# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.008 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.587 0.035 0.047 0.275 2 Q 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.493 0.054 0.046 0.372 3 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.006 0.004 0.651 0.023 0.037 0.244 4 H 0.007 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.007 0.741 0.071 0.020 0.134 5 V 0.013 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.501 0.095 0.059 0.319 6 Y 0.012 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.057 0.062 0.287 7 D 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.540 0.046 0.057 0.317 8 T 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.560 0.083 0.050 0.246 9 Y 0.004 0.021 0.002 0.001 0.002 0.009 0.061 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.551 0.051 0.037 0.225 10 V 0.005 0.007 0.003 0.005 0.070 0.387 0.112 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.161 0.043 0.025 0.158 11 K 0.031 0.009 0.013 0.015 0.154 0.044 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.226 0.080 0.050 0.360 12 A 0.309 0.003 0.005 0.002 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.052 0.054 0.495 13 K 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.025 0.091 0.744 14 D 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.023 0.115 0.806 15 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.043 0.139 0.697 16 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.474 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.037 0.030 0.141 17 V 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.012 0.059 0.015 0.038 0.005 0.002 0.001 0.235 0.029 0.095 0.467 18 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.073 0.348 0.054 0.013 0.355 0.028 0.023 0.092 19 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.050 0.275 0.081 0.382 0.048 0.024 0.101 20 F 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.660 0.133 0.039 0.145 21 D 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.787 0.055 0.031 0.115 22 V 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.766 0.046 0.032 0.131 23 F 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.010 0.150 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.486 0.065 0.043 0.195 24 T 0.013 0.006 0.003 0.005 0.004 0.011 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.601 0.042 0.043 0.248 25 D 0.189 0.084 0.021 0.002 0.008 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.125 0.066 0.446 26 V 0.095 0.073 0.005 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.035 0.085 0.666 27 R 0.044 0.139 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.027 0.073 0.693 28 D 0.055 0.612 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.027 0.273 29 D 0.062 0.762 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.013 0.132 30 K 0.015 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.037 0.010 0.087 31 K 0.004 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.005 0.044 32 A 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.015 33 I 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.020 34 E 0.001 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.029 35 F 0.003 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.019 36 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.012 37 K 0.008 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.007 0.043 38 Q 0.006 0.262 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.032 0.057 39 W 0.073 0.444 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.211 0.074 0.154 40 L 0.118 0.248 0.131 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.292 0.039 0.156 41 S 0.256 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.077 0.574 42 S 0.026 0.078 0.003 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.072 0.763 43 I 0.026 0.042 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.067 0.115 0.700 44 G 0.284 0.069 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.076 0.075 0.482 45 E 0.195 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.057 0.693 46 E 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.078 0.870 47 G 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.117 0.785 48 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.167 0.053 0.123 0.600 49 T 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.014 0.122 0.801 50 V 0.022 0.012 0.001 0.001 0.009 0.006 0.009 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.002 0.004 0.148 0.033 0.136 0.598 51 T 0.134 0.196 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.061 0.074 0.066 0.458 52 S 0.162 0.143 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.089 0.063 0.519 53 E 0.059 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.045 0.100 0.588 54 E 0.047 0.112 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.066 0.093 0.573 55 C 0.051 0.159 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.119 0.096 0.473 56 R 0.058 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.226 0.131 0.066 0.379 57 F 0.028 0.114 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.217 0.100 0.086 0.419 58 C 0.052 0.073 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.229 0.113 0.085 0.417 59 H 0.325 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.086 0.118 0.068 0.352 60 S 0.282 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.077 0.090 0.499 61 Q 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.021 0.139 0.787 62 K 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.009 0.137 0.817 63 A 0.010 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.042 0.137 0.700 64 P 0.031 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.027 65 D 0.009 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.028 66 E 0.002 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.038 67 V 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.023 68 I 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.023 69 E 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.038 70 A 0.043 0.186 0.195 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.502 0.021 0.047 71 I 0.102 0.044 0.227 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.436 0.046 0.135 72 K 0.256 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.067 0.596 73 Q 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.069 0.900 74 N 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.020 0.148 0.794 75 G 0.008 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.092 0.129 0.560 76 Y 0.010 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.344 0.092 0.084 0.417 77 F 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.787 0.053 0.021 0.106 78 I 0.010 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.477 0.096 0.046 0.304 79 Y 0.009 0.021 0.008 0.001 0.005 0.003 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.004 0.696 0.059 0.029 0.130 80 K 0.067 0.023 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.410 0.078 0.058 0.349 81 M 0.139 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.109 0.074 0.473 82 E 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.192 0.027 0.099 0.660 83 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.012 0.082 0.861 84 C 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.025 0.121 0.795 85 N 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.035 0.111 0.803