# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.445 0.099 0.005 0.343 0.003 0.003 0.006 0.004 0.009 0.013 2 Q 0.308 0.116 0.011 0.001 0.503 0.001 0.004 0.006 0.004 0.011 0.036 3 I 0.303 0.124 0.012 0.003 0.514 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.029 4 H 0.159 0.154 0.027 0.004 0.617 0.003 0.005 0.007 0.003 0.006 0.016 5 V 0.397 0.073 0.011 0.007 0.412 0.006 0.008 0.013 0.003 0.009 0.060 6 Y 0.159 0.220 0.047 0.024 0.396 0.014 0.013 0.017 0.011 0.043 0.055 7 D 0.334 0.095 0.037 0.015 0.353 0.009 0.011 0.013 0.009 0.034 0.090 8 T 0.118 0.150 0.050 0.029 0.222 0.032 0.062 0.115 0.106 0.076 0.039 9 Y 0.194 0.147 0.059 0.019 0.295 0.024 0.033 0.051 0.041 0.075 0.062 10 V 0.219 0.211 0.032 0.007 0.385 0.010 0.014 0.031 0.016 0.022 0.054 11 K 0.140 0.247 0.056 0.008 0.425 0.007 0.010 0.023 0.015 0.030 0.040 12 A 0.147 0.243 0.212 0.036 0.197 0.015 0.018 0.057 0.028 0.016 0.030 13 K 0.023 0.033 0.078 0.180 0.023 0.184 0.158 0.201 0.075 0.032 0.013 14 D 0.006 0.197 0.211 0.307 0.028 0.059 0.110 0.037 0.014 0.023 0.007 15 G 0.034 0.054 0.059 0.136 0.028 0.032 0.007 0.015 0.031 0.441 0.164 16 H 0.096 0.296 0.037 0.006 0.445 0.008 0.015 0.037 0.023 0.022 0.014 17 V 0.337 0.064 0.007 0.001 0.551 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.026 18 M 0.212 0.129 0.023 0.010 0.586 0.006 0.007 0.005 0.001 0.003 0.018 19 H 0.421 0.045 0.006 0.003 0.439 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.068 20 F 0.247 0.154 0.024 0.007 0.477 0.005 0.003 0.006 0.003 0.019 0.054 21 D 0.356 0.080 0.009 0.005 0.414 0.011 0.023 0.018 0.008 0.014 0.061 22 V 0.246 0.140 0.027 0.006 0.487 0.005 0.010 0.015 0.008 0.017 0.039 23 F 0.343 0.087 0.016 0.013 0.299 0.015 0.016 0.033 0.025 0.054 0.099 24 T 0.063 0.326 0.132 0.060 0.239 0.040 0.025 0.044 0.027 0.023 0.022 25 D 0.186 0.179 0.095 0.011 0.281 0.006 0.014 0.052 0.031 0.066 0.078 26 V 0.058 0.099 0.051 0.026 0.088 0.023 0.038 0.281 0.199 0.102 0.035 27 R 0.021 0.098 0.072 0.066 0.049 0.099 0.135 0.282 0.100 0.061 0.019 28 D 0.088 0.103 0.061 0.019 0.102 0.014 0.027 0.159 0.068 0.255 0.104 29 D 0.033 0.055 0.025 0.010 0.072 0.008 0.014 0.541 0.133 0.084 0.024 30 K 0.004 0.018 0.007 0.003 0.010 0.007 0.014 0.785 0.120 0.028 0.005 31 K 0.005 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.006 0.882 0.059 0.026 0.004 32 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.938 0.042 0.010 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.033 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.010 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.017 0.004 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.039 0.003 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.041 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.965 0.018 0.002 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.919 0.053 0.016 0.001 40 L 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.810 0.141 0.029 0.003 41 S 0.002 0.010 0.003 0.002 0.004 0.011 0.050 0.758 0.143 0.015 0.002 42 S 0.009 0.016 0.014 0.005 0.018 0.008 0.099 0.598 0.133 0.093 0.008 43 I 0.063 0.244 0.084 0.029 0.131 0.028 0.071 0.162 0.083 0.076 0.030 44 G 0.066 0.077 0.081 0.085 0.060 0.037 0.025 0.110 0.093 0.260 0.106 45 E 0.088 0.119 0.071 0.031 0.127 0.037 0.059 0.215 0.114 0.102 0.035 46 E 0.039 0.168 0.112 0.108 0.091 0.062 0.079 0.148 0.071 0.085 0.037 47 G 0.071 0.064 0.064 0.094 0.066 0.034 0.030 0.063 0.095 0.305 0.113 48 A 0.049 0.343 0.161 0.024 0.197 0.016 0.024 0.083 0.052 0.033 0.017 49 T 0.166 0.240 0.045 0.002 0.340 0.003 0.012 0.050 0.030 0.061 0.050 50 V 0.304 0.110 0.031 0.011 0.224 0.013 0.016 0.041 0.040 0.079 0.131 51 T 0.030 0.281 0.229 0.063 0.099 0.022 0.027 0.073 0.042 0.111 0.023 52 S 0.040 0.130 0.095 0.038 0.105 0.011 0.010 0.288 0.195 0.066 0.022 53 E 0.021 0.031 0.016 0.004 0.039 0.006 0.020 0.572 0.240 0.040 0.012 54 E 0.018 0.034 0.013 0.007 0.028 0.009 0.040 0.508 0.155 0.173 0.014 55 C 0.153 0.068 0.013 0.004 0.189 0.003 0.010 0.275 0.096 0.121 0.068 56 R 0.019 0.022 0.009 0.018 0.029 0.049 0.108 0.442 0.190 0.098 0.015 57 F 0.068 0.145 0.065 0.021 0.166 0.013 0.056 0.269 0.075 0.095 0.026 58 C 0.097 0.155 0.058 0.022 0.177 0.030 0.080 0.234 0.061 0.049 0.036 59 H 0.102 0.100 0.045 0.018 0.161 0.007 0.016 0.138 0.099 0.196 0.118 60 S 0.034 0.090 0.038 0.014 0.066 0.015 0.027 0.216 0.358 0.121 0.021 61 Q 0.012 0.064 0.043 0.015 0.032 0.030 0.185 0.338 0.216 0.054 0.012 62 K 0.027 0.028 0.024 0.010 0.021 0.011 0.076 0.074 0.123 0.535 0.072 63 A 0.021 0.539 0.295 0.005 0.093 0.001 0.004 0.016 0.008 0.009 0.007 64 P 0.007 0.568 0.228 0.007 0.060 0.003 0.003 0.099 0.021 0.004 0.002 65 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.007 0.015 0.816 0.144 0.004 0.001 66 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.907 0.046 0.030 0.004 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.862 0.084 0.050 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.055 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.022 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.965 0.023 0.003 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.073 0.010 0.001 72 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.820 0.150 0.009 0.001 73 Q 0.001 0.133 0.096 0.015 0.017 0.027 0.225 0.409 0.050 0.026 0.001 74 N 0.014 0.512 0.259 0.026 0.060 0.004 0.007 0.008 0.005 0.077 0.027 75 G 0.115 0.046 0.049 0.076 0.043 0.033 0.015 0.014 0.016 0.263 0.330 76 Y 0.125 0.288 0.043 0.015 0.468 0.009 0.006 0.008 0.005 0.009 0.023 77 F 0.153 0.145 0.009 0.001 0.679 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 78 I 0.389 0.043 0.003 0.002 0.526 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.023 79 Y 0.128 0.163 0.018 0.006 0.646 0.004 0.005 0.013 0.002 0.003 0.012 80 K 0.300 0.129 0.020 0.002 0.386 0.001 0.004 0.014 0.003 0.021 0.120 81 M 0.257 0.139 0.051 0.019 0.289 0.011 0.010 0.028 0.026 0.061 0.110 82 E 0.013 0.085 0.055 0.093 0.035 0.165 0.241 0.164 0.116 0.026 0.008 83 G 0.070 0.048 0.057 0.033 0.045 0.016 0.025 0.045 0.071 0.452 0.138 84 C 0.112 0.289 0.088 0.027 0.253 0.017 0.024 0.024 0.032 0.078 0.057 85 N 0.080 0.161 0.162 0.084 0.155 0.044 0.029 0.060 0.061 0.093 0.070