# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.076 0.060 0.117 0.094 0.110 0.148 0.112 0.091 0.070 0.042 2 Q 0.136 0.205 0.135 0.277 0.141 0.064 0.028 0.007 0.003 0.002 0.001 3 I 0.005 0.004 0.005 0.009 0.013 0.023 0.093 0.154 0.267 0.246 0.179 4 H 0.063 0.173 0.086 0.333 0.202 0.083 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 5 V 0.019 0.029 0.022 0.069 0.077 0.080 0.150 0.151 0.175 0.144 0.085 6 Y 0.010 0.014 0.013 0.079 0.111 0.145 0.235 0.162 0.125 0.068 0.037 7 D 0.007 0.041 0.038 0.191 0.173 0.159 0.160 0.092 0.071 0.045 0.023 8 T 0.023 0.043 0.027 0.096 0.107 0.111 0.171 0.151 0.140 0.095 0.036 9 Y 0.065 0.101 0.055 0.206 0.182 0.136 0.132 0.063 0.039 0.016 0.006 10 V 0.009 0.020 0.016 0.041 0.049 0.056 0.149 0.163 0.214 0.186 0.098 11 K 0.025 0.109 0.056 0.323 0.239 0.120 0.074 0.031 0.015 0.006 0.003 12 A 0.090 0.109 0.051 0.184 0.171 0.144 0.124 0.066 0.038 0.016 0.008 13 K 0.345 0.200 0.078 0.167 0.091 0.060 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 14 D 0.412 0.269 0.055 0.139 0.062 0.032 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 15 G 0.305 0.145 0.041 0.119 0.093 0.068 0.078 0.056 0.043 0.032 0.021 16 H 0.031 0.115 0.050 0.227 0.202 0.158 0.127 0.048 0.025 0.012 0.006 17 V 0.007 0.029 0.024 0.113 0.145 0.169 0.199 0.123 0.095 0.059 0.037 18 M 0.004 0.004 0.003 0.015 0.024 0.040 0.137 0.208 0.240 0.199 0.124 19 H 0.004 0.009 0.008 0.053 0.090 0.121 0.228 0.185 0.155 0.094 0.055 20 F 0.001 0.001 0.002 0.006 0.007 0.015 0.061 0.134 0.256 0.289 0.229 21 D 0.002 0.006 0.006 0.057 0.093 0.144 0.219 0.189 0.143 0.090 0.052 22 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.009 0.017 0.080 0.161 0.247 0.292 0.183 23 F 0.001 0.002 0.003 0.021 0.037 0.057 0.155 0.191 0.239 0.183 0.111 24 T 0.001 0.005 0.006 0.026 0.050 0.078 0.215 0.199 0.207 0.137 0.075 25 D 0.031 0.078 0.053 0.233 0.222 0.151 0.129 0.059 0.027 0.013 0.004 26 V 0.070 0.084 0.041 0.156 0.150 0.145 0.181 0.089 0.051 0.024 0.010 27 R 0.357 0.202 0.057 0.140 0.101 0.055 0.044 0.022 0.012 0.007 0.003 28 D 0.146 0.504 0.061 0.124 0.064 0.044 0.032 0.012 0.007 0.004 0.002 29 D 0.096 0.127 0.035 0.156 0.205 0.170 0.123 0.044 0.025 0.012 0.006 30 K 0.683 0.173 0.038 0.058 0.028 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.009 0.065 0.049 0.326 0.258 0.169 0.086 0.025 0.009 0.003 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.050 0.126 0.246 0.296 0.270 33 I 0.001 0.001 0.009 0.068 0.167 0.311 0.285 0.095 0.040 0.016 0.006 34 E 0.006 0.043 0.603 0.225 0.074 0.031 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.018 0.063 0.274 0.264 0.177 0.128 0.065 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.098 0.235 0.346 0.293 37 K 0.001 0.001 0.054 0.170 0.318 0.288 0.124 0.028 0.011 0.004 0.001 38 Q 0.002 0.017 0.335 0.239 0.182 0.145 0.062 0.012 0.004 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.025 0.197 0.258 0.256 0.182 0.075 40 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.069 0.163 0.239 0.278 0.233 41 S 0.003 0.022 0.355 0.286 0.224 0.074 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 42 S 0.044 0.089 0.294 0.183 0.142 0.133 0.084 0.018 0.008 0.003 0.001 43 I 0.017 0.024 0.011 0.038 0.054 0.096 0.255 0.198 0.162 0.104 0.041 44 G 0.164 0.094 0.021 0.062 0.067 0.091 0.154 0.111 0.100 0.071 0.065 45 E 0.151 0.157 0.124 0.148 0.135 0.102 0.087 0.042 0.028 0.017 0.009 46 E 0.271 0.229 0.089 0.179 0.105 0.059 0.041 0.014 0.007 0.004 0.002 47 G 0.340 0.120 0.059 0.131 0.110 0.081 0.076 0.038 0.024 0.013 0.009 48 A 0.220 0.139 0.063 0.152 0.130 0.117 0.099 0.039 0.022 0.013 0.006 49 T 0.170 0.274 0.135 0.231 0.110 0.047 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.063 0.121 0.219 0.276 0.301 51 T 0.066 0.433 0.166 0.220 0.079 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 52 S 0.134 0.165 0.068 0.208 0.179 0.115 0.085 0.027 0.013 0.004 0.002 53 E 0.759 0.106 0.038 0.057 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.134 0.229 0.145 0.265 0.130 0.059 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 55 C 0.004 0.005 0.004 0.013 0.025 0.056 0.170 0.208 0.231 0.184 0.099 56 R 0.071 0.146 0.125 0.278 0.185 0.113 0.055 0.016 0.007 0.003 0.002 57 F 0.022 0.042 0.097 0.124 0.109 0.124 0.186 0.109 0.100 0.059 0.028 58 C 0.026 0.035 0.043 0.091 0.108 0.134 0.195 0.142 0.107 0.074 0.045 59 H 0.020 0.056 0.046 0.084 0.091 0.104 0.185 0.146 0.122 0.089 0.057 60 S 0.023 0.043 0.072 0.148 0.198 0.160 0.165 0.090 0.058 0.031 0.013 61 Q 0.282 0.151 0.236 0.168 0.084 0.039 0.026 0.007 0.004 0.002 0.001 62 K 0.137 0.168 0.156 0.193 0.146 0.091 0.073 0.021 0.009 0.004 0.002 63 A 0.004 0.015 0.011 0.017 0.025 0.059 0.132 0.147 0.184 0.211 0.196 64 P 0.078 0.334 0.167 0.175 0.129 0.065 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 65 D 0.813 0.088 0.078 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.440 0.147 0.114 0.165 0.077 0.037 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.031 0.162 0.183 0.255 0.208 0.146 68 I 0.001 0.003 0.043 0.095 0.188 0.352 0.230 0.058 0.021 0.007 0.002 69 E 0.013 0.028 0.877 0.059 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.002 0.006 0.031 0.067 0.131 0.259 0.331 0.109 0.041 0.017 0.007 71 I 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.005 0.034 0.068 0.178 0.299 0.401 72 K 0.007 0.027 0.290 0.229 0.235 0.127 0.068 0.012 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.030 0.053 0.756 0.112 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.056 0.091 0.064 0.124 0.145 0.179 0.219 0.070 0.031 0.016 0.005 75 G 0.129 0.110 0.046 0.113 0.097 0.112 0.153 0.087 0.073 0.046 0.034 76 Y 0.006 0.021 0.029 0.062 0.095 0.128 0.200 0.153 0.143 0.103 0.061 77 F 0.010 0.034 0.055 0.130 0.142 0.178 0.219 0.111 0.070 0.035 0.016 78 I 0.005 0.006 0.008 0.020 0.021 0.029 0.099 0.155 0.213 0.215 0.229 79 Y 0.008 0.008 0.013 0.047 0.070 0.107 0.191 0.182 0.186 0.122 0.067 80 K 0.034 0.090 0.091 0.227 0.179 0.126 0.117 0.065 0.045 0.018 0.007 81 M 0.009 0.014 0.018 0.038 0.041 0.060 0.139 0.170 0.212 0.187 0.113 82 E 0.058 0.091 0.060 0.143 0.143 0.118 0.159 0.104 0.067 0.038 0.019 83 G 0.247 0.199 0.080 0.159 0.101 0.069 0.067 0.034 0.023 0.013 0.007 84 C 0.093 0.069 0.036 0.084 0.087 0.098 0.135 0.121 0.117 0.097 0.064 85 N 0.369 0.239 0.054 0.124 0.080 0.045 0.037 0.021 0.016 0.009 0.006