# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.004 0.001 0.089 0.174 0.131 0.096 0.002 0.001 0.059 0.438 2 Q 0.004 0.002 0.001 0.235 0.121 0.184 0.069 0.001 0.001 0.064 0.319 3 I 0.003 0.001 0.001 0.322 0.125 0.090 0.041 0.001 0.001 0.046 0.370 4 H 0.004 0.001 0.001 0.660 0.120 0.090 0.021 0.001 0.001 0.040 0.063 5 V 0.009 0.001 0.001 0.406 0.065 0.093 0.056 0.001 0.001 0.047 0.320 6 Y 0.021 0.001 0.001 0.488 0.060 0.079 0.079 0.004 0.001 0.031 0.235 7 D 0.011 0.002 0.001 0.290 0.020 0.065 0.143 0.004 0.001 0.040 0.424 8 T 0.007 0.005 0.001 0.306 0.078 0.211 0.075 0.001 0.001 0.055 0.259 9 Y 0.007 0.003 0.001 0.184 0.130 0.273 0.075 0.001 0.001 0.056 0.271 10 V 0.004 0.003 0.003 0.111 0.263 0.263 0.062 0.001 0.001 0.051 0.239 11 K 0.023 0.005 0.007 0.062 0.148 0.246 0.073 0.003 0.005 0.093 0.336 12 A 0.373 0.004 0.003 0.013 0.034 0.048 0.060 0.008 0.004 0.087 0.366 13 K 0.197 0.006 0.002 0.008 0.010 0.019 0.093 0.005 0.001 0.057 0.603 14 D 0.013 0.003 0.001 0.008 0.009 0.024 0.124 0.002 0.001 0.021 0.795 15 G 0.010 0.005 0.001 0.028 0.080 0.106 0.133 0.003 0.001 0.050 0.584 16 H 0.007 0.004 0.001 0.065 0.276 0.245 0.064 0.002 0.001 0.091 0.246 17 V 0.005 0.007 0.001 0.122 0.151 0.208 0.067 0.001 0.001 0.056 0.381 18 M 0.006 0.007 0.001 0.202 0.278 0.238 0.048 0.001 0.001 0.046 0.172 19 H 0.009 0.009 0.001 0.284 0.147 0.223 0.058 0.002 0.001 0.081 0.185 20 F 0.019 0.005 0.001 0.260 0.156 0.171 0.063 0.003 0.001 0.111 0.210 21 D 0.013 0.007 0.001 0.354 0.117 0.203 0.077 0.002 0.001 0.057 0.168 22 V 0.022 0.008 0.001 0.212 0.099 0.204 0.104 0.002 0.001 0.059 0.288 23 F 0.022 0.009 0.002 0.153 0.161 0.198 0.101 0.002 0.001 0.052 0.301 24 T 0.022 0.024 0.003 0.079 0.047 0.103 0.154 0.003 0.002 0.045 0.518 25 D 0.175 0.154 0.007 0.022 0.016 0.028 0.107 0.012 0.007 0.059 0.413 26 V 0.328 0.114 0.006 0.005 0.004 0.006 0.062 0.008 0.003 0.042 0.421 27 R 0.070 0.132 0.003 0.004 0.004 0.007 0.074 0.004 0.001 0.032 0.671 28 D 0.038 0.493 0.002 0.002 0.003 0.005 0.042 0.005 0.001 0.034 0.376 29 D 0.038 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.010 0.049 30 K 0.013 0.903 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.013 0.055 31 K 0.003 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.020 32 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 33 I 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 34 E 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.005 35 F 0.001 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 36 A 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 37 K 0.014 0.312 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.620 0.041 38 Q 0.011 0.237 0.020 0.002 0.001 0.001 0.024 0.003 0.007 0.593 0.102 39 W 0.193 0.323 0.060 0.005 0.001 0.002 0.041 0.039 0.016 0.185 0.135 40 L 0.214 0.127 0.098 0.014 0.001 0.003 0.047 0.024 0.083 0.090 0.298 41 S 0.188 0.038 0.001 0.003 0.001 0.003 0.078 0.002 0.001 0.014 0.670 42 S 0.047 0.020 0.002 0.005 0.002 0.006 0.083 0.005 0.001 0.029 0.800 43 I 0.058 0.013 0.007 0.010 0.003 0.007 0.183 0.008 0.002 0.038 0.671 44 G 0.087 0.019 0.004 0.021 0.005 0.014 0.104 0.006 0.002 0.043 0.694 45 E 0.201 0.010 0.003 0.016 0.007 0.012 0.107 0.003 0.001 0.065 0.574 46 E 0.051 0.008 0.002 0.045 0.017 0.039 0.132 0.007 0.001 0.064 0.634 47 G 0.068 0.012 0.001 0.033 0.011 0.022 0.125 0.003 0.001 0.043 0.681 48 A 0.018 0.003 0.001 0.042 0.072 0.090 0.141 0.006 0.001 0.051 0.576 49 T 0.018 0.008 0.001 0.031 0.028 0.047 0.121 0.001 0.001 0.030 0.714 50 V 0.014 0.005 0.002 0.036 0.094 0.088 0.112 0.004 0.001 0.030 0.614 51 T 0.144 0.119 0.002 0.027 0.037 0.047 0.104 0.014 0.001 0.055 0.451 52 S 0.260 0.114 0.004 0.023 0.019 0.030 0.081 0.011 0.002 0.056 0.399 53 E 0.050 0.130 0.004 0.056 0.039 0.072 0.098 0.007 0.001 0.040 0.502 54 E 0.066 0.129 0.003 0.047 0.079 0.132 0.104 0.008 0.001 0.049 0.380 55 C 0.072 0.071 0.004 0.104 0.141 0.115 0.096 0.010 0.001 0.065 0.321 56 R 0.053 0.034 0.002 0.118 0.114 0.161 0.098 0.004 0.001 0.068 0.347 57 F 0.025 0.029 0.003 0.099 0.106 0.172 0.109 0.003 0.001 0.052 0.401 58 C 0.036 0.035 0.007 0.113 0.073 0.129 0.131 0.007 0.003 0.055 0.410 59 H 0.159 0.091 0.006 0.057 0.054 0.093 0.099 0.022 0.004 0.099 0.316 60 S 0.248 0.034 0.002 0.029 0.016 0.034 0.104 0.005 0.002 0.080 0.446 61 Q 0.037 0.013 0.001 0.028 0.018 0.038 0.130 0.002 0.001 0.046 0.687 62 K 0.017 0.045 0.002 0.024 0.014 0.019 0.142 0.001 0.001 0.046 0.689 63 A 0.030 0.299 0.003 0.008 0.011 0.009 0.085 0.017 0.001 0.070 0.467 64 P 0.035 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.010 0.044 65 D 0.021 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.021 0.049 66 E 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.021 67 V 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.012 68 I 0.024 0.894 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.001 0.037 0.028 69 E 0.016 0.670 0.009 0.004 0.002 0.004 0.021 0.003 0.003 0.161 0.107 70 A 0.079 0.149 0.197 0.005 0.003 0.004 0.041 0.012 0.063 0.283 0.165 71 I 0.299 0.010 0.075 0.007 0.003 0.006 0.061 0.020 0.056 0.221 0.243 72 K 0.125 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.067 0.002 0.003 0.029 0.759 73 Q 0.014 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.072 0.001 0.001 0.010 0.896 74 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.034 0.175 0.001 0.001 0.028 0.738 75 G 0.001 0.001 0.001 0.048 0.033 0.140 0.132 0.001 0.001 0.118 0.525 76 Y 0.001 0.003 0.001 0.193 0.121 0.207 0.049 0.001 0.001 0.070 0.355 77 F 0.001 0.001 0.001 0.162 0.216 0.512 0.010 0.001 0.001 0.038 0.060 78 I 0.001 0.001 0.001 0.181 0.329 0.298 0.010 0.001 0.001 0.065 0.115 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.216 0.359 0.291 0.010 0.001 0.001 0.072 0.049 80 K 0.023 0.001 0.001 0.128 0.209 0.343 0.026 0.002 0.001 0.166 0.102 81 M 0.109 0.001 0.001 0.114 0.146 0.181 0.061 0.002 0.002 0.080 0.302 82 E 0.020 0.001 0.001 0.054 0.082 0.145 0.106 0.002 0.001 0.029 0.559 83 G 0.039 0.002 0.001 0.022 0.040 0.054 0.111 0.002 0.001 0.022 0.705 84 C 0.025 0.001 0.001 0.013 0.072 0.068 0.147 0.013 0.001 0.035 0.625 85 N 0.068 0.011 0.001 0.018 0.015 0.025 0.123 0.004 0.001 0.036 0.697