# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.004 0.001 0.089 0.175 0.132 0.096 0.002 0.001 0.059 0.437 2 Q 0.004 0.002 0.001 0.233 0.122 0.186 0.069 0.001 0.001 0.064 0.318 3 I 0.003 0.001 0.001 0.317 0.126 0.091 0.041 0.001 0.001 0.046 0.373 4 H 0.005 0.001 0.001 0.655 0.122 0.092 0.022 0.001 0.001 0.040 0.064 5 V 0.009 0.001 0.001 0.401 0.066 0.094 0.056 0.001 0.001 0.047 0.324 6 Y 0.022 0.001 0.001 0.483 0.061 0.081 0.079 0.004 0.001 0.031 0.238 7 D 0.011 0.002 0.001 0.288 0.020 0.065 0.142 0.004 0.001 0.040 0.426 8 T 0.007 0.006 0.001 0.302 0.079 0.213 0.075 0.001 0.001 0.055 0.261 9 Y 0.007 0.003 0.001 0.182 0.130 0.274 0.075 0.001 0.001 0.055 0.271 10 V 0.004 0.003 0.003 0.110 0.264 0.264 0.062 0.001 0.001 0.051 0.238 11 K 0.023 0.005 0.007 0.062 0.149 0.247 0.073 0.003 0.005 0.092 0.336 12 A 0.374 0.004 0.003 0.013 0.034 0.048 0.060 0.008 0.004 0.087 0.365 13 K 0.197 0.006 0.002 0.008 0.010 0.019 0.092 0.005 0.001 0.057 0.604 14 D 0.013 0.003 0.001 0.008 0.009 0.024 0.123 0.002 0.001 0.021 0.795 15 G 0.010 0.005 0.001 0.028 0.080 0.106 0.133 0.003 0.001 0.050 0.585 16 H 0.007 0.004 0.001 0.066 0.276 0.244 0.064 0.002 0.001 0.090 0.247 17 V 0.005 0.007 0.001 0.125 0.148 0.203 0.068 0.001 0.001 0.058 0.383 18 M 0.006 0.006 0.001 0.211 0.273 0.233 0.049 0.001 0.001 0.047 0.170 19 H 0.009 0.008 0.001 0.290 0.144 0.222 0.058 0.002 0.001 0.082 0.183 20 F 0.018 0.005 0.001 0.267 0.150 0.163 0.065 0.002 0.001 0.110 0.218 21 D 0.012 0.006 0.001 0.360 0.117 0.210 0.074 0.002 0.001 0.058 0.160 22 V 0.020 0.007 0.001 0.211 0.100 0.213 0.102 0.001 0.001 0.061 0.281 23 F 0.017 0.007 0.002 0.161 0.175 0.222 0.095 0.001 0.001 0.053 0.263 24 T 0.023 0.025 0.003 0.081 0.047 0.112 0.154 0.003 0.003 0.047 0.503 25 D 0.237 0.107 0.007 0.019 0.016 0.028 0.099 0.011 0.007 0.061 0.408 26 V 0.246 0.071 0.005 0.005 0.004 0.007 0.071 0.007 0.003 0.046 0.535 27 R 0.060 0.081 0.003 0.003 0.003 0.006 0.075 0.003 0.001 0.025 0.740 28 D 0.056 0.453 0.002 0.002 0.004 0.005 0.043 0.006 0.001 0.030 0.399 29 D 0.051 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.011 0.086 30 K 0.016 0.882 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 0.011 0.071 31 K 0.003 0.952 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.006 0.026 32 A 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 33 I 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 34 E 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 0.006 35 F 0.001 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 36 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 37 K 0.013 0.327 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.607 0.039 38 Q 0.011 0.245 0.020 0.002 0.001 0.001 0.023 0.003 0.007 0.587 0.101 39 W 0.188 0.330 0.060 0.005 0.001 0.002 0.041 0.039 0.016 0.182 0.136 40 L 0.212 0.128 0.099 0.014 0.001 0.003 0.047 0.025 0.083 0.091 0.295 41 S 0.188 0.039 0.001 0.003 0.001 0.003 0.079 0.002 0.001 0.014 0.669 42 S 0.046 0.020 0.002 0.005 0.002 0.006 0.083 0.005 0.001 0.029 0.801 43 I 0.058 0.013 0.007 0.010 0.003 0.007 0.183 0.008 0.002 0.037 0.672 44 G 0.088 0.019 0.004 0.021 0.005 0.014 0.104 0.006 0.002 0.043 0.694 45 E 0.202 0.010 0.003 0.015 0.007 0.012 0.107 0.003 0.001 0.065 0.574 46 E 0.050 0.008 0.002 0.045 0.017 0.039 0.131 0.007 0.001 0.064 0.636 47 G 0.067 0.012 0.001 0.033 0.011 0.023 0.125 0.003 0.001 0.043 0.682 48 A 0.018 0.003 0.001 0.042 0.073 0.090 0.140 0.006 0.001 0.051 0.576 49 T 0.017 0.008 0.001 0.031 0.029 0.048 0.121 0.001 0.001 0.030 0.714 50 V 0.014 0.005 0.002 0.036 0.094 0.088 0.112 0.004 0.001 0.030 0.615 51 T 0.145 0.118 0.002 0.027 0.037 0.047 0.104 0.014 0.001 0.055 0.450 52 S 0.261 0.114 0.004 0.023 0.018 0.030 0.081 0.011 0.002 0.056 0.400 53 E 0.050 0.129 0.004 0.056 0.039 0.072 0.098 0.007 0.001 0.040 0.504 54 E 0.066 0.130 0.003 0.047 0.079 0.133 0.104 0.008 0.001 0.049 0.380 55 C 0.072 0.072 0.004 0.104 0.142 0.115 0.095 0.010 0.001 0.065 0.321 56 R 0.053 0.034 0.002 0.117 0.115 0.162 0.098 0.004 0.001 0.067 0.346 57 F 0.025 0.029 0.004 0.098 0.106 0.173 0.108 0.003 0.001 0.052 0.401 58 C 0.036 0.036 0.007 0.112 0.073 0.130 0.131 0.007 0.003 0.056 0.409 59 H 0.160 0.092 0.006 0.057 0.054 0.093 0.099 0.022 0.004 0.098 0.315 60 S 0.248 0.034 0.002 0.029 0.016 0.034 0.103 0.005 0.002 0.080 0.447 61 Q 0.036 0.013 0.001 0.028 0.018 0.038 0.130 0.002 0.001 0.046 0.687 62 K 0.018 0.046 0.002 0.024 0.014 0.019 0.141 0.001 0.001 0.046 0.688 63 A 0.030 0.306 0.003 0.008 0.011 0.009 0.084 0.017 0.001 0.070 0.461 64 P 0.035 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.010 0.045 65 D 0.021 0.896 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.021 0.049 66 E 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.021 67 V 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.012 68 I 0.025 0.893 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.038 0.028 69 E 0.017 0.668 0.009 0.004 0.002 0.004 0.021 0.003 0.003 0.160 0.109 70 A 0.078 0.145 0.197 0.006 0.003 0.005 0.041 0.012 0.062 0.285 0.167 71 I 0.296 0.010 0.075 0.007 0.003 0.006 0.062 0.020 0.055 0.221 0.246 72 K 0.129 0.002 0.002 0.004 0.002 0.005 0.066 0.002 0.003 0.029 0.757 73 Q 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.010 0.897 74 N 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.030 0.173 0.001 0.001 0.026 0.749 75 G 0.002 0.001 0.001 0.046 0.030 0.120 0.138 0.001 0.001 0.107 0.555 76 Y 0.001 0.003 0.001 0.212 0.109 0.183 0.054 0.001 0.001 0.075 0.363 77 F 0.001 0.001 0.001 0.200 0.201 0.469 0.012 0.001 0.001 0.048 0.068 78 I 0.001 0.001 0.001 0.219 0.296 0.274 0.012 0.001 0.001 0.068 0.128 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.270 0.320 0.277 0.012 0.001 0.001 0.067 0.052 80 K 0.019 0.001 0.001 0.161 0.187 0.330 0.028 0.001 0.001 0.168 0.104 81 M 0.098 0.001 0.002 0.145 0.141 0.175 0.065 0.001 0.002 0.085 0.285 82 E 0.020 0.001 0.001 0.060 0.084 0.156 0.114 0.002 0.001 0.034 0.526 83 G 0.055 0.003 0.001 0.024 0.035 0.047 0.117 0.002 0.001 0.024 0.692 84 C 0.029 0.002 0.001 0.013 0.059 0.063 0.152 0.015 0.001 0.038 0.628 85 N 0.070 0.012 0.001 0.016 0.013 0.022 0.126 0.004 0.001 0.037 0.698