# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.456 0.084 0.005 0.344 0.003 0.003 0.005 0.004 0.011 0.014 2 Q 0.288 0.119 0.014 0.001 0.511 0.002 0.007 0.006 0.005 0.012 0.034 3 I 0.310 0.118 0.009 0.002 0.523 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.028 4 H 0.160 0.141 0.017 0.007 0.632 0.006 0.008 0.005 0.003 0.004 0.016 5 V 0.391 0.064 0.007 0.002 0.492 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.032 6 Y 0.166 0.191 0.039 0.028 0.456 0.016 0.016 0.013 0.007 0.024 0.045 7 D 0.409 0.073 0.026 0.009 0.366 0.004 0.005 0.006 0.003 0.015 0.083 8 T 0.144 0.140 0.039 0.031 0.257 0.032 0.045 0.067 0.087 0.091 0.067 9 Y 0.232 0.165 0.057 0.014 0.365 0.011 0.014 0.025 0.019 0.045 0.054 10 V 0.166 0.275 0.036 0.003 0.450 0.003 0.006 0.016 0.006 0.013 0.027 11 K 0.134 0.255 0.060 0.006 0.462 0.006 0.008 0.015 0.007 0.020 0.027 12 A 0.138 0.197 0.279 0.034 0.149 0.015 0.021 0.084 0.036 0.014 0.033 13 K 0.012 0.022 0.052 0.151 0.013 0.213 0.169 0.250 0.083 0.027 0.008 14 D 0.004 0.353 0.231 0.244 0.026 0.027 0.072 0.020 0.008 0.012 0.004 15 G 0.020 0.025 0.035 0.057 0.013 0.016 0.003 0.005 0.015 0.579 0.234 16 H 0.069 0.365 0.040 0.005 0.432 0.005 0.018 0.023 0.017 0.015 0.010 17 V 0.333 0.061 0.006 0.001 0.562 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.025 18 M 0.209 0.129 0.019 0.015 0.587 0.009 0.007 0.003 0.002 0.004 0.017 19 H 0.341 0.059 0.006 0.002 0.538 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.045 20 F 0.323 0.100 0.017 0.006 0.434 0.003 0.002 0.004 0.003 0.022 0.085 21 D 0.343 0.055 0.010 0.007 0.399 0.017 0.053 0.017 0.009 0.020 0.069 22 V 0.218 0.180 0.035 0.006 0.470 0.005 0.007 0.017 0.011 0.014 0.038 23 F 0.400 0.062 0.011 0.004 0.311 0.006 0.010 0.018 0.016 0.052 0.110 24 T 0.082 0.312 0.092 0.037 0.295 0.040 0.025 0.035 0.025 0.029 0.027 25 D 0.195 0.193 0.098 0.010 0.327 0.005 0.009 0.028 0.019 0.051 0.066 26 V 0.044 0.086 0.067 0.022 0.062 0.022 0.046 0.320 0.197 0.103 0.031 27 R 0.014 0.093 0.055 0.051 0.038 0.084 0.157 0.357 0.094 0.045 0.012 28 D 0.051 0.168 0.082 0.029 0.080 0.018 0.035 0.098 0.055 0.298 0.087 29 D 0.044 0.064 0.041 0.011 0.101 0.007 0.013 0.402 0.133 0.138 0.045 30 K 0.005 0.028 0.012 0.002 0.013 0.007 0.011 0.758 0.119 0.038 0.006 31 K 0.003 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.889 0.061 0.029 0.003 32 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.029 0.005 0.001 33 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.014 0.004 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.030 0.002 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.025 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.972 0.016 0.001 0.001 39 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.038 0.013 0.001 40 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.850 0.120 0.017 0.001 41 S 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.004 0.035 0.789 0.145 0.014 0.002 42 S 0.007 0.013 0.013 0.005 0.016 0.011 0.154 0.627 0.103 0.046 0.004 43 I 0.053 0.290 0.100 0.031 0.126 0.021 0.067 0.137 0.056 0.094 0.025 44 G 0.071 0.063 0.080 0.107 0.051 0.046 0.023 0.091 0.066 0.305 0.096 45 E 0.062 0.128 0.079 0.038 0.103 0.045 0.051 0.242 0.127 0.100 0.025 46 E 0.027 0.178 0.114 0.110 0.072 0.075 0.125 0.139 0.056 0.072 0.031 47 G 0.057 0.052 0.063 0.108 0.056 0.039 0.019 0.046 0.091 0.364 0.104 48 A 0.040 0.372 0.177 0.013 0.216 0.010 0.019 0.067 0.048 0.025 0.012 49 T 0.162 0.251 0.054 0.002 0.320 0.003 0.010 0.034 0.025 0.067 0.071 50 V 0.281 0.177 0.039 0.006 0.303 0.006 0.011 0.022 0.021 0.044 0.089 51 T 0.035 0.322 0.246 0.049 0.105 0.021 0.022 0.054 0.039 0.084 0.023 52 S 0.036 0.152 0.085 0.027 0.087 0.009 0.011 0.270 0.217 0.083 0.023 53 E 0.009 0.014 0.007 0.004 0.017 0.007 0.024 0.511 0.351 0.046 0.009 54 E 0.015 0.047 0.015 0.005 0.035 0.005 0.025 0.486 0.184 0.169 0.012 55 C 0.167 0.050 0.010 0.003 0.170 0.002 0.005 0.257 0.148 0.121 0.068 56 R 0.014 0.024 0.008 0.009 0.029 0.050 0.115 0.461 0.225 0.056 0.010 57 F 0.070 0.095 0.033 0.008 0.138 0.005 0.046 0.221 0.115 0.218 0.052 58 C 0.115 0.155 0.046 0.013 0.196 0.019 0.069 0.184 0.089 0.071 0.043 59 H 0.059 0.197 0.106 0.040 0.126 0.013 0.019 0.103 0.110 0.156 0.071 60 S 0.042 0.084 0.031 0.009 0.101 0.009 0.026 0.247 0.348 0.079 0.026 61 Q 0.012 0.075 0.027 0.006 0.036 0.021 0.129 0.344 0.277 0.059 0.013 62 K 0.022 0.019 0.011 0.004 0.018 0.005 0.056 0.064 0.112 0.628 0.061 63 A 0.038 0.521 0.250 0.007 0.108 0.002 0.008 0.026 0.012 0.012 0.016 64 P 0.004 0.652 0.180 0.004 0.041 0.002 0.002 0.087 0.023 0.004 0.002 65 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.010 0.785 0.190 0.004 0.001 66 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.046 0.020 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.070 0.036 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.041 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.010 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.045 0.004 0.001 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.867 0.117 0.004 0.001 73 Q 0.001 0.022 0.014 0.003 0.003 0.016 0.239 0.641 0.048 0.013 0.001 74 N 0.004 0.607 0.258 0.018 0.031 0.002 0.006 0.006 0.004 0.058 0.008 75 G 0.109 0.030 0.036 0.108 0.026 0.044 0.015 0.021 0.016 0.269 0.327 76 Y 0.171 0.206 0.018 0.015 0.495 0.015 0.011 0.017 0.008 0.012 0.031 77 F 0.107 0.159 0.008 0.003 0.707 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 78 I 0.472 0.033 0.002 0.002 0.450 0.003 0.004 0.004 0.001 0.002 0.027 79 Y 0.135 0.147 0.018 0.006 0.652 0.007 0.007 0.010 0.002 0.003 0.013 80 K 0.342 0.086 0.008 0.001 0.415 0.002 0.004 0.011 0.003 0.016 0.113 81 M 0.266 0.130 0.061 0.018 0.319 0.011 0.008 0.018 0.013 0.052 0.105 82 E 0.015 0.051 0.033 0.084 0.030 0.179 0.343 0.147 0.068 0.035 0.016 83 G 0.075 0.059 0.084 0.060 0.059 0.021 0.012 0.034 0.059 0.396 0.141 84 C 0.105 0.264 0.064 0.016 0.291 0.013 0.020 0.044 0.060 0.073 0.049 85 N 0.092 0.135 0.109 0.043 0.161 0.039 0.046 0.093 0.095 0.120 0.068