# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 T 0.009 0.011 0.005 0.140 0.005 0.020 0.809 3 T 0.006 0.006 0.013 0.605 0.081 0.061 0.227 4 H 0.002 0.001 0.007 0.832 0.021 0.037 0.100 5 D 0.001 0.001 0.004 0.942 0.017 0.011 0.025 6 R 0.002 0.001 0.004 0.965 0.007 0.004 0.017 7 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.003 0.004 8 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.016 0.002 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.973 0.001 0.018 0.005 11 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 18 L 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.018 0.002 19 R 0.001 0.001 0.013 0.902 0.005 0.073 0.007 20 E 0.001 0.001 0.021 0.796 0.015 0.152 0.015 21 H 0.002 0.003 0.029 0.494 0.065 0.333 0.074 22 Q 0.004 0.002 0.030 0.088 0.102 0.624 0.151 23 H 0.034 0.015 0.112 0.089 0.234 0.177 0.340 24 W 0.116 0.041 0.115 0.098 0.132 0.120 0.378 25 R 0.096 0.031 0.099 0.088 0.146 0.125 0.414 26 N 0.077 0.019 0.029 0.025 0.317 0.070 0.463 27 D 0.040 0.011 0.008 0.006 0.406 0.055 0.475 28 E 0.020 0.020 0.001 0.001 0.310 0.012 0.636 29 P 0.013 0.028 0.001 0.001 0.134 0.013 0.809 30 Q 0.010 0.022 0.002 0.001 0.057 0.007 0.902 31 P 0.003 0.003 0.559 0.210 0.027 0.117 0.080 32 H 0.002 0.001 0.676 0.167 0.020 0.095 0.039 33 Q 0.001 0.003 0.721 0.165 0.012 0.067 0.031 34 F 0.005 0.026 0.226 0.323 0.066 0.237 0.117 35 N 0.004 0.008 0.124 0.113 0.061 0.544 0.147 36 S 0.007 0.006 0.043 0.046 0.166 0.407 0.324 37 T 0.008 0.006 0.037 0.025 0.530 0.146 0.248 38 Q 0.015 0.003 0.001 0.001 0.675 0.002 0.303 39 P 0.077 0.013 0.007 0.008 0.153 0.033 0.709 40 F 0.475 0.083 0.021 0.018 0.100 0.065 0.237 41 F 0.582 0.038 0.024 0.042 0.039 0.028 0.248 42 M 0.571 0.020 0.085 0.041 0.038 0.041 0.204 43 D 0.518 0.015 0.074 0.031 0.050 0.131 0.181 44 T 0.239 0.018 0.089 0.017 0.203 0.203 0.232 45 M 0.085 0.029 0.008 0.010 0.623 0.016 0.230 46 E 0.038 0.020 0.003 0.009 0.108 0.006 0.816 47 P 0.002 0.001 0.254 0.585 0.005 0.142 0.012 48 L 0.004 0.001 0.272 0.572 0.008 0.135 0.009 49 E 0.009 0.001 0.143 0.792 0.010 0.026 0.019 50 W 0.018 0.004 0.016 0.926 0.005 0.022 0.009 51 L 0.014 0.001 0.006 0.936 0.002 0.034 0.007 52 Q 0.023 0.001 0.005 0.942 0.008 0.010 0.011 53 W 0.022 0.001 0.003 0.956 0.003 0.009 0.006 54 V 0.044 0.001 0.006 0.858 0.009 0.073 0.008 55 L 0.031 0.004 0.006 0.873 0.012 0.062 0.012 56 I 0.058 0.006 0.012 0.788 0.054 0.033 0.049 57 P 0.027 0.003 0.024 0.752 0.104 0.047 0.042 58 R 0.020 0.015 0.014 0.659 0.041 0.100 0.151 59 M 0.001 0.001 0.017 0.963 0.001 0.010 0.009 60 H 0.001 0.001 0.014 0.973 0.003 0.005 0.005 61 D 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.015 0.001 64 D 0.001 0.001 0.009 0.813 0.008 0.157 0.013 65 N 0.001 0.002 0.013 0.282 0.022 0.648 0.031 66 K 0.002 0.002 0.014 0.074 0.123 0.680 0.106 67 Q 0.007 0.007 0.002 0.002 0.337 0.008 0.637 68 P 0.041 0.089 0.004 0.002 0.117 0.023 0.724 69 L 0.028 0.040 0.003 0.001 0.086 0.012 0.830 70 P 0.014 0.009 0.044 0.013 0.198 0.523 0.199 71 G 0.006 0.002 0.049 0.016 0.157 0.696 0.073 72 A 0.053 0.022 0.134 0.098 0.239 0.230 0.224 73 F 0.151 0.054 0.050 0.097 0.144 0.092 0.412 74 A 0.292 0.082 0.035 0.066 0.134 0.074 0.317 75 V 0.186 0.038 0.043 0.255 0.094 0.048 0.336 76 A 0.029 0.003 0.026 0.728 0.042 0.010 0.162 77 P 0.007 0.001 0.027 0.910 0.011 0.014 0.031 78 Y 0.006 0.001 0.016 0.956 0.003 0.011 0.007 79 Y 0.003 0.001 0.006 0.981 0.001 0.005 0.003 80 E 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.005 0.002 81 M 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.012 0.002 82 A 0.002 0.001 0.006 0.964 0.002 0.022 0.005 83 L 0.004 0.002 0.014 0.905 0.006 0.058 0.012 84 A 0.004 0.002 0.025 0.790 0.027 0.127 0.026 85 T 0.002 0.002 0.018 0.626 0.045 0.248 0.059 86 D 0.003 0.003 0.014 0.297 0.268 0.134 0.281 87 H 0.003 0.003 0.018 0.305 0.306 0.037 0.327 88 P 0.003 0.003 0.072 0.538 0.060 0.198 0.126 89 Q 0.005 0.006 0.089 0.644 0.033 0.143 0.081 90 R 0.006 0.002 0.034 0.851 0.012 0.025 0.070 91 A 0.005 0.001 0.011 0.948 0.010 0.010 0.016 92 L 0.007 0.001 0.006 0.962 0.004 0.011 0.009 93 I 0.003 0.001 0.002 0.980 0.001 0.009 0.004 94 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 95 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 101 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 102 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.017 0.001 103 L 0.001 0.001 0.007 0.943 0.002 0.042 0.006 104 F 0.001 0.003 0.016 0.805 0.017 0.133 0.025 105 A 0.002 0.002 0.020 0.431 0.073 0.354 0.117 106 D 0.004 0.003 0.020 0.224 0.281 0.252 0.217 107 D 0.007 0.003 0.049 0.300 0.179 0.165 0.297 108 A 0.015 0.006 0.076 0.378 0.188 0.107 0.231 109 S 0.038 0.016 0.104 0.408 0.084 0.110 0.241 110 L 0.061 0.019 0.143 0.434 0.053 0.102 0.188 111 E 0.070 0.013 0.141 0.371 0.064 0.110 0.231 112 H 0.070 0.009 0.146 0.304 0.089 0.167 0.216 113 H 0.058 0.009 0.069 0.251 0.113 0.176 0.323 114 H 0.049 0.013 0.072 0.159 0.173 0.168 0.365 115 H 0.040 0.010 0.051 0.099 0.185 0.253 0.361 116 H 0.023 0.012 0.021 0.043 0.041 0.120 0.740 117 H 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.988