# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.103 0.081 0.135 0.102 0.099 0.125 0.079 0.074 0.044 0.031 2 Q 0.118 0.237 0.127 0.298 0.141 0.051 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 3 I 0.004 0.004 0.003 0.008 0.012 0.027 0.089 0.132 0.238 0.248 0.234 4 H 0.042 0.187 0.107 0.367 0.190 0.069 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 5 V 0.005 0.008 0.007 0.020 0.019 0.026 0.077 0.126 0.218 0.267 0.229 6 Y 0.010 0.028 0.025 0.139 0.141 0.136 0.201 0.126 0.110 0.056 0.028 7 D 0.006 0.023 0.016 0.091 0.106 0.124 0.187 0.141 0.148 0.102 0.056 8 T 0.018 0.041 0.040 0.131 0.103 0.100 0.146 0.129 0.142 0.102 0.049 9 Y 0.028 0.049 0.031 0.144 0.168 0.149 0.193 0.115 0.075 0.035 0.013 10 V 0.018 0.037 0.022 0.061 0.059 0.074 0.138 0.152 0.189 0.153 0.097 11 K 0.023 0.092 0.062 0.316 0.262 0.131 0.070 0.024 0.013 0.005 0.002 12 A 0.076 0.114 0.064 0.215 0.190 0.151 0.111 0.044 0.023 0.009 0.004 13 K 0.390 0.199 0.092 0.154 0.078 0.046 0.025 0.009 0.005 0.002 0.001 14 D 0.408 0.266 0.069 0.143 0.060 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 15 G 0.293 0.133 0.036 0.120 0.091 0.075 0.083 0.054 0.051 0.039 0.025 16 H 0.032 0.113 0.054 0.234 0.207 0.159 0.115 0.043 0.025 0.012 0.006 17 V 0.006 0.023 0.024 0.105 0.150 0.185 0.216 0.118 0.088 0.054 0.031 18 M 0.003 0.004 0.004 0.015 0.023 0.038 0.116 0.178 0.244 0.215 0.161 19 H 0.004 0.011 0.011 0.060 0.079 0.103 0.219 0.177 0.165 0.108 0.064 20 F 0.002 0.002 0.003 0.008 0.011 0.019 0.062 0.120 0.235 0.285 0.256 21 D 0.002 0.008 0.011 0.071 0.099 0.131 0.228 0.165 0.147 0.088 0.050 22 V 0.002 0.004 0.005 0.011 0.013 0.022 0.081 0.156 0.255 0.267 0.186 23 F 0.002 0.005 0.006 0.029 0.046 0.071 0.166 0.179 0.226 0.171 0.099 24 T 0.003 0.012 0.011 0.038 0.064 0.097 0.197 0.184 0.191 0.125 0.079 25 D 0.057 0.118 0.082 0.255 0.190 0.128 0.098 0.037 0.022 0.010 0.004 26 V 0.085 0.076 0.039 0.133 0.132 0.142 0.183 0.096 0.060 0.035 0.019 27 R 0.389 0.224 0.067 0.135 0.076 0.043 0.034 0.014 0.010 0.005 0.003 28 D 0.127 0.358 0.076 0.150 0.096 0.074 0.060 0.024 0.017 0.010 0.006 29 D 0.096 0.086 0.043 0.159 0.199 0.171 0.131 0.054 0.034 0.018 0.009 30 K 0.504 0.211 0.087 0.113 0.048 0.021 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 31 K 0.009 0.057 0.074 0.320 0.247 0.160 0.092 0.026 0.010 0.003 0.001 32 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.015 0.074 0.135 0.264 0.271 0.227 33 I 0.002 0.004 0.029 0.080 0.178 0.293 0.277 0.082 0.038 0.013 0.004 34 E 0.007 0.037 0.642 0.200 0.067 0.028 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.014 0.021 0.041 0.099 0.317 0.209 0.165 0.089 0.043 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.122 0.267 0.318 0.236 37 K 0.001 0.002 0.112 0.230 0.298 0.222 0.106 0.019 0.008 0.002 0.001 38 Q 0.002 0.018 0.440 0.192 0.160 0.113 0.054 0.013 0.006 0.002 0.001 39 W 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.035 0.207 0.205 0.262 0.187 0.084 40 L 0.001 0.002 0.010 0.007 0.007 0.016 0.113 0.158 0.246 0.255 0.186 41 S 0.006 0.043 0.448 0.271 0.156 0.051 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 42 S 0.063 0.125 0.276 0.177 0.127 0.112 0.085 0.019 0.010 0.004 0.002 43 I 0.030 0.032 0.026 0.052 0.058 0.094 0.231 0.166 0.162 0.105 0.045 44 G 0.152 0.130 0.049 0.092 0.084 0.105 0.147 0.074 0.069 0.051 0.048 45 E 0.191 0.162 0.116 0.150 0.118 0.094 0.079 0.036 0.027 0.016 0.010 46 E 0.292 0.220 0.099 0.172 0.093 0.059 0.038 0.013 0.008 0.004 0.002 47 G 0.347 0.137 0.058 0.127 0.104 0.083 0.067 0.030 0.022 0.013 0.012 48 A 0.219 0.157 0.071 0.150 0.120 0.102 0.098 0.037 0.025 0.013 0.008 49 T 0.219 0.284 0.114 0.204 0.098 0.046 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 50 V 0.002 0.002 0.001 0.004 0.009 0.021 0.091 0.137 0.244 0.244 0.244 51 T 0.090 0.475 0.122 0.200 0.072 0.025 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 52 S 0.111 0.154 0.073 0.229 0.187 0.124 0.079 0.024 0.012 0.004 0.002 53 E 0.705 0.131 0.043 0.064 0.031 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 54 E 0.082 0.185 0.145 0.311 0.151 0.074 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 55 C 0.012 0.013 0.010 0.029 0.040 0.079 0.214 0.196 0.199 0.138 0.070 56 R 0.070 0.119 0.126 0.275 0.203 0.123 0.057 0.015 0.008 0.003 0.001 57 F 0.024 0.040 0.089 0.110 0.104 0.123 0.187 0.110 0.110 0.073 0.030 58 C 0.036 0.051 0.046 0.129 0.139 0.156 0.182 0.109 0.083 0.046 0.022 59 H 0.033 0.081 0.054 0.086 0.081 0.098 0.182 0.138 0.123 0.081 0.045 60 S 0.021 0.056 0.081 0.161 0.200 0.175 0.163 0.069 0.046 0.020 0.007 61 Q 0.289 0.177 0.200 0.173 0.085 0.039 0.024 0.006 0.004 0.001 0.001 62 K 0.179 0.154 0.133 0.230 0.145 0.087 0.052 0.013 0.005 0.002 0.001 63 A 0.007 0.023 0.020 0.025 0.030 0.060 0.150 0.147 0.190 0.180 0.168 64 P 0.053 0.242 0.155 0.187 0.157 0.114 0.071 0.014 0.005 0.002 0.001 65 D 0.814 0.091 0.070 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.323 0.149 0.139 0.204 0.106 0.051 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.020 0.114 0.161 0.263 0.235 0.197 68 I 0.001 0.005 0.039 0.129 0.240 0.325 0.189 0.043 0.020 0.008 0.002 69 E 0.025 0.045 0.846 0.059 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.005 0.021 0.050 0.107 0.250 0.377 0.114 0.050 0.018 0.007 71 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 0.031 0.069 0.182 0.288 0.417 72 K 0.005 0.029 0.241 0.273 0.258 0.130 0.052 0.008 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.032 0.074 0.717 0.119 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.050 0.065 0.036 0.099 0.122 0.200 0.280 0.084 0.041 0.018 0.005 75 G 0.176 0.127 0.051 0.141 0.110 0.098 0.116 0.061 0.057 0.038 0.025 76 Y 0.007 0.018 0.018 0.044 0.061 0.093 0.181 0.166 0.181 0.142 0.089 77 F 0.015 0.049 0.055 0.154 0.161 0.185 0.191 0.093 0.058 0.027 0.011 78 I 0.006 0.007 0.007 0.021 0.021 0.031 0.100 0.141 0.219 0.213 0.234 79 Y 0.017 0.018 0.023 0.070 0.088 0.107 0.188 0.152 0.152 0.111 0.072 80 K 0.027 0.108 0.111 0.280 0.204 0.117 0.085 0.034 0.021 0.009 0.003 81 M 0.011 0.016 0.019 0.032 0.033 0.044 0.108 0.134 0.209 0.210 0.183 82 E 0.099 0.145 0.104 0.229 0.167 0.107 0.087 0.032 0.018 0.008 0.004 83 G 0.224 0.177 0.087 0.166 0.115 0.086 0.074 0.032 0.022 0.011 0.005 84 C 0.102 0.082 0.043 0.089 0.080 0.084 0.123 0.101 0.116 0.100 0.079 85 N 0.419 0.208 0.055 0.105 0.069 0.053 0.041 0.019 0.015 0.009 0.006