# TARGET T0353 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.167 0.220 0.046 0.011 0.463 0.004 0.003 0.007 0.014 0.023 0.042 2 Q 0.331 0.089 0.015 0.002 0.452 0.002 0.003 0.004 0.007 0.022 0.074 3 I 0.274 0.157 0.013 0.003 0.499 0.003 0.002 0.003 0.003 0.008 0.035 4 H 0.235 0.126 0.028 0.005 0.546 0.003 0.004 0.005 0.004 0.009 0.034 5 V 0.179 0.118 0.045 0.051 0.277 0.061 0.061 0.090 0.045 0.032 0.041 6 Y 0.120 0.085 0.044 0.062 0.192 0.039 0.059 0.084 0.056 0.155 0.105 7 D 0.154 0.152 0.053 0.025 0.385 0.029 0.034 0.034 0.035 0.061 0.037 8 T 0.221 0.110 0.026 0.011 0.430 0.006 0.012 0.027 0.036 0.049 0.073 9 Y 0.236 0.168 0.031 0.005 0.460 0.007 0.006 0.011 0.011 0.020 0.042 10 V 0.291 0.143 0.013 0.001 0.426 0.002 0.003 0.009 0.007 0.020 0.085 11 K 0.156 0.255 0.022 0.006 0.453 0.007 0.005 0.008 0.006 0.033 0.052 12 A 0.085 0.302 0.434 0.053 0.068 0.008 0.004 0.012 0.009 0.007 0.017 13 K 0.003 0.006 0.060 0.120 0.004 0.164 0.097 0.369 0.161 0.012 0.003 14 D 0.002 0.304 0.233 0.314 0.011 0.025 0.043 0.038 0.019 0.009 0.001 15 G 0.009 0.016 0.011 0.019 0.010 0.004 0.003 0.009 0.021 0.622 0.277 16 H 0.042 0.476 0.052 0.005 0.375 0.008 0.013 0.009 0.006 0.007 0.005 17 V 0.482 0.021 0.001 0.001 0.446 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 18 M 0.202 0.144 0.016 0.013 0.577 0.007 0.005 0.003 0.002 0.003 0.028 19 H 0.336 0.057 0.008 0.002 0.513 0.006 0.006 0.003 0.003 0.009 0.057 20 F 0.317 0.086 0.020 0.008 0.438 0.002 0.001 0.002 0.004 0.014 0.108 21 D 0.173 0.059 0.015 0.031 0.229 0.135 0.203 0.031 0.027 0.052 0.046 22 V 0.146 0.191 0.032 0.003 0.559 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.033 23 F 0.398 0.056 0.008 0.002 0.434 0.002 0.004 0.005 0.003 0.019 0.071 24 T 0.046 0.412 0.168 0.021 0.287 0.009 0.010 0.007 0.004 0.018 0.018 25 D 0.088 0.366 0.184 0.037 0.196 0.011 0.009 0.025 0.021 0.023 0.040 26 V 0.017 0.024 0.020 0.015 0.034 0.028 0.067 0.310 0.391 0.082 0.011 27 R 0.007 0.050 0.045 0.032 0.017 0.048 0.130 0.316 0.218 0.120 0.015 28 D 0.054 0.092 0.033 0.013 0.076 0.015 0.030 0.130 0.119 0.376 0.061 29 D 0.066 0.130 0.039 0.013 0.128 0.018 0.026 0.281 0.175 0.087 0.038 30 K 0.011 0.021 0.015 0.010 0.017 0.017 0.039 0.587 0.209 0.058 0.014 31 K 0.010 0.034 0.017 0.003 0.015 0.002 0.014 0.683 0.145 0.068 0.009 32 A 0.007 0.008 0.003 0.002 0.006 0.002 0.004 0.801 0.141 0.021 0.004 33 I 0.002 0.007 0.005 0.003 0.005 0.003 0.014 0.882 0.075 0.002 0.001 34 E 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 0.919 0.053 0.005 0.002 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.056 0.008 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.073 0.004 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.066 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.948 0.036 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.909 0.078 0.004 0.001 40 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.853 0.110 0.021 0.002 41 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.045 0.761 0.160 0.016 0.001 42 S 0.009 0.017 0.007 0.006 0.017 0.011 0.125 0.681 0.080 0.043 0.004 43 I 0.015 0.462 0.240 0.024 0.097 0.013 0.028 0.059 0.029 0.029 0.005 44 G 0.125 0.062 0.049 0.059 0.066 0.018 0.023 0.099 0.050 0.265 0.184 45 E 0.080 0.162 0.067 0.032 0.134 0.057 0.067 0.203 0.108 0.061 0.030 46 E 0.057 0.102 0.047 0.062 0.122 0.056 0.094 0.229 0.094 0.095 0.041 47 G 0.106 0.062 0.031 0.035 0.101 0.033 0.032 0.075 0.104 0.323 0.098 48 A 0.051 0.255 0.164 0.062 0.173 0.022 0.028 0.111 0.070 0.045 0.019 49 T 0.189 0.187 0.054 0.007 0.263 0.009 0.020 0.081 0.055 0.075 0.062 50 V 0.300 0.119 0.025 0.008 0.283 0.008 0.015 0.061 0.041 0.054 0.084 51 T 0.113 0.167 0.093 0.072 0.160 0.087 0.068 0.075 0.041 0.080 0.043 52 S 0.079 0.241 0.116 0.140 0.142 0.023 0.014 0.071 0.069 0.067 0.038 53 E 0.042 0.051 0.041 0.066 0.058 0.046 0.079 0.284 0.166 0.127 0.039 54 E 0.126 0.140 0.071 0.034 0.182 0.036 0.058 0.100 0.077 0.113 0.064 55 C 0.224 0.163 0.029 0.008 0.456 0.003 0.005 0.030 0.021 0.015 0.046 56 R 0.103 0.048 0.024 0.038 0.133 0.061 0.144 0.184 0.117 0.093 0.054 57 F 0.102 0.119 0.059 0.032 0.186 0.025 0.047 0.117 0.092 0.172 0.049 58 C 0.131 0.151 0.060 0.028 0.210 0.035 0.071 0.108 0.055 0.085 0.066 59 H 0.090 0.211 0.130 0.043 0.185 0.013 0.019 0.075 0.062 0.095 0.078 60 S 0.051 0.118 0.036 0.023 0.130 0.027 0.038 0.275 0.230 0.052 0.022 61 Q 0.037 0.050 0.033 0.022 0.067 0.049 0.090 0.362 0.203 0.058 0.028 62 K 0.044 0.078 0.048 0.010 0.047 0.006 0.025 0.139 0.122 0.391 0.091 63 A 0.015 0.440 0.275 0.023 0.051 0.007 0.008 0.057 0.030 0.083 0.012 64 P 0.007 0.682 0.179 0.007 0.059 0.001 0.002 0.046 0.010 0.004 0.003 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.848 0.123 0.004 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.050 0.003 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.059 0.009 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.027 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.027 0.005 0.001 71 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.915 0.071 0.006 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.829 0.129 0.003 0.001 73 Q 0.001 0.044 0.030 0.008 0.004 0.016 0.184 0.628 0.069 0.015 0.001 74 N 0.006 0.455 0.415 0.022 0.024 0.002 0.003 0.005 0.004 0.051 0.012 75 G 0.074 0.098 0.044 0.027 0.058 0.010 0.018 0.016 0.014 0.282 0.359 76 Y 0.131 0.282 0.019 0.006 0.459 0.010 0.007 0.013 0.009 0.022 0.041 77 F 0.179 0.111 0.006 0.004 0.666 0.005 0.004 0.005 0.002 0.003 0.014 78 I 0.500 0.015 0.001 0.001 0.441 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.033 79 Y 0.168 0.116 0.010 0.003 0.675 0.002 0.002 0.004 0.002 0.002 0.015 80 K 0.348 0.053 0.010 0.001 0.511 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.066 81 M 0.278 0.128 0.093 0.031 0.307 0.018 0.013 0.013 0.009 0.025 0.084 82 E 0.029 0.122 0.058 0.141 0.069 0.187 0.206 0.090 0.052 0.032 0.014 83 G 0.085 0.073 0.093 0.090 0.092 0.048 0.032 0.040 0.053 0.252 0.140 84 C 0.103 0.181 0.145 0.076 0.182 0.037 0.030 0.069 0.061 0.069 0.045 85 N 0.058 0.154 0.107 0.044 0.118 0.024 0.037 0.124 0.109 0.175 0.049