# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.053 0.166 0.119 0.092 0.003 0.040 0.010 0.001 0.001 0.015 0.012 0.030 0.018 0.106 0.032 0.030 0.019 0.086 0.101 0.015 2 Q 0.074 0.073 0.087 0.082 0.161 0.002 0.015 0.007 0.002 0.001 0.031 0.023 0.054 0.048 0.096 0.034 0.019 0.028 0.054 0.027 0.081 3 I 0.090 0.105 0.042 0.053 0.129 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.028 0.035 0.090 0.105 0.108 0.111 0.004 0.004 0.033 0.017 0.037 4 H 0.116 0.093 0.141 0.134 0.052 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 0.029 0.083 0.126 0.106 0.017 0.005 0.004 0.014 0.010 0.030 5 V 0.123 0.098 0.026 0.072 0.187 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.017 0.035 0.061 0.158 0.050 0.116 0.012 0.005 0.010 0.007 0.015 6 Y 0.090 0.090 0.052 0.095 0.042 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.012 0.021 0.076 0.232 0.213 0.022 0.011 0.003 0.006 0.007 0.008 7 D 0.115 0.119 0.038 0.131 0.111 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.015 0.029 0.050 0.178 0.057 0.056 0.014 0.015 0.017 0.018 0.009 8 T 0.110 0.122 0.068 0.096 0.202 0.003 0.023 0.024 0.002 0.001 0.011 0.018 0.038 0.053 0.078 0.044 0.040 0.019 0.019 0.023 0.006 9 Y 0.118 0.147 0.090 0.082 0.191 0.004 0.037 0.061 0.002 0.001 0.007 0.012 0.024 0.020 0.071 0.031 0.031 0.028 0.018 0.018 0.006 10 V 0.152 0.137 0.095 0.137 0.213 0.004 0.017 0.052 0.002 0.001 0.006 0.009 0.016 0.008 0.043 0.014 0.026 0.016 0.023 0.018 0.011 11 K 0.107 0.115 0.066 0.105 0.291 0.004 0.023 0.060 0.004 0.001 0.006 0.007 0.016 0.006 0.048 0.016 0.039 0.019 0.033 0.025 0.011 12 A 0.088 0.065 0.099 0.167 0.279 0.003 0.016 0.036 0.005 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.055 0.007 0.087 0.010 0.028 0.034 0.004 13 K 0.046 0.021 0.051 0.051 0.291 0.003 0.044 0.015 0.030 0.008 0.002 0.002 0.004 0.001 0.030 0.009 0.325 0.019 0.015 0.032 0.001 14 D 0.013 0.016 0.025 0.047 0.169 0.002 0.421 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.013 0.074 0.021 0.033 0.133 0.001 15 G 0.020 0.033 0.057 0.035 0.287 0.002 0.135 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.002 0.010 0.011 0.020 0.307 0.029 0.033 0.003 16 H 0.070 0.075 0.393 0.189 0.083 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.005 0.004 0.013 0.005 0.035 0.014 0.025 0.012 0.023 0.031 0.008 17 V 0.091 0.122 0.024 0.034 0.551 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.015 0.012 0.033 0.011 0.020 0.016 0.009 0.004 0.019 0.006 0.023 18 M 0.194 0.247 0.119 0.130 0.057 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.021 0.021 0.063 0.021 0.079 0.007 0.005 0.003 0.005 0.006 0.013 19 H 0.188 0.270 0.033 0.075 0.098 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.052 0.025 0.095 0.047 0.024 0.014 0.004 0.004 0.007 0.005 0.052 20 F 0.206 0.250 0.034 0.041 0.048 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.036 0.053 0.096 0.092 0.065 0.017 0.004 0.002 0.006 0.003 0.040 21 D 0.327 0.295 0.063 0.040 0.044 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.016 0.019 0.059 0.051 0.032 0.011 0.005 0.002 0.004 0.003 0.017 22 V 0.309 0.227 0.048 0.093 0.041 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.013 0.028 0.066 0.097 0.025 0.009 0.005 0.003 0.004 0.004 0.015 23 F 0.132 0.190 0.035 0.064 0.075 0.002 0.016 0.010 0.002 0.001 0.019 0.039 0.081 0.170 0.063 0.033 0.013 0.009 0.014 0.008 0.024 24 T 0.114 0.115 0.088 0.128 0.050 0.003 0.017 0.012 0.002 0.001 0.015 0.026 0.060 0.113 0.125 0.029 0.026 0.016 0.021 0.028 0.010 25 D 0.027 0.032 0.031 0.063 0.226 0.005 0.034 0.025 0.005 0.002 0.008 0.010 0.014 0.032 0.058 0.102 0.053 0.047 0.082 0.140 0.006 26 V 0.006 0.005 0.032 0.021 0.083 0.004 0.036 0.044 0.005 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.140 0.037 0.362 0.066 0.052 0.095 0.001 27 R 0.002 0.002 0.024 0.021 0.030 0.015 0.175 0.138 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.018 0.265 0.049 0.058 0.149 0.001 28 D 0.001 0.001 0.009 0.012 0.041 0.010 0.182 0.140 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.146 0.092 0.119 0.203 0.001 29 D 0.001 0.001 0.013 0.006 0.010 0.002 0.037 0.209 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.522 0.057 0.055 0.064 0.001 30 K 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.004 0.051 0.727 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.173 0.008 0.009 0.012 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.004 0.003 0.004 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.064 0.004 0.004 0.002 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.943 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.004 0.001 0.002 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.845 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.078 0.014 0.007 0.006 0.001 41 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.019 0.108 0.603 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.210 0.007 0.005 0.011 0.001 42 S 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.021 0.378 0.219 0.050 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.006 0.167 0.052 0.025 0.036 0.001 43 I 0.001 0.001 0.005 0.005 0.011 0.004 0.184 0.092 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.260 0.112 0.137 0.153 0.001 44 G 0.001 0.001 0.012 0.008 0.021 0.007 0.091 0.091 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.095 0.239 0.210 0.188 0.001 45 E 0.001 0.001 0.023 0.011 0.036 0.007 0.052 0.067 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.031 0.294 0.092 0.182 0.159 0.001 46 E 0.001 0.001 0.023 0.024 0.036 0.016 0.157 0.072 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.041 0.016 0.240 0.043 0.139 0.175 0.001 47 G 0.001 0.002 0.013 0.018 0.056 0.007 0.288 0.033 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.033 0.118 0.127 0.150 0.117 0.001 48 A 0.003 0.003 0.071 0.053 0.048 0.009 0.100 0.033 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.049 0.033 0.118 0.085 0.165 0.215 0.001 49 T 0.004 0.006 0.036 0.037 0.176 0.008 0.086 0.031 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.058 0.091 0.117 0.162 0.131 0.002 50 V 0.006 0.006 0.100 0.082 0.081 0.003 0.034 0.020 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.092 0.040 0.083 0.045 0.196 0.196 0.002 51 T 0.004 0.005 0.036 0.057 0.124 0.003 0.028 0.022 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.044 0.033 0.046 0.054 0.139 0.392 0.001 52 S 0.002 0.003 0.051 0.047 0.087 0.002 0.018 0.026 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.042 0.030 0.178 0.051 0.198 0.253 0.002 53 E 0.003 0.003 0.032 0.019 0.075 0.011 0.100 0.088 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.011 0.515 0.028 0.025 0.050 0.001 54 E 0.004 0.009 0.029 0.037 0.043 0.018 0.458 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.012 0.071 0.047 0.036 0.044 0.001 55 C 0.016 0.024 0.031 0.049 0.193 0.004 0.072 0.146 0.003 0.001 0.005 0.005 0.009 0.005 0.026 0.047 0.075 0.066 0.147 0.074 0.003 56 R 0.036 0.038 0.165 0.103 0.057 0.009 0.041 0.206 0.003 0.001 0.003 0.004 0.011 0.007 0.092 0.012 0.117 0.022 0.028 0.045 0.002 57 F 0.053 0.066 0.025 0.091 0.225 0.009 0.094 0.146 0.006 0.001 0.008 0.011 0.024 0.020 0.024 0.048 0.049 0.020 0.044 0.029 0.007 58 C 0.055 0.056 0.125 0.093 0.081 0.005 0.050 0.128 0.006 0.001 0.010 0.010 0.036 0.022 0.126 0.023 0.053 0.025 0.053 0.034 0.007 59 H 0.037 0.045 0.056 0.113 0.149 0.004 0.046 0.103 0.010 0.002 0.010 0.010 0.018 0.015 0.032 0.040 0.088 0.053 0.095 0.067 0.006 60 S 0.013 0.018 0.046 0.049 0.111 0.010 0.077 0.073 0.019 0.009 0.003 0.003 0.007 0.007 0.100 0.050 0.204 0.051 0.070 0.077 0.002 61 Q 0.004 0.008 0.030 0.041 0.030 0.073 0.192 0.094 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.053 0.015 0.240 0.045 0.038 0.124 0.001 62 K 0.003 0.002 0.008 0.010 0.050 0.008 0.343 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.019 0.174 0.145 0.099 0.084 0.001 63 A 0.001 0.001 0.021 0.023 0.005 0.001 0.026 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.069 0.040 0.151 0.617 0.001 64 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.040 0.019 0.190 0.697 0.001 65 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.010 0.008 0.007 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.041 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.901 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.051 0.008 0.003 0.002 0.001 72 K 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.017 0.107 0.578 0.048 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.207 0.007 0.004 0.005 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.008 0.380 0.030 0.193 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.160 0.024 0.011 0.015 0.001 74 N 0.001 0.001 0.003 0.005 0.012 0.001 0.520 0.007 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.089 0.081 0.092 0.158 0.001 75 G 0.004 0.005 0.018 0.009 0.035 0.002 0.106 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.024 0.037 0.592 0.077 0.059 0.003 76 Y 0.066 0.079 0.141 0.042 0.154 0.003 0.012 0.017 0.002 0.001 0.014 0.009 0.034 0.035 0.058 0.131 0.031 0.033 0.081 0.040 0.019 77 F 0.159 0.174 0.094 0.059 0.063 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.022 0.038 0.113 0.082 0.080 0.012 0.008 0.004 0.023 0.004 0.045 78 I 0.189 0.192 0.030 0.030 0.066 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.040 0.066 0.113 0.114 0.047 0.025 0.006 0.002 0.006 0.002 0.048 79 Y 0.153 0.170 0.058 0.073 0.019 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.031 0.044 0.128 0.157 0.098 0.008 0.005 0.001 0.002 0.002 0.023 80 K 0.140 0.223 0.022 0.053 0.136 0.002 0.011 0.020 0.003 0.001 0.023 0.028 0.070 0.134 0.047 0.045 0.013 0.006 0.005 0.004 0.015 81 M 0.168 0.162 0.079 0.172 0.036 0.002 0.019 0.012 0.014 0.009 0.013 0.025 0.045 0.056 0.108 0.011 0.023 0.008 0.015 0.014 0.009 82 E 0.045 0.042 0.037 0.052 0.208 0.017 0.079 0.026 0.010 0.004 0.003 0.005 0.008 0.013 0.046 0.038 0.229 0.023 0.021 0.091 0.003 83 G 0.007 0.008 0.026 0.019 0.061 0.017 0.413 0.023 0.006 0.004 0.002 0.001 0.003 0.005 0.047 0.020 0.089 0.142 0.032 0.072 0.002 84 C 0.005 0.004 0.052 0.032 0.051 0.003 0.048 0.014 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.004 0.034 0.031 0.105 0.086 0.228 0.288 0.002 85 N 0.004 0.004 0.060 0.034 0.078 0.005 0.033 0.023 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.023 0.138 0.064 0.147 0.330 0.002