# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.005 0.422 0.010 0.003 0.001 0.016 0.001 0.028 0.068 0.010 0.286 0.085 2 Q 0.175 0.008 0.103 0.005 0.001 0.001 0.049 0.003 0.032 0.016 0.001 0.070 0.538 3 I 0.322 0.002 0.052 0.019 0.001 0.001 0.061 0.007 0.019 0.005 0.001 0.410 0.102 4 H 0.427 0.001 0.034 0.016 0.001 0.001 0.125 0.009 0.026 0.003 0.001 0.125 0.232 5 V 0.436 0.001 0.028 0.007 0.001 0.001 0.132 0.007 0.020 0.002 0.001 0.107 0.257 6 Y 0.474 0.002 0.054 0.057 0.001 0.001 0.074 0.005 0.024 0.009 0.003 0.139 0.159 7 D 0.267 0.003 0.091 0.060 0.004 0.002 0.019 0.002 0.029 0.055 0.009 0.229 0.231 8 T 0.197 0.003 0.141 0.064 0.011 0.009 0.011 0.001 0.015 0.080 0.070 0.058 0.339 9 Y 0.334 0.012 0.067 0.010 0.013 0.016 0.023 0.004 0.027 0.030 0.053 0.280 0.131 10 V 0.439 0.009 0.029 0.004 0.004 0.006 0.022 0.002 0.008 0.012 0.010 0.117 0.337 11 K 0.466 0.011 0.073 0.031 0.002 0.003 0.022 0.001 0.006 0.029 0.017 0.135 0.203 12 A 0.149 0.019 0.167 0.010 0.007 0.006 0.009 0.001 0.004 0.046 0.078 0.095 0.410 13 K 0.023 0.007 0.060 0.009 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.099 0.652 0.071 0.060 14 D 0.002 0.002 0.030 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.088 0.844 0.011 0.008 15 G 0.006 0.003 0.149 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.339 0.447 0.019 0.020 16 H 0.077 0.012 0.400 0.003 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 0.098 0.046 0.176 0.171 17 V 0.230 0.027 0.026 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.003 0.006 0.001 0.033 0.631 18 M 0.424 0.003 0.035 0.107 0.001 0.001 0.068 0.003 0.003 0.006 0.001 0.312 0.038 19 H 0.617 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.083 0.004 0.008 0.005 0.001 0.077 0.188 20 F 0.620 0.001 0.044 0.012 0.001 0.001 0.076 0.005 0.010 0.004 0.001 0.107 0.120 21 D 0.568 0.001 0.019 0.098 0.002 0.001 0.091 0.011 0.015 0.026 0.001 0.116 0.053 22 V 0.579 0.001 0.017 0.010 0.001 0.001 0.168 0.048 0.025 0.004 0.002 0.035 0.108 23 F 0.654 0.004 0.019 0.004 0.001 0.001 0.171 0.028 0.012 0.002 0.002 0.044 0.059 24 T 0.381 0.012 0.119 0.027 0.002 0.003 0.123 0.027 0.037 0.015 0.005 0.101 0.149 25 D 0.069 0.007 0.448 0.016 0.004 0.003 0.010 0.011 0.064 0.066 0.022 0.119 0.160 26 V 0.014 0.013 0.348 0.010 0.051 0.030 0.002 0.001 0.013 0.203 0.216 0.015 0.086 27 R 0.004 0.015 0.208 0.004 0.074 0.066 0.001 0.001 0.005 0.248 0.326 0.027 0.021 28 D 0.001 0.008 0.272 0.001 0.060 0.070 0.001 0.001 0.001 0.220 0.356 0.004 0.007 29 D 0.001 0.005 0.284 0.001 0.023 0.322 0.001 0.001 0.001 0.217 0.141 0.001 0.006 30 K 0.001 0.002 0.033 0.001 0.007 0.891 0.001 0.001 0.001 0.031 0.030 0.003 0.001 31 K 0.001 0.006 0.023 0.001 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.008 32 A 0.002 0.003 0.027 0.001 0.009 0.934 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.003 0.006 33 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 35 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.021 0.897 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.001 42 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.025 0.796 0.001 0.001 0.001 0.016 0.143 0.001 0.001 43 I 0.001 0.011 0.085 0.001 0.027 0.469 0.001 0.001 0.005 0.136 0.263 0.001 0.002 44 G 0.001 0.015 0.375 0.005 0.031 0.100 0.001 0.001 0.010 0.126 0.324 0.005 0.009 45 E 0.002 0.031 0.447 0.006 0.051 0.086 0.001 0.001 0.016 0.175 0.133 0.020 0.031 46 E 0.001 0.026 0.116 0.008 0.059 0.078 0.001 0.001 0.011 0.106 0.562 0.016 0.014 47 G 0.001 0.007 0.240 0.015 0.037 0.020 0.001 0.001 0.002 0.147 0.507 0.004 0.018 48 A 0.004 0.014 0.621 0.006 0.019 0.012 0.001 0.001 0.007 0.174 0.068 0.052 0.021 49 T 0.007 0.055 0.538 0.002 0.020 0.011 0.004 0.001 0.016 0.077 0.037 0.028 0.204 50 V 0.008 0.038 0.695 0.013 0.012 0.010 0.003 0.001 0.005 0.074 0.029 0.050 0.060 51 T 0.005 0.021 0.759 0.004 0.009 0.011 0.002 0.001 0.005 0.047 0.026 0.053 0.057 52 S 0.004 0.008 0.417 0.006 0.095 0.095 0.001 0.001 0.005 0.206 0.062 0.012 0.087 53 E 0.003 0.005 0.210 0.021 0.121 0.179 0.001 0.001 0.005 0.228 0.151 0.061 0.016 54 E 0.009 0.034 0.195 0.006 0.112 0.212 0.004 0.002 0.020 0.099 0.145 0.026 0.136 55 C 0.008 0.065 0.305 0.008 0.051 0.280 0.002 0.002 0.018 0.104 0.058 0.040 0.060 56 R 0.011 0.023 0.198 0.012 0.064 0.423 0.003 0.004 0.020 0.050 0.126 0.027 0.040 57 F 0.010 0.021 0.093 0.005 0.083 0.443 0.003 0.003 0.016 0.116 0.169 0.010 0.027 58 C 0.006 0.028 0.170 0.005 0.110 0.374 0.003 0.002 0.013 0.111 0.143 0.012 0.023 59 H 0.004 0.024 0.167 0.002 0.122 0.357 0.001 0.001 0.007 0.123 0.161 0.014 0.016 60 S 0.004 0.007 0.130 0.001 0.174 0.337 0.001 0.001 0.002 0.048 0.281 0.003 0.011 61 Q 0.003 0.007 0.075 0.001 0.225 0.170 0.001 0.001 0.001 0.095 0.410 0.004 0.007 62 K 0.002 0.014 0.214 0.001 0.158 0.120 0.001 0.001 0.001 0.080 0.401 0.003 0.006 63 A 0.001 0.017 0.629 0.001 0.013 0.024 0.001 0.001 0.001 0.257 0.054 0.002 0.003 64 P 0.001 0.003 0.783 0.001 0.007 0.127 0.001 0.001 0.001 0.063 0.016 0.001 0.002 65 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.836 0.001 0.001 0.001 0.003 0.153 0.001 0.001 74 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.098 0.001 0.001 0.001 0.019 0.873 0.001 0.001 75 G 0.001 0.001 0.184 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.097 0.701 0.001 0.001 76 Y 0.004 0.008 0.763 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.055 0.062 0.006 0.028 0.059 77 F 0.141 0.014 0.056 0.004 0.001 0.004 0.133 0.097 0.241 0.015 0.002 0.148 0.144 78 I 0.296 0.003 0.014 0.036 0.002 0.006 0.247 0.168 0.114 0.003 0.002 0.041 0.070 79 Y 0.293 0.002 0.031 0.017 0.004 0.008 0.226 0.129 0.131 0.005 0.003 0.089 0.061 80 K 0.244 0.003 0.087 0.011 0.006 0.005 0.098 0.081 0.170 0.006 0.005 0.108 0.176 81 M 0.237 0.006 0.207 0.017 0.029 0.008 0.023 0.009 0.042 0.020 0.022 0.091 0.288 82 E 0.046 0.012 0.232 0.044 0.103 0.021 0.006 0.003 0.017 0.128 0.218 0.100 0.070 83 G 0.009 0.010 0.144 0.016 0.113 0.015 0.001 0.001 0.005 0.198 0.427 0.023 0.039 84 C 0.004 0.038 0.474 0.008 0.045 0.018 0.001 0.001 0.004 0.249 0.088 0.020 0.050 85 N 0.001 0.015 0.676 0.002 0.039 0.023 0.001 0.001 0.001 0.128 0.087 0.015 0.013