# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0353/T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.015 0.203 0.648 0.001 0.013 0.001 0.001 0.006 0.003 0.006 0.003 0.012 0.001 0.001 0.018 2 Q 0.019 0.012 0.356 0.603 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 3 I 0.002 0.003 0.043 0.943 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 H 0.001 0.005 0.019 0.956 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 V 0.001 0.012 0.004 0.755 0.088 0.128 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 Y 0.001 0.157 0.013 0.663 0.022 0.068 0.001 0.043 0.002 0.002 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 7 D 0.004 0.064 0.012 0.208 0.023 0.543 0.005 0.016 0.026 0.033 0.027 0.026 0.010 0.001 0.001 0.002 8 T 0.020 0.209 0.042 0.193 0.002 0.068 0.001 0.033 0.008 0.003 0.360 0.035 0.018 0.001 0.004 0.003 9 Y 0.019 0.080 0.129 0.442 0.003 0.025 0.003 0.003 0.026 0.003 0.041 0.171 0.028 0.002 0.002 0.022 10 V 0.025 0.028 0.323 0.488 0.005 0.017 0.007 0.002 0.002 0.001 0.008 0.014 0.067 0.001 0.002 0.009 11 K 0.004 0.068 0.110 0.625 0.020 0.093 0.010 0.003 0.001 0.001 0.004 0.006 0.046 0.002 0.001 0.008 12 A 0.003 0.009 0.011 0.054 0.221 0.621 0.012 0.009 0.001 0.002 0.018 0.004 0.030 0.003 0.001 0.001 13 K 0.001 0.050 0.008 0.013 0.243 0.011 0.060 0.066 0.003 0.003 0.361 0.009 0.009 0.157 0.004 0.002 14 D 0.003 0.033 0.005 0.021 0.001 0.004 0.001 0.246 0.026 0.004 0.004 0.048 0.006 0.001 0.591 0.005 15 G 0.025 0.006 0.046 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.230 0.030 0.003 0.002 0.012 0.001 0.002 0.626 16 H 0.852 0.017 0.079 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 17 V 0.015 0.009 0.625 0.315 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 18 M 0.002 0.025 0.102 0.845 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 H 0.001 0.014 0.011 0.961 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 F 0.005 0.003 0.028 0.849 0.005 0.097 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 21 D 0.002 0.288 0.038 0.552 0.005 0.088 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 22 V 0.002 0.010 0.006 0.930 0.001 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 23 F 0.004 0.050 0.272 0.614 0.013 0.019 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.001 0.001 0.004 24 T 0.003 0.021 0.036 0.903 0.005 0.018 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 25 D 0.002 0.018 0.011 0.119 0.026 0.794 0.003 0.004 0.002 0.004 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 26 V 0.005 0.146 0.009 0.052 0.036 0.110 0.007 0.025 0.003 0.003 0.572 0.016 0.010 0.004 0.001 0.002 27 R 0.005 0.189 0.030 0.046 0.012 0.034 0.011 0.036 0.017 0.007 0.087 0.472 0.017 0.008 0.023 0.007 28 D 0.022 0.038 0.073 0.022 0.004 0.105 0.017 0.034 0.015 0.024 0.114 0.150 0.239 0.006 0.072 0.066 29 D 0.044 0.032 0.035 0.008 0.001 0.092 0.007 0.007 0.015 0.010 0.273 0.122 0.269 0.005 0.014 0.066 30 K 0.051 0.043 0.056 0.016 0.001 0.012 0.002 0.003 0.003 0.002 0.131 0.394 0.267 0.001 0.008 0.011 31 K 0.008 0.004 0.023 0.006 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.194 0.675 0.001 0.001 0.006 32 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.022 0.839 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.160 0.828 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.007 0.001 0.016 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.002 0.001 41 S 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.005 0.008 0.020 42 S 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.300 0.565 0.007 0.061 43 I 0.006 0.017 0.148 0.007 0.001 0.002 0.023 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.258 0.007 0.492 0.024 44 G 0.011 0.013 0.091 0.025 0.006 0.041 0.028 0.003 0.018 0.025 0.012 0.017 0.353 0.016 0.007 0.336 45 E 0.240 0.029 0.036 0.023 0.077 0.025 0.160 0.005 0.001 0.001 0.067 0.020 0.107 0.192 0.005 0.012 46 E 0.005 0.104 0.081 0.046 0.004 0.033 0.012 0.218 0.005 0.002 0.029 0.058 0.060 0.009 0.321 0.012 47 G 0.011 0.060 0.099 0.104 0.006 0.039 0.029 0.009 0.149 0.058 0.033 0.033 0.095 0.009 0.024 0.243 48 A 0.493 0.069 0.127 0.143 0.001 0.012 0.008 0.008 0.006 0.003 0.026 0.030 0.039 0.002 0.011 0.022 49 T 0.042 0.034 0.526 0.159 0.003 0.123 0.008 0.002 0.007 0.005 0.008 0.024 0.029 0.001 0.003 0.024 50 V 0.037 0.146 0.262 0.392 0.009 0.051 0.009 0.003 0.001 0.001 0.040 0.011 0.024 0.001 0.002 0.012 51 T 0.008 0.140 0.090 0.355 0.004 0.285 0.002 0.011 0.003 0.003 0.009 0.058 0.025 0.001 0.002 0.003 52 S 0.002 0.006 0.012 0.027 0.004 0.682 0.002 0.003 0.002 0.004 0.191 0.010 0.053 0.001 0.001 0.001 53 E 0.004 0.278 0.012 0.036 0.001 0.011 0.001 0.006 0.002 0.001 0.375 0.226 0.043 0.001 0.002 0.002 54 E 0.011 0.068 0.081 0.179 0.001 0.017 0.007 0.003 0.012 0.001 0.007 0.371 0.197 0.004 0.012 0.029 55 C 0.008 0.003 0.365 0.041 0.004 0.077 0.022 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.434 0.002 0.004 0.013 56 R 0.009 0.163 0.065 0.108 0.005 0.053 0.016 0.008 0.001 0.001 0.106 0.038 0.401 0.006 0.003 0.016 57 F 0.018 0.040 0.029 0.411 0.005 0.048 0.009 0.008 0.013 0.003 0.028 0.087 0.260 0.009 0.011 0.021 58 C 0.012 0.039 0.151 0.172 0.006 0.077 0.017 0.007 0.004 0.005 0.019 0.032 0.407 0.006 0.012 0.036 59 H 0.008 0.025 0.023 0.050 0.003 0.227 0.005 0.010 0.001 0.002 0.067 0.043 0.513 0.005 0.007 0.010 60 S 0.004 0.006 0.008 0.010 0.003 0.081 0.011 0.004 0.002 0.002 0.310 0.094 0.428 0.029 0.004 0.005 61 Q 0.003 0.033 0.009 0.011 0.001 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.084 0.274 0.516 0.004 0.040 0.009 62 K 0.005 0.019 0.045 0.019 0.001 0.002 0.006 0.001 0.006 0.001 0.004 0.029 0.394 0.007 0.009 0.453 63 A 0.021 0.005 0.333 0.017 0.001 0.025 0.021 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.541 0.002 0.007 0.012 64 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.005 0.326 0.001 0.001 0.001 65 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.038 0.103 0.001 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.767 0.229 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.010 0.001 0.013 71 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.003 0.005 0.004 72 K 0.001 0.004 0.011 0.002 0.004 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.841 0.060 0.008 0.028 73 Q 0.003 0.002 0.004 0.002 0.008 0.001 0.080 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.077 0.762 0.031 0.017 74 N 0.002 0.018 0.034 0.003 0.001 0.001 0.006 0.025 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.002 0.841 0.028 75 G 0.069 0.010 0.075 0.022 0.001 0.003 0.002 0.001 0.079 0.008 0.002 0.002 0.023 0.001 0.002 0.702 76 Y 0.734 0.020 0.167 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 77 F 0.003 0.005 0.457 0.510 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.001 0.016 0.038 0.921 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.010 0.005 0.976 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.001 0.006 0.024 0.903 0.021 0.037 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 81 M 0.001 0.002 0.003 0.046 0.886 0.034 0.016 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 82 E 0.001 0.061 0.002 0.080 0.008 0.017 0.001 0.789 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.026 0.001 83 G 0.001 0.025 0.004 0.040 0.015 0.019 0.004 0.005 0.489 0.314 0.009 0.009 0.003 0.002 0.001 0.060 84 C 0.572 0.033 0.029 0.045 0.047 0.049 0.042 0.028 0.005 0.007 0.060 0.048 0.018 0.005 0.008 0.003 85 N 0.009 0.111 0.140 0.040 0.018 0.130 0.017 0.149 0.016 0.021 0.133 0.101 0.043 0.010 0.043 0.019