# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.076 0.060 0.117 0.094 0.110 0.148 0.112 0.091 0.070 0.042 2 Q 0.135 0.204 0.135 0.278 0.142 0.065 0.028 0.008 0.003 0.002 0.001 3 I 0.005 0.004 0.005 0.009 0.013 0.023 0.093 0.154 0.267 0.247 0.180 4 H 0.061 0.170 0.086 0.335 0.204 0.084 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 5 V 0.019 0.029 0.022 0.069 0.076 0.080 0.149 0.151 0.176 0.144 0.085 6 Y 0.010 0.014 0.013 0.078 0.111 0.145 0.235 0.163 0.126 0.068 0.037 7 D 0.007 0.041 0.038 0.191 0.172 0.159 0.160 0.092 0.071 0.045 0.023 8 T 0.023 0.043 0.027 0.095 0.106 0.111 0.170 0.152 0.141 0.096 0.036 9 Y 0.065 0.102 0.055 0.207 0.183 0.136 0.131 0.062 0.038 0.016 0.006 10 V 0.009 0.020 0.016 0.041 0.049 0.056 0.148 0.163 0.215 0.186 0.097 11 K 0.025 0.109 0.055 0.323 0.239 0.120 0.074 0.031 0.015 0.006 0.003 12 A 0.089 0.109 0.050 0.184 0.171 0.145 0.124 0.066 0.039 0.016 0.008 13 K 0.346 0.201 0.078 0.167 0.091 0.059 0.034 0.014 0.007 0.003 0.001 14 D 0.410 0.269 0.054 0.139 0.062 0.032 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 15 G 0.305 0.145 0.041 0.118 0.094 0.069 0.079 0.055 0.043 0.031 0.020 16 H 0.031 0.114 0.049 0.228 0.204 0.158 0.128 0.047 0.024 0.012 0.005 17 V 0.007 0.029 0.024 0.113 0.148 0.174 0.200 0.120 0.093 0.056 0.035 18 M 0.005 0.004 0.003 0.016 0.024 0.041 0.139 0.209 0.239 0.199 0.123 19 H 0.004 0.009 0.008 0.054 0.091 0.122 0.228 0.183 0.154 0.092 0.054 20 F 0.001 0.002 0.002 0.007 0.008 0.015 0.062 0.135 0.255 0.287 0.227 21 D 0.002 0.007 0.008 0.066 0.106 0.153 0.214 0.183 0.134 0.082 0.046 22 V 0.001 0.003 0.005 0.009 0.011 0.019 0.085 0.165 0.250 0.278 0.172 23 F 0.001 0.003 0.005 0.026 0.040 0.058 0.154 0.191 0.241 0.176 0.104 24 T 0.002 0.007 0.009 0.031 0.057 0.087 0.229 0.193 0.198 0.123 0.063 25 D 0.048 0.106 0.070 0.247 0.201 0.132 0.109 0.049 0.023 0.011 0.003 26 V 0.073 0.070 0.037 0.126 0.127 0.137 0.195 0.110 0.072 0.037 0.017 27 R 0.355 0.227 0.065 0.135 0.094 0.049 0.039 0.019 0.010 0.005 0.002 28 D 0.105 0.453 0.067 0.140 0.079 0.063 0.052 0.021 0.011 0.006 0.003 29 D 0.073 0.098 0.036 0.148 0.207 0.189 0.145 0.053 0.029 0.014 0.007 30 K 0.701 0.157 0.046 0.056 0.024 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.006 0.046 0.052 0.328 0.271 0.172 0.088 0.025 0.009 0.002 0.001 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.124 0.248 0.294 0.272 33 I 0.001 0.001 0.012 0.072 0.169 0.314 0.289 0.089 0.035 0.014 0.005 34 E 0.005 0.039 0.645 0.211 0.064 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.003 0.009 0.018 0.064 0.282 0.260 0.177 0.125 0.063 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.100 0.239 0.344 0.284 37 K 0.001 0.001 0.061 0.167 0.321 0.286 0.123 0.027 0.010 0.003 0.001 38 Q 0.002 0.016 0.345 0.238 0.184 0.143 0.057 0.011 0.003 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.024 0.198 0.257 0.260 0.180 0.072 40 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.009 0.071 0.164 0.237 0.276 0.233 41 S 0.003 0.021 0.370 0.281 0.221 0.069 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 42 S 0.043 0.090 0.307 0.184 0.141 0.128 0.079 0.017 0.008 0.003 0.001 43 I 0.017 0.025 0.013 0.038 0.055 0.097 0.257 0.196 0.161 0.101 0.040 44 G 0.163 0.093 0.020 0.061 0.066 0.091 0.154 0.112 0.101 0.072 0.066 45 E 0.151 0.157 0.125 0.148 0.135 0.102 0.087 0.042 0.028 0.017 0.009 46 E 0.270 0.229 0.089 0.180 0.106 0.059 0.041 0.014 0.007 0.004 0.002 47 G 0.342 0.120 0.059 0.131 0.110 0.080 0.075 0.038 0.024 0.013 0.009 48 A 0.220 0.140 0.064 0.153 0.130 0.117 0.098 0.039 0.022 0.012 0.006 49 T 0.170 0.274 0.135 0.232 0.110 0.047 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 50 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.063 0.120 0.219 0.276 0.302 51 T 0.065 0.432 0.167 0.221 0.079 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 52 S 0.133 0.166 0.068 0.208 0.179 0.115 0.085 0.028 0.013 0.004 0.002 53 E 0.756 0.107 0.038 0.058 0.024 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.134 0.230 0.145 0.265 0.130 0.058 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 55 C 0.005 0.005 0.004 0.014 0.026 0.057 0.169 0.208 0.231 0.184 0.099 56 R 0.072 0.146 0.125 0.278 0.185 0.112 0.054 0.016 0.007 0.003 0.002 57 F 0.022 0.042 0.097 0.123 0.109 0.123 0.186 0.109 0.101 0.060 0.028 58 C 0.026 0.036 0.044 0.092 0.108 0.134 0.194 0.141 0.107 0.073 0.045 59 H 0.020 0.057 0.046 0.085 0.091 0.104 0.184 0.145 0.121 0.088 0.057 60 S 0.024 0.044 0.072 0.148 0.198 0.159 0.164 0.090 0.058 0.031 0.013 61 Q 0.283 0.150 0.235 0.168 0.085 0.039 0.027 0.007 0.004 0.002 0.001 62 K 0.136 0.167 0.155 0.193 0.147 0.092 0.074 0.021 0.009 0.004 0.002 63 A 0.004 0.015 0.011 0.017 0.025 0.059 0.132 0.146 0.184 0.211 0.197 64 P 0.078 0.335 0.167 0.175 0.129 0.065 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 65 D 0.817 0.087 0.076 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.445 0.147 0.113 0.164 0.076 0.037 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.031 0.164 0.184 0.255 0.207 0.145 68 I 0.001 0.003 0.044 0.096 0.189 0.352 0.229 0.057 0.021 0.007 0.002 69 E 0.013 0.028 0.877 0.059 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.002 0.006 0.032 0.068 0.132 0.260 0.329 0.107 0.040 0.017 0.006 71 I 0.001 0.001 0.008 0.003 0.003 0.005 0.035 0.068 0.177 0.297 0.403 72 K 0.007 0.027 0.298 0.228 0.232 0.125 0.066 0.012 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.031 0.053 0.754 0.113 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.058 0.090 0.066 0.122 0.146 0.178 0.218 0.070 0.031 0.016 0.005 75 G 0.120 0.104 0.047 0.113 0.097 0.114 0.157 0.090 0.075 0.048 0.036 76 Y 0.004 0.017 0.025 0.056 0.088 0.124 0.198 0.157 0.149 0.113 0.067 77 F 0.009 0.032 0.050 0.129 0.138 0.172 0.221 0.116 0.077 0.039 0.018 78 I 0.005 0.005 0.008 0.020 0.022 0.031 0.099 0.152 0.209 0.213 0.237 79 Y 0.006 0.007 0.011 0.038 0.058 0.096 0.186 0.186 0.200 0.136 0.077 80 K 0.021 0.078 0.073 0.229 0.194 0.137 0.133 0.070 0.045 0.016 0.006 81 M 0.005 0.007 0.012 0.022 0.024 0.036 0.100 0.149 0.229 0.239 0.176 82 E 0.071 0.140 0.089 0.229 0.188 0.109 0.097 0.043 0.022 0.009 0.004 83 G 0.249 0.201 0.077 0.166 0.104 0.072 0.065 0.031 0.020 0.010 0.005 84 C 0.082 0.066 0.030 0.077 0.079 0.092 0.136 0.127 0.128 0.109 0.075 85 N 0.378 0.258 0.053 0.121 0.075 0.041 0.033 0.017 0.013 0.007 0.004