# TARGET T0353 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.588 0.275 0.100 0.033 0.005 0.001 0.001 2 Q 0.501 0.386 0.084 0.024 0.004 0.001 0.001 3 I 0.017 0.053 0.120 0.270 0.379 0.151 0.011 4 H 0.019 0.133 0.294 0.325 0.170 0.053 0.005 5 V 0.003 0.009 0.027 0.107 0.280 0.435 0.140 6 Y 0.005 0.017 0.043 0.117 0.246 0.412 0.160 7 D 0.013 0.023 0.052 0.119 0.228 0.429 0.137 8 T 0.013 0.037 0.068 0.141 0.250 0.367 0.124 9 Y 0.008 0.037 0.090 0.204 0.321 0.282 0.058 10 V 0.006 0.027 0.070 0.215 0.372 0.264 0.045 11 K 0.088 0.284 0.279 0.229 0.096 0.022 0.002 12 A 0.207 0.335 0.253 0.156 0.041 0.007 0.001 13 K 0.484 0.307 0.116 0.064 0.023 0.004 0.001 14 D 0.585 0.277 0.098 0.032 0.007 0.001 0.001 15 G 0.209 0.274 0.218 0.192 0.089 0.017 0.001 16 H 0.044 0.197 0.298 0.292 0.137 0.031 0.001 17 V 0.005 0.038 0.102 0.251 0.376 0.207 0.021 18 M 0.001 0.001 0.008 0.041 0.152 0.471 0.327 19 H 0.001 0.001 0.002 0.010 0.052 0.303 0.632 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.139 0.850 21 D 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.261 0.703 22 V 0.001 0.001 0.005 0.020 0.084 0.388 0.501 23 F 0.001 0.003 0.010 0.038 0.160 0.469 0.320 24 T 0.002 0.010 0.039 0.149 0.431 0.336 0.034 25 D 0.038 0.204 0.343 0.290 0.106 0.017 0.001 26 V 0.263 0.366 0.232 0.109 0.026 0.005 0.001 27 R 0.518 0.287 0.125 0.051 0.016 0.003 0.001 28 D 0.611 0.232 0.101 0.044 0.010 0.001 0.001 29 D 0.428 0.273 0.177 0.090 0.027 0.005 0.001 30 K 0.538 0.309 0.102 0.039 0.011 0.002 0.001 31 K 0.122 0.360 0.315 0.156 0.041 0.006 0.001 32 A 0.004 0.029 0.090 0.254 0.418 0.194 0.011 33 I 0.003 0.072 0.225 0.341 0.278 0.076 0.003 34 E 0.037 0.281 0.369 0.223 0.069 0.020 0.001 35 F 0.003 0.032 0.122 0.315 0.342 0.169 0.017 36 A 0.001 0.001 0.002 0.017 0.146 0.626 0.207 37 K 0.003 0.035 0.150 0.384 0.308 0.111 0.008 38 Q 0.023 0.292 0.374 0.212 0.082 0.017 0.001 39 W 0.001 0.009 0.050 0.225 0.388 0.304 0.023 40 L 0.001 0.005 0.021 0.139 0.444 0.370 0.019 41 S 0.081 0.424 0.316 0.139 0.033 0.006 0.001 42 S 0.272 0.480 0.167 0.060 0.017 0.004 0.001 43 I 0.041 0.179 0.365 0.304 0.096 0.014 0.001 44 G 0.249 0.279 0.235 0.161 0.067 0.008 0.001 45 E 0.419 0.287 0.158 0.106 0.029 0.002 0.001 46 E 0.674 0.241 0.063 0.018 0.003 0.001 0.001 47 G 0.635 0.247 0.082 0.030 0.005 0.001 0.001 48 A 0.682 0.239 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 49 T 0.638 0.282 0.061 0.016 0.002 0.001 0.001 50 V 0.192 0.205 0.268 0.251 0.076 0.008 0.001 51 T 0.625 0.290 0.067 0.015 0.002 0.001 0.001 52 S 0.465 0.350 0.128 0.048 0.008 0.001 0.001 53 E 0.605 0.276 0.088 0.026 0.005 0.001 0.001 54 E 0.300 0.425 0.181 0.073 0.019 0.002 0.001 55 C 0.027 0.104 0.208 0.332 0.271 0.056 0.002 56 R 0.043 0.205 0.342 0.292 0.099 0.018 0.001 57 F 0.047 0.143 0.162 0.236 0.264 0.139 0.010 58 C 0.025 0.115 0.380 0.369 0.100 0.010 0.001 59 H 0.101 0.149 0.134 0.263 0.267 0.080 0.006 60 S 0.304 0.338 0.214 0.107 0.031 0.006 0.001 61 Q 0.576 0.241 0.098 0.065 0.017 0.004 0.001 62 K 0.574 0.285 0.104 0.028 0.007 0.001 0.001 63 A 0.244 0.240 0.226 0.206 0.075 0.009 0.001 64 P 0.517 0.266 0.131 0.060 0.019 0.006 0.001 65 D 0.844 0.135 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.575 0.325 0.081 0.015 0.003 0.001 0.001 67 V 0.144 0.108 0.138 0.293 0.264 0.051 0.001 68 I 0.104 0.318 0.368 0.183 0.025 0.001 0.001 69 E 0.461 0.468 0.062 0.009 0.001 0.001 0.001 70 A 0.071 0.183 0.370 0.320 0.053 0.003 0.001 71 I 0.049 0.062 0.101 0.303 0.398 0.086 0.001 72 K 0.276 0.466 0.198 0.053 0.007 0.001 0.001 73 Q 0.608 0.320 0.058 0.012 0.002 0.001 0.001 74 N 0.121 0.302 0.329 0.184 0.053 0.011 0.001 75 G 0.092 0.164 0.173 0.240 0.250 0.078 0.003 76 Y 0.135 0.213 0.233 0.247 0.138 0.031 0.002 77 F 0.143 0.168 0.175 0.245 0.180 0.084 0.007 78 I 0.132 0.092 0.105 0.158 0.200 0.253 0.060 79 Y 0.155 0.157 0.181 0.243 0.175 0.078 0.011 80 K 0.234 0.273 0.232 0.155 0.081 0.023 0.002 81 M 0.169 0.183 0.195 0.206 0.183 0.059 0.005 82 E 0.217 0.265 0.234 0.168 0.082 0.032 0.002 83 G 0.344 0.298 0.202 0.117 0.034 0.005 0.001 84 C 0.409 0.235 0.176 0.127 0.045 0.007 0.001 85 N 0.759 0.172 0.044 0.017 0.006 0.002 0.001