# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.8986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.312 0.013 0.015 0.013 0.019 0.063 0.013 0.003 0.082 0.406 2 T 0.045 0.592 0.001 0.005 0.005 0.008 0.041 0.005 0.001 0.045 0.252 3 T 0.022 0.824 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.006 0.001 0.041 0.086 4 H 0.010 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.009 0.029 5 D 0.015 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.039 0.040 6 R 0.006 0.862 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.078 0.038 7 V 0.008 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.026 0.016 8 R 0.005 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.014 9 L 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.017 0.015 10 Q 0.003 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.018 11 L 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.007 12 Q 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.007 13 A 0.001 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 0.014 14 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 16 A 0.012 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.080 0.032 17 L 0.021 0.857 0.007 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.004 0.058 0.038 18 L 0.086 0.194 0.297 0.002 0.001 0.001 0.020 0.025 0.142 0.149 0.084 19 R 0.353 0.258 0.003 0.003 0.001 0.001 0.050 0.012 0.003 0.050 0.266 20 E 0.044 0.119 0.003 0.003 0.001 0.003 0.052 0.003 0.002 0.018 0.752 21 H 0.045 0.124 0.012 0.013 0.002 0.007 0.111 0.006 0.002 0.038 0.639 22 Q 0.082 0.105 0.006 0.023 0.009 0.024 0.093 0.011 0.003 0.155 0.488 23 H 0.170 0.055 0.007 0.024 0.009 0.019 0.102 0.009 0.002 0.113 0.490 24 W 0.118 0.036 0.004 0.072 0.011 0.030 0.111 0.006 0.002 0.078 0.533 25 R 0.082 0.011 0.001 0.052 0.016 0.035 0.130 0.002 0.001 0.060 0.611 26 N 0.008 0.004 0.001 0.067 0.016 0.045 0.162 0.002 0.001 0.034 0.662 27 D 0.032 0.006 0.001 0.038 0.015 0.021 0.141 0.001 0.001 0.038 0.707 28 E 0.012 0.013 0.001 0.036 0.028 0.026 0.192 0.003 0.001 0.047 0.641 29 P 0.038 0.212 0.002 0.009 0.003 0.005 0.087 0.007 0.001 0.010 0.626 30 Q 0.206 0.595 0.002 0.004 0.002 0.002 0.021 0.030 0.001 0.029 0.110 31 P 0.157 0.326 0.009 0.005 0.001 0.002 0.039 0.010 0.003 0.203 0.245 32 H 0.182 0.249 0.013 0.008 0.004 0.009 0.068 0.010 0.005 0.194 0.258 33 Q 0.284 0.037 0.012 0.012 0.011 0.016 0.076 0.013 0.005 0.207 0.328 34 F 0.136 0.046 0.003 0.021 0.009 0.019 0.120 0.008 0.002 0.062 0.574 35 N 0.087 0.020 0.002 0.016 0.008 0.017 0.105 0.002 0.001 0.041 0.701 36 S 0.025 0.012 0.002 0.019 0.013 0.029 0.165 0.008 0.001 0.067 0.659 37 T 0.079 0.055 0.002 0.018 0.008 0.015 0.132 0.006 0.001 0.060 0.623 38 Q 0.133 0.057 0.006 0.050 0.022 0.033 0.126 0.019 0.002 0.083 0.469 39 P 0.075 0.072 0.002 0.060 0.013 0.026 0.133 0.006 0.001 0.052 0.560 40 F 0.083 0.066 0.005 0.118 0.026 0.040 0.123 0.007 0.002 0.099 0.431 41 F 0.081 0.101 0.003 0.181 0.029 0.035 0.139 0.010 0.001 0.073 0.347 42 M 0.064 0.108 0.003 0.130 0.016 0.036 0.135 0.008 0.001 0.058 0.442 43 D 0.063 0.069 0.003 0.141 0.028 0.041 0.147 0.005 0.001 0.114 0.388 44 T 0.025 0.098 0.003 0.077 0.018 0.030 0.145 0.003 0.001 0.149 0.451 45 M 0.015 0.577 0.002 0.025 0.010 0.014 0.053 0.006 0.001 0.043 0.255 46 E 0.054 0.791 0.003 0.005 0.002 0.003 0.016 0.008 0.001 0.053 0.065 47 P 0.028 0.755 0.006 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.126 0.060 48 L 0.045 0.755 0.004 0.001 0.002 0.004 0.016 0.005 0.002 0.089 0.079 49 E 0.108 0.543 0.010 0.006 0.007 0.016 0.030 0.007 0.003 0.153 0.118 50 W 0.048 0.560 0.004 0.017 0.009 0.021 0.060 0.005 0.002 0.081 0.193 51 L 0.037 0.319 0.006 0.043 0.022 0.038 0.105 0.006 0.001 0.165 0.260 52 Q 0.023 0.209 0.004 0.115 0.041 0.087 0.089 0.005 0.001 0.263 0.164 53 W 0.021 0.046 0.003 0.105 0.042 0.076 0.101 0.002 0.001 0.303 0.299 54 V 0.009 0.047 0.005 0.255 0.093 0.101 0.095 0.002 0.001 0.091 0.302 55 L 0.028 0.094 0.006 0.112 0.040 0.071 0.090 0.005 0.002 0.172 0.381 56 I 0.125 0.160 0.006 0.062 0.035 0.037 0.076 0.009 0.004 0.223 0.262 57 P 0.057 0.290 0.005 0.039 0.007 0.013 0.079 0.005 0.003 0.161 0.341 58 R 0.028 0.768 0.004 0.007 0.003 0.005 0.025 0.006 0.002 0.021 0.131 59 M 0.038 0.828 0.003 0.004 0.004 0.005 0.012 0.015 0.001 0.007 0.085 60 H 0.056 0.646 0.004 0.007 0.006 0.010 0.020 0.011 0.001 0.103 0.137 61 D 0.072 0.354 0.023 0.015 0.009 0.013 0.038 0.011 0.009 0.296 0.161 62 L 0.170 0.095 0.095 0.026 0.009 0.016 0.093 0.025 0.038 0.192 0.242 63 L 0.276 0.036 0.021 0.034 0.013 0.023 0.087 0.015 0.012 0.086 0.395 64 D 0.092 0.007 0.001 0.014 0.004 0.009 0.098 0.001 0.001 0.029 0.745 65 N 0.008 0.002 0.001 0.016 0.008 0.028 0.150 0.005 0.001 0.029 0.753 66 K 0.036 0.003 0.001 0.016 0.005 0.013 0.122 0.001 0.001 0.039 0.763 67 Q 0.011 0.001 0.001 0.030 0.041 0.064 0.167 0.004 0.001 0.060 0.618 68 P 0.067 0.008 0.002 0.016 0.004 0.008 0.089 0.001 0.001 0.023 0.780 69 L 0.353 0.015 0.003 0.018 0.013 0.015 0.088 0.024 0.002 0.079 0.390 70 P 0.141 0.032 0.001 0.011 0.002 0.004 0.098 0.003 0.001 0.041 0.666 71 G 0.057 0.032 0.002 0.029 0.011 0.031 0.143 0.011 0.001 0.037 0.647 72 A 0.068 0.060 0.001 0.053 0.032 0.056 0.130 0.007 0.001 0.056 0.536 73 F 0.072 0.028 0.002 0.059 0.064 0.066 0.126 0.002 0.001 0.079 0.502 74 A 0.013 0.054 0.001 0.083 0.066 0.074 0.133 0.002 0.001 0.055 0.519 75 V 0.016 0.312 0.002 0.023 0.020 0.021 0.077 0.006 0.001 0.050 0.475 76 A 0.024 0.851 0.002 0.006 0.005 0.005 0.014 0.012 0.001 0.018 0.062 77 P 0.010 0.919 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.010 0.046 78 Y 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.013 79 Y 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.011 80 E 0.013 0.907 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.036 0.025 81 M 0.044 0.420 0.019 0.004 0.001 0.001 0.022 0.005 0.008 0.372 0.102 82 A 0.074 0.190 0.083 0.006 0.001 0.002 0.052 0.021 0.038 0.388 0.145 83 L 0.355 0.092 0.014 0.008 0.001 0.004 0.069 0.023 0.009 0.100 0.326 84 A 0.104 0.026 0.002 0.009 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 0.035 0.755 85 T 0.005 0.011 0.001 0.004 0.001 0.004 0.089 0.001 0.001 0.014 0.872 86 D 0.044 0.165 0.003 0.005 0.002 0.004 0.071 0.008 0.001 0.042 0.655 87 H 0.183 0.567 0.003 0.003 0.001 0.001 0.026 0.010 0.001 0.051 0.155 88 P 0.057 0.761 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.020 0.138 89 Q 0.014 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.009 0.042 90 R 0.020 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.009 0.024 91 A 0.015 0.914 0.001 0.004 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.023 0.031 92 L 0.007 0.891 0.004 0.004 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.032 0.044 93 I 0.012 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.008 0.021 94 L 0.023 0.875 0.003 0.003 0.001 0.002 0.007 0.004 0.001 0.043 0.038 95 A 0.015 0.784 0.011 0.004 0.001 0.002 0.017 0.004 0.004 0.079 0.079 96 E 0.025 0.861 0.007 0.002 0.001 0.001 0.012 0.007 0.002 0.023 0.060 97 L 0.085 0.709 0.013 0.002 0.002 0.003 0.016 0.015 0.004 0.053 0.098 98 E 0.024 0.762 0.002 0.002 0.001 0.002 0.021 0.003 0.001 0.022 0.159 99 K 0.024 0.770 0.012 0.002 0.001 0.001 0.019 0.005 0.004 0.020 0.141 100 L 0.071 0.761 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.028 0.002 0.026 0.082 101 D 0.148 0.569 0.004 0.003 0.002 0.004 0.027 0.012 0.003 0.049 0.180 102 A 0.083 0.346 0.019 0.010 0.003 0.006 0.060 0.004 0.007 0.072 0.389 103 L 0.071 0.235 0.021 0.015 0.006 0.014 0.096 0.011 0.009 0.072 0.451 104 F 0.241 0.160 0.008 0.008 0.007 0.011 0.075 0.010 0.005 0.057 0.419 105 A 0.121 0.072 0.006 0.011 0.003 0.007 0.084 0.005 0.003 0.041 0.648 106 D 0.079 0.124 0.002 0.007 0.003 0.008 0.077 0.008 0.001 0.035 0.656 107 D 0.212 0.175 0.004 0.007 0.004 0.009 0.063 0.007 0.001 0.044 0.474 108 A 0.064 0.159 0.004 0.013 0.013 0.023 0.085 0.008 0.001 0.049 0.581 109 S 0.092 0.202 0.005 0.012 0.016 0.030 0.083 0.007 0.002 0.053 0.498 110 L 0.247 0.122 0.006 0.016 0.027 0.029 0.075 0.012 0.003 0.057 0.407 111 E 0.135 0.091 0.002 0.014 0.024 0.042 0.103 0.008 0.001 0.041 0.539 112 H 0.068 0.044 0.004 0.017 0.015 0.034 0.103 0.005 0.002 0.033 0.676 113 H 0.100 0.027 0.005 0.019 0.020 0.036 0.097 0.009 0.002 0.053 0.632 114 H 0.094 0.009 0.002 0.010 0.017 0.026 0.090 0.004 0.001 0.049 0.700 115 H 0.040 0.006 0.001 0.012 0.017 0.025 0.090 0.002 0.001 0.034 0.773 116 H 0.025 0.008 0.001 0.012 0.015 0.019 0.116 0.002 0.001 0.030 0.771 117 H 0.037 0.009 0.001 0.012 0.028 0.031 0.148 0.008 0.001 0.042 0.683