# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.004 0.003 0.053 0.141 0.785 2 T 0.041 0.040 0.005 0.153 0.118 0.644 3 T 0.029 0.015 0.011 0.605 0.092 0.248 4 H 0.007 0.001 0.020 0.818 0.063 0.090 5 D 0.003 0.001 0.022 0.888 0.046 0.041 6 R 0.001 0.001 0.031 0.909 0.040 0.017 7 V 0.001 0.001 0.013 0.932 0.032 0.020 8 R 0.001 0.001 0.006 0.958 0.020 0.015 9 L 0.001 0.001 0.005 0.948 0.022 0.025 10 Q 0.001 0.001 0.003 0.968 0.008 0.020 11 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 14 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.006 0.003 20 E 0.001 0.001 0.002 0.971 0.014 0.013 21 H 0.001 0.001 0.002 0.862 0.039 0.097 22 Q 0.001 0.001 0.006 0.184 0.154 0.654 23 H 0.011 0.010 0.027 0.158 0.300 0.494 24 W 0.041 0.017 0.088 0.238 0.362 0.254 25 R 0.048 0.027 0.113 0.174 0.413 0.226 26 N 0.050 0.006 0.068 0.113 0.314 0.448 27 D 0.023 0.009 0.013 0.060 0.274 0.622 28 E 0.007 0.007 0.007 0.028 0.156 0.794 29 P 0.009 0.010 0.022 0.136 0.195 0.628 30 Q 0.008 0.014 0.059 0.212 0.304 0.403 31 P 0.004 0.004 0.516 0.192 0.244 0.040 32 H 0.004 0.001 0.522 0.149 0.272 0.052 33 Q 0.005 0.002 0.581 0.160 0.205 0.047 34 F 0.012 0.032 0.218 0.321 0.269 0.147 35 N 0.019 0.005 0.029 0.082 0.408 0.456 36 S 0.062 0.009 0.010 0.042 0.538 0.340 37 T 0.098 0.020 0.008 0.024 0.469 0.382 38 Q 0.105 0.015 0.018 0.021 0.578 0.263 39 P 0.136 0.010 0.051 0.018 0.576 0.210 40 F 0.415 0.028 0.076 0.025 0.278 0.177 41 F 0.632 0.046 0.038 0.014 0.125 0.144 42 M 0.505 0.027 0.067 0.021 0.254 0.125 43 D 0.204 0.006 0.077 0.033 0.382 0.298 44 T 0.219 0.010 0.035 0.036 0.349 0.350 45 M 0.260 0.030 0.010 0.030 0.221 0.450 46 E 0.195 0.046 0.003 0.029 0.059 0.669 47 P 0.025 0.001 0.038 0.834 0.053 0.048 48 L 0.002 0.001 0.030 0.928 0.029 0.010 49 E 0.002 0.001 0.023 0.918 0.043 0.013 50 W 0.002 0.001 0.011 0.940 0.032 0.015 51 L 0.002 0.001 0.007 0.949 0.020 0.021 52 Q 0.001 0.001 0.008 0.972 0.011 0.008 53 W 0.001 0.001 0.007 0.984 0.005 0.003 54 V 0.001 0.001 0.005 0.979 0.007 0.007 55 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.005 0.008 56 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.012 57 P 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 58 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 64 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.005 65 N 0.001 0.001 0.002 0.939 0.023 0.035 66 K 0.002 0.001 0.003 0.139 0.125 0.730 67 Q 0.007 0.009 0.003 0.013 0.139 0.830 68 P 0.014 0.036 0.007 0.014 0.263 0.666 69 L 0.009 0.021 0.009 0.016 0.421 0.523 70 P 0.009 0.005 0.028 0.017 0.727 0.214 71 G 0.030 0.007 0.069 0.050 0.688 0.156 72 A 0.070 0.017 0.063 0.101 0.607 0.143 73 F 0.149 0.051 0.032 0.149 0.426 0.192 74 A 0.112 0.028 0.025 0.315 0.202 0.318 75 V 0.046 0.026 0.020 0.669 0.080 0.158 76 A 0.009 0.001 0.008 0.926 0.025 0.032 77 P 0.002 0.001 0.005 0.978 0.007 0.007 78 Y 0.002 0.001 0.005 0.985 0.004 0.003 79 Y 0.002 0.001 0.003 0.989 0.004 0.002 80 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 81 M 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 82 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.008 0.004 83 L 0.001 0.001 0.003 0.969 0.017 0.010 84 A 0.001 0.001 0.004 0.945 0.028 0.022 85 T 0.001 0.001 0.006 0.781 0.084 0.128 86 D 0.001 0.001 0.006 0.693 0.085 0.213 87 H 0.001 0.002 0.027 0.511 0.204 0.256 88 P 0.001 0.002 0.044 0.639 0.204 0.110 89 Q 0.001 0.001 0.067 0.755 0.108 0.068 90 R 0.002 0.002 0.039 0.765 0.103 0.090 91 A 0.002 0.001 0.031 0.870 0.051 0.045 92 L 0.003 0.003 0.024 0.887 0.038 0.046 93 I 0.002 0.001 0.008 0.931 0.020 0.038 94 L 0.001 0.001 0.004 0.945 0.013 0.036 95 A 0.001 0.001 0.004 0.951 0.013 0.032 96 E 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.006 97 L 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.005 98 E 0.001 0.001 0.010 0.965 0.015 0.010 99 K 0.001 0.001 0.010 0.950 0.019 0.020 100 L 0.001 0.001 0.008 0.951 0.019 0.021 101 D 0.002 0.002 0.018 0.924 0.033 0.021 102 A 0.006 0.003 0.031 0.884 0.047 0.029 103 L 0.011 0.002 0.037 0.838 0.065 0.047 104 F 0.009 0.006 0.022 0.787 0.110 0.066 105 A 0.009 0.006 0.017 0.560 0.224 0.184 106 D 0.004 0.004 0.008 0.158 0.259 0.567 107 D 0.003 0.007 0.050 0.548 0.227 0.166 108 A 0.005 0.006 0.070 0.652 0.180 0.086 109 S 0.007 0.009 0.107 0.628 0.178 0.071 110 L 0.015 0.013 0.085 0.707 0.139 0.042 111 E 0.032 0.014 0.054 0.627 0.201 0.072 112 H 0.025 0.020 0.040 0.491 0.320 0.105 113 H 0.017 0.012 0.035 0.299 0.528 0.109 114 H 0.021 0.023 0.038 0.173 0.532 0.213 115 H 0.013 0.013 0.022 0.097 0.443 0.412 116 H 0.011 0.025 0.008 0.047 0.285 0.624 117 H 0.001 0.006 0.001 0.004 0.034 0.955