# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.902 2 Q 0.714 0.010 0.002 0.001 0.005 0.007 0.261 3 I 0.931 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 4 H 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 5 V 0.965 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.024 6 Y 0.922 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.059 7 D 0.786 0.002 0.003 0.002 0.039 0.008 0.159 8 T 0.657 0.003 0.008 0.003 0.081 0.033 0.215 9 Y 0.873 0.007 0.004 0.006 0.031 0.011 0.068 10 V 0.929 0.007 0.002 0.004 0.010 0.006 0.042 11 K 0.876 0.020 0.002 0.004 0.013 0.011 0.075 12 A 0.513 0.018 0.006 0.004 0.035 0.026 0.398 13 K 0.164 0.004 0.018 0.002 0.168 0.492 0.151 14 D 0.011 0.001 0.006 0.001 0.178 0.773 0.030 15 G 0.080 0.001 0.005 0.001 0.449 0.287 0.178 16 H 0.297 0.008 0.001 0.001 0.116 0.013 0.565 17 V 0.973 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 18 M 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 19 H 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 20 F 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 21 D 0.897 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.083 22 V 0.901 0.001 0.005 0.005 0.019 0.010 0.059 23 F 0.893 0.010 0.004 0.011 0.014 0.013 0.055 24 T 0.822 0.023 0.005 0.015 0.033 0.017 0.085 25 D 0.443 0.009 0.006 0.010 0.121 0.031 0.380 26 V 0.084 0.008 0.082 0.116 0.156 0.366 0.189 27 R 0.026 0.007 0.074 0.150 0.163 0.435 0.144 28 D 0.019 0.012 0.054 0.199 0.203 0.189 0.324 29 D 0.005 0.003 0.021 0.704 0.055 0.112 0.099 30 K 0.002 0.001 0.007 0.926 0.017 0.031 0.017 31 K 0.003 0.001 0.007 0.959 0.005 0.010 0.014 32 A 0.002 0.001 0.002 0.985 0.001 0.004 0.006 33 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.003 34 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.002 37 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.016 0.001 40 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.018 0.005 41 S 0.001 0.001 0.021 0.895 0.007 0.066 0.009 42 S 0.002 0.001 0.026 0.800 0.021 0.131 0.019 43 I 0.006 0.005 0.035 0.528 0.046 0.332 0.048 44 G 0.012 0.006 0.029 0.126 0.147 0.477 0.203 45 E 0.050 0.013 0.074 0.076 0.203 0.199 0.386 46 E 0.089 0.024 0.092 0.058 0.182 0.347 0.208 47 G 0.059 0.008 0.085 0.025 0.237 0.332 0.255 48 A 0.119 0.009 0.034 0.016 0.232 0.082 0.507 49 T 0.281 0.065 0.018 0.012 0.079 0.040 0.504 50 V 0.268 0.069 0.006 0.008 0.058 0.010 0.582 51 T 0.217 0.029 0.007 0.012 0.045 0.019 0.671 52 S 0.121 0.014 0.120 0.106 0.193 0.140 0.305 53 E 0.061 0.004 0.147 0.108 0.164 0.349 0.168 54 E 0.119 0.018 0.176 0.090 0.154 0.250 0.193 55 C 0.236 0.045 0.065 0.069 0.110 0.056 0.419 56 R 0.237 0.018 0.065 0.089 0.119 0.109 0.362 57 F 0.344 0.052 0.053 0.108 0.121 0.084 0.238 58 C 0.263 0.046 0.053 0.121 0.104 0.097 0.317 59 H 0.117 0.018 0.073 0.106 0.179 0.170 0.336 60 S 0.039 0.010 0.304 0.190 0.075 0.207 0.175 61 Q 0.020 0.005 0.271 0.150 0.119 0.314 0.120 62 K 0.015 0.009 0.217 0.156 0.074 0.359 0.169 63 A 0.008 0.011 0.006 0.021 0.205 0.013 0.735 64 P 0.002 0.005 0.005 0.053 0.014 0.012 0.908 65 D 0.001 0.001 0.026 0.897 0.011 0.058 0.007 66 E 0.001 0.001 0.017 0.949 0.003 0.025 0.005 67 V 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.006 0.004 68 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 71 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 72 K 0.002 0.001 0.006 0.950 0.003 0.033 0.005 73 Q 0.001 0.001 0.008 0.707 0.008 0.274 0.003 74 N 0.001 0.001 0.002 0.037 0.023 0.925 0.012 75 G 0.022 0.001 0.003 0.005 0.190 0.489 0.290 76 Y 0.439 0.008 0.001 0.002 0.075 0.011 0.463 77 F 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 78 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 79 Y 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 80 K 0.947 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.044 81 M 0.652 0.010 0.007 0.007 0.028 0.012 0.285 82 E 0.411 0.011 0.017 0.016 0.107 0.158 0.281 83 G 0.083 0.008 0.025 0.006 0.266 0.361 0.251 84 C 0.080 0.023 0.017 0.007 0.167 0.043 0.663 85 N 0.048 0.011 0.026 0.010 0.093 0.054 0.757