# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.007 0.053 0.153 0.238 0.098 0.041 0.401 2 Q 0.008 0.007 0.065 0.130 0.309 0.088 0.052 0.341 3 I 0.006 0.007 0.114 0.176 0.250 0.067 0.053 0.326 4 H 0.012 0.011 0.242 0.223 0.294 0.039 0.082 0.097 5 V 0.019 0.031 0.171 0.158 0.187 0.050 0.137 0.246 6 Y 0.022 0.042 0.177 0.168 0.220 0.067 0.048 0.256 7 D 0.047 0.042 0.088 0.119 0.274 0.052 0.068 0.310 8 T 0.032 0.072 0.087 0.189 0.243 0.062 0.066 0.250 9 Y 0.014 0.020 0.074 0.239 0.309 0.047 0.034 0.264 10 V 0.014 0.005 0.042 0.340 0.282 0.045 0.057 0.214 11 K 0.045 0.006 0.040 0.190 0.213 0.063 0.109 0.335 12 A 0.380 0.004 0.011 0.029 0.046 0.067 0.053 0.410 13 K 0.212 0.004 0.004 0.021 0.021 0.054 0.020 0.664 14 D 0.015 0.003 0.008 0.010 0.056 0.112 0.008 0.787 15 G 0.006 0.003 0.024 0.055 0.256 0.092 0.033 0.532 16 H 0.004 0.003 0.037 0.450 0.362 0.030 0.030 0.084 17 V 0.003 0.002 0.118 0.220 0.243 0.040 0.050 0.325 18 M 0.002 0.002 0.202 0.376 0.296 0.022 0.026 0.074 19 H 0.006 0.005 0.293 0.145 0.270 0.038 0.066 0.177 20 F 0.008 0.007 0.207 0.237 0.257 0.047 0.095 0.142 21 D 0.009 0.008 0.253 0.192 0.324 0.033 0.085 0.096 22 V 0.018 0.015 0.216 0.141 0.262 0.055 0.097 0.197 23 F 0.012 0.011 0.293 0.161 0.243 0.045 0.062 0.172 24 T 0.031 0.011 0.176 0.160 0.203 0.082 0.072 0.265 25 D 0.081 0.024 0.069 0.057 0.088 0.146 0.094 0.441 26 V 0.111 0.034 0.022 0.016 0.027 0.153 0.036 0.602 27 R 0.056 0.033 0.011 0.008 0.011 0.133 0.026 0.723 28 D 0.075 0.248 0.006 0.006 0.008 0.067 0.040 0.550 29 D 0.069 0.684 0.003 0.005 0.008 0.026 0.044 0.162 30 K 0.018 0.703 0.007 0.014 0.016 0.032 0.043 0.167 31 K 0.007 0.833 0.004 0.015 0.018 0.013 0.038 0.072 32 A 0.006 0.935 0.002 0.003 0.005 0.005 0.026 0.017 33 I 0.002 0.972 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.005 34 E 0.002 0.924 0.003 0.005 0.005 0.003 0.044 0.014 35 F 0.002 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.003 36 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 37 K 0.028 0.507 0.007 0.002 0.002 0.007 0.411 0.035 38 Q 0.004 0.139 0.005 0.002 0.002 0.011 0.798 0.037 39 W 0.072 0.491 0.015 0.004 0.005 0.032 0.265 0.116 40 L 0.164 0.276 0.024 0.009 0.011 0.077 0.104 0.336 41 S 0.095 0.088 0.011 0.005 0.007 0.071 0.037 0.686 42 S 0.081 0.072 0.011 0.004 0.006 0.100 0.048 0.678 43 I 0.034 0.043 0.057 0.014 0.013 0.200 0.057 0.582 44 G 0.250 0.035 0.031 0.007 0.012 0.109 0.047 0.509 45 E 0.190 0.024 0.033 0.012 0.009 0.087 0.103 0.542 46 E 0.036 0.026 0.033 0.008 0.017 0.101 0.041 0.737 47 G 0.038 0.011 0.028 0.011 0.024 0.085 0.085 0.719 48 A 0.021 0.014 0.050 0.083 0.070 0.125 0.096 0.540 49 T 0.026 0.021 0.045 0.029 0.065 0.116 0.051 0.647 50 V 0.030 0.023 0.045 0.065 0.066 0.140 0.037 0.594 51 T 0.081 0.074 0.036 0.032 0.050 0.078 0.087 0.562 52 S 0.182 0.287 0.015 0.019 0.026 0.060 0.091 0.321 53 E 0.026 0.172 0.043 0.046 0.069 0.109 0.051 0.485 54 E 0.036 0.190 0.040 0.052 0.099 0.093 0.092 0.398 55 C 0.080 0.322 0.036 0.048 0.068 0.069 0.119 0.259 56 R 0.037 0.143 0.083 0.083 0.115 0.079 0.174 0.284 57 F 0.021 0.089 0.069 0.068 0.101 0.077 0.284 0.292 58 C 0.092 0.105 0.116 0.072 0.086 0.084 0.136 0.309 59 H 0.408 0.082 0.030 0.039 0.055 0.053 0.068 0.266 60 S 0.094 0.039 0.009 0.008 0.012 0.061 0.134 0.643 61 Q 0.011 0.054 0.011 0.011 0.017 0.138 0.039 0.718 62 K 0.010 0.074 0.009 0.007 0.009 0.129 0.023 0.739 63 A 0.064 0.709 0.004 0.005 0.003 0.029 0.042 0.145 64 P 0.035 0.928 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.015 65 D 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.014 66 E 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 67 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 68 I 0.005 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 69 E 0.012 0.903 0.007 0.003 0.002 0.003 0.038 0.032 70 A 0.050 0.183 0.060 0.014 0.011 0.028 0.565 0.088 71 I 0.143 0.036 0.066 0.016 0.010 0.046 0.529 0.153 72 K 0.711 0.007 0.004 0.001 0.002 0.017 0.023 0.236 73 Q 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.006 0.932 74 N 0.004 0.002 0.014 0.003 0.015 0.172 0.006 0.784 75 G 0.010 0.003 0.052 0.028 0.116 0.149 0.048 0.593 76 Y 0.004 0.003 0.122 0.266 0.159 0.066 0.035 0.345 77 F 0.002 0.004 0.357 0.248 0.261 0.014 0.024 0.089 78 I 0.004 0.005 0.211 0.260 0.259 0.021 0.041 0.198 79 Y 0.002 0.001 0.487 0.298 0.133 0.008 0.026 0.044 80 K 0.090 0.008 0.140 0.182 0.201 0.050 0.065 0.264 81 M 0.140 0.007 0.071 0.071 0.090 0.071 0.089 0.461 82 E 0.026 0.004 0.027 0.045 0.087 0.112 0.022 0.676 83 G 0.037 0.005 0.012 0.020 0.047 0.082 0.041 0.755 84 C 0.034 0.008 0.014 0.050 0.047 0.110 0.040 0.698 85 N 0.076 0.015 0.022 0.046 0.072 0.101 0.066 0.602