# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.948 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.022 0.004 0.004 0.005 2 T 0.001 0.020 0.921 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.016 0.010 0.003 0.009 3 T 0.001 0.015 0.576 0.001 0.021 0.121 0.001 0.001 0.003 0.136 0.116 0.004 0.007 4 H 0.001 0.002 0.327 0.001 0.018 0.486 0.001 0.001 0.001 0.097 0.064 0.001 0.003 5 D 0.001 0.001 0.032 0.001 0.012 0.900 0.001 0.001 0.001 0.033 0.022 0.001 0.001 6 R 0.001 0.003 0.026 0.001 0.008 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.843 0.001 0.001 0.001 0.005 0.141 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.055 0.001 0.016 0.666 0.001 0.001 0.001 0.034 0.227 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.003 0.085 0.001 0.085 0.346 0.001 0.001 0.001 0.057 0.422 0.001 0.001 23 H 0.001 0.008 0.193 0.002 0.172 0.274 0.001 0.001 0.005 0.097 0.238 0.003 0.007 24 W 0.001 0.017 0.205 0.001 0.210 0.266 0.001 0.001 0.015 0.091 0.174 0.005 0.014 25 R 0.002 0.034 0.253 0.002 0.060 0.193 0.001 0.003 0.021 0.202 0.190 0.016 0.022 26 N 0.001 0.029 0.407 0.002 0.039 0.113 0.001 0.002 0.014 0.195 0.165 0.007 0.024 27 D 0.001 0.013 0.403 0.003 0.017 0.038 0.001 0.001 0.006 0.390 0.119 0.004 0.006 28 E 0.001 0.008 0.687 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.195 0.087 0.003 0.005 29 P 0.001 0.025 0.842 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.099 0.019 0.002 0.004 30 Q 0.001 0.031 0.855 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.002 0.082 0.006 0.004 0.007 31 P 0.001 0.005 0.051 0.001 0.367 0.435 0.001 0.001 0.001 0.025 0.112 0.001 0.003 32 H 0.001 0.003 0.030 0.001 0.499 0.310 0.001 0.001 0.001 0.026 0.125 0.002 0.002 33 Q 0.001 0.005 0.027 0.001 0.594 0.257 0.001 0.001 0.001 0.019 0.089 0.001 0.004 34 F 0.003 0.027 0.123 0.002 0.240 0.367 0.001 0.002 0.006 0.051 0.155 0.007 0.018 35 N 0.003 0.018 0.185 0.009 0.096 0.149 0.001 0.001 0.005 0.113 0.391 0.012 0.018 36 S 0.002 0.020 0.323 0.004 0.047 0.066 0.001 0.001 0.008 0.305 0.183 0.010 0.030 37 T 0.002 0.033 0.353 0.004 0.025 0.052 0.001 0.001 0.006 0.371 0.119 0.009 0.026 38 Q 0.001 0.019 0.489 0.003 0.009 0.024 0.001 0.001 0.008 0.394 0.028 0.018 0.008 39 P 0.001 0.019 0.471 0.010 0.084 0.072 0.001 0.001 0.009 0.117 0.187 0.002 0.027 40 F 0.007 0.045 0.234 0.009 0.138 0.102 0.003 0.004 0.022 0.183 0.215 0.020 0.018 41 F 0.017 0.048 0.215 0.006 0.195 0.134 0.006 0.011 0.050 0.099 0.150 0.021 0.048 42 M 0.015 0.024 0.263 0.007 0.159 0.143 0.006 0.010 0.038 0.094 0.174 0.022 0.044 43 D 0.008 0.023 0.198 0.006 0.100 0.111 0.003 0.003 0.023 0.194 0.270 0.031 0.030 44 T 0.005 0.018 0.268 0.006 0.045 0.071 0.002 0.001 0.020 0.264 0.243 0.007 0.047 45 M 0.003 0.025 0.338 0.001 0.013 0.193 0.001 0.001 0.011 0.307 0.057 0.035 0.016 46 E 0.001 0.022 0.425 0.001 0.013 0.380 0.001 0.001 0.004 0.079 0.045 0.005 0.024 47 P 0.001 0.003 0.061 0.001 0.024 0.833 0.001 0.001 0.001 0.021 0.051 0.001 0.003 48 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.014 0.925 0.001 0.001 0.001 0.013 0.024 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.015 0.001 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.013 0.019 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.002 51 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 53 W 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.002 54 V 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.923 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.029 0.001 0.005 0.847 0.001 0.001 0.002 0.016 0.095 0.001 0.002 56 I 0.001 0.001 0.059 0.001 0.008 0.855 0.001 0.001 0.001 0.031 0.043 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.028 0.001 0.019 0.856 0.001 0.001 0.001 0.018 0.078 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.012 0.913 0.001 0.001 0.001 0.013 0.040 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.877 0.001 0.001 0.001 0.004 0.110 0.001 0.001 65 N 0.001 0.001 0.012 0.001 0.005 0.491 0.001 0.001 0.001 0.026 0.464 0.001 0.001 66 K 0.001 0.002 0.185 0.001 0.007 0.087 0.001 0.001 0.001 0.153 0.565 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.008 0.720 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.230 0.030 0.001 0.001 68 P 0.001 0.023 0.807 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.101 0.044 0.001 0.005 69 L 0.001 0.023 0.645 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.004 0.280 0.021 0.007 0.002 70 P 0.001 0.012 0.459 0.002 0.069 0.082 0.001 0.001 0.003 0.181 0.186 0.001 0.007 71 G 0.001 0.008 0.170 0.002 0.122 0.162 0.001 0.001 0.003 0.138 0.388 0.003 0.002 72 A 0.002 0.011 0.206 0.003 0.158 0.299 0.001 0.001 0.008 0.131 0.163 0.005 0.011 73 F 0.008 0.016 0.268 0.002 0.145 0.303 0.003 0.002 0.022 0.083 0.098 0.017 0.034 74 A 0.016 0.059 0.200 0.003 0.056 0.329 0.009 0.005 0.041 0.066 0.128 0.043 0.043 75 V 0.019 0.024 0.171 0.003 0.044 0.462 0.005 0.004 0.024 0.078 0.091 0.016 0.059 76 A 0.002 0.002 0.099 0.001 0.013 0.794 0.001 0.001 0.003 0.044 0.024 0.011 0.007 77 P 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.002 78 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 80 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 83 L 0.001 0.002 0.010 0.001 0.010 0.908 0.001 0.001 0.001 0.009 0.058 0.001 0.001 84 A 0.001 0.003 0.025 0.001 0.020 0.738 0.001 0.001 0.001 0.019 0.192 0.001 0.002 85 T 0.001 0.001 0.069 0.001 0.019 0.335 0.001 0.001 0.001 0.074 0.499 0.001 0.001 86 D 0.001 0.002 0.260 0.001 0.024 0.159 0.001 0.001 0.001 0.114 0.439 0.001 0.001 87 H 0.001 0.004 0.511 0.001 0.008 0.082 0.001 0.001 0.001 0.336 0.056 0.001 0.001 88 P 0.001 0.005 0.521 0.001 0.024 0.201 0.001 0.001 0.001 0.111 0.134 0.001 0.002 89 Q 0.001 0.006 0.143 0.001 0.082 0.550 0.001 0.001 0.001 0.065 0.150 0.001 0.002 90 R 0.001 0.001 0.054 0.001 0.040 0.841 0.001 0.001 0.001 0.026 0.034 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.023 0.001 0.015 0.933 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 92 L 0.001 0.002 0.021 0.001 0.011 0.941 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 0.001 0.002 93 I 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.879 0.001 0.001 0.001 0.006 0.107 0.001 0.001 104 F 0.001 0.004 0.050 0.001 0.009 0.576 0.001 0.001 0.001 0.060 0.300 0.001 0.001 105 A 0.001 0.010 0.231 0.001 0.030 0.329 0.001 0.001 0.001 0.163 0.233 0.002 0.001 106 D 0.001 0.004 0.302 0.001 0.025 0.290 0.001 0.001 0.001 0.195 0.180 0.001 0.002 107 D 0.001 0.004 0.202 0.001 0.057 0.435 0.001 0.001 0.001 0.106 0.192 0.001 0.002 108 A 0.001 0.005 0.107 0.001 0.082 0.617 0.001 0.001 0.002 0.076 0.107 0.002 0.002 109 S 0.001 0.006 0.130 0.002 0.113 0.608 0.001 0.001 0.007 0.055 0.063 0.003 0.011 110 L 0.003 0.014 0.097 0.004 0.115 0.624 0.001 0.002 0.011 0.037 0.074 0.008 0.013 111 E 0.005 0.010 0.125 0.003 0.087 0.510 0.001 0.002 0.007 0.062 0.156 0.013 0.018 112 H 0.004 0.007 0.129 0.002 0.071 0.436 0.002 0.001 0.007 0.086 0.229 0.012 0.014 113 H 0.005 0.015 0.188 0.002 0.068 0.362 0.001 0.001 0.004 0.116 0.210 0.010 0.019 114 H 0.005 0.016 0.303 0.003 0.057 0.230 0.001 0.001 0.003 0.167 0.173 0.013 0.028 115 H 0.003 0.013 0.341 0.002 0.049 0.160 0.001 0.001 0.003 0.140 0.240 0.023 0.024 116 H 0.002 0.011 0.593 0.002 0.026 0.083 0.001 0.001 0.003 0.102 0.145 0.007 0.026 117 H 0.001 0.004 0.933 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 0.005 0.006