# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.308 0.296 0.035 0.213 0.017 0.055 0.011 0.042 0.007 0.001 2 Q 0.016 0.326 0.516 0.008 0.016 0.084 0.010 0.001 0.019 0.001 0.003 3 I 0.004 0.782 0.139 0.002 0.022 0.020 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 4 H 0.008 0.595 0.301 0.002 0.015 0.059 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 5 V 0.014 0.704 0.169 0.006 0.015 0.051 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 6 Y 0.031 0.663 0.097 0.013 0.099 0.033 0.006 0.001 0.055 0.002 0.001 7 D 0.055 0.212 0.302 0.065 0.078 0.171 0.041 0.003 0.060 0.004 0.008 8 T 0.127 0.377 0.193 0.133 0.138 0.009 0.004 0.003 0.009 0.004 0.002 9 Y 0.044 0.343 0.325 0.030 0.067 0.090 0.037 0.005 0.054 0.003 0.002 10 V 0.015 0.561 0.324 0.004 0.009 0.050 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 11 K 0.082 0.489 0.267 0.046 0.015 0.066 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 12 A 0.040 0.314 0.519 0.011 0.069 0.030 0.004 0.003 0.007 0.003 0.001 13 K 0.284 0.422 0.088 0.044 0.069 0.018 0.014 0.004 0.052 0.006 0.001 14 D 0.087 0.043 0.160 0.334 0.016 0.021 0.277 0.006 0.048 0.007 0.002 15 G 0.005 0.001 0.025 0.003 0.034 0.001 0.035 0.736 0.001 0.160 0.001 16 H 0.154 0.286 0.322 0.143 0.051 0.024 0.005 0.002 0.007 0.004 0.001 17 V 0.010 0.709 0.201 0.007 0.040 0.013 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 18 M 0.007 0.762 0.155 0.005 0.030 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 19 H 0.004 0.772 0.128 0.002 0.031 0.031 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 20 F 0.013 0.695 0.109 0.005 0.095 0.035 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 21 D 0.028 0.390 0.405 0.007 0.030 0.091 0.005 0.001 0.040 0.001 0.003 22 V 0.045 0.714 0.147 0.012 0.025 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 23 F 0.047 0.376 0.387 0.016 0.024 0.113 0.005 0.001 0.027 0.001 0.002 24 T 0.068 0.642 0.079 0.059 0.079 0.026 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 25 D 0.044 0.170 0.327 0.051 0.114 0.177 0.034 0.003 0.073 0.005 0.001 26 V 0.563 0.095 0.070 0.217 0.012 0.021 0.004 0.003 0.013 0.001 0.001 27 R 0.574 0.055 0.090 0.219 0.013 0.017 0.014 0.003 0.009 0.005 0.001 28 D 0.161 0.060 0.154 0.258 0.038 0.092 0.135 0.009 0.085 0.008 0.001 29 D 0.734 0.014 0.062 0.114 0.005 0.018 0.034 0.007 0.007 0.005 0.001 30 K 0.936 0.003 0.010 0.041 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 31 K 0.961 0.003 0.007 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.976 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.990 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.950 0.004 0.012 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 S 0.932 0.008 0.013 0.040 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.811 0.037 0.041 0.076 0.016 0.005 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 43 I 0.359 0.044 0.052 0.527 0.005 0.004 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 44 G 0.148 0.020 0.167 0.041 0.072 0.012 0.076 0.300 0.008 0.158 0.001 45 E 0.413 0.147 0.214 0.148 0.020 0.031 0.005 0.002 0.015 0.004 0.001 46 E 0.254 0.082 0.303 0.249 0.017 0.019 0.046 0.004 0.019 0.006 0.001 47 G 0.105 0.013 0.103 0.071 0.055 0.007 0.128 0.432 0.002 0.082 0.002 48 A 0.223 0.217 0.410 0.051 0.048 0.015 0.012 0.003 0.016 0.003 0.001 49 T 0.145 0.137 0.533 0.064 0.015 0.073 0.009 0.002 0.016 0.001 0.004 50 V 0.084 0.453 0.328 0.058 0.027 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 51 T 0.038 0.427 0.285 0.050 0.133 0.037 0.002 0.001 0.022 0.004 0.001 52 S 0.516 0.128 0.172 0.040 0.086 0.026 0.006 0.003 0.018 0.004 0.001 53 E 0.943 0.005 0.008 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 E 0.698 0.020 0.024 0.242 0.005 0.004 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 55 C 0.387 0.110 0.211 0.188 0.028 0.030 0.018 0.006 0.020 0.002 0.001 56 R 0.663 0.077 0.092 0.094 0.015 0.019 0.024 0.004 0.008 0.003 0.001 57 F 0.454 0.198 0.120 0.091 0.084 0.016 0.013 0.005 0.015 0.004 0.001 58 C 0.396 0.203 0.170 0.149 0.036 0.023 0.006 0.003 0.011 0.002 0.001 59 H 0.260 0.210 0.184 0.089 0.044 0.064 0.050 0.005 0.088 0.004 0.001 60 S 0.439 0.062 0.170 0.189 0.054 0.025 0.021 0.016 0.007 0.016 0.001 61 Q 0.592 0.095 0.165 0.080 0.022 0.021 0.010 0.003 0.008 0.002 0.001 62 K 0.230 0.039 0.145 0.528 0.009 0.022 0.013 0.003 0.009 0.001 0.001 63 A 0.033 0.101 0.625 0.005 0.070 0.019 0.011 0.003 0.077 0.056 0.001 64 P 0.395 0.006 0.520 0.009 0.002 0.034 0.001 0.001 0.002 0.003 0.029 65 D 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.907 0.004 0.004 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 N 0.218 0.005 0.016 0.706 0.003 0.001 0.043 0.004 0.003 0.001 0.001 75 G 0.016 0.003 0.016 0.012 0.016 0.002 0.172 0.719 0.001 0.044 0.001 76 Y 0.059 0.417 0.378 0.052 0.064 0.018 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 77 F 0.031 0.599 0.272 0.007 0.051 0.027 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 78 I 0.034 0.817 0.079 0.008 0.018 0.023 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 79 Y 0.040 0.700 0.134 0.009 0.043 0.033 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 80 K 0.051 0.459 0.333 0.006 0.051 0.074 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 81 M 0.130 0.416 0.276 0.064 0.034 0.042 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 82 E 0.127 0.205 0.495 0.075 0.056 0.011 0.014 0.003 0.010 0.005 0.001 83 G 0.045 0.008 0.032 0.035 0.052 0.003 0.115 0.564 0.003 0.143 0.001 84 C 0.096 0.159 0.570 0.077 0.026 0.045 0.005 0.001 0.015 0.004 0.001 85 N 0.199 0.126 0.194 0.229 0.063 0.062 0.070 0.019 0.020 0.016 0.002