# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.309 0.297 0.035 0.211 0.017 0.055 0.010 0.042 0.007 0.001 2 Q 0.016 0.327 0.516 0.008 0.016 0.084 0.010 0.001 0.019 0.001 0.003 3 I 0.004 0.781 0.140 0.003 0.022 0.020 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 4 H 0.008 0.594 0.301 0.002 0.016 0.059 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 5 V 0.015 0.704 0.168 0.006 0.015 0.051 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 6 Y 0.032 0.662 0.097 0.013 0.099 0.033 0.006 0.001 0.055 0.002 0.001 7 D 0.056 0.212 0.302 0.066 0.079 0.170 0.041 0.003 0.059 0.004 0.008 8 T 0.128 0.378 0.192 0.132 0.139 0.009 0.004 0.003 0.009 0.004 0.002 9 Y 0.045 0.344 0.324 0.030 0.067 0.090 0.037 0.005 0.053 0.003 0.002 10 V 0.016 0.562 0.322 0.004 0.009 0.049 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 11 K 0.082 0.490 0.265 0.046 0.015 0.066 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 12 A 0.040 0.312 0.522 0.011 0.068 0.030 0.004 0.003 0.007 0.003 0.001 13 K 0.286 0.420 0.088 0.044 0.068 0.018 0.014 0.004 0.052 0.006 0.001 14 D 0.087 0.042 0.157 0.334 0.016 0.021 0.282 0.006 0.048 0.007 0.002 15 G 0.005 0.001 0.025 0.003 0.034 0.001 0.036 0.733 0.001 0.161 0.001 16 H 0.153 0.288 0.321 0.142 0.052 0.024 0.005 0.002 0.007 0.004 0.001 17 V 0.010 0.710 0.200 0.007 0.040 0.013 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 18 M 0.007 0.760 0.156 0.005 0.030 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 H 0.004 0.781 0.125 0.002 0.031 0.029 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 20 F 0.010 0.702 0.106 0.005 0.099 0.033 0.003 0.001 0.040 0.001 0.001 21 D 0.024 0.401 0.414 0.006 0.031 0.081 0.004 0.001 0.036 0.001 0.003 22 V 0.033 0.724 0.147 0.010 0.026 0.029 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 23 F 0.037 0.386 0.400 0.014 0.024 0.106 0.004 0.001 0.026 0.001 0.002 24 T 0.049 0.689 0.075 0.045 0.076 0.024 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 25 D 0.038 0.195 0.386 0.043 0.097 0.157 0.018 0.002 0.059 0.004 0.001 26 V 0.572 0.094 0.064 0.217 0.011 0.019 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 27 R 0.560 0.037 0.067 0.258 0.014 0.017 0.023 0.005 0.010 0.008 0.001 28 D 0.179 0.048 0.094 0.343 0.028 0.067 0.153 0.011 0.069 0.006 0.001 29 D 0.609 0.023 0.100 0.165 0.007 0.024 0.047 0.009 0.009 0.006 0.001 30 K 0.878 0.006 0.023 0.062 0.002 0.005 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 31 K 0.930 0.007 0.016 0.033 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.958 0.005 0.008 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.983 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.983 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.949 0.004 0.013 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 S 0.932 0.008 0.014 0.039 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.810 0.037 0.041 0.077 0.016 0.005 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 43 I 0.359 0.043 0.053 0.526 0.004 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 44 G 0.148 0.019 0.167 0.040 0.071 0.012 0.076 0.300 0.008 0.159 0.001 45 E 0.416 0.146 0.212 0.149 0.020 0.031 0.005 0.002 0.015 0.004 0.001 46 E 0.254 0.081 0.301 0.251 0.017 0.019 0.046 0.004 0.019 0.006 0.001 47 G 0.104 0.013 0.103 0.071 0.055 0.007 0.128 0.434 0.002 0.082 0.002 48 A 0.222 0.217 0.412 0.051 0.048 0.015 0.012 0.003 0.016 0.003 0.001 49 T 0.144 0.137 0.536 0.063 0.015 0.073 0.009 0.002 0.016 0.001 0.004 50 V 0.085 0.453 0.326 0.059 0.027 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 51 T 0.038 0.425 0.286 0.051 0.133 0.038 0.002 0.001 0.022 0.004 0.001 52 S 0.513 0.128 0.174 0.041 0.087 0.026 0.006 0.003 0.018 0.004 0.001 53 E 0.942 0.005 0.008 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.698 0.020 0.024 0.241 0.005 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 55 C 0.389 0.110 0.211 0.186 0.028 0.030 0.018 0.006 0.020 0.002 0.001 56 R 0.666 0.077 0.091 0.093 0.015 0.019 0.024 0.004 0.008 0.003 0.001 57 F 0.458 0.196 0.119 0.090 0.084 0.016 0.013 0.005 0.015 0.004 0.001 58 C 0.401 0.201 0.168 0.149 0.036 0.023 0.005 0.003 0.011 0.002 0.001 59 H 0.263 0.209 0.183 0.090 0.044 0.064 0.051 0.005 0.088 0.004 0.001 60 S 0.441 0.062 0.169 0.189 0.053 0.024 0.021 0.016 0.007 0.016 0.001 61 Q 0.592 0.096 0.165 0.080 0.022 0.021 0.010 0.003 0.008 0.002 0.001 62 K 0.232 0.040 0.146 0.526 0.009 0.022 0.012 0.003 0.009 0.001 0.001 63 A 0.033 0.101 0.624 0.005 0.070 0.019 0.011 0.003 0.078 0.055 0.001 64 P 0.407 0.006 0.509 0.009 0.002 0.033 0.001 0.001 0.002 0.003 0.028 65 D 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.968 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.909 0.004 0.004 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.226 0.005 0.016 0.697 0.003 0.001 0.044 0.004 0.003 0.001 0.001 75 G 0.018 0.003 0.017 0.012 0.016 0.002 0.174 0.711 0.001 0.046 0.001 76 Y 0.069 0.406 0.375 0.056 0.064 0.017 0.004 0.001 0.005 0.002 0.001 77 F 0.037 0.580 0.282 0.008 0.049 0.030 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 I 0.040 0.808 0.079 0.009 0.018 0.024 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 79 Y 0.053 0.666 0.149 0.012 0.042 0.034 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 80 K 0.059 0.406 0.368 0.006 0.062 0.073 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 81 M 0.151 0.423 0.239 0.067 0.038 0.043 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 82 E 0.125 0.279 0.369 0.111 0.071 0.011 0.012 0.003 0.014 0.004 0.001 83 G 0.044 0.013 0.041 0.031 0.074 0.004 0.093 0.494 0.003 0.202 0.001 84 C 0.100 0.189 0.519 0.079 0.038 0.043 0.006 0.002 0.019 0.005 0.001 85 N 0.247 0.088 0.179 0.241 0.055 0.057 0.073 0.022 0.017 0.020 0.002