# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.016 0.040 0.940 2 T 0.013 0.008 0.003 0.050 0.058 0.867 3 T 0.007 0.004 0.016 0.441 0.094 0.438 4 H 0.005 0.002 0.016 0.725 0.078 0.174 5 D 0.001 0.001 0.012 0.937 0.025 0.024 6 R 0.001 0.001 0.008 0.975 0.009 0.007 7 V 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.003 8 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.002 9 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 15 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 18 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 19 R 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.003 20 E 0.001 0.001 0.004 0.966 0.015 0.014 21 H 0.001 0.001 0.012 0.821 0.062 0.104 22 Q 0.007 0.002 0.045 0.257 0.260 0.429 23 H 0.025 0.012 0.116 0.189 0.317 0.341 24 W 0.066 0.034 0.119 0.230 0.298 0.252 25 R 0.066 0.021 0.060 0.292 0.263 0.298 26 N 0.056 0.016 0.044 0.196 0.302 0.386 27 D 0.041 0.014 0.020 0.065 0.326 0.535 28 E 0.021 0.015 0.008 0.031 0.284 0.641 29 P 0.017 0.030 0.007 0.022 0.242 0.683 30 Q 0.011 0.029 0.016 0.050 0.265 0.630 31 P 0.001 0.001 0.611 0.252 0.093 0.042 32 H 0.002 0.001 0.738 0.165 0.074 0.021 33 Q 0.002 0.002 0.782 0.133 0.067 0.014 34 F 0.014 0.042 0.215 0.289 0.246 0.194 35 N 0.021 0.021 0.094 0.185 0.435 0.243 36 S 0.012 0.008 0.042 0.123 0.512 0.303 37 T 0.021 0.013 0.024 0.070 0.431 0.440 38 Q 0.044 0.011 0.021 0.013 0.459 0.452 39 P 0.040 0.008 0.030 0.015 0.353 0.554 40 F 0.304 0.051 0.037 0.025 0.220 0.364 41 F 0.630 0.028 0.018 0.039 0.118 0.168 42 M 0.691 0.038 0.015 0.057 0.063 0.136 43 D 0.390 0.023 0.014 0.113 0.209 0.251 44 T 0.150 0.012 0.013 0.127 0.290 0.408 45 M 0.061 0.019 0.011 0.126 0.298 0.485 46 E 0.031 0.016 0.012 0.182 0.223 0.536 47 P 0.006 0.001 0.026 0.848 0.076 0.043 48 L 0.012 0.002 0.032 0.878 0.050 0.026 49 E 0.022 0.002 0.031 0.898 0.036 0.010 50 W 0.022 0.002 0.024 0.906 0.036 0.010 51 L 0.014 0.001 0.014 0.940 0.024 0.007 52 Q 0.019 0.001 0.011 0.939 0.020 0.010 53 W 0.008 0.001 0.008 0.966 0.011 0.007 54 V 0.015 0.001 0.010 0.955 0.012 0.008 55 L 0.013 0.002 0.012 0.942 0.014 0.017 56 I 0.011 0.002 0.017 0.891 0.040 0.041 57 P 0.004 0.001 0.024 0.874 0.058 0.039 58 R 0.003 0.001 0.029 0.892 0.043 0.031 59 M 0.001 0.001 0.030 0.937 0.019 0.012 60 H 0.001 0.001 0.042 0.935 0.016 0.006 61 D 0.001 0.001 0.036 0.932 0.023 0.007 62 L 0.001 0.002 0.021 0.934 0.025 0.017 63 L 0.002 0.002 0.023 0.905 0.042 0.025 64 D 0.004 0.002 0.028 0.825 0.090 0.051 65 N 0.004 0.003 0.028 0.637 0.164 0.164 66 K 0.004 0.005 0.045 0.196 0.268 0.482 67 Q 0.006 0.005 0.009 0.007 0.252 0.722 68 P 0.012 0.014 0.013 0.008 0.220 0.733 69 L 0.013 0.034 0.011 0.008 0.244 0.690 70 P 0.010 0.010 0.060 0.026 0.541 0.353 71 G 0.009 0.002 0.197 0.049 0.539 0.204 72 A 0.042 0.005 0.265 0.100 0.430 0.158 73 F 0.123 0.021 0.155 0.148 0.342 0.211 74 A 0.183 0.064 0.049 0.234 0.152 0.318 75 V 0.199 0.034 0.031 0.411 0.084 0.241 76 A 0.139 0.010 0.037 0.464 0.104 0.245 77 P 0.082 0.005 0.041 0.595 0.103 0.175 78 Y 0.041 0.005 0.056 0.797 0.051 0.049 79 Y 0.031 0.002 0.024 0.898 0.031 0.013 80 E 0.029 0.002 0.036 0.899 0.027 0.008 81 M 0.017 0.001 0.026 0.928 0.023 0.005 82 A 0.008 0.001 0.014 0.948 0.022 0.008 83 L 0.004 0.002 0.013 0.916 0.041 0.023 84 A 0.004 0.002 0.033 0.794 0.116 0.052 85 T 0.003 0.003 0.035 0.502 0.252 0.205 86 D 0.005 0.007 0.031 0.205 0.353 0.398 87 H 0.006 0.006 0.036 0.170 0.350 0.432 88 P 0.005 0.005 0.085 0.443 0.231 0.231 89 Q 0.006 0.005 0.079 0.718 0.098 0.094 90 R 0.002 0.001 0.025 0.926 0.023 0.023 91 A 0.002 0.001 0.014 0.962 0.011 0.011 92 L 0.003 0.001 0.009 0.976 0.007 0.005 93 I 0.004 0.001 0.005 0.981 0.006 0.004 94 L 0.002 0.001 0.003 0.986 0.006 0.003 95 A 0.002 0.001 0.004 0.986 0.006 0.002 96 E 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 97 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.004 98 E 0.001 0.001 0.005 0.984 0.007 0.004 99 K 0.001 0.001 0.005 0.976 0.011 0.007 100 L 0.001 0.001 0.007 0.965 0.015 0.011 101 D 0.001 0.001 0.022 0.955 0.017 0.005 102 A 0.002 0.001 0.025 0.953 0.015 0.005 103 L 0.002 0.001 0.020 0.939 0.017 0.021 104 F 0.005 0.004 0.018 0.863 0.043 0.067 105 A 0.012 0.006 0.022 0.596 0.157 0.208 106 D 0.011 0.004 0.037 0.357 0.289 0.302 107 D 0.008 0.003 0.106 0.311 0.378 0.193 108 A 0.016 0.004 0.184 0.309 0.358 0.129 109 S 0.035 0.013 0.173 0.383 0.255 0.142 110 L 0.046 0.014 0.139 0.433 0.215 0.154 111 E 0.062 0.012 0.126 0.411 0.217 0.173 112 H 0.062 0.013 0.103 0.433 0.207 0.182 113 H 0.051 0.008 0.109 0.325 0.271 0.236 114 H 0.055 0.012 0.108 0.239 0.256 0.330 115 H 0.061 0.014 0.078 0.147 0.245 0.454 116 H 0.036 0.018 0.024 0.109 0.145 0.667 117 H 0.003 0.001 0.001 0.004 0.025 0.967