# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.010 0.024 0.031 0.036 0.035 0.037 0.006 0.001 0.006 0.724 2 Q 0.036 0.001 0.012 0.056 0.066 0.067 0.170 0.002 0.001 0.007 0.583 3 I 0.037 0.001 0.066 0.131 0.070 0.083 0.037 0.001 0.001 0.006 0.570 4 H 0.002 0.001 0.001 0.436 0.193 0.194 0.084 0.001 0.001 0.001 0.089 5 V 0.002 0.001 0.001 0.343 0.077 0.126 0.036 0.001 0.001 0.001 0.413 6 Y 0.001 0.001 0.001 0.668 0.097 0.192 0.020 0.001 0.001 0.001 0.022 7 D 0.004 0.001 0.001 0.380 0.085 0.168 0.065 0.001 0.001 0.006 0.290 8 T 0.011 0.002 0.001 0.447 0.153 0.197 0.043 0.001 0.001 0.009 0.138 9 Y 0.013 0.003 0.001 0.150 0.201 0.293 0.103 0.001 0.001 0.011 0.224 10 V 0.010 0.002 0.001 0.065 0.375 0.369 0.037 0.001 0.001 0.004 0.136 11 K 0.005 0.003 0.001 0.045 0.302 0.500 0.031 0.001 0.001 0.002 0.110 12 A 0.006 0.006 0.001 0.030 0.344 0.448 0.038 0.001 0.001 0.002 0.124 13 K 0.009 0.009 0.001 0.015 0.152 0.191 0.136 0.001 0.001 0.006 0.480 14 D 0.037 0.006 0.001 0.007 0.030 0.050 0.374 0.002 0.001 0.032 0.463 15 G 0.523 0.007 0.009 0.014 0.020 0.016 0.148 0.003 0.001 0.116 0.144 16 H 0.256 0.011 0.030 0.026 0.053 0.021 0.390 0.001 0.001 0.035 0.176 17 V 0.023 0.005 0.024 0.051 0.104 0.154 0.188 0.001 0.001 0.008 0.442 18 M 0.002 0.001 0.001 0.136 0.323 0.484 0.028 0.001 0.001 0.001 0.024 19 H 0.002 0.001 0.001 0.086 0.218 0.332 0.067 0.001 0.001 0.001 0.294 20 F 0.001 0.001 0.001 0.163 0.265 0.471 0.010 0.001 0.001 0.001 0.088 21 D 0.001 0.001 0.001 0.358 0.239 0.299 0.041 0.001 0.001 0.001 0.061 22 V 0.001 0.001 0.001 0.423 0.127 0.165 0.022 0.001 0.001 0.002 0.259 23 F 0.001 0.001 0.001 0.567 0.130 0.225 0.029 0.001 0.001 0.001 0.046 24 T 0.003 0.001 0.001 0.442 0.117 0.175 0.045 0.001 0.001 0.003 0.215 25 D 0.008 0.001 0.001 0.258 0.113 0.164 0.104 0.001 0.001 0.005 0.347 26 V 0.007 0.001 0.001 0.073 0.020 0.043 0.071 0.001 0.001 0.005 0.780 27 R 0.016 0.001 0.001 0.062 0.026 0.056 0.405 0.001 0.001 0.017 0.416 28 D 0.098 0.002 0.001 0.008 0.007 0.008 0.393 0.001 0.001 0.029 0.453 29 D 0.139 0.023 0.002 0.007 0.002 0.004 0.195 0.001 0.001 0.015 0.612 30 K 0.056 0.036 0.003 0.005 0.003 0.004 0.279 0.001 0.001 0.019 0.595 31 K 0.029 0.037 0.001 0.002 0.003 0.005 0.683 0.001 0.001 0.011 0.229 32 A 0.049 0.476 0.004 0.004 0.009 0.021 0.140 0.002 0.001 0.004 0.291 33 I 0.009 0.903 0.001 0.003 0.007 0.010 0.013 0.001 0.001 0.001 0.053 34 E 0.013 0.831 0.001 0.001 0.002 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.121 35 F 0.029 0.923 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.040 36 A 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 37 K 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.015 38 Q 0.039 0.899 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.046 39 W 0.053 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.024 40 L 0.051 0.887 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.037 41 S 0.019 0.793 0.021 0.005 0.006 0.013 0.013 0.017 0.001 0.001 0.113 42 S 0.208 0.574 0.005 0.005 0.005 0.009 0.012 0.034 0.001 0.001 0.147 43 I 0.304 0.420 0.015 0.011 0.008 0.007 0.017 0.036 0.001 0.001 0.180 44 G 0.163 0.201 0.046 0.027 0.024 0.025 0.122 0.027 0.001 0.009 0.357 45 E 0.074 0.076 0.116 0.025 0.021 0.034 0.104 0.006 0.001 0.005 0.540 46 E 0.051 0.061 0.007 0.041 0.028 0.050 0.092 0.005 0.001 0.004 0.660 47 G 0.157 0.038 0.008 0.036 0.037 0.058 0.101 0.005 0.001 0.016 0.543 48 A 0.131 0.048 0.013 0.051 0.054 0.068 0.099 0.004 0.001 0.008 0.525 49 T 0.083 0.035 0.005 0.048 0.046 0.066 0.122 0.005 0.001 0.006 0.584 50 V 0.137 0.036 0.010 0.108 0.116 0.160 0.084 0.004 0.001 0.011 0.333 51 T 0.055 0.035 0.004 0.065 0.096 0.136 0.278 0.003 0.001 0.007 0.321 52 S 0.053 0.021 0.007 0.040 0.037 0.050 0.089 0.002 0.001 0.007 0.693 53 E 0.041 0.024 0.004 0.028 0.026 0.046 0.273 0.001 0.001 0.012 0.543 54 E 0.082 0.021 0.004 0.020 0.030 0.055 0.424 0.003 0.001 0.044 0.317 55 C 0.161 0.137 0.015 0.060 0.060 0.117 0.129 0.003 0.001 0.018 0.299 56 R 0.049 0.179 0.003 0.058 0.085 0.143 0.089 0.003 0.001 0.006 0.385 57 F 0.103 0.191 0.003 0.022 0.044 0.084 0.038 0.006 0.001 0.003 0.506 58 C 0.145 0.225 0.006 0.045 0.103 0.149 0.027 0.010 0.001 0.003 0.287 59 H 0.068 0.186 0.009 0.040 0.087 0.121 0.085 0.006 0.001 0.003 0.394 60 S 0.042 0.072 0.006 0.031 0.047 0.096 0.056 0.004 0.001 0.002 0.642 61 Q 0.088 0.089 0.004 0.030 0.012 0.039 0.179 0.007 0.001 0.004 0.550 62 K 0.475 0.042 0.008 0.015 0.006 0.009 0.104 0.017 0.001 0.012 0.313 63 A 0.473 0.056 0.076 0.015 0.004 0.007 0.103 0.004 0.001 0.006 0.256 64 P 0.006 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.958 65 D 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.969 66 E 0.017 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.371 0.001 0.001 0.002 0.586 67 V 0.089 0.545 0.001 0.005 0.002 0.005 0.169 0.002 0.001 0.004 0.179 68 I 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 69 E 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 70 A 0.023 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 71 I 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 72 K 0.011 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 73 Q 0.054 0.856 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.051 74 N 0.250 0.539 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.114 0.001 0.001 0.086 75 G 0.523 0.120 0.103 0.008 0.005 0.004 0.015 0.084 0.001 0.009 0.128 76 Y 0.015 0.006 0.838 0.017 0.014 0.011 0.013 0.002 0.001 0.001 0.084 77 F 0.003 0.002 0.013 0.458 0.186 0.201 0.044 0.001 0.001 0.001 0.092 78 I 0.004 0.002 0.002 0.490 0.111 0.210 0.027 0.001 0.001 0.001 0.152 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.687 0.130 0.165 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 80 K 0.001 0.002 0.001 0.593 0.107 0.146 0.018 0.001 0.001 0.001 0.133 81 M 0.002 0.002 0.001 0.433 0.163 0.301 0.022 0.001 0.001 0.002 0.076 82 E 0.004 0.004 0.001 0.191 0.079 0.298 0.124 0.001 0.001 0.004 0.296 83 G 0.028 0.003 0.001 0.063 0.068 0.070 0.137 0.005 0.001 0.020 0.606 84 C 0.179 0.010 0.075 0.027 0.024 0.040 0.186 0.001 0.001 0.033 0.423 85 N 0.006 0.006 0.002 0.016 0.029 0.030 0.113 0.001 0.001 0.002 0.795