# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.032 0.103 0.617 2 Q 0.038 0.003 0.008 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.007 0.196 0.564 3 I 0.014 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.536 0.002 0.054 0.371 4 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.045 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.001 0.035 0.140 5 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.736 0.001 0.034 0.212 6 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.911 0.002 0.019 0.065 7 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.684 0.005 0.038 0.258 8 T 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.567 0.011 0.094 0.312 9 Y 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.034 0.020 0.510 0.011 0.142 0.239 10 V 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.048 0.322 0.062 0.006 0.260 0.004 0.045 0.212 11 K 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.097 0.009 0.149 0.040 0.002 0.001 0.432 0.002 0.022 0.204 12 A 0.009 0.032 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.039 0.373 0.021 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.133 0.003 0.034 0.311 13 K 0.016 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.107 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.277 0.005 0.082 0.463 14 D 0.018 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.006 0.113 0.744 15 G 0.144 0.056 0.013 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.089 0.065 0.476 16 H 0.115 0.009 0.040 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.016 0.343 0.357 17 V 0.008 0.002 0.005 0.005 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.002 0.103 0.527 18 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.318 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.515 0.001 0.013 0.058 19 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.010 0.029 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.668 0.001 0.044 0.203 20 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.001 0.008 0.040 21 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.868 0.002 0.021 0.104 22 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.006 0.838 0.003 0.037 0.103 23 F 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.078 0.127 0.630 0.003 0.030 0.115 24 T 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.028 0.009 0.775 0.003 0.031 0.124 25 D 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.063 0.012 0.006 0.007 0.003 0.002 0.212 0.007 0.064 0.589 26 V 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.287 0.018 0.130 0.510 27 R 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.020 0.569 0.356 28 D 0.096 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.423 0.396 29 D 0.087 0.226 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.119 0.539 30 K 0.018 0.131 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.171 0.644 31 K 0.028 0.158 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.369 0.418 32 A 0.023 0.709 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.048 0.203 33 I 0.005 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.062 34 E 0.005 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 35 F 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 36 A 0.005 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.026 37 K 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 38 Q 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 39 W 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 40 L 0.010 0.956 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.020 41 S 0.041 0.879 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.043 42 S 0.114 0.737 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.087 43 I 0.220 0.559 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.003 0.134 44 G 0.159 0.311 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.042 0.054 0.374 45 E 0.072 0.085 0.136 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.015 0.124 0.489 46 E 0.106 0.069 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.012 0.093 0.639 47 G 0.149 0.052 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.025 0.079 0.603 48 A 0.257 0.037 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.016 0.083 0.429 49 T 0.036 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.007 0.076 0.809 50 V 0.037 0.014 0.008 0.009 0.014 0.006 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.298 0.007 0.065 0.515 51 T 0.012 0.009 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.003 0.389 0.501 52 S 0.018 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.010 0.056 0.662 53 E 0.012 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.010 0.226 0.630 54 E 0.165 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.374 0.409 55 C 0.197 0.315 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.033 0.051 0.333 56 R 0.068 0.237 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.028 0.083 0.449 57 F 0.051 0.139 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.123 0.015 0.107 0.516 58 C 0.075 0.160 0.004 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.249 0.013 0.089 0.381 59 H 0.049 0.155 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.158 0.011 0.084 0.505 60 S 0.064 0.103 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.167 0.012 0.101 0.525 61 Q 0.139 0.108 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.073 0.017 0.133 0.511 62 K 0.307 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.035 0.075 0.484 63 A 0.259 0.067 0.042 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.012 0.058 0.530 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.989 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.996 66 E 0.008 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.083 0.887 67 V 0.047 0.300 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.150 0.491 68 I 0.013 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.096 69 E 0.002 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 70 A 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 71 I 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 72 K 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 73 Q 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.014 74 N 0.208 0.515 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.001 0.044 75 G 0.150 0.081 0.385 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 0.031 0.280 76 Y 0.006 0.006 0.225 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.001 0.196 0.393 77 F 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.001 0.054 0.158 78 I 0.011 0.003 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.447 0.001 0.093 0.421 79 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.016 0.016 0.898 0.001 0.006 0.033 80 K 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.004 0.694 0.003 0.038 0.233 81 M 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.009 0.006 0.006 0.005 0.008 0.004 0.009 0.740 0.006 0.030 0.148 82 E 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.018 0.010 0.008 0.011 0.433 0.011 0.107 0.375 83 G 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.211 0.018 0.068 0.627 84 C 0.348 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.011 0.066 0.438 85 N 0.074 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.006 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.125 0.010 0.130 0.602