# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.419 0.095 0.063 0.097 0.065 0.057 0.066 0.049 0.044 0.028 0.017 2 T 0.278 0.302 0.074 0.111 0.074 0.051 0.053 0.027 0.018 0.008 0.004 3 T 0.115 0.304 0.099 0.171 0.104 0.079 0.059 0.030 0.022 0.012 0.006 4 H 0.154 0.146 0.058 0.152 0.166 0.142 0.109 0.038 0.022 0.008 0.003 5 D 0.502 0.147 0.179 0.105 0.038 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 R 0.058 0.127 0.142 0.370 0.165 0.078 0.043 0.011 0.004 0.001 0.001 7 V 0.007 0.008 0.024 0.019 0.024 0.062 0.222 0.210 0.208 0.146 0.069 8 R 0.009 0.016 0.180 0.250 0.232 0.183 0.107 0.017 0.005 0.001 0.001 9 L 0.021 0.075 0.742 0.112 0.032 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.003 0.071 0.046 0.076 0.184 0.362 0.144 0.079 0.027 0.007 11 L 0.001 0.001 0.057 0.007 0.009 0.028 0.256 0.222 0.212 0.142 0.065 12 Q 0.001 0.008 0.794 0.128 0.044 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.010 0.350 0.295 0.207 0.104 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.036 0.003 0.004 0.009 0.092 0.141 0.292 0.265 0.158 15 E 0.001 0.001 0.085 0.052 0.096 0.198 0.417 0.101 0.036 0.012 0.002 16 A 0.001 0.007 0.904 0.065 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.007 0.099 0.064 0.138 0.280 0.327 0.056 0.021 0.006 0.001 18 L 0.001 0.005 0.107 0.011 0.009 0.017 0.127 0.143 0.252 0.217 0.112 19 R 0.006 0.032 0.362 0.212 0.176 0.112 0.070 0.018 0.008 0.003 0.001 20 E 0.015 0.068 0.687 0.135 0.056 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 21 H 0.021 0.049 0.100 0.079 0.100 0.153 0.277 0.105 0.071 0.034 0.011 22 Q 0.422 0.166 0.131 0.086 0.053 0.046 0.054 0.019 0.014 0.007 0.003 23 H 0.121 0.147 0.176 0.169 0.117 0.092 0.087 0.040 0.028 0.015 0.007 24 W 0.067 0.071 0.078 0.082 0.073 0.091 0.147 0.111 0.132 0.093 0.053 25 R 0.136 0.206 0.120 0.187 0.134 0.094 0.072 0.026 0.016 0.007 0.003 26 N 0.250 0.175 0.122 0.154 0.105 0.075 0.060 0.027 0.018 0.009 0.004 27 D 0.266 0.175 0.087 0.136 0.102 0.080 0.074 0.035 0.025 0.014 0.007 28 E 0.499 0.202 0.052 0.098 0.058 0.038 0.027 0.011 0.008 0.004 0.002 29 P 0.137 0.078 0.030 0.067 0.077 0.096 0.146 0.115 0.122 0.084 0.049 30 Q 0.291 0.375 0.087 0.131 0.056 0.026 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 31 P 0.407 0.143 0.049 0.137 0.103 0.071 0.048 0.020 0.012 0.006 0.002 32 H 0.466 0.167 0.067 0.107 0.068 0.048 0.038 0.017 0.012 0.006 0.003 33 Q 0.090 0.111 0.115 0.257 0.171 0.119 0.081 0.030 0.016 0.007 0.003 34 F 0.067 0.045 0.036 0.052 0.053 0.078 0.142 0.135 0.168 0.135 0.091 35 N 0.170 0.212 0.147 0.188 0.123 0.077 0.046 0.017 0.011 0.006 0.003 36 S 0.093 0.069 0.038 0.060 0.048 0.059 0.119 0.109 0.147 0.138 0.120 37 T 0.210 0.191 0.084 0.190 0.126 0.081 0.057 0.026 0.018 0.010 0.007 38 Q 0.127 0.121 0.065 0.147 0.134 0.115 0.119 0.067 0.056 0.033 0.017 39 P 0.063 0.047 0.026 0.095 0.093 0.112 0.154 0.116 0.125 0.098 0.072 40 F 0.044 0.034 0.023 0.057 0.062 0.075 0.148 0.158 0.179 0.135 0.086 41 F 0.051 0.047 0.028 0.075 0.078 0.095 0.151 0.133 0.140 0.109 0.093 42 M 0.024 0.032 0.021 0.055 0.053 0.060 0.100 0.116 0.169 0.186 0.184 43 D 0.017 0.035 0.027 0.103 0.117 0.133 0.189 0.132 0.125 0.076 0.047 44 T 0.039 0.057 0.039 0.101 0.093 0.097 0.136 0.121 0.129 0.102 0.087 45 M 0.033 0.026 0.018 0.049 0.057 0.073 0.147 0.133 0.179 0.159 0.125 46 E 0.083 0.163 0.070 0.234 0.170 0.120 0.090 0.033 0.021 0.009 0.005 47 P 0.055 0.045 0.024 0.080 0.079 0.088 0.157 0.129 0.147 0.114 0.081 48 L 0.148 0.104 0.062 0.200 0.175 0.139 0.098 0.032 0.023 0.011 0.008 49 E 0.034 0.063 0.080 0.160 0.158 0.176 0.180 0.076 0.045 0.020 0.008 50 W 0.016 0.020 0.032 0.073 0.079 0.122 0.242 0.152 0.140 0.086 0.038 51 L 0.008 0.014 0.034 0.042 0.029 0.038 0.124 0.143 0.229 0.201 0.137 52 Q 0.004 0.014 0.056 0.091 0.114 0.138 0.201 0.137 0.123 0.084 0.038 53 W 0.006 0.017 0.061 0.064 0.050 0.074 0.181 0.167 0.180 0.137 0.063 54 V 0.005 0.016 0.077 0.046 0.025 0.031 0.137 0.166 0.221 0.175 0.102 55 L 0.006 0.021 0.058 0.040 0.035 0.049 0.147 0.140 0.196 0.185 0.123 56 I 0.009 0.033 0.069 0.087 0.080 0.096 0.205 0.143 0.142 0.092 0.045 57 P 0.187 0.122 0.163 0.173 0.110 0.091 0.090 0.036 0.019 0.007 0.003 58 R 0.019 0.047 0.054 0.102 0.127 0.183 0.255 0.109 0.063 0.030 0.011 59 M 0.007 0.015 0.043 0.040 0.033 0.043 0.119 0.130 0.213 0.194 0.163 60 H 0.026 0.040 0.097 0.212 0.190 0.174 0.147 0.052 0.036 0.019 0.008 61 D 0.015 0.060 0.229 0.237 0.175 0.123 0.088 0.036 0.021 0.011 0.004 62 L 0.004 0.007 0.040 0.028 0.021 0.031 0.115 0.134 0.234 0.217 0.170 63 L 0.002 0.004 0.015 0.022 0.033 0.061 0.175 0.174 0.205 0.177 0.131 64 D 0.019 0.093 0.387 0.209 0.135 0.078 0.048 0.016 0.010 0.004 0.002 65 N 0.070 0.094 0.146 0.165 0.137 0.147 0.145 0.050 0.026 0.012 0.006 66 K 0.608 0.157 0.059 0.077 0.037 0.024 0.019 0.008 0.006 0.003 0.002 67 Q 0.078 0.114 0.049 0.112 0.108 0.115 0.157 0.092 0.084 0.056 0.036 68 P 0.259 0.201 0.080 0.136 0.093 0.071 0.059 0.034 0.033 0.021 0.013 69 L 0.058 0.029 0.010 0.035 0.044 0.068 0.139 0.138 0.178 0.154 0.146 70 P 0.162 0.132 0.044 0.119 0.113 0.099 0.114 0.076 0.067 0.043 0.031 71 G 0.366 0.165 0.063 0.152 0.098 0.063 0.045 0.020 0.015 0.008 0.005 72 A 0.212 0.118 0.051 0.130 0.118 0.114 0.108 0.058 0.045 0.029 0.017 73 F 0.032 0.032 0.028 0.062 0.063 0.090 0.159 0.154 0.176 0.128 0.076 74 A 0.043 0.069 0.055 0.098 0.105 0.123 0.180 0.119 0.101 0.065 0.043 75 V 0.005 0.007 0.007 0.014 0.014 0.022 0.078 0.113 0.229 0.264 0.246 76 A 0.011 0.024 0.020 0.058 0.081 0.113 0.200 0.146 0.155 0.114 0.077 77 P 0.068 0.065 0.075 0.130 0.096 0.096 0.142 0.096 0.103 0.080 0.050 78 Y 0.011 0.018 0.029 0.053 0.061 0.083 0.184 0.170 0.178 0.136 0.077 79 Y 0.002 0.003 0.009 0.016 0.017 0.027 0.091 0.137 0.262 0.251 0.186 80 E 0.002 0.007 0.036 0.077 0.111 0.157 0.229 0.136 0.123 0.080 0.042 81 M 0.007 0.022 0.199 0.154 0.142 0.140 0.158 0.080 0.057 0.029 0.012 82 A 0.002 0.006 0.024 0.042 0.060 0.105 0.256 0.193 0.171 0.097 0.044 83 L 0.001 0.003 0.010 0.014 0.018 0.032 0.110 0.144 0.237 0.244 0.185 84 A 0.014 0.055 0.137 0.252 0.239 0.153 0.099 0.030 0.015 0.005 0.001 85 T 0.132 0.130 0.155 0.164 0.126 0.111 0.097 0.040 0.026 0.012 0.005 86 D 0.222 0.241 0.089 0.162 0.095 0.073 0.065 0.026 0.017 0.008 0.003 87 H 0.219 0.127 0.039 0.096 0.090 0.102 0.136 0.078 0.059 0.036 0.018 88 P 0.532 0.193 0.063 0.087 0.049 0.028 0.024 0.011 0.008 0.004 0.002 89 Q 0.087 0.188 0.075 0.158 0.128 0.126 0.119 0.055 0.039 0.018 0.008 90 R 0.020 0.023 0.024 0.096 0.163 0.214 0.214 0.112 0.077 0.039 0.017 91 A 0.232 0.130 0.199 0.174 0.107 0.072 0.055 0.017 0.009 0.004 0.002 92 L 0.006 0.032 0.136 0.266 0.223 0.170 0.116 0.032 0.013 0.005 0.001 93 I 0.001 0.003 0.013 0.010 0.009 0.018 0.088 0.133 0.246 0.273 0.205 94 L 0.003 0.007 0.058 0.105 0.169 0.236 0.267 0.086 0.045 0.018 0.005 95 A 0.017 0.045 0.671 0.136 0.064 0.034 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 96 E 0.001 0.003 0.027 0.031 0.059 0.153 0.381 0.170 0.107 0.051 0.018 97 L 0.001 0.001 0.020 0.007 0.006 0.016 0.133 0.159 0.251 0.248 0.159 98 E 0.007 0.025 0.463 0.254 0.139 0.067 0.032 0.007 0.003 0.001 0.001 99 K 0.003 0.024 0.301 0.235 0.206 0.140 0.071 0.014 0.006 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.019 0.005 0.006 0.011 0.086 0.135 0.275 0.268 0.194 101 D 0.001 0.003 0.040 0.049 0.087 0.198 0.388 0.126 0.066 0.033 0.010 102 A 0.003 0.030 0.757 0.139 0.045 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.006 0.057 0.033 0.058 0.123 0.331 0.159 0.127 0.074 0.031 104 F 0.002 0.005 0.022 0.015 0.017 0.032 0.133 0.153 0.236 0.222 0.162 105 A 0.022 0.084 0.201 0.207 0.190 0.141 0.098 0.030 0.016 0.007 0.003 106 D 0.157 0.171 0.325 0.195 0.082 0.042 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 107 D 0.377 0.212 0.098 0.104 0.066 0.053 0.050 0.019 0.012 0.006 0.003 108 A 0.366 0.144 0.071 0.095 0.073 0.067 0.078 0.039 0.033 0.021 0.014 109 S 0.307 0.269 0.120 0.128 0.065 0.042 0.032 0.015 0.012 0.006 0.003 110 L 0.168 0.094 0.083 0.106 0.092 0.109 0.130 0.080 0.073 0.044 0.021 111 E 0.282 0.189 0.115 0.154 0.102 0.067 0.048 0.019 0.013 0.007 0.003 112 H 0.211 0.164 0.141 0.158 0.107 0.078 0.064 0.032 0.025 0.014 0.007 113 H 0.252 0.138 0.087 0.126 0.101 0.092 0.089 0.046 0.036 0.022 0.011 114 H 0.194 0.139 0.088 0.122 0.103 0.098 0.104 0.062 0.049 0.028 0.012 115 H 0.268 0.165 0.114 0.130 0.089 0.070 0.069 0.037 0.032 0.018 0.008 116 H 0.331 0.161 0.076 0.120 0.086 0.068 0.063 0.036 0.030 0.019 0.009 117 H 0.380 0.136 0.047 0.096 0.074 0.066 0.072 0.047 0.042 0.026 0.014