091 0.022 0.009 0.324 0.131 7 D 0.099 0.004 0.127 0.073 0.005 0.004 0.031 0.011 0.070 0.025 0.046 0.110 0.393 8 T 0.167 0.003 0.158 0.224 0.014 0.007 0.015 0.001 0.022 0.092 0.069 0.119 0.109 9 Y 0.234 0.011 0.123 0.081 0.026 0.010 0.022 0.001 0.019 0.058 0.053 0.113 0.250 10 V 0.245 0.017 0.136 0.009 0.020 0.014 0.017 0.001 0.007 0.027 0.016 0.166 0.325 11 K 0.281 0.030 0.084 0.003 0.004 0.010 0.024 0.001 0.005 0.022 0.008 0.186 0.341 12 A 0.053 0.012 0.331 0.003 0.008 0.014 0.005 0.001 0.003 0.051 0.051 0.032 0.438 13 K 0.007 0.004 0.089 0.006 0.009 0.026 0.001 0.001 0.001 0.158 0.633 0.043 0.023 14 D 0.001 0.002 0.019 0.007 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.076 0.872 0.004 0.008 15 G 0.005 0.001 0.121 0.017 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.307 0.493 0.023 0.023 16 H 0.112 0.013 0.326 0.006 0.002 0.005 0.012 0.001 0.005 0.086 0.015 0.121 0.297 17 V 0.173 0.024 0.030 0.008 0.001 0.002 0.060 0.002 0.016 0.008 0.002 0.057 0.619 18 M 0.274 0.003 0.027 0.190 0.001 0.003 0.108 0.017 0.017 0.007 0.002 0.262 0.091 19 H 0.487 0.002 0.017 0.004 0.001 0.002 0.193 0.012 0.013 0.002 0.001 0.065 0.202 20 F 0.490 0.002 0.022 0.013 0.001 0.004 0.166 0.012 0.044 0.003 0.001 0.074 0.169 21 D 0.339 0.002 0.038 0.267 0.002 0.007 0.108 0.014 0.032 0.013 0.004 0.106 0.069 22 V 0.357 0.006 0.037 0.012 0.003 0.008 0.201 0.027 0.093 0.017 0.009 0.058 0.173 23 F 0.315 0.007 0.082 0.010 0.004 0.013 0.166 0.021 0.084 0.037 0.013 0.109 0.140 24 T 0.084 0.027 0.394 0.004 0.005 0.015 0.046 0.015 0.110 0.087 0.022 0.104 0.088 25 D 0.003 0.013 0.699 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.051 0.119 0.017 0.008 0.078 26 V 0.001 0.020 0.386 0.002 0.064 0.023 0.001 0.001 0.006 0.231 0.256 0.002 0.008 27 R 0.001 0.006 0.132 0.001 0.094 0.049 0.001 0.001 0.001 0.235 0.481 0.001 0.001 28 D 0.001 0.008 0.370 0.001 0.102 0.120 0.001 0.001 0.001 0.171 0.226 0.001 0.002 29 D 0.001 0.003 0.204 0.001 0.065 0.523 0.001 0.001 0.001 0.103 0.100 0.001 0.001 30 K 0.001 0.002 0.021 0.001 0.049 0.809 0.001 0.001 0.001 0.028 0.091 0.001 0.001 31 K 0.001 0.005 0.026 0.001 0.031 0.857 0.001 0.001 0.001 0.025 0.055 0.001 0.001 32 A 0.001 0.003 0.025 0.001 0.014 0.923 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.926 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.030 0.806 0.001 0.001 0.001 0.019 0.129 0.001 0.001 43 I 0.001 0.003 0.045 0.001 0.037 0.466 0.001 0.001 0.001 0.068 0.377 0.001 0.002 44 G 0.001 0.007 0.237 0.001 0.042 0.103 0.001 0.001 0.007 0.090 0.503 0.004 0.005 45 E 0.001 0.015 0.638 0.001 0.031 0.043 0.001 0.001 0.011 0.146 0.083 0.007 0.023 46 E 0.001 0.032 0.344 0.006 0.050 0.046 0.001 0.001 0.020 0.279 0.159 0.037 0.025 47 G 0.001 0.021 0.287 0.005 0.135 0.046 0.001 0.002 0.015 0.250 0.196 0.008 0.034 48 A 0.001 0.013 0.314 0.020 0.091 0.046 0.001 0.002 0.013 0.281 0.178 0.026 0.014 49 T 0.001 0.028 0.417 0.017 0.061 0.029 0.002 0.001 0.026 0.181 0.163 0.009 0.065 50 V 0.001 0.062 0.606 0.001 0.010 0.010 0.002 0.001 0.063 0.128 0.024 0.054 0.037 51 T 0.001 0.090 0.777 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.030 0.042 0.010 0.006 0.034 52 S 0.001 0.025 0.727 0.001 0.025 0.028 0.001 0.001 0.015 0.105 0.052 0.005 0.017 53 E 0.001 0.005 0.160 0.003 0.094 0.148 0.001 0.001 0.003 0.141 0.437 0.003 0.005 54 E 0.001 0.010 0.109 0.003 0.103 0.145 0.001 0.001 0.001 0.115 0.506 0.002 0.007 55 C 0.001 0.009 0.290 0.003 0.040 0.223 0.001 0.001 0.001 0.264 0.143 0.010 0.017 56 R 0.002 0.034 0.372 0.005 0.018 0.246 0.001 0.001 0.006 0.126 0.154 0.004 0.032 57 F 0.002 0.025 0.292 0.001 0.014 0.413 0.001 0.001 0.007 0.112 0.073 0.024 0.034 58 C 0.002 0.022 0.321 0.008 0.020 0.384 0.002 0.001 0.004 0.099 0.068 0.017 0.052 59 H 0.002 0.031 0.263 0.001 0.071 0.424 0.002 0.001 0.004 0.070 0.059 0.023 0.050 60 S 0.003 0.006 0.246 0.002 0.147 0.423 0.001 0.001 0.002 0.055 0.082 0.007 0.025 61 Q 0.003 0.005 0.102 0.003 0.188 0.435 0.001 0.001 0.002 0.082 0.155 0.012 0.012 62 K 0.002 0.016 0.153 0.003 0.119 0.281 0.001 0.001 0.002 0.147 0.240 0.010 0.027 63 A 0.001 0.013 0.390 0.001 0.033 0.191 0.001 0.001 0.007 0.245 0.077 0.026 0.015 64 P 0.001 0.002 0.834 0.001 0.004 0.119 0.001 0.001 0.001 0.027 0.006 0.001 0.008 65 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.919 0.001 0.001 0.001 0.004 0.053 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.543 0.001 0.001 0.001 0.021 0.412 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.047 0.001 0.004 0.062 0.001 0.001 0.001 0.055 0.830 0.001 0.001 75 G 0.001 0.002 0.363 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 0.004 0.216 0.376 0.006 0.007 76 Y 0.035 0.021 0.497 0.001 0.009 0.021 0.023 0.005 0.084 0.056 0.018 0.038 0.193 77 F 0.115 0.032 0.114 0.004 0.005 0.013 0.054 0.010 0.193 0.019 0.004 0.347 0.088 78 I 0.094 0.016 0.099 0.013 0.003 0.010 0.068 0.017 0.180 0.006 0.003 0.024 0.465 79 Y 0.076 0.007 0.172 0.395 0.007 0.007 0.035 0.003 0.050 0.019 0.004 0.164 0.060 80 K 0.080 0.013 0.309 0.015 0.028 0.010 0.035 0.002 0.045 0.086 0.015 0.133 0.230 81 M 0.025 0.022 0.393 0.009 0.100 0.019 0.010 0.001 0.025 0.119 0.048 0.017 0.211 82 E 0.013 0.008 0.315 0.026 0.062 0.031 0.005 0.001 0.008 0.276 0.104 0.110 0.043 83 G 0.004 0.024 0.381 0.004 0.022 0.016 0.002 0.001 0.006 0.254 0.142 0.018 0.127 84 C 0.001 0.016 0.844 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.004 0.047 0.019 0.011 0.042 85 N 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005