# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.027 0.003 0.021 0.032 0.035 0.137 0.008 0.001 0.048 0.632 2 T 0.070 0.082 0.001 0.013 0.015 0.019 0.122 0.005 0.001 0.045 0.628 3 T 0.056 0.351 0.002 0.010 0.006 0.009 0.071 0.009 0.001 0.057 0.428 4 H 0.038 0.799 0.002 0.003 0.001 0.002 0.020 0.007 0.001 0.019 0.108 5 D 0.025 0.840 0.002 0.003 0.001 0.002 0.014 0.003 0.001 0.029 0.080 6 R 0.010 0.853 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.003 0.001 0.059 0.056 7 V 0.011 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.020 0.021 8 R 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.015 9 L 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 10 Q 0.003 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.053 0.016 11 L 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.006 12 Q 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 13 A 0.001 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.046 0.014 14 L 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 E 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.008 16 A 0.013 0.852 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.083 0.034 17 L 0.022 0.848 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.004 0.061 0.042 18 L 0.092 0.189 0.291 0.002 0.001 0.001 0.021 0.026 0.141 0.148 0.088 19 R 0.352 0.245 0.003 0.003 0.001 0.002 0.051 0.012 0.003 0.049 0.280 20 E 0.045 0.109 0.002 0.003 0.001 0.003 0.053 0.003 0.002 0.017 0.761 21 H 0.043 0.112 0.012 0.014 0.002 0.007 0.112 0.006 0.002 0.039 0.651 22 Q 0.084 0.093 0.006 0.023 0.009 0.024 0.096 0.010 0.003 0.152 0.498 23 H 0.164 0.050 0.007 0.025 0.009 0.019 0.102 0.008 0.002 0.112 0.502 24 W 0.112 0.032 0.003 0.073 0.011 0.031 0.111 0.006 0.002 0.076 0.542 25 R 0.075 0.010 0.001 0.054 0.016 0.036 0.131 0.002 0.001 0.059 0.616 26 N 0.008 0.003 0.001 0.067 0.016 0.046 0.163 0.002 0.001 0.033 0.661 27 D 0.028 0.005 0.001 0.040 0.016 0.022 0.141 0.001 0.001 0.036 0.710 28 E 0.011 0.012 0.001 0.036 0.029 0.027 0.193 0.003 0.001 0.045 0.644 29 P 0.040 0.221 0.002 0.010 0.003 0.005 0.086 0.007 0.001 0.011 0.615 30 Q 0.209 0.599 0.002 0.004 0.001 0.002 0.020 0.028 0.001 0.029 0.105 31 P 0.159 0.333 0.010 0.005 0.001 0.002 0.039 0.010 0.003 0.198 0.241 32 H 0.191 0.247 0.012 0.008 0.004 0.010 0.068 0.010 0.004 0.187 0.259 33 Q 0.281 0.037 0.012 0.012 0.011 0.017 0.076 0.013 0.005 0.206 0.330 34 F 0.132 0.045 0.003 0.022 0.010 0.020 0.122 0.008 0.002 0.061 0.575 35 N 0.088 0.019 0.002 0.016 0.008 0.018 0.105 0.002 0.001 0.040 0.700 36 S 0.026 0.011 0.003 0.019 0.014 0.030 0.165 0.008 0.001 0.066 0.658 37 T 0.077 0.048 0.002 0.018 0.008 0.016 0.133 0.006 0.001 0.060 0.630 38 Q 0.132 0.049 0.005 0.052 0.023 0.034 0.128 0.018 0.002 0.084 0.473 39 P 0.072 0.060 0.002 0.064 0.013 0.026 0.137 0.006 0.001 0.052 0.567 40 F 0.080 0.055 0.004 0.125 0.026 0.040 0.126 0.007 0.002 0.094 0.441 41 F 0.076 0.085 0.003 0.195 0.029 0.036 0.141 0.009 0.001 0.072 0.354 42 M 0.058 0.094 0.002 0.141 0.017 0.038 0.139 0.008 0.001 0.055 0.448 43 D 0.059 0.064 0.002 0.153 0.029 0.043 0.147 0.005 0.001 0.104 0.393 44 T 0.025 0.092 0.003 0.085 0.018 0.031 0.149 0.003 0.001 0.137 0.455 45 M 0.014 0.549 0.002 0.029 0.010 0.015 0.057 0.006 0.001 0.043 0.275 46 E 0.057 0.790 0.003 0.005 0.002 0.002 0.016 0.008 0.001 0.054 0.062 47 P 0.028 0.752 0.007 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.129 0.060 48 L 0.045 0.749 0.004 0.001 0.002 0.004 0.016 0.005 0.001 0.091 0.082 49 E 0.110 0.535 0.009 0.005 0.007 0.016 0.030 0.007 0.003 0.159 0.118 50 W 0.049 0.558 0.004 0.017 0.010 0.022 0.060 0.005 0.002 0.083 0.192 51 L 0.037 0.313 0.006 0.043 0.023 0.040 0.104 0.006 0.001 0.168 0.260 52 Q 0.023 0.205 0.004 0.114 0.044 0.092 0.089 0.005 0.001 0.258 0.167 53 W 0.021 0.045 0.003 0.104 0.042 0.077 0.101 0.002 0.001 0.302 0.302 54 V 0.009 0.045 0.005 0.257 0.094 0.101 0.094 0.002 0.001 0.090 0.300 55 L 0.028 0.091 0.006 0.114 0.041 0.072 0.090 0.005 0.002 0.170 0.382 56 I 0.127 0.155 0.006 0.063 0.036 0.038 0.077 0.009 0.004 0.217 0.267 57 P 0.060 0.287 0.005 0.040 0.008 0.013 0.080 0.005 0.003 0.155 0.344 58 R 0.030 0.756 0.004 0.007 0.003 0.005 0.027 0.006 0.002 0.022 0.139 59 M 0.039 0.816 0.003 0.005 0.005 0.005 0.014 0.015 0.001 0.008 0.092 60 H 0.055 0.639 0.004 0.008 0.007 0.012 0.021 0.010 0.001 0.105 0.138 61 D 0.073 0.347 0.021 0.017 0.010 0.015 0.039 0.011 0.008 0.296 0.162 62 L 0.159 0.094 0.093 0.030 0.010 0.019 0.095 0.023 0.036 0.194 0.246 63 L 0.267 0.036 0.021 0.038 0.015 0.027 0.089 0.015 0.012 0.089 0.392 64 D 0.093 0.007 0.001 0.015 0.005 0.010 0.100 0.002 0.001 0.031 0.735 65 N 0.009 0.002 0.001 0.017 0.008 0.031 0.151 0.005 0.001 0.030 0.747 66 K 0.037 0.003 0.001 0.017 0.006 0.014 0.121 0.001 0.001 0.038 0.762 67 Q 0.011 0.001 0.001 0.029 0.043 0.066 0.168 0.005 0.001 0.058 0.617 68 P 0.064 0.008 0.002 0.016 0.004 0.008 0.090 0.001 0.001 0.023 0.783 69 L 0.348 0.015 0.003 0.017 0.014 0.016 0.088 0.025 0.002 0.078 0.395 70 P 0.147 0.031 0.001 0.011 0.002 0.004 0.096 0.003 0.001 0.041 0.662 71 G 0.057 0.032 0.002 0.029 0.011 0.030 0.142 0.011 0.001 0.037 0.649 72 A 0.070 0.060 0.001 0.053 0.031 0.055 0.129 0.007 0.001 0.055 0.539 73 F 0.074 0.026 0.001 0.058 0.064 0.066 0.128 0.002 0.001 0.073 0.507 74 A 0.013 0.048 0.001 0.085 0.067 0.076 0.136 0.002 0.001 0.050 0.520 75 V 0.016 0.287 0.002 0.024 0.021 0.021 0.081 0.005 0.001 0.044 0.498 76 A 0.031 0.836 0.002 0.006 0.006 0.005 0.016 0.014 0.001 0.017 0.067 77 P 0.012 0.899 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.002 0.001 0.012 0.058 78 Y 0.005 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.016 79 Y 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.015 80 E 0.017 0.880 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.002 0.044 0.035 81 M 0.045 0.545 0.021 0.004 0.001 0.002 0.024 0.005 0.010 0.221 0.122 82 A 0.075 0.184 0.142 0.005 0.002 0.003 0.055 0.021 0.076 0.268 0.168 83 L 0.441 0.080 0.008 0.005 0.001 0.004 0.057 0.026 0.006 0.066 0.306 84 A 0.113 0.018 0.001 0.005 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.023 0.789 85 T 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.004 0.079 0.001 0.001 0.008 0.897 86 D 0.024 0.108 0.003 0.005 0.002 0.004 0.071 0.005 0.001 0.030 0.748 87 H 0.308 0.487 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.011 0.001 0.047 0.122 88 P 0.079 0.679 0.002 0.002 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.024 0.189 89 Q 0.014 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.048 90 R 0.017 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.008 0.021 91 A 0.016 0.906 0.001 0.004 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.031 0.028 92 L 0.005 0.901 0.002 0.004 0.003 0.004 0.008 0.001 0.001 0.042 0.031 93 I 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.013 94 L 0.007 0.943 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.027 0.012 95 A 0.006 0.920 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.036 0.023 96 E 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.022 97 L 0.017 0.892 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.046 0.025 98 E 0.009 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 0.043 99 K 0.011 0.903 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.002 0.013 0.050 100 L 0.043 0.857 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.002 0.016 0.042 101 D 0.080 0.686 0.005 0.003 0.001 0.002 0.019 0.010 0.003 0.067 0.124 102 A 0.070 0.416 0.026 0.005 0.001 0.003 0.055 0.005 0.013 0.096 0.309 103 L 0.110 0.265 0.038 0.008 0.003 0.006 0.084 0.015 0.019 0.086 0.365 104 F 0.233 0.185 0.010 0.006 0.003 0.005 0.068 0.011 0.007 0.050 0.422 105 A 0.139 0.086 0.004 0.006 0.002 0.004 0.072 0.004 0.003 0.036 0.643 106 D 0.057 0.145 0.003 0.006 0.002 0.006 0.075 0.007 0.001 0.031 0.669 107 D 0.172 0.227 0.005 0.005 0.004 0.008 0.056 0.007 0.001 0.035 0.480 108 A 0.080 0.260 0.005 0.009 0.010 0.017 0.061 0.006 0.002 0.044 0.506 109 S 0.086 0.300 0.006 0.006 0.011 0.021 0.063 0.006 0.003 0.040 0.457 110 L 0.257 0.241 0.008 0.007 0.015 0.017 0.052 0.014 0.003 0.042 0.342 111 E 0.213 0.138 0.003 0.006 0.014 0.023 0.068 0.009 0.002 0.034 0.490 112 H 0.071 0.058 0.004 0.010 0.011 0.026 0.084 0.004 0.002 0.028 0.702 113 H 0.075 0.038 0.006 0.013 0.016 0.031 0.077 0.006 0.002 0.041 0.695 114 H 0.110 0.012 0.002 0.008 0.020 0.024 0.079 0.005 0.001 0.048 0.691 115 H 0.038 0.006 0.001 0.012 0.025 0.030 0.089 0.002 0.001 0.035 0.762 116 H 0.016 0.007 0.001 0.013 0.014 0.019 0.107 0.002 0.001 0.023 0.799 117 H 0.030 0.007 0.001 0.016 0.041 0.036 0.149 0.009 0.001 0.039 0.673