# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.020 0.021 0.015 0.005 0.009 0.026 0.004 0.001 0.003 0.809 2 T 0.044 0.009 0.009 0.018 0.008 0.013 0.211 0.003 0.001 0.004 0.680 3 T 0.085 0.005 0.011 0.010 0.003 0.005 0.092 0.001 0.001 0.005 0.785 4 H 0.038 0.016 0.002 0.016 0.003 0.006 0.244 0.001 0.001 0.004 0.670 5 D 0.035 0.025 0.001 0.006 0.001 0.002 0.233 0.001 0.001 0.006 0.690 6 R 0.038 0.122 0.001 0.003 0.001 0.001 0.366 0.001 0.001 0.006 0.463 7 V 0.035 0.597 0.001 0.004 0.002 0.005 0.173 0.002 0.001 0.004 0.176 8 R 0.023 0.917 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.037 9 L 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 10 Q 0.011 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 11 L 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 12 Q 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 13 A 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 14 L 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 15 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 16 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 L 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 19 R 0.015 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 20 E 0.031 0.919 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.024 21 H 0.082 0.814 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.044 22 Q 0.145 0.562 0.039 0.005 0.005 0.005 0.009 0.059 0.001 0.002 0.170 23 H 0.080 0.322 0.155 0.013 0.010 0.016 0.027 0.022 0.001 0.001 0.354 24 W 0.100 0.233 0.013 0.073 0.036 0.045 0.041 0.022 0.001 0.002 0.436 25 R 0.132 0.125 0.014 0.045 0.024 0.036 0.064 0.009 0.001 0.005 0.545 26 N 0.100 0.089 0.013 0.043 0.031 0.040 0.066 0.007 0.001 0.003 0.608 27 D 0.157 0.041 0.012 0.065 0.019 0.040 0.082 0.010 0.001 0.007 0.566 28 E 0.179 0.013 0.015 0.045 0.013 0.030 0.126 0.004 0.001 0.007 0.567 29 P 0.013 0.001 0.007 0.013 0.003 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.940 30 Q 0.048 0.003 0.002 0.035 0.012 0.028 0.250 0.001 0.001 0.003 0.619 31 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 32 H 0.017 0.019 0.001 0.015 0.014 0.021 0.265 0.001 0.001 0.003 0.645 33 Q 0.257 0.058 0.001 0.008 0.008 0.018 0.320 0.001 0.001 0.011 0.318 34 F 0.167 0.630 0.001 0.024 0.012 0.012 0.018 0.003 0.001 0.001 0.132 35 N 0.172 0.619 0.003 0.007 0.004 0.009 0.023 0.005 0.001 0.004 0.156 36 S 0.336 0.356 0.012 0.005 0.004 0.007 0.027 0.014 0.001 0.002 0.237 37 T 0.241 0.322 0.023 0.021 0.007 0.010 0.024 0.046 0.001 0.002 0.304 38 Q 0.171 0.202 0.054 0.035 0.016 0.024 0.100 0.014 0.001 0.004 0.381 39 P 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.981 40 F 0.036 0.035 0.001 0.032 0.028 0.080 0.223 0.003 0.001 0.005 0.558 41 F 0.431 0.121 0.002 0.015 0.009 0.017 0.054 0.002 0.001 0.004 0.345 42 M 0.057 0.714 0.001 0.047 0.027 0.031 0.015 0.003 0.001 0.001 0.105 43 D 0.142 0.392 0.004 0.014 0.010 0.016 0.058 0.007 0.001 0.003 0.355 44 T 0.361 0.287 0.011 0.019 0.006 0.015 0.055 0.018 0.001 0.004 0.223 45 M 0.302 0.285 0.033 0.028 0.008 0.010 0.085 0.018 0.001 0.007 0.224 46 E 0.102 0.162 0.046 0.010 0.004 0.007 0.222 0.002 0.001 0.003 0.442 47 P 0.003 0.029 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.956 48 L 0.043 0.115 0.001 0.010 0.006 0.015 0.135 0.002 0.001 0.004 0.670 49 E 0.137 0.364 0.002 0.002 0.001 0.010 0.135 0.001 0.001 0.005 0.345 50 W 0.025 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.140 51 L 0.031 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 52 Q 0.055 0.862 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.071 53 W 0.052 0.846 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.079 54 V 0.127 0.799 0.001 0.008 0.004 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.031 55 L 0.085 0.625 0.050 0.008 0.009 0.016 0.011 0.014 0.001 0.001 0.180 56 I 0.063 0.431 0.048 0.083 0.049 0.124 0.047 0.014 0.001 0.001 0.139 57 P 0.003 0.010 0.002 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.969 58 R 0.026 0.054 0.006 0.103 0.044 0.110 0.166 0.002 0.001 0.007 0.481 59 M 0.251 0.134 0.012 0.051 0.026 0.080 0.079 0.005 0.001 0.014 0.348 60 H 0.069 0.401 0.002 0.121 0.051 0.080 0.040 0.005 0.001 0.002 0.229 61 D 0.083 0.232 0.003 0.043 0.063 0.095 0.043 0.003 0.001 0.003 0.433 62 L 0.062 0.374 0.005 0.088 0.118 0.150 0.024 0.002 0.001 0.001 0.176 63 L 0.016 0.380 0.002 0.112 0.149 0.242 0.025 0.003 0.001 0.001 0.070 64 D 0.052 0.347 0.003 0.042 0.089 0.194 0.045 0.011 0.001 0.002 0.212 65 N 0.207 0.307 0.006 0.037 0.042 0.074 0.053 0.019 0.001 0.003 0.252 66 K 0.382 0.065 0.034 0.038 0.020 0.036 0.083 0.045 0.001 0.020 0.279 67 Q 0.113 0.012 0.227 0.032 0.022 0.028 0.130 0.005 0.001 0.005 0.426 68 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.979 69 L 0.027 0.002 0.001 0.053 0.014 0.052 0.152 0.001 0.001 0.002 0.696 70 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 71 G 0.052 0.013 0.001 0.031 0.020 0.040 0.246 0.001 0.001 0.006 0.592 72 A 0.265 0.024 0.001 0.017 0.004 0.010 0.147 0.001 0.001 0.005 0.526 73 F 0.191 0.200 0.001 0.047 0.013 0.011 0.076 0.002 0.001 0.002 0.458 74 A 0.157 0.275 0.006 0.033 0.014 0.036 0.146 0.002 0.001 0.007 0.324 75 V 0.130 0.338 0.012 0.021 0.017 0.046 0.069 0.005 0.001 0.003 0.359 76 A 0.119 0.439 0.013 0.057 0.014 0.074 0.045 0.006 0.001 0.002 0.232 77 P 0.002 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.975 78 Y 0.039 0.159 0.001 0.010 0.005 0.009 0.136 0.002 0.001 0.002 0.636 79 Y 0.046 0.608 0.002 0.007 0.003 0.006 0.054 0.003 0.001 0.001 0.270 80 E 0.008 0.931 0.001 0.004 0.002 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.041 81 M 0.034 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.046 82 A 0.033 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.021 83 L 0.047 0.926 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 84 A 0.077 0.777 0.017 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.001 0.001 0.086 85 T 0.223 0.421 0.037 0.003 0.002 0.004 0.009 0.055 0.001 0.001 0.246 86 D 0.222 0.138 0.018 0.010 0.002 0.002 0.012 0.062 0.001 0.001 0.532 87 H 0.258 0.085 0.047 0.012 0.002 0.005 0.115 0.010 0.001 0.006 0.460 88 P 0.005 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.963 89 Q 0.054 0.026 0.001 0.018 0.005 0.009 0.258 0.002 0.001 0.005 0.622 90 R 0.476 0.102 0.004 0.010 0.002 0.006 0.094 0.001 0.001 0.011 0.294 91 A 0.036 0.656 0.001 0.029 0.010 0.012 0.030 0.002 0.001 0.001 0.221 92 L 0.044 0.602 0.002 0.014 0.008 0.015 0.051 0.002 0.001 0.002 0.260 93 I 0.032 0.819 0.002 0.012 0.009 0.018 0.014 0.004 0.001 0.001 0.089 94 L 0.015 0.931 0.001 0.007 0.004 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.021 95 A 0.012 0.899 0.002 0.003 0.004 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.063 96 E 0.024 0.922 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.042 97 L 0.036 0.914 0.006 0.001 0.002 0.003 0.005 0.007 0.001 0.001 0.026 98 E 0.021 0.899 0.010 0.002 0.002 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.044 99 K 0.053 0.759 0.007 0.002 0.004 0.004 0.011 0.032 0.001 0.001 0.128 100 L 0.050 0.897 0.008 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.030 101 D 0.009 0.865 0.005 0.004 0.005 0.006 0.009 0.011 0.001 0.001 0.087 102 A 0.033 0.807 0.003 0.003 0.006 0.006 0.017 0.021 0.001 0.001 0.102 103 L 0.094 0.812 0.004 0.003 0.004 0.007 0.008 0.023 0.001 0.001 0.043 104 F 0.124 0.735 0.023 0.006 0.006 0.013 0.017 0.028 0.001 0.003 0.047 105 A 0.095 0.617 0.054 0.013 0.012 0.020 0.020 0.030 0.001 0.001 0.137 106 D 0.136 0.247 0.011 0.011 0.009 0.008 0.020 0.048 0.001 0.001 0.508 107 D 0.168 0.138 0.028 0.011 0.006 0.006 0.072 0.020 0.001 0.005 0.545 108 A 0.079 0.054 0.019 0.010 0.006 0.009 0.285 0.010 0.001 0.015 0.513 109 S 0.131 0.063 0.014 0.011 0.008 0.010 0.462 0.006 0.001 0.015 0.280 110 L 0.142 0.199 0.006 0.018 0.009 0.014 0.138 0.004 0.001 0.009 0.460 111 E 0.087 0.265 0.004 0.019 0.023 0.031 0.168 0.005 0.001 0.011 0.387 112 H 0.184 0.236 0.006 0.009 0.014 0.022 0.119 0.009 0.001 0.010 0.393 113 H 0.237 0.303 0.007 0.011 0.018 0.021 0.051 0.017 0.001 0.005 0.331 114 H 0.181 0.251 0.014 0.013 0.021 0.029 0.073 0.014 0.001 0.009 0.395 115 H 0.115 0.122 0.016 0.013 0.022 0.038 0.105 0.012 0.001 0.008 0.549 116 H 0.167 0.090 0.014 0.019 0.019 0.031 0.076 0.011 0.001 0.006 0.565 117 H 0.157 0.077 0.013 0.022 0.019 0.027 0.085 0.007 0.001 0.006 0.587